G3575


Basic Information

Item Value
gene id G3575
gene name NA
gene type non-coding
species rainbow trout (Oncorhynchus mykiss)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048565.1
NCBI id CM023219.2
chromosome length 95772356
location 4815026 ~ 4820692 (+)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome

Sequence

>TU4655
gtggtagtgtagtggtagtgtagtggtagtggtagtgttgtggtagtgttgtggtagtgtagtggtagtgttgtggtagtgttgtggtagtgttgtggtagtgttgtggtagtgttgtggctGCAGTATTGTGGCTGTAGTGTTGTGGCTGTAGTGTTTGggttgtggtagtgtagtgtagtggtagtgttgtggctgtagtgttgtggtagtgttgtggtagtggtagtgtagtggtagtgttgtggtagtgttgtggtagtgttgttgtagtgttgttgtgGCTGTAGTGTTTTGGtaatgttgtggtagtgttgtggtagtgttgtggtactgttgtggtagtgttgtgttagtgttgttgtggctgtagtgttgtggtagtgttgtggtagtgttgtggtagtgttgtggtagtgttgtggtagtgtagtgctgtgttgtggtagtgttttggtagtgttgtggtagtgttgtggtagtgttgttgtagtgcagtggtagtgttgtggtagtgtggtgctgtgttgtggtagtgttttggtagtgttgtggtagtgttgtggtagtgttgtggtagtgttgtggtagtggtagtgttgtggtagtgtcgtggtagtggtagtgttgtggtagtgttgtggtagtgttgttgtagtgttgtggtagtggtagtgttgtggtagtgttgtggtagtgttgttgtagtgttgtggtagtggtagtgttgtggtagtgttgtggtagtgttgtggtagtgttgttgtagtgttgtggtagtgtagtggtagtgttgtggtagtgttatggtagtgttatggtggtgttgtggtagtgtaatggttgtgtagtGGTAGTGTAGTTGTAGTGTaggggtagtgtagtggtagtgttgttgtagtgtagtggtagtgttgttgtagtgttgtggtagtgttgtggtagtgttgtggtagtggtagtgttgtggtagtgttgttgtagtgttgttgtagtgttgtggtagtgttgtggtagtgttgtggtagtggtagtgttgtggtagtgttgtggtagtgttgttgtagtgttgtggtagtgtagtggtagtgttgtggtagtgttatggtggtgtagttgtagtgtaggggtagtgtagttgtagtgtaggggtagtgttgtggtagtgtagtggtagtgctgtgttgtggtagtgttgtggctgtagtgttgtggtagtggtagtgtaatggtagtgttgtggtagtgtagtggtagtgttgtggtagtgttgtggtagtgtagtggtagtgctGTGTTGTGATAGTGTTGTggctgtagtgttgtggtagtgttgtggtagtgttgtggtagtgtagtgctgtgttgtggtagtgttttggtagtgttgtggtagtgttgtggtagtgttgttgtagtgcagtggtagtgttgtggtagtgtggtgctgtgttgtggtagtgttttggtagtgttgtggtagtgttgtggtagtgttgtggtagtggtagtgttgtggtagtggtagtgttgtggtagtgttgtggtagtgttgttgtagtgttgtggtagtggtagtgttgtggtagtgttgtggtagtgttgtggtagtgttgttgtagtgttgtggtagtgtagtggtagtgttgtggtagtgttatggtagtgttatggtggtgttgtggtagtgtaatggttgtgtagtggtagtgtaggggtagtgtagtggtagtggtagtggtagtgttgtggctgtagtgttgtggtagtgttgtggtagtgttgtggtagtgttgttgtagtgttgtggtagtgttatggtagtgttatggtggtgTTGTGGTAGTGTAATGGTAGTGTAAGGGTAGTGTAGTTGTAGTGTaggggtagtgtagtggtagtgttgttgtagtgtagtggtagtgttgttgtagtgttgtggtagtgttgtggtagtgttgtggtagtggtagtgttgtggtagtgttgttgtagtgttgttgtagtgttgtggtagtgttgtggtagtgttgtggtagtggtagtgttgtggtagtgttgtggtagtgttgttgtagtgttgtggtagtgtagtggtagtgttgtggtagtgttatggtggtgtagttgtagtgtaggggtagtgtagttgtagtgtaggggtagtgttgtggtagtgtagtggtagtgctgtgttgtggtagtgttgtggctgtagtgttgtggtagtggtagtgtaatggtagtgttgtggtagtgtagtggtagtgttgtggtagtgttgtggtagtgtagtggtagtgctGTGTTGTGATAGTGTTGTggctgtagtgttgtggtagtgttgtggtagtgttgtggtagtgttgtggctgtagtgttgtggtatggttgtgttgtggtagtggtagtgttgtgaTAGTGTTGTGGTAGGGTAGTGGTAATGTAGtggtaatgttgtgttgtgttgtggtagtgtagtggtagtgttgtagtgttgtggtagtgtagtggtagtgttgtggtagtgttgtgttgtggtagtgttgtggtagtgtattGGCTGtaatgttgtggtagtgttgtgttgtggtagtgttgtggtagtgttgttgtagtgttgtggtagtgttgtggctgtagtgttgtggtagtgttgtggtagtgtagtggtagtgttgtggtagtgttgtggctgtagtgttgtggtatggttgtgttgtggtagtggtagtgttgtgaTAGTGTTGTGGTAGGGTAGTGGTAATGTAGtggtaatgttgtgttgtgttgtggtagtgtagtggtagtgttgtagtgttgtggtagtgtagtggtagtgtagtggtagtgttgtggtagtgttgtgttgtggtagtgttgtggtagtgtattGGCTGtaatgttgtggtagtgttgtgttgtggtagtgttgtggtagtgttgtggtagtgttgtggtagtgttgtgttagtgttgttgtagtgttgtggtagtgtagtggtagtgttgtggtagtgttgtgttgtggtagtggtagtgttgtggtaatgttgtggtagtgtagtggtagtgttgtggtagtgttgtgttgtggtagtgttgtggtagtgtattGGCTGtaatgttgtggtagtgttgtgttgtggtagtggtagtgtagtggtagtgttgtggtagtgttgtggtagtgttgtggtagtgttgtggtagtgtagtggtagtgttgtggtagtgttgtggtagtgttgt
>TU4656
gtggtagtgttgtggtagtgtagtggtagtgttgtggtagtgttgtggtagtgttgtggtagtgtagtggtagtgtagtggtagtgtagtggtagtggtagtgttgtggtagtgttgtggtagtgtagtggtagtgtagtggtagtgttgtggtagtgttgtggtagtgttgtggtagtgtagtggtagtgttgtggtagtgttgtggtagtgtagtggtagtgtagtggtagtgttgtggtagtgttgtggtagtgttgtggtagtgttgtggtagtgtagtggtactgttgtggtagtgttgtggtagtgttgtggctGTAGTATTGTGGCTGTAGTGTTGTGGCTGTAGTGTTTGggttgtggtagtgtagtgtagtggtagtgttgtggttgtagtgttgtggtagtggtagtgtagtggtagtgttgtggtagtgttgtggtagtgttgttgtagtgttgttgtgGCTGTAGTGTTTTGGtaatgttgtggtagtgttgtggtagtgttgtggtactgttgtggtagtgttgtgttagtgttgttgtggctgtagtgttgtggtagtgttgtggtagtgttgtggtagtgttgtggtagtgttgtggtagtgtagtgctgtgttgtggtagtgttttggtagtgttgtggtagtgttgtggtagtgttgttgtagtgcagtggtagtgttgtggtagtgtggtgctgtgttgtggtagtgttttggtagtgttgtggtagtgttgtggtagtgttgtggtagtgttgtggtagtggtagtgttgtggtagtgtcgtggtagtggtagtgttgtggtagtgttgtggtagtgttgttgtagtgttgtggtagtggtagtgttgtggtagtgttgtggtagtgttgttgtagtgttgtggtagtggtagtgttgtggtagtgttgtggtagtgttgtggtagtgttgttgtagtgttgtggtagtgtagtggtagtgttgtggtagtgttatggtagtgttatggtggtgttgtggtagtgtaatggttgtgtagtggtagtgtaggggtagtgtagtggtagtggtagtggtagtgttgtggctgtagtgttgtggtagtgttgtggtagtgttgtggtagtgttgttgtagtgttgtggtagtgttatggtagtgttatggtggtgTTGTGGTAGTGTAATGGTAGTGTAAGGGTAGTGTAGTTGTAGTGTaggggtagtgtagtggtagtgttgttgtagtgtagtggtagtgttgttgtagtgttgtggtagtgttgtggtagtgttgtggtagtggtagtgttgtggtagtgttgttgtagtgttgttgtagtgttgtggtagtgttgtggtagtgttgtggtagtggtagtgttgtggtagtgttgtggtagtgttgttgtagtgttgtggtagtgtagtggtagtgttgtggtagtgttatggtggtgtagttgtagtgtaggggtagtgtagttgtagtgtaggggtagtgttgtggtagtgtagtggtagtgctgtgttgtggtagtgttgtggctgtagtgttgtggtagtggtagtgtaatggtagtgttgtggtagtgtagtggtagtgttgtggtagtgtagtggtagtgctGTGTTGTGATAGTGTTGTggctgtagtgttgtggtagtgttgtggtagtgttgtggtagtgttgtggctgtagtgttgtggtatggttgtgttgtggtagtggtagtgttgtgaTAGTGTTGTGGTAGGGTAGTGGTAATGTAGtggtaatgttgtgttgtgttgtggtagtgtagtggtagtgttgtagtgttgtggtagtgtagtggtagtgttgtggtagtgttgtgttgtggtagtgttgtggtagtgtattGGCTGtaatgttgtggtagtgttgtgttgtggtagtgttgtggtagtgttgttgtagtgttgtggtagtgttgtggctgtagtgttgtggtagtgttgtggtagtgtagtggtagtgttgtggtagtgttgtggctgtagtgttgtggtatggttgtgttgtggtagtggtagtgttgtgaTAGTGTTGTGGTAGGGTAGTGGTAATGTAGtggtaatgttgtgttgtgttgtggtagtgtagtggtagtgttgtagtgttgtggtagtgtagtggtagtgtagtggtagtgttgtggtagtgttgtgttgtggtagtgttgtggtagtgtattGGCTGtaatgttgtggtagtgttgtgttgtggtagtgttgtggtagtgttgtggtagtgttgtggtagtgttgtgttagtgttgttgtagtgttgtggtagtgtagtggtagtgttgtggtagtgttgtgttgtggtagtggtagtgttgtggtaatgttgtggtagtgtagtggtagtgttgtggtagtgttgtgttgtggtagtgttgtggtagtgtattGGCTGtaatgttgtggtagtgttgtgttgtggtagtggtagtgttgtggtagtgttgtggtagggTTGTGCTGTACCTGCCGACCAGACGGAACCAGGGGAATCGGTCGTAAAAGGGGTCTCCTCCAGTCATGACGTTCTCACAGTCTTCTATGGTGCTGTTGGGAACCTCCGCAGCTCTGTCATACATCTCTCTCATCAGGTCCAGGCGCTGCCTGCAGGGGGCACCAAAGAGCAACACAGGACAACATCAGAATAGAgcagagagg

Function

NR:

description
kinesin-like protein KIF1A, partial

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU4655 False 3252 lncRNA 0.36 4 4815026 4820273
TU4656 True 2708 lncRNA 0.52 3 4816677 4820692

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
im:7152348 LOC106573986 coding upstream 962017 3848517 ~ 3853009 (+)
trnap-ugg NA coding upstream 967067 3847888 ~ 3847959 (+)
trnap-cgg NA coding upstream 967332 3847623 ~ 3847694 (+)
LOC118965227 NA coding upstream 989161 3822517 ~ 3826226 (+)
bcl6aa LOC106574104 coding upstream 1190444 3602663 ~ 3624582 (+)
agxta LOC105025628 coding downstream 128035 4948727 ~ 4957086 (+)
LOC110526525 LOC106613452 coding downstream 843479 5664171 ~ 5767693 (+)
LOC110527749 armc9 coding downstream 1738375 6559067 ~ 6651795 (+)
b3gnt7 b3gnt7 coding downstream 1863407 6684099 ~ 6700304 (+)
alpi.1 LOC106574189 coding downstream 2207858 7028550 ~ 7056518 (+)
G3569 NA non-coding upstream 7762 4807021 ~ 4807264 (+)
G3544 NA non-coding upstream 52422 4762249 ~ 4762604 (+)
G3522 NA non-coding upstream 114972 4695588 ~ 4700054 (+)
G3521 klhl30 non-coding upstream 119668 4692248 ~ 4695358 (+)
G3427 NA non-coding upstream 202247 4611590 ~ 4612779 (+)
G3576 NA non-coding downstream 1374 4822066 ~ 4823158 (+)
G3580 NA non-coding downstream 7248 4827940 ~ 4828266 (+)
G3601 LOC106573836 non-coding downstream 49279 4869971 ~ 4871942 (+)
G3605 NA non-coding downstream 63302 4883994 ~ 4884355 (+)
G3617 NA non-coding downstream 88439 4909131 ~ 4910563 (+)
G3351 NA other upstream 373118 4439966 ~ 4441908 (+)
G3234 NA other upstream 415582 4398904 ~ 4399444 (+)
G3176 NA other upstream 636953 4175323 ~ 4178073 (+)
G2464 NA other upstream 1311445 3503269 ~ 3503581 (+)
G2343 NA other upstream 1598792 3214697 ~ 3216234 (+)
G3596 NA other downstream 33829 4854521 ~ 4856248 (+)
G3597 NA other downstream 35833 4856525 ~ 4857065 (+)
G5276 NA other downstream 1696790 6517482 ~ 6518189 (+)
G5581 NA other downstream 1990302 6810994 ~ 6811621 (+)
G6434 NA other downstream 2904354 7725046 ~ 7725609 (+)

Expression


Co-expression Network