G2625


Basic Information

Item Value
gene id G2625
gene name NA
gene type non-coding
species rainbow trout (Oncorhynchus mykiss)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048565.1
NCBI id CM023219.2
chromosome length 95772356
location 3024232 ~ 3027485 (-)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome

Sequence

>TU3405
acagtgttaccgttgtgaggtgtgtgtctacagtgttacgtttgtgaggtgtgtgtctacagtgttaccgttgtgaggtgtgtatctacagtgttgtgaggtgtgtgtctacagtgttatcgttgtgaggtgtgtatctacagtgttaTCGTTGTGAGgtgtgtatctacagtgttatcgttgtgaggtgtgtatctacagtgttaTCGTTGTGAGgtgtgtgtctacagtgttgtgaggtgtgtgtctacagtgttatcgttgtgaggtgtgtatctacagtgttgtgaggtgtgtgtctacagtgttgtgaggtgtgtgtctacagtgttaccgttgtgaggtgtgtatctacagtgttaccgttgtgaggtgtgtatctacagtgttaccgttgtgaggtgtgtgtctacagtgttaccGTTGTGAgatgtgtgtctacagtgttaccgatgtgaggtgtgtgtctacagtgttatcgttgtgaggtgtgtgtctacagtgttaccgttgtgaggtgtgtatctacagtgttatcgttgtgaggtgtgtatctacagtgttaTCGTTGTGAGGTGTGTACCTACAGTGTTAtcgttgtgaggtgtgtgtctacagtgttaccgttgtgaggtgtgtgtctacagtgttaccgttgtgaggtgtgtgtttCATGTAATTGTACTGTATGTGCTCCATGAACTaccctgagtataccaaacattaggaacaccttcctaatattgagttgcagcccccttcggccttcagaacagcctcaattcgtcagggcatggactctacaaggtgtagaaagtgttccacagggatgctggctcatgttgactctacaaggtgtagaaagcgttcccacagggatgctggcccatgttgactctgatgcttcccacagttgtgtcaagttggctggatgtcctttgggtggtggaccattctttatacacacagga
>TU3406
GGTGTATCTACAGTGTTACCGTTGTgaggtgtgtatctacagtgttaCCGTTGTGAGGTGTTTTTCTACagtgttgtgaggtgtgtgtctacagtgttaccgttgtgaggtgtgtatctacagtgttgtgaggtgtgtatctacagtgttatcgttgtgaggtgtgtatctacagtgttaccgttgtgaggtgtgtgtctacagtgttaccgttgtgaggtgtgtatctacagtgttatcgttgtgaggtgtgtatctacagtgttaTCGTTGTGAGGTGTGTACCTACAGTGTTAtcgttgtgaggtgtgtgtctacagtgttaccgttgtgaggtgtgtgtctacagtgttaccgttgtgaggtgtgtgtttCATGTAATTGTACTGTATGTGCTCCATGAACTaccctgagtataccaaacattaggaacaccttcctaatattgagttgcagcccccttcggccttcagaacagcctcaattcgtcagggcatggactctacaaggtgtagaaagtgttccacagggatgctggctcatgttgactctacaaggtgtagaaagcgttcccacagggatgctggcccatgttgactctgatgcttcccacagttgtgtcaagttggctggatgtcctttgggtggtggaccattctttatacacacagga
>TU3407
acagtgttaccgttgtgaggtgtgtgtctacagtgttacgtttgtgaggtgtgtgtctacagtgttaccgttgtgaggtgtgtatctacagtgttgtgaggtgtgtgtctacagtgttatcgttgtgaggtgtgtgtctacagtgttatcgttgtgaggtgtgtgtctacagtgttaccgttgtgaggtgtgtgtctacagtgttactgttgtgaggtgtgtgtctacagtgttgtgaggtgtgtatctacagtgttgtgaggtgtgtatctacagtgttatcgttgtgaggtgtgtatctacagtgttatcgttgtgaggtgtgtgtctacagtgttaccgttgtgaggtgtgtatctacagtgttaccgttgtgaggtgtgtatctacagtgttgtgaggtgtgtatctacagtgttatcgttgtgaggtgtgtatctacagtgttgtgaggtgtgtgtctacagtgttgtgaggtgtgtgtctacagtgttaccgttgtgaggtgtgtatctacagtgttaccgttgtgaggtgtgtatctacagtgttaccgttgtgaggtgtgtgtctacagtgttaccGTTGTGAgatgtgtgtctacagtgttaccgatgtgaggtgtgtgtctacagtgttatcgttgtgaggtgtgtgtctacagtgttaccgttgtgaggtgtgtatctacagtgttatcgttgtgaggtgtgtatctacagtgttaTCGTTGTGAGGTGTGTACCTACAGTGTTAtcgttgtgaggtgtgtgtctacagtgttaccgttgtgaggtgtgtgtctacagtgttaccgttgtgaggtgtgtgtttCATGTAATTGTACTGTATGTGCTCCATGAACTaccctgagtataccaaacattaggaacaccttcctaatattgagttgcagcccccttcggccttcagaacagcctcaattcgtcagggcatggactctacaaggtgtagaaagtgttccacagggatgctggctcatgttgactctacaaggtgtagaaagcgttcccacagggatgctggcccatgttgactctgatgcttcccacagttgtgtcaagttggctggatgtcctttgggtggtggaccattctttatacacacagga
>TU3404
GGTGTATCTACAGTGTTACCGTTGTgaggtgtgtatctacagtgttaCCGTTGTGAGGTGTTTTTCTACagtgttgtgaggtgtgtgtctacagtgttaccgttgtgaggtgtgtatctacagtgttgtgaggtgtgtatctacagtgttatcgttgtgaggtgtgtatctacagtgttatcgttgtgaggtgtgtgtctacagtgttaccgttgtgaggtgtgtatctacagtgttaccgttgtgaggtgtgtatctac

