XLOC_020414


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_020414
gene name NA
gene type non-coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007133.7
NCBI id CM002906.2
chromosome length 39133080
location 21789096 ~ 21797741 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00042140
TCTTTGCTATATAAGCAAAATTACTGAATTAAGACAAAGGAGCCAGAGAAAAGtttagatggcacttagaggtttttgcatctaatcttttcatatacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacagacagacagacagacagacagacagacagacagacagagagacagacacacacacacacacacacacacacatttttttgcacttttacttcataaaacaaaacatgttaatgtagaggacaaaaaaaaaaaaatcacaaccaAAATAAAACCACGGCCATTTTCTACATcgatttgattgattttatttgtaagGCACCAGAAGCATTTCCTTACTGCAGAAATTTCCATTTATGTATAGTAAATGTTTATGTACTTTGTCTGTTTTTAATATGGAATGAAGCTATTTTATAACACAATTATTTTGCACTGTAGGTTGTACAATATACATAAAAATCAGGAGCttaaaaaacaaaccaataaCAAAAAAGACTTTATAAAGCACAGAAGGCTTACAATGCTTTTAACAAATGGCAAAAAGGCAAGCAATGAAGTCTAGGGAGAAGGAAGTGGCAGAAAGAAAGGAGGATTTTCGGCGACAACCTGTTCTTAAGTGCCTCTAAAACACAGACGTGTTCAAGACTGACACAAAAGCATCTGTTTGCACATAAAGCTTCAGCTCTATGAATGatgtacacatacagtacacctgcggcctgcttttaaaaacacttcgCATTCGGCTCGATACGATTTTCGTTTACACAGCGACCACTACTATTTGTTTAGTTAAAAAAGTAAACTAAATAGATTTGAGCTAGCCATGATAATACATCCTGACACTTCTTTCATAAATACACAGaaaattatttgattttgaaAGCACTAAGATGTTATTAGTTGGCTTTAGTGATGTTTTCTTATGTTGGCACAGCCATAAGTTAAAACCGCGAATTAAGACGAGACACGGCAGGCTAAAACTCATGAACCTGGCACATTCTTACAGCAATATTTTAAGTTAACATCCAAACGTGTATGTTTCTTTTACTGCACGTTATCAATTTGTGTCTGAAATTTTCTAAAGGCTTTcaaagggaaaaaataataatcacattttaaacCCGACTACACCTAATATTACGATTTTTGTGCTAGAAGTGTATGCAAATTGATGCCTATCGAATTCAATACgtcctcatttgcatatttaagcataaaataaaacttgtaatCTACGAAACGTCCAACTGGGGAAGTATGATGATAAATATTCACTCACTTTTTACCCTGTTGACCTGCGGTGTCTTGCCTTAAGGCCTTCCTTAACATGCGAatcagcttcactcctgaattcGATATGGTTTGAAATCTATTAGCGTCATTAAAAGCAACATTCAAATAAACAGAATATGAAACATCCAAACAATgacaatgctaaaaaaaaaagccagatctAGTTTTCATTTACAGATTACATCGAACAGAAAGACGGTTGAGGGGCAAGGGGGATAGGTAGGGGGAATGGAGTGGTGTACTTTGGCATAAAAATGCATCACAATCTATGCCTACAATACTGCTATAGCTCCAAATTATGGGTTCACTTCGTCTTCTGACTGAATAAATGTTATACTGATTCATTTTTTGGGCACATCAGATTAGCATACTTCATATAAACCAACAAGGGGCGCATAAATGCCACAACTCCAGACTCAAGTGACCCTCAGGATATAAGTGTGGACTTGCTATGGACTTACTGCCCCCTCTTGGTTAAATCTCTTACTACAACATGACACTGCGAGACTGAATATACACAAAGATGAACATTTTATATCATAGCCTTTACCTTAAATCAAGAAATGTCCCTTGGTAAAATTATCCATGGTTTTATTATAGTAACAGTGTAGTAACTTTGCTTTTTGGCTAAGTGATTACGATTTGGAGAACATGTTTTACTTCAAATCCCATGGTTAACCAGTGGTTGATGAAGCAAAACCATGTTTAATCTGCATCcatcatgttttaactacaaaaATGATGTAGAATTGTGTTTGTAAGGAATTAATGACAGCTAAATCATGGTTAAAGTTGTGGTTAGCATGATTTAACTACAGTTTTTTTGGATTAATTTGTGGTAAAACCATGGTTCATTCTCCTAAGGGTGTTCCTGTAGTGCCATCAAAACAATGAAGGTGCTTTCTCAAATACCATTTTCTTACAACTGACCTTCTTAACACAGTGTCTACACCAAAAACACACACTATAAAACAGTGAAGCTACACTCACAAACTCCAAGTGCTAATGACATGGAGGACAGATTCCATTCATTGCCGTGCAACACACCCAAGATATCGAATTTGGTGTAGACACGGTGtaagaaaaactaaatttttaaacGACTTTCACTATGTAGACAATcaacattacaataaaaaaaagaccaATAATATCATCTTTTAAACAGCGTCCCTTTTCACTTGGTGAGCAGGTTAGCAAGCATCTCAGAGGATTCATCTAATACTCTCTAAGACAGCacaacaaacacattaaaaatcaGGCAGATGGGTGGATAGATATACAGTACGCCGAAGTGCCGTGTAGAAAAATTTTCTTTCTGTTTCAACACTATTCATCAAGTTTCATTAAGcacttttaaagggacagtttaatTAAAAATGGTAACGGTGTGATTTACTCACATTCACGTTGTCTATAATCTGTTTAGCATACTGTACTTTTGTatgtactgtaaaaaacaaaaggagatgttttgaGGAATTTCCAAGCTGTTCTTTTCTATTTACAATGAACCGCGGACATAGCTATATGGCAAATTATTCTAATAACAGATTGAGTTTCTCTGCTTTCAAAACATTTgggacatacagtgctcagcaaaaatGAGGGGAACCTTTACAGATCTCCTTTTAAAATGCATGCTTTCTATTGGATACTTTACAACACATTTATGTTTTTGcacagattagtcagtaccagaaccaaatcagaaactaatcTAACAACATCATttaatcaacacaaataaatacaccCCAATGAATATGTTAggataaagtataaaataaactCTTATTAAAGGGGggaaatacacattacattgattttaaatgttttcatttgtaatatttttgtacaacatctcaaaaaatgaaTTATCTTTCTATTATTAAAGCTGTCAGGCGACTAAACTCTTATGTTAATGAATAAAACAGttgaataaatcagttttgtgttCTCTATTAACTAAGAAATGGatggaaaatattatttttaaagaggGTGTACTTATTTAAACTTTCTGCTGTATGAGTTATATTTGTGATGTTTTTAATGGCACTTTATTCTTTTAAAAGCTTGATGGCTTTGTTCCCGATTTACTTCAACTCTGTGCAAAAGAGCAGCTTGAACATTTTTAGAAATCTCTTTTTGTTTCCTGTAGCAGCCTTATCAGTGTTTTTTTCCATTACTTCCATAATTCtgttaattaattgaattgagaAATTTTTTTCATACAATGGAATGCAATGGTGAATGATCACAACTTGCAAGCAACATTTTCTATGACGATTAACAACTTACAttctatattaatattaatatagatgattaattaactaattaattaattaaacagtttCCGATGGCTTATGCTACATGTTATGTTACCATGTTTTGGACTATGGTACAGGAGTCATATTGACTACGTTTTTGATGCTTTTCTTGTGTTTTTGAAGCTTAACAGCTTTTATCCCCATTTACTTCAGTTGTATGAAAAAGAGCAGAGCAAGCATTCTTTGAAACATCTCCTTTTGTTTTTCCACAGAAGTCAGGCAGTCAAACGAGTTTGAAACTACACCACAATTCAATAATTTACTCACACCACACACACGTTGTTCTAAACCCATAAAAAGTATTCAGAGTAGTATCCAAGCAACTTTTTCAATAAAATGAAAGTGACTATATTAAATGTCAAAAATGATCACACAATTTGCTTATAGGTATAGTTCATCTaaaattttttaatccatttaataatgcttcatttttttaaaaacatttatttgattttttttttatcttctcgtaagcacaaaagaagatattttgaagaatgctggtagctggcacccattgacttccacaatatttttttcatactacagaaAATATACAAGTGCTCTCTTAAATATCCACAGGTGTCAAGCACAACAATGATGCAGAAAAATCAGTCAAAATGTGTTTCTGTATACACAGCCTGTCACAAACTAATTCACATGCATTTGCATAAACATGGCCTACTGTATAAGCCTGTGTATGCACCCGC

