XLOC_020435


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_020435
gene name NA
gene type non-coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007133.7
NCBI id CM002906.2
chromosome length 39133080
location 23484437 ~ 23489879 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00042145
GGCGTATTGTTCTCCAACTGTTACTATAACTTCAGACATGCACCGTTATTAAATTACTATACAATACGGAGGTATTTAAGATGTGAAAATTGACTATAGATAAAGACGTAACTTCAGCCATGGTGGTTCGAAGAGAAACTTGCTAGTTTTGTAGATATTTGAACATAACTACCCCTCCTCATTACTGACTAGCAAGATCAAACTCATAGTTTAGTTACAGAAAAGTTTACCGTTGTCCTTTGTTTCACTCATTCATATCAGCTGTGGCTGTGGCCTTCAAAGCTTTACTGCCGCAACAAACAGGAAGCGGTCATTAGATCCAGCACTTGTTTCTTTAGTGGCTGGTGAATTGTTTGGGCTGTTGGGCAGAGTGATTTAGGACACGTGCCATGCTGTCGGACACTTTAATGACTCTCCTCACCCCTCCGCTGTGGTAACGATATGGCTGTAAAAGCGTTCAGAGTTTTAGGACCTCTGTCTCGAATCAAGCTAGACTTCTCTCTGTGTCGCGGTTAGGCTCAAAGCTGTCCTGGAAAAACTATATGCCAACAAATCAAAGCTATGCAAAGTCCCAGTCAGTGTTAGTGTAGAACTTCTAATGCATATGATTTACTGGTTTAGAGGGATCAGGGAATCCAAATAAGAGTAGTTAGGGTCTATTGTAACACTGTCGAAACTAAAGGTACGTGTATTTAAAAAGTGTGAGTTATTATTGTATGACATGAAATGCAGGTTGGTgccactttttattttatttttaaattagtttttttgttttttccacaTTGCTATATGGTATTTTATGTAAATGGGAGGTCGCAATTACGTGTACGGTATTAACAATCAACTTAAGGGAATTTCAGAAATGAAATGTACCCCCATAATGTATTTAAGTGTAAGGTTGTGCCTTAATTGAGTTCATCTGCTTCTTTTTCACATACAGCCTCTTTTAGACTATTGTCCAAACCTGTCTATAACAGTTTATACTATTGGCGATAACAGTAATGGTAGCAATACAGATTCTCATTTGACGGCCAATCAGAAACCAGACTATCTAACTTTAAAAGTGCCATGGAGTGCATCGATTGTTAAAATGTTCGAATCCGTTTACGTaccccttatatacatttctggagagtgcaaaatacTTCCTatgagctacgtttttttttttgcagtttttgtttttgcaaatccaacagaggccgctgtgtatgcttttgcagatctcaaatttctctcgcgagtgccaatcatgcctgctcttctcacttCTATCCATCAGAgactgctgtcaactgactaactgactgaccaaccgaccgatccCTCCTCCttcgctaaacccaaccaatattgttttaaaaatcacagaTTGAACTGCACACCCTCTTCCCTGAACTCAATCGCAAGATTttgaaatgcaatccaaaaacaGAAAAGCacactgatttttaccacgttttcagattgtACCACATTctcaaaagtttattttagttagaaagagtaaataaaatatgaaagttTGCCTTAATTACTCTTAATTATAGTCATACTCAACAAAAGGAGTCGACAGATATATATGCAAAGTATGTGTTTTGTGGTTTTAACTTCTATGAAAACAGGTAGGAATTAAATATCAACCTCCTCATAGATATACAAGTTTAGAAgtttattatcatccttttatttgataaaaatgaCAGATAGCTGAGTGAGATGACACgatgcataaatgtgcattatttttcaGCAGTCTACAtttgtttgttgcctcattacaaacaaatGTGCAAATTTCATAATATACGCATTAAGCTAACAAAGGATAGAGTCAAACAGACCTTATGCCTTTCTAACGAGCTGTTATGAAGAGATGCTCCATGCCTGGTTGCATTACCTGAAAGCTTCATCAATAAAtgaccatttttaaaataagaatccCACGCGCATAGTAATTