XLOC_020346 (gatad2ab)


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_020346
gene name gatad2ab
gene type coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007133.7
NCBI id CM002906.2
chromosome length 39133080
location 18315490 ~ 18387919 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00040388
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Function

symbol description
gatad2ab Predicted to enable sequence-specific DNA binding activity and zinc ion binding activity. Predicted to be involved in negative regulation of transcription by RNA polymerase II. Predicted to act upstream of or within regulation of transcription, DNA-templated. Predicted to be located in nucleus. Predicted to be part of NuRD complex. Orthologous to human GATAD2A (GATA zinc finger domain containing 2A).

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GO:0046872 metal ion binding molecular_function
GO:0003676 nucleic acid binding molecular_function
GO:0003677 DNA binding molecular_function
GO:0008270 zinc ion binding molecular_function

KEGG: NA

ZFIN:

id description
ZDB-GENE-040426-2372 Predicted to enable sequence-specific DNA binding activity and zinc ion binding activity. Predicted to be involved in negative regulation of transcription by RNA polymerase II. Predicted to act upstream of or within regulation of transcription, DNA-templated. Predicted to be located in nucleus. Predicted to be part of NuRD complex. Orthologous to human GATAD2A (GATA zinc finger domain containing 2A).

Ensembl:

ensembl_id ENSDARG00000006192

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00040388 False 7868 mRNA 0.42 11 18315490 18387919
TCONS_00040389 False 897 mRNA 0.49 4 18316144 18371115
TCONS_00040391 False 7390 mRNA 0.43 12 18319230 18387919
TCONS_00040390 False 7373 mRNA 0.43 11 18319230 18387919
TCONS_00040392 False 2153 mRNA 0.54 11 18319666 18383156
TCONS_00040393 True 6909 mRNA 0.43 11 18349794 18387919

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_020344 NA coding upstream 11202 18243758 ~ 18304288 (+)
XLOC_020345 NA coding upstream 23693 18291474 ~ 18291797 (+)
XLOC_020343 mef2b coding upstream 99002 18187857 ~ 18216488 (+)
XLOC_020342 borcs8 coding upstream 140112 18166599 ~ 18175378 (+)
XLOC_020341 nr2c2ap coding upstream 155221 18156000 ~ 18160269 (+)
XLOC_020347 yjefn3 coding downstream 1352 18389271 ~ 18464654 (+)
XLOC_020348 cilp2 coding downstream 81085 18469004 ~ 18485470 (+)
XLOC_020349 BX649279.1 coding downstream 109840 18497759 ~ 18498645 (+)
XLOC_020350 si:ch211-212d10.1 coding downstream 142476 18530395 ~ 18537415 (+)
XLOC_020351 NA coding downstream 172424 18560343 ~ 18596258 (+)
XLOC_020339 BX908731.2 non-coding upstream 490917 17824459 ~ 17824573 (+)
XLOC_020324 NA non-coding upstream 1504129 16810284 ~ 16811361 (+)
XLOC_020322 BX322568.1 non-coding upstream 1676065 16639310 ~ 16639425 (+)
XLOC_020360 BX927243.1 non-coding downstream 849112 19237031 ~ 19238226 (+)
XLOC_020380 BX510913.2 non-coding downstream 1383779 19771698 ~ 19771812 (+)
XLOC_020381 BX510913.3 non-coding downstream 1405200 19793119 ~ 19793233 (+)
XLOC_020382 NA non-coding downstream 1451356 19839275 ~ 19839592 (+)

Expression


Co-expression Network