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00042140 True 4395 lncRNA 0.34 2 21789096 21797741

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_020413 NA coding upstream 1448 21786779 ~ 21787648 (+)
XLOC_020412 NA coding upstream 22257 21669165 ~ 21766839 (+)
XLOC_020411 tle2a coding upstream 121264 21618121 ~ 21667832 (+)
XLOC_020410 plpp2b coding upstream 204426 21549419 ~ 21584670 (+)
XLOC_020409 mier2 coding upstream 241239 21516689 ~ 21547857 (+)
XLOC_020415 NA coding downstream 25218 21822959 ~ 21823227 (+)
XLOC_020416 NA coding downstream 50545 21848286 ~ 21852131 (+)
XLOC_020417 BX649295.2 coding downstream 92081 21889822 ~ 21911948 (+)
XLOC_020418 gna15.4 coding downstream 153097 21950838 ~ 21957192 (+)
XLOC_020419 si:ch211-207c7.2 coding downstream 167407 21965148 ~ 21968364 (+)
XLOC_020403 NA non-coding upstream 647977 21134709 ~ 21141119 (+)
XLOC_020402 CU693455.2 non-coding upstream 695131 21093851 ~ 21093965 (+)
XLOC_020399 NA non-coding upstream 1215136 20571834 ~ 20573960 (+)
XLOC_020427 NA non-coding downstream 680523 22478264 ~ 22629319 (+)
XLOC_020428 NA non-coding downstream 923481 22721222 ~ 22723937 (+)
XLOC_020429 CABZ01039424.1 non-coding downstream 1042817 22840558 ~ 22840675 (+)

Expression


Co-expression Network