G90542


Basic Information

Item Value
gene id G90542
gene name NA
gene type non-coding
species rainbow trout (Oncorhynchus mykiss)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048565.1
NCBI id CM023219.2
chromosome length 95772356
location 80403515 ~ 80408049 (+)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome

Sequence

>TU99733
TGAAACAGGGTATCCCAAACTTTATTTTCTGTGTCAGAAGTGTACCATGTAGAGTAATCACAGTTAGTGTACTTCTTCCTATTAGTTGGTGTGCaacacaaagaaaaaaaacacagacatGAACAAAAATAAGACAAAATCATGATATTCTATCAATTATAAtcaataagacaaaacaaacagcaaacttAACCCTGTAAGAGAGACAGCAAGAACATGACAGATCGACAGGGTGAGCTTGAGAGAAAGTtaaagagggagaggcagggaatgCAAGAAGggaaaattagagagagagatattagaaCACTGAAAACTACAGGTCCATCTGGGCGGCGGGTGGGTGGTGCTAATCAGATGACACACATCAAGTACAGACAGACACTCaatagggacagagacagataggcatgtacagtaccagcctgccagcgagacagagaggcaggcacATACCAggtagacaagacagacagacagacagacagacagacagacagacagacagacagacagacagacagacagacagacagacagacagacagacagacatccatcTTGAGACAAAGAATGAAACCATCCCGAAGAAATTACACTTCTCAGGTATCAAAGACGAAACACTGCTCAGCacagcaggaacagagagagagagagcaaaacaaGCACTTAAGCAAACTACTTCTCCAAAAAGGCAATATTTGTCATTCTTGAGTTTAGTCAGGGTCTTAAAATAAATATGTAGAATTCTCTAAGATATGTGGAGGTATCAGACCTCTCTCTGTtaacactatacagtatatacatatgatctCTTCATGACAAAATAGCTTTTGGTGTACATAGTTCTCTCACACTGTCAAATAACACAACCAGCCATGTCATTATTAGCAAGCAGTGTCTTTTGTACAAATTCCCATGCAACTCCCTTAAGATACATACCTCTTTAAGTTCTCACCCTCCTTCAACAACAGCAGATATTGCCTTTTTTAACCGAATGTGCAATATTTAACTTCAAATAAAACATTCTActacatgagtgtgtgtggggggggggggggggggggggggttcagctCACAACCCATGTGACATGGAGATGCAGGGAACCGAGCTCGGGTGAGAGACCCGAAGCCCTATCACGTCCAAGTCCCCACTGGGATATAGTGGATGGGAGACCCGTTTAACCAACTGCCCCAATCCCCTTCCACACGGAGGTGAAGCCACACATACTGGAGACAGATTTGGGCAGCCAGTCGGGAACAGCCCAGGCAATTGGTAAAGTTGGGAACCAAGCTCGGGTAAGGGTGGGGACACAACAAGTCCAAATCTATACAACATTCAAACCTCCATCAACATCAACGAATGGGATACTGCTTATTATATACAGACATGTTATCATTCATGCACATTGTGAACAAGTAGCACATTAACATTCCAAAATATGGACATGGGGGGGGGGTaagaggatacagagagatgcTGCGCTGCACAGTCACGGTGTAGACACACACCATAGCGACACATGCTGGGCAGGAGAAGTCCTTGTGCTTCACTGCACCAGTACACAATGTATGGTATGGCTGTACTTCACATGttatttcttcttcttctttctcctcttcctcctcttttcaTTTGTAGTTGGATAACTTGATATTAGGGTTTGAGGTCTTTTTAAGTATTTAATTGTCATAGTAATGTTTTCAGGTCAGCGAAATGTAATATAATCCCGCAACAGCAGGGTCACCATCAGCATATAAGCACTGTCATCCTGTTCATTACAAACTCGGGAACCAGTGCAATGTTTTTCCTTCACATCGAAACATCCCACCCCACTCCATACAAAAAACATATAGAGCTACTCTAGAGCTTGATGCCACCACCTTCATAATTAACCAACAGCTACTGTAATAGAAACCCCCACACCCCACCATAGTAGAATGAACCTTAAAAACTCTTACCACAGTTGGTCATTCGTGAACAAGTTCACTTTAGACCAGGTAAGCAAGGGGACCCGCAGGAATTAACCCATCCCCATGAAATGTTAATGCTTTTATACAAATTTGTCATTAGAAATGTTCTGTTTTGGTTAAACAACAGCAAGACTTTTAGTACCGCAGAGGGATCTTTTTGGTGTTGTTAAGAAATGTCAGTGTGTTAGAAAACCCACTACTATTCTGGCTAAGCTGTTACTGGAGTTTCCATTAGAAATAGTTCCCTTTGGCAAAAGAGGAGTAAACTGCACTTGACTTCCATATTCAGTgcctccggaaagtattcagaccccttgaccttttacaCATGTTTTTCTTActctaaaataatgttttttaaaatcatcatcaatctacacacaataacctataatgacaaagcaaaaacaggttttgggAATTTTTTGCAactttattgaaaaaaaaaattgaaataccttattcagaccctttgctacgagacttgaaattgaactggtgcatcctgtctccattgatcatccttgatgtttctacaacttgattggagtccacctgtagtaaattcaattgattggacatgatttggaaaggtctaTATTCTCCCAGAGTTGACAGGGTAtggcagagcaaaaaccaagccaagaggtcgaaggaattgtccatagacctccgagacaggattgtgtcgagccacagatctggggaagggtaccaaaacatgtctgcaggcCTCCATTCTCcccattcttaaatagaagaagtttggatccaccaaggctcttcctagagctggtcacccggcaaaactgagcagtcgggggagAGGGGCctgggtcagggaggtgaccaaaaacccaatggtcactctgacagaactccagagaccctctgtggagatgggagaaccttccagaaggacaaccatctctgcagcactccaacaatcaggactttatggtagattggctagacggaagccactcctcaataaaaggcacgacagcctacttggaatttgccaaaaggcacctaaaggactctcaaaccatgagaaaccagattatctggtctgatgaagccaagattgaactctttggcctgaatgccaagcgaaACGTCTGgggaaaacctggcaccatccctacagtgaattATTGTGGGACTGGAACAAATGGAACAAattacagagatatccttgatgaaaatctacTTAAGAGTGTTCAGTTCCTCAGACATGGTttgcatacttatgtaaatgtgatatttcatatatttttgtaattgcatttgcaaaaatgtaattaaaaacaaCATTGTTTTCTTTGTcagtatgtggtattgtgtgtagattgatgaggaaaaaaactatttaatccattttagaataagcctgtaacgtatcaaaatgtggaaaaagtcaaggggtctgaatactttctaaacgCACTGTATGTACTTTAATCTAGAACCTTCTCGGGGCTGCAAATTCTGGGGTGAgaaatgacaaaaaaatacaaaatcttGCTATGTTTATAATTTTCTAAACCAAACTACAACTCTATGATTACTTCTACTTCATTATCACGCTACACATCAAGTATAAAACAAACTCAGTAGGAAACTCAGGGTATTCATCATACCTTTAACATAAACATTTTATTGAAGGTGTAAATATTGTGGACTGCCTTCATCTTCCACATATGAATTGATCTGTTTGTCTAAACTGGATGTGTCGTTTTGAATGTAAACCCTTATATCTCGAGACTGCCAGTAAGGTGGATTTAAATGATTGCATCATTAAGACAAAAGCTTTTTACCTCTGAAAAGAGAAAATACCCAGCCAATGTATTTCTCACCAGCTTCACTTTGAACTTCTGTAAAATGTCTCGATAGGGCTACTGCATTATAGAAACAGTTGAATCTACACTTCTGTCCACCATTACAATTGATGTTTTTATGTTCAAGATATTGTTTGATGGAATATAAATGAAGATGTGCAGCTcagtggagagagaagagcatGTGGGTTAAGTGTTGAGGGCAGGTTTAGGATAGGGGTGGGTTAAGTGTTGAGGGCAGGTTTAGGATAGGGGTGAGTTAAGTGTTGAGGGCAGGTTTAGGATAGGGGTGGGTTAAGGATAGGTGTGGGTTTAGGATAGGGGTGGGTTTAG
>TU99734
TGAAACAGGGTATCCCAAACTTTATTTTCTGTGTCAGAAGTGTACCATGTAGAGTAATCACAGTTAGTGTACTTCTTCCTATTAGTTGGTGTGCaacacaaagaaaaaaaacacagacatGAACAAAAATAAGACAAAATCATGATATTCTATCAATTATAAtcaataagacaaaacaaacagcaaacttAACCCTGTAAGAGAGACAGCAAGAACATGACAGATCGACAGGGTGAGCTTGAGAGAAAGTtaaagagggagaggcagggaatgCAAGAAGggaaaattagagagagagatattagaaCACTGAAAACTACAGGTCCATCTGGGCGGCGGGTGGGTGGTGCTAATCAGATGACACACATCAAGTACAGACAGACACTCaatagggacagagacagataggcatgtacagtaccagcctgccagcgagacagagaggcaggcacATACCAggtagacaagacagacagacagacagacagacagacagacagacagacagacagacagacagacatccatcTTGAGACAAAGAATGAAACCATCCCGAAGAAATTACACTTCTCAGGTATCAAAGACGAAACACTGCTCAGCacagcaggaacagagagagagagagcaaaacaaGCACTTAAGCAAACTACTTCTCCAAAAAGGCAATATTTGTCATTCTTGAGTTTAGTCAGGGTCTTAAAATAAATATGTAGAATTCTCTAAGATATGTGGAGGTATCAGACCTCTCTCTGTtaacactatacagtatatacatatgatctCTTCATGACAAAATAGCTTTTGGTGTACATAGTTCTCTCACACTGTCAAATAACACAACCAGCCATGTCATTATTAGCAAGCAGTGTCTTTTGTACAAATTCCCATGCAACTCCCTTAAGATACATACCTCTTTAAGTTCTCACCCTCCTTCAACAACAGCAGATATTGCCTTTTTTAACCGAATGTGCAATATTTAACTTCAAATAAAACATTCTActacatgagtgtgtgtggggggggggggggggggggggggttcagctCACAACCCATGTGACATGGAGATGCAGGGAACCGAGCTCGGGTGAGAGACCCGAAGCCCTATCACGTCCAAGTCCCCACTGGGATATAGTGGATGGGAGACCCGTTTAACCAACTGCCCCAATCCCCTTCCACACGGAGGTGAAGCCACACATACTGGAGACAGATTTGGGCAGCCAGTCGGGAACAGCCCAGGCAATTGGTAAAGTTGGGAACCAAGCTCGGGTAAGGGTGGGGACACAACAAGTCCAAATCTATACAACATTCAAACCTCCATCAACATCAACGAATGGGATACTGCTTATTATATACAGACATGTTATCATTCATGCACATTGTGAACAAGTAGCACATTAACATTCCAAAATATGGACATGGGGGGGGGGTaagaggatacagagagatgcTGCGCTGCACAGTCACGGTGTAGACACACACCATAGCGACACATGCTGGGCAGGAGAAGTCCTTGTGCTTCACTGCACCAGTACACAATGTATGGTATGGCTGTACTTCACATGttatttcttcttcttctttctcctcttcctcctcttttcaTTTGTAGTTGGATAACTTGATATTAGGGTTTGAGGTCTTTTTAAGTATTTAATTGTCATAGTAATGTTTTCAGGTCAGCGAAATGTAATATAATCCCGCAACAGCAGGGTCACCATCAGCATATAAGCACTGTCATCCTGTTCATTACAAACTCGGGAACCAGTGCAATGTTTTTCCTTCACATCGAAACATCCCACCCCACTCCATACAAAAAACATATAGAGCTACTCTAGAGCTTGATGCCACCACCTTCATAATTAACCAACAGCTACTGTAATAGAAACCCCCACACCCCACCATAGTAGAATGAACCTTAAAAACTCTTACCACAGTTGGTCATTCGTGAACAAGTTCACTTTAGACCAGGTAAGCAAGGGGACCCGCAGGAATTAACCCATCCCCATGAAATGTTAATGCTTTTATACAAATTTGTCATTAGAAATGTTCTGTTTTGGTTAAACAACAGCAAGACTTTTAGTACCGCAGAGGGATCTTTTTGGTGTTGTTAAGAAATGTCAGTGTGTTAGAAAACCCACTACTATTCTGGCTAAGCTGTTACTGGAGTTTCCATTAGAAATAGTTCCCTTTGGCAAAAGAGGAGTAAACTGCACTTGACTTCCATATTCAGTgcctccggaaagtattcagaccccttgaccttttacaCATGTTTTTCTTActctaaaataatgttttttaaaatcatcatcaatctacacacaataacctataatgacaaagcaaaaacaggttttgggAATTTTTTGCAactttattgaaaaaaaaaattgaaataccttattcagaccctttgctacgagacttgaaattgaactggtgcatcctgtctccattgatcatccttgatgtttctacaacttgattggagtccacctgtagtaaattcaattgattggacatgatttggaaaggtctaTATTCTCCCAGAGTTGACAGGGTAtggcagagcaaaaaccaagccaagaggtcgaaggaattgtccatagacctccgagacaggattgtgtcgagccacagatctggggaagggtaccaaaacatgtctgcaggcCTCCATTCTCcccattcttaaatagaagaagtttggatccaccaaggctcttcctagagctggtcacccggcaaaactgagcagtcgggggagAGGGGCctgggtcagggaggtgaccaaaaacccaatggtcactctgacagaactccagagaccctctgtggagatgggagaaccttccagaaggacaaccatctctgcagcactccaacaatcaggactttatggtagattggctagacggaagccactcctcaataaaaggcacgacagcctacttggaatttgccaaaaggcacctaaaggactctcaaaccatgagaaaccagattatctggtctgatgaagccaagattgaactctttggcctgaatgccaagcgaaACGTCTGgggaaaacctggcaccatccctacagtgaattATTGTGGGACTGGAACAAATGGAACAAattacagagatatccttgatgaaaatctacTTAAGAGTGTTCAGTTCCTCAGACATGGTttgcatacttatgtaaatgtgatatttcatatatttttgtaattgcatttgcaaaaatgtaattaaaaacaaCATTGTTTTCTTTGTcagtatgtggtattgtgtgtagattgatgaggaaaaaaactatttaatccattttagaataagcctgtaacgtatcaaaatgtggaaaaagtcaaggggtctgaatactttctaaacgCACTGTATGTACTTTAATCTAGAACCTTCTCGGGGCTGCAAATTCTGGGGTGAgaaatgacaaaaaaatacaaaatcttGCTATGTTTATAATTTTCTAAACCAAACTACAACTCTATGATTACTTCTACTTCATTATCACGCTACACATCAAGTATAAAACAAACTCAGTAGGAAACTCAGGGTATTCATCATACCTTTAACATAAACATTTTATTGAAGGTGTAAATATTGTGGACTGCCTTCATCTTCCACATATGAATTGATCTGTTTGTCTAAACTGGATGTGTCGTTTTGAATGTAAACCCTTATATCTCGAGACTGCCAGTAAGGTGGATTTAAATGATTGCATCATTAAGACAAAAGCTTTTTACCTCTGAAAAGAGAAAATACCCAGCCAATGTATTTCTCACCAGCTTCACTTTGAACTTCTGTAAAATGTCTCGATAGGGCTACTGCATTATAGAAACAGTTGAATCTACACTTCTGTCCACCATTACAATTGATGTTTTTATGTTCAAGATATTGTTTGATGGAATATAAATGAAGATGTGCAGCTcagtggagagagaagagcatGTGGGTTAAGTGTTGAGGGCAGGTTTAGGATAGGGGTGGGTTAAGTGTTGAGGGCAGGTTTAGGATAGGGGTGGGTTAAGGATAGGTGTGGGTTTAGGATAGGGGTGGGTTTAGGATAGGGGTGGGTTTAGTGTTGAGGGCAGGTTTAGGATAGGGGTGGGTTTAGGATAGGGGTGGGTTTAGGATAGGGGTGGGTTAAGGATAGGGGTGGGGTTAGGATAGGGGTGGGTTTAGGATAGGCGTGGGGTTAGGATAGGGGTGGGTTTAGGATAGGGGTGGGTTAAGGATAGGGGTGGGTTTAGGATAGGGGTGGGGTTAGGATAGGGGTGGGTTTAGGATAGGGGTGGGGTTAGGATAGGGGTGGGTTTAGGATAGGGGTGGGTTAAGGATAGGGGTGGGTTTAGGATAGGGGTGGGTTAAGGATAGGGGTGGGTTTAGGATAG

Function

NR:

description
Putative transposase

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU99733 False 4150 lncRNA 0.41 2 80403515 80407720
TU99734 True 4412 lncRNA 0.42 3 80403515 80408049

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
LOC110530352 LOC106577159 coding upstream 17102 80383566 ~ 80386413 (+)
LOC110530346 LOC106577158 coding upstream 39489 80359816 ~ 80364026 (+)
arhgef33 LOC106577154 coding upstream 139781 80248099 ~ 80267460 (+)
slc29a1a LOC106577101 coding upstream 369738 79956334 ~ 80033777 (+)
vip LOC106577104 coding upstream 474606 79924696 ~ 79928909 (+)
LOC110532748 LOC106577167 coding downstream 606656 81014705 ~ 81056605 (+)
LOC110530417 LOC106577168 coding downstream 648946 81056995 ~ 81078956 (+)
zcchc24 LOC106577169 coding downstream 675985 81084034 ~ 81175099 (+)
LOC118966718 NA coding downstream 923497 81331546 ~ 81332112 (+)
ipyr ipyr coding downstream 1212171 81620220 ~ 81635022 (+)
G90528 NA non-coding upstream 45915 80357379 ~ 80357600 (+)
G90527 NA non-coding upstream 47791 80355319 ~ 80355724 (+)
G90446 NA non-coding upstream 185463 80217712 ~ 80218052 (+)
G90055 NA non-coding upstream 225440 80177604 ~ 80178075 (+)
G90556 NA non-coding downstream 28833 80436882 ~ 80439031 (+)
G90671 NA non-coding downstream 245856 80653905 ~ 80757902 (+)
G90724 NA non-coding downstream 320474 80728523 ~ 80754315 (+)
G91051 NA non-coding downstream 349946 80757995 ~ 80758220 (+)
G91068 NA non-coding downstream 360823 80768872 ~ 80769195 (+)
acoxl acoxl other upstream 638156 79720751 ~ 79765359 (+)
G89667 NA other upstream 853864 79549017 ~ 79549651 (+)
G87159 NA other upstream 2833045 77570015 ~ 77570470 (+)
G86614 NA other upstream 3279088 77123935 ~ 77124427 (+)
G86019 NA other upstream 3767579 76631745 ~ 76635936 (+)
G91064 NA other downstream 357065 80765114 ~ 80766155 (+)
G91541 LOC106591086 other downstream 1130282 81538331 ~ 81541400 (+)
G91779 NA other downstream 1469490 81877539 ~ 81879178 (+)
LOC110530526 LOC106577204 other downstream 1498083 81906132 ~ 81907399 (+)
LOC110530572 LOC106577202 other downstream 1720595 82128619 ~ 82163498 (+)

Expression


Co-expression Network