G15416


Basic Information

Item Value
gene id G15416
gene name NA
gene type non-coding
species rainbow trout (Oncorhynchus mykiss)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048565.1
NCBI id CM023219.2
chromosome length 95772356
location 16605104 ~ 16725738 (+)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome

Sequence

>TU18096
tgtgattttctggatttttatttctcattttgtctgtcatagttgaagtgtacctatgatgacaattacaggcctctctcatctttttaagtgggagaacttgcacaattggtgtctgactaaatacttttttgccccactgtacttgctCACCTATGCTGAGCTAACACATTGTACCTATATACATGTGGCCAGTGACCCATAATCCCTTGTGAGAGTGCCCCTATTGTACAAAACAGCTTAAAACAttcctagacagacaacatgtACACCGTTCAAAATGGCTTTTACTTATTTGTCTTAGTCAAAGCAAGACTTATGTAAAggacaaattaaatcaaatcaaattaaaaagTTAACAATAGTGCAAGCAAGTCAAAAAACATTATAAACATATGTAATGCatttttaaataacatttcaCAGTCTTTTTAAAGAGACAGTTTAGGGTATGTTGCTGCACAGTCCTGGAAATGCAGATCCACGTATTGCAGGATGTGGTCCACAGCACTGAGCAGAAGGATGTCTGTGTTCTCATCGACGTCCAGCTCAGATGAGTAGTTCTTCACCGGAACGATGTAGGAGGTGGACATGCCAAGCAGAGCCCCAGCGTTGGTCAtctacgcacatgcacacacacacacatttgttttactatccttgtggggaccaaacaattgattcccattcaaaatcctattttccctaacatctaacccttatcctaaccctaaccttgataCTAATCCTAACCCGTAACCCTAGCCCTGAACCTACCCCtaaccctgattctaaccttaacccaaagtgaaaccctacacctaacccctaagcttaaaatagtatttttttccttgttttactatccttgtgaggattTCTTGTCCCCACCATGACAGTAAAACCAAATACACAAGTCAGTCAAGGATGTTCATACAGGGTGGTTAAATGTCAGATGTTCCGATAGCTGATGTTCCAATAGCTAACTAAAACGTCAATAAAGGGTATTATTGAGAATACCGTCTGCTGAACGATCCGACTGTTGTACACCTGGGTGATGTCACGGGCAGTTTCCTGACACACCTGGTCCACGTGTGTCAGCAGTGCCACTTGATGCACACCAGGTCACTGATGTGTTCTCTGAGCTGTTGGAAGGTGGTGCCCAGACCTTTGGTGTAGCTGGACACTTTAGAAGCATCCACCACAAAGACGACACAGTGGACCTTGTCTTTAAGGGACGGCTTCTTTACATACCCCACAGTCTCTGATCTCACAGGCTGCTCAGGACTGAACTGTAGAGGATGGATGAGAACATTAGCTTGGTTGTtcaaaccaaccagctgagagagTATTTATAATATTCTCTACTGAACAGAGAAATTTATATCAGGGGTGAGCAACTCCTATCTTGTGAGGCTGCCTGCATGAGTATGTTCCAACCCAGCACTAACTCACCTGAATCATAATAGTGGTCTAAATTGCAGACtgtgattagttgaatcaggtgtgttagaacTAAACTGGAACAAAAATCGGCACACACTGTGTGTTAGAGCAGACCTGGAACACACTGTGGCCGCTGTTGCTCAACTCCGAGTTATATGAATGTTACACACACTGTGCCCCTGTAATTTTAACGTCGACATCCAATACTTGCATTCTTTCTTACACACAACGGTGGCACCTGTGTCCTTTCTCCCTCACGTACCTTGTGTCCCTCGGGTGCATGGCCTTTGATGATAGCCAGAGTGTCATGGAGGGTTAGTCCAGTGGTCTCCCCATCTCCCAGACCCATGACATCACACAGGACCAGCGCAGTAGGCTGCTCTGGACTCCGCCCACGGATGTTGAACAACTGGAGCTGAGATAGAGAACACAGACAGAATTATACGTGTAAGGATATACAATGTGGTTTACAATATGGAGTGATTAACAATAATAGTTGTTGTAACTTAACTAAATCTTTATTTACGCATGTAATTGATCTATATCATCCAGCCCCAAAACTCCCAGTTTCTAACAAACTCAAATACTTTCTATGTTTTTTTACCTCTACCTTTTTGGTGAAGCTGGCAGAGGAAGAGCCAACCATGGCCCGGTTAGTGAATCTTCCTGTGAAGACTGACTGAACAGAGCTGATGAAGCTGGACTTGCCGGCTCCGACAGGACCCAGCAGCAGAACCCGAGCCTCAGACAAAGCCTCAAAACCAGGCTTATAGGAACTGATAGACTCCATCAGGGTCTCCCTGCGACTGGGCAAACATTGGTCATTAACAATTAAATATAATTACATGGTGGATTGTTTAGTAGGCCTAGTTGGTGTACATAGGTAAGTGTGAGTGTATTGTTGTGATACCCTACTCACTCCTCAGTCCATGCCACCTCCCTCCATGGGGACTCCATCTTACTTTTCCACTGTTCTGCCCCTAGCAGGCCTAGAGTTGAGAGAGTATAGTGTAAGAGCAAACTAATGAAAATCATGAATTATCAGGTAAGTGTAGTCTACTGGAAAGTGGCAATGAGTCTCACAACACACAATAGGTGATTAAAGGTCTGGTGCAGCCAGTGTAGATTTCCCTGTTagactattaaaggcccagtgtagaTTTCCCTGTTagactattaaaggcccagtgcagatTTCCCTGTTagactattaaaggcccagtgtagaTTTCCCTGTTagactattaaaggcccagtgcagatTTCCCTGTTagactattaaaggcccagtgcagatttccctgtgttttatatatatttccacactataagGTTGGAAtagtactgtgaaattgtgaaaattattataatgcccttttagtgtacgagctgtttgaaaagaccacctgaaattgaGTGGAGTggaatggagttttggcctgcctagtGACAtcaggcggtaaattagttaaaatactaataagaaagagagttctaagcctctctgccaataacagctagttttcagttttcccttccatactcccagacagtcccagcaaagttattgcttgagaaattgctctttgctaagctatttttgtttatttttgaccattttaattggaAACACTCACtctaaggtacttaattgttacacagaaatgattttatattgagataaaaacggctgcattggacctttaagaaaTGTACTCCAACATCATGATAGTCAACACCTATTTGCTTACCTGCAAACACCCCAGGTGCATTTATCACATTCCCCTTGCTGACTTTACTCGAGTCGGGTCTGCCGTCCCCTCCCAACAGGTTTGTTGCCAAAGTTATTGATGAGGGTTTCTCACCATGCAAAACTGGTGCAGAAAAATTAGGACAACTTCCAGGTACCATCCCGAAGTTGAAGGACATGCTGTCAATGTAATAACATATTCATATACCATCATGCAACATTGAATTCTTAAAGCCAATGACCGTAATAAAATGAACATGGTTCAAAGAGTAACATA
>TU18097
tgtgattttctggatttttatttctcattttgtctgtcatagttgaagtgtacctatgatgacaattacaggcctctctcatctttttaagtgggagaacttgcacaattggtgtctgactaaatacttttttgccccactgtacttgctCACCTATGCTGAGCTAACACATTGTACCTATATACATGTGGCCAGTGACCCATAATCCCTTGTGAGAGTGCCCCTATTGTACAAAACAGCTTAAAACAttcctagacagacaacatgtACACCGTTCAAAATGGCTTTTACTTATTTGTCTTAGTCAAAGCAAGACTTATGTAAAggacaaattaaatcaaatcaaattaaaaagTTAACAATAGTGCAAGCAAGTCAAAAAACATTATAAACATATGTAATGCatttttaaataacatttcaCAGTCTTTTTAAAGAGACAGTTTAGGGTATGTTGCTGCACAGTCCTGGAAATGCAGATCCACGTATTGCAGGATGTGGTCCACAGCACTGAGCAGAAGGATGTCTGTGTTCTCATCGACGTCCAGCTCAGATGAGTAGTTCTTCACCGGAACGATGTAGGAGGTGGACATGCCAAGCAGAGCCCCAGCGTTGGTCAtctacgcacatgcacacacacacacatttgttttactatccttgtggggaccaaacaattgattcccattcaaaatcctattttccctaacatctaacccttatcctaaccctaaccttgataCTAATCCTAACCCGTAACCCTAGCCCTGAACCTACCCCtaaccctgattctaaccttaacccaaagtgaaaccctacacctaacccctaagcttaaaatagtatttttttccttgttttactatccttgtgaggattTCTTGTCCCCACCATGACAGTAAAACCAAATACACAAGTCAGTCAAGGATGTTCATACAGGGTGGTTAAATGTCAGATGTTCCGATAGCTGATGTTCCAATAGCTAACTAAAACGTCAATAAAGGGTATTATTGAGAATACCGTCTGCTGAACGATCCGACTGTTGTACACCTGGGTGATGTCACGGGCAGTTTCCTGACACACCTGGTCCACGTGTGTCAGCAGTGCCACTTGATGCACACCAGGTCACTGATGTGTTCTCTGAGCTGTTGGAAGGTGGTGCCCAGACCTTTGGTGTAGCTGGACACTTTAGAAGCATCCACCACAAAGACGACACAGTGGACCTTGTCTTTAAGGGACGGCTTCTTTACATACCCCACAGTCTCTGATCTCACAGGCTGCTCAGGACTGAACTGTAGAGGATGGATGAGAACATTAGCTTGGTTGTtcaaaccaaccagctgagagagTATTTATAATATTCTCTACTGAACAGAGAAATTTATATCAGGGGTGAGCAACTCCTATCTTGTGAGGCTGCCTGCATGAGTATGTTCCAACCCAGCACTAACTCACCTGAATCATAATAGTGGTCTAAATTGCAGACtgtgattagttgaatcaggtgtgttagaacTAAACTGGAACAAAAATCGGCACACACTGTGTGTTAGAGCAGACCTGGAACACACTGTGGCCGCTGTTGCTCAACTCCGAGTTATATGAATGTTACACACACTGTGCCCCTGTAATTTTAACGTCGACATCCAATACTTGCATTCTTTCTTACACACAACGGTGGCACCTGTGTCCTTTCTCCCTCACGTACCTTGTGTCCCTCGGGTGCATGGCCTTTGATGATAGCCAGAGTGTCATGGAGGGTTAGTCCAGTGGTCTCCCCATCTCCCAGACCCATGACATCACACAGGACCAGCGCAGTAGGCTGCTCTGGACTCCGCCCACGGATGTTGAACAACTGGAGCTGAGATAGAGAACACAGACAGAATTATACGTGTAAGGATATACAATGTGGTTTACAATATGGAGTGATTAACAATAATAGTTGTTGTAACTTAACTAAATCTTTATTTACGCATGTAATTGATCTATATCATCCAGCCCCAAAACTCCCAGTTTCTAACAAACTCAAATACTTTCTATGTTTTTTTACCTCTACCTTTTTGGTGAAGCTGGCAGAGGAAGAGCCAACCATGGCCCGGTTAGTGAATCTTCCTGTGAAGACTGACTGAACAGAGCTGATGAAGCTGGACTTGCCGGCTCCGACAGGACCCAGCAGCAGAACCCGAGCCTCAGACAAAGCCTCAAAACCAGGCTTATAGGAACTGATAGACTCCATCAGGGTCTCCCTGCGACTGGGCAAACATTGGTCATTAACAATTAAATATAATTACATGGTGGATTGTTTAGTAGGCCTAGTTGGTGTACATAGGTAAGTGTGAGTGTATTGTTGTGATACCCTACTCACTCCTCAGTCCATGCCACCTCCCTCCATGGGGACTCCATCTTACTTTTCCACTGTTCTGCCCCTAGCAGGCCTAGAGTTGAGAGAGTATAGTGTAAGAGCAAACTAATGAAAATCATGAATTATCAGGTAAGTGTAGTCTACTGGAAAGTGGCAATGAGTCTCACAACACACAATAGGTGATTAAAGGTCTGGTGCAGCCAGTGTAGATTTCCCTGTTagactattaaaggcccagtgtagaTTTCCCTGTTagactattaaaggcccagtgtagaTTTCCCTGTTagactattaaaggcccagtgcagatTTCCCTGTTagactattaaaggcccagtgtagaTT

Function

NR:

description
interferon-induced protein 44-like isoform X2

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU18096 False 3473 lncRNA 0.47 2 16605104 16608677
TU18097 True 2710 lncRNA 0.57 3 16605104 16725738

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
LOC118941201 NA coding upstream 12137 16578956 ~ 16592967 (+)
LOC118941197 NA coding upstream 42920 16555492 ~ 16562184 (+)
LOC110491555 LOC106573918 coding upstream 116164 16479980 ~ 16488940 (+)
LOC110491417 LOC106573922 coding upstream 424122 16157932 ~ 16180982 (+)
LOC110490588 LOC106573927 coding upstream 629248 15922503 ~ 15975856 (+)
LOC118941434 NA coding downstream 4663 16730401 ~ 16751454 (+)
LOC100135798 LOC100135798 coding downstream 100282 16826020 ~ 16827539 (+)
ddx49 ddx49 coding downstream 149958 16875696 ~ 16885634 (+)
LOC110492606 LOC106573909 coding downstream 190744 16916482 ~ 16920945 (+)
LOC110492686 LOC106573907 coding downstream 207650 16933335 ~ 16935884 (+)
G15391 LOC106581772 non-coding upstream 92451 16512426 ~ 16512653 (+)
G15384 NA non-coding upstream 165069 16439823 ~ 16440035 (+)
G15372 NA non-coding upstream 186085 16418405 ~ 16419019 (+)
G15374 NA non-coding upstream 187676 16417221 ~ 16417428 (+)
G15368 NA non-coding upstream 197704 16406601 ~ 16407400 (+)
G15438 NA non-coding downstream 18110 16743848 ~ 16748780 (+)
G15502 NA non-coding downstream 37211 16762949 ~ 16763209 (+)
G15519 NA non-coding downstream 54601 16780339 ~ 16780597 (+)
G15536 NA non-coding downstream 70585 16796323 ~ 16796597 (+)
G15538 NA non-coding downstream 71574 16797312 ~ 16797600 (+)
LOC110490510 LOC106573976 other upstream 889422 15694810 ~ 15716774 (+)
sass6 sass6 other upstream 1137116 15447458 ~ 15468011 (+)
G13639 NA other upstream 1643101 14961554 ~ 14962003 (+)
G13434 NA other upstream 1792480 14811771 ~ 14812624 (+)
LOC110492876 LOC106613263 other downstream 237319 16962997 ~ 16967790 (+)
LOC110495874 LOC106573877 other downstream 928469 17654164 ~ 17673094 (+)
ccdc124 cc124 other downstream 1250226 17975918 ~ 17991176 (+)
G17420 NA other downstream 2156985 18882723 ~ 18956208 (+)

Expression


Co-expression Network