G973


Basic Information

Item Value
gene id G973
gene name NA
gene type non-coding
species rainbow trout (Oncorhynchus mykiss)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048565.1
NCBI id CM023219.2
chromosome length 95772356
location 2123545 ~ 2125928 (+)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome

Sequence

>TU1221
tgttctctactctacactactctactgttctctacaccactctactgttctctactctacactactctactgttctctactctacaccactctattctacaccactctactgttctctacaccactcttctctacaccactccactgttctctacaccactccactgttctctacaccactccactgttctctacaccactccactattctctactctacaccactctactctacaccactctactgttctctacactactctactgttctctactctactgttctctactctacactactctactgttctctactctacaccactctattctacaccactctactgttctctacaccACCCCACTGTTCTCTACaccactccactgttctctacaccactctacaccactctactgttctctattctacaccactctactctactgttctctgctctactgttctctactctactgttctctactctacactactctactgttctctacaccactctactgttctctactctacactactctactgttctctactctacaccactctattctacaccactctactgttctctacaccactcttctctacaccactccactgttctctacaccactccactgttctctacaccactccactgttctctacaccactccactgttctctacaccactctactgttctctacaccactctacaccactcAACTGTTCTCTAATCTACACCACTCTACTGTTCTctgctctactgttctctactctactgttctctactctactgttctctactgttctctacaccactctactgttctctactctacaccattatactgttctctactctacaccactctactctactgttctctactctacactactctactctactgttctctgctctacaccactctactgttctctactctacaccactctactgttctctactctacaccactactgttctctactctacaccactctactgttctctactctacaccactctactgttctctactctacaccactctactgttctctactctacaccactctactgttctctattcTACACCAcgctactgttctctactctacaccactctactgttctctactctacaccactctactgttctctacaccactctactgttctctactctactgttctctactctacaccactctactgttctctactctacaccactctactgttctctactctacaccactctactgttctctacactactctactgttctatactctacaccactctactgttctatactctacaccactctactctacaccactctactgttctctactctacaccactctactgttctctactctactccataTGCTGTGTTGAAATTAATCTTGTCTCCCTCCCATGATGCAATAGTAACGGAGGGCAACATCACTTCTAGACTAGCAGGATGAGTCACTCTGGCTTGTTGTCGACGGTTAccagtccctctcctctatcAGCCTCATTTACAAACATCCCCAAACTCATACacacccccctccacacacacacacacacacacacacacatcacatggcGCCAtgcagtcaggcaggcagagacaggtGTGGCAAGACATGTTACTTTCTCTCCCTGCATGTGAAGGTGACAGGATGGCCGATAGTAAATCAACCCTGCTGCCCTTAACCTTGGGTCACAACAAAACATCCAGTGACTAAACAATCTACAGGAAACACTTTTACTAGTGCATTGTTTGAGCAGAATAACTTCATAGTGCAACAGTGTctgggtgcgtgtgtgtgagagggagggagagagactgattgaCTGGCGGTAACCATGGCAGTGAGCTctggggtgagagagactgattgacTGGCGGTAACCATGGCAGTGAGCTCTGGGGTGAGAGAGACTGATTGACTGGTGGTAACCATGGCAGTGAGCTctggggtgagagaaagagactgattgACTGGCGGTAACCATGGCAGTGACctctggggtgagagagag
>TU1222
tgttctctactctacactactctactgttctctacaccactctactgttctctactctacactactctactgttctctactctacaccactctattctacaccactctactgttctctacaccactcttctctacaccactccactgttctctacaccactccactgttctctacaccactccactgttctctacaccactccactattctctactctacaccactctactctacaccactctactgttctctacactactctactgttctctactctactgttctctactctacactactctactgttctctactctacaccactctattctacaccactctactgttctctacaccACCCCACTGTTCTCTACaccactccactgttctctacaccactctacaccactctactgttctctattctacaccactctactctactgttctctgctctactgttctctactctactgttctctactctacactactctactgttctctacaccactctactgttctctactctacactactctactgttctctactctacaccactctattctacaccactctactgttctctacaccactcttctctacaccactccactgttctctacaccactccactgttctctacaccactccactgttctctacaccactccactgttctctacaccactctactgttctctacaccactctacaccactcAACTGTTCTCTAATCTACACCACTCTACTGTTCTctgctctactgttctctactctactgttctctactctactgttctctactgttctctacaccactctactgttctctactctacaccattatactgttctctactctacaccactctactctactgttctctactctacactactctactctactgttctctgctctacaccactctactgttctctactctacaccactctactgttctctactctacaccactactgttctctactctacaccactctactgttctctactctacaccactctactgttctctactctacaccactctactgttctctactctacaccactctactgttctctattcTACACCAcgctactgttctctactctacaccactctactgttctctactctacaccactctactgttctctacaccactctactgttctctactctactgttctctactctacaccactctactgttctctactctacaccactctactgttctctactctacaccactctactgttctctacactactctactgttctatactctacaccactctactgttctatactctacaccactctactctacaccactctactgttctctactctacaccactctactgttctctactctactccataTGCTGTGTTGAAATTAATCTTGTCTCCCTCCCATGATGCAATAGTAACGGAGGGCAACATCACTTCTAGACTAGCAGGATGAGTCACTCTGGCTTGTTGTCGACGGTTAccagtccctctcctctatcAGCCTCATTTACAAACATCCCCAAACTCATACacacccccctccacacacacacacacacacacacacacatcacatggcGCCAtgcagtcaggcaggcagagacaggtGTGGCAAGACATGTTACTTTCTCTCCCTGCATGTGAAGGTGACAGGATGGCCGATAGTAAATCAACCCTGCTGCCCTTAACCTTGGGTCACAACAAAACATCCAGTGACTAAACAATCTACAGGAAACACTTTTACTAGTGCATTGTTTGAGCAGAATAACTTCATAGTGCAACAGTGTctgggtgcgtgtgtgtgagagggagggagagagactgattgaCTGGCGGTAACCATGGCAGTGAGCTctggggtgagagaaagagactgattgACTGGCGGTAACCATGGCAGTGAGCtctggggagaaagagactgattgACTGGCGGTAACCATGGCAGTGACctctggggtgagagagag

Function

NR:

description
uncharacterized protein LOC111608185

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU1221 False 2051 lncRNA 0.61 4 2123545 2125928
TU1222 True 2003 lncRNA 0.38 4 2123545 2125928

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
nme7 at233 coding upstream 24861 1984326 ~ 2101039 (+)
tmem131 LOC102783117 coding upstream 155969 1859377 ~ 1967576 (+)
LOC110520782 LOC106574119 coding upstream 353111 1732789 ~ 1770434 (+)
atp10a atp10a coding upstream 526926 1460067 ~ 1596619 (+)
gabrb3 LOC107673538 coding upstream 725165 1334097 ~ 1398380 (+)
dpt LOC106574207 coding downstream 50744 2176672 ~ 2192895 (+)
zbtb11 LOC106560622 coding downstream 86207 2212135 ~ 2258325 (+)
LOC110531937 LOC106574099 coding downstream 412406 2538334 ~ 2580308 (+)
LOC118966170 NA coding downstream 1273498 3399426 ~ 3400148 (+)
bcl6aa LOC106574104 coding downstream 1476735 3602663 ~ 3624582 (+)
G971 NA non-coding upstream 821 2119891 ~ 2122724 (+)
G864 NA non-coding upstream 46257 2076716 ~ 2077288 (+)
G952 NA non-coding upstream 59860 2063179 ~ 2063685 (+)
G951 NA non-coding upstream 72914 2050359 ~ 2050631 (+)
G980 NA non-coding downstream 10232 2136160 ~ 2136431 (+)
G983 NA non-coding downstream 14362 2140290 ~ 2140496 (+)
G985 NA non-coding downstream 15907 2141835 ~ 2142067 (+)
G996 NA non-coding downstream 40307 2166235 ~ 2166818 (+)
G1008 NA non-coding downstream 52570 2178498 ~ 2179040 (+)
G961 NA other upstream 43942 2078898 ~ 2079603 (+)
G583 NA other upstream 1113338 1003783 ~ 1010207 (+)
G166 NA other upstream 1803571 318047 ~ 319974 (+)
G51 NA other upstream 1993282 120466 ~ 130263 (+)
G50 NA other upstream 2003238 112959 ~ 120307 (+)
G998 LOC106576565 other downstream 132955 2258883 ~ 2305334 (+)
G2016 NA other downstream 518407 2644335 ~ 2645169 (+)
G2343 NA other downstream 1088769 3214697 ~ 3216234 (+)
G2464 NA other downstream 1377341 3503269 ~ 3503581 (+)
G3176 NA other downstream 2049395 4175323 ~ 4178073 (+)

Expression


Co-expression Network