Function

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU3405 False 971 lncRNA 0.39 4 3024232 3027485
TU3406 False 673 lncRNA 0.44 4 3024232 3026760
TU3407 False 1133 lncRNA 0.37 5 3024232 3027485
TU3404 True 260 lncRNA 0.51 2 3026397 3026760

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
LOC118966169 NA coding downstream 20238 3002309 ~ 3003994 (-)
LOC110523943 LOC106573992 coding downstream 209155 2636662 ~ 2815077 (-)
LOC110531934 LOC106574222 coding downstream 405649 2616583 ~ 2618583 (-)
LOC118964912 NA coding downstream 547042 2462283 ~ 2477190 (-)
tp63 NA coding downstream 636927 2259231 ~ 2387305 (-)
LOC118964935 NA coding upstream 263699 3291184 ~ 3294574 (-)
smx5 LSM2 coding upstream 604853 3632307 ~ 3640949 (-)
inpp5d inpp5d coding upstream 620352 3647837 ~ 3700485 (-)
LOC118965007 NA coding upstream 680564 3708049 ~ 3720457 (-)
amotl2a LOC106591579 coding upstream 724941 3752426 ~ 3766194 (-)
G2624 NA non-coding downstream 10437 3013073 ~ 3013795 (-)
G2623 NA non-coding downstream 11748 3012267 ~ 3012484 (-)
G2609 NA non-coding downstream 37288 2986723 ~ 2986944 (-)
G2608 NA non-coding downstream 37661 2986313 ~ 2986571 (-)
G2607 NA non-coding downstream 38354 2985616 ~ 2985878 (-)
G2631 NA non-coding upstream 13544 3041029 ~ 3042551 (-)
G2635 NA non-coding upstream 20063 3047548 ~ 3065748 (-)
G2636 NA non-coding upstream 26258 3053743 ~ 3060890 (-)
G2644 NA non-coding upstream 56449 3083934 ~ 3084631 (-)
G2647 NA non-coding upstream 67389 3094874 ~ 3095143 (-)
G2605 NA other downstream 45316 2978615 ~ 2978916 (-)
G2192 NA other downstream 280658 2742887 ~ 2743574 (-)
G1954 NA other downstream 489719 2534030 ~ 2534513 (-)
G1788 NA other downstream 927108 2092410 ~ 2097715 (-)
G1651 LOC106574119 other downstream 1263802 1753245 ~ 1760430 (-)
G2730 NA other upstream 312228 3339713 ~ 3341868 (-)
G2749 NA other upstream 357821 3385306 ~ 3388215 (-)
G2772 NA other upstream 414853 3442338 ~ 3444099 (-)
LOC110524598 LOC106574123 other upstream 1054678 4040460 ~ 4121533 (-)

Expression


Co-expression Network