G98643


Basic Information

Item Value
gene id G98643
gene name NA
gene type non-coding
species rainbow trout (Oncorhynchus mykiss)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048565.1
NCBI id CM023219.2
chromosome length 95772356
location 88646841 ~ 88649766 (-)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome

Sequence

>TU109285
TTTCCTTCACCACAAGCTTACAGCTGTGTGTTCAAGCTGGCACTTAGCTGCATGCTCAGACACCCATGAGTGACAAGCAACAGACTGcattgttttgttgtgtttttcCAGCTTGGCTCAGAGGGAAAATCCATCCATGCACTTGACTGTTTTTGGAACACAGGCAGCAAGACATTAGAattggaaagaaagaaagaggggaagaggggggtatATCTGTGAGGGTTATCCTATCTAGCCTTGAAAACTAACAAACACAGCATCTTCATCTCTTTTAGAataccatctctctatccctccatctttatactcccctcctctattcctctttctctttctcctcctctcttcctctctctccttctcctcctctcttccagccTCTTCatactcccctcctctcttcctctctctccttctcttcctctcttcctctctccttctcctctattcctctctctccttctcctcctctcttcctctctctccttctcctcctctcttcctttctctccttctcctcctctcttcctctctctcattctcctcctctcttcctctctctccttcttctcctctcttcctctctctccttctcctcctctcttccagccTCTTCatactcccctcctctcttcctcgctctccttctcctcctctcttcctctctcgccttctcctctcttcctctctctccttcttctcctctcttcctctctctccttctcctcctctcttccagccTCTTCatactcccctcctctcttcctctctcttcttctcctcctctcttcctctctccttctcctcctctcctcctctctctccttctcctcctctcttcctctctccttctcctcctctcttcctctctctccttctcctcctctcttcctctctcgccttctcctcctctcttcctccctccttctcctcctctcttcctctctctccttctcctcctctcttcctccctccttctcctcctctcttccagccTCTTCatactcccctcctctcttcttttcctcTTTTCTCACATTTTTTCTCCTACCTCCTACCCGGTCCCTGTtgtatccctctctttctactctgtctcctacctcctacctggtccctgttgtatccctccctttctactctgtctcctacctcctacctggtccctgttgtatccctccctttctactctgtctcctacctcctacctggtccctgttgtatcccttcctttctactctgtctcctacctcctacctggtccctgttgtatccctccctttctactctgtctcctacctcctacctggtccctgttgtatccctctctttctactctgtctcctacctcctacctggtccctgttgtatccctctcttcctactctgtctcctacctcctacctggtccctgttgtatccctctcttcctactctgtctcctacctcctacctGGTCCCTGTTGTATCCATCTCTTTctactctgtctcctacctcctacctggtccctgttgtatccctctctttctactctgtctcctacctcctacccggtccctgttgtatccctctctttctactctgtctcctacctcctacctggtccctgttgtatccctctctttctactctgtctcctacctcgtccctgttgtatccctccctttctactctgtctcctacctcctacctggtccctgttgtatccctccctttctactctgtctcctacctcctacccggtccctgttgtatccctctctttctactctgtctcctacctcctacccggtccctgttgtatccctccctttctactctgtctcctacctcctaccCGGTCCCTGTTGTATCCCTCCCTTTCTACTGtgtctcctacctcctacctcctacctggtccctgttgtatccctctctttctactctgtctcctacctcctacccggtccctgttgtatccctctcttcctactctgtctcctacctcctacctGGTCCCTGTTGTATCCCTCCCTTTCTActgtctcctacctcctacctcctacccggtccctgttgtatccctctcttcctactctgtctcctacctcctacctggtccctgttgtatccctccctttctactctgtctcctacctcctacctcctATCTCCTACCCGGTCCCTGTTGTATCCCTCCCTTTctactctgtctcctacctcctacccggtccctgttgtatccctctctttctactctgtctcctacccggtccctgttgtatccctccctttctactctgtctcctacctcctacccggtccctgttgtatccctctctttctactctgtctcctacccggtccctgttgtatccctctctttctactctgtctcctacctcctacctggtccctgttgtatccctctctttctactctgtctcctacctcctacccggtccctgttgtatccctctctttctactctgtctcctacccggtccctgttgtatccctctctttctactctgtctcctacctcctacccggtccctgttgtatccctctctttctgctctgtCTCCTACCCGGTCCCTGTTGTATCCCTCCCTTTctactctgtctcctacctcctacctggtccctgttgtatccctctctttctactctgtctcctacctcctacctcctacctggtccctgttgtatccctccctttctactctgtctcctacctcctacccggtccctgtt

Function

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU109285 True 2737 lncRNA 0.52 3 88646841 88649766

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
LOC118936686 LOC106594327 coding downstream 375861 88236581 ~ 88270980 (-)
LOC118966058 NA coding downstream 412571 88231941 ~ 88234672 (-)
LOC118966057 NA coding downstream 416499 88224741 ~ 88230342 (-)
papolg papolg coding downstream 444683 88178952 ~ 88202158 (-)
LOC118966733 NA coding downstream 482230 88159117 ~ 88164611 (-)
LOC118966063 NA coding upstream 65107 88714598 ~ 88715755 (-)
LOC118966064 NA coding upstream 66552 88716318 ~ 88717077 (-)
LOC118966065 NA coding upstream 128551 88757265 ~ 88782119 (-)
ghitm LOC100136239 coding upstream 573384 89223150 ~ 89270371 (-)
fbxl15 fbx37 coding upstream 1148146 89797912 ~ 89803793 (-)
G98610 NA non-coding downstream 3406 88638341 ~ 88643435 (-)
G98642 NA non-coding downstream 15809 88627939 ~ 88631032 (-)
G98601 NA non-coding downstream 131998 88514514 ~ 88514843 (-)
G98599 NA non-coding downstream 141126 88505233 ~ 88505715 (-)
G98598 NA non-coding downstream 141672 88504780 ~ 88505169 (-)
G98644 NA non-coding upstream 909 88650675 ~ 88651417 (-)
G98656 NA non-coding upstream 25267 88675033 ~ 88675369 (-)
G98646 NA non-coding upstream 46501 88696267 ~ 88697751 (-)
G98675 NA non-coding upstream 59215 88708981 ~ 88711103 (-)
G98616 NA other downstream 2774 88551974 ~ 88644067 (-)
G98549 NA other downstream 332145 88314276 ~ 88314696 (-)
G98510 NA other downstream 426037 88218829 ~ 88220804 (-)
pex13 LOC106592834 other downstream 581927 88054545 ~ 88065123 (-)
LOC110531505 LOC106597820 other downstream 730941 87911053 ~ 87919678 (-)
G98878 NA other upstream 426081 89075847 ~ 89076238 (-)
G99035 NA other upstream 637448 89287214 ~ 89290056 (-)
G99595 NA other upstream 1307626 89957392 ~ 89957916 (-)

Expression


Co-expression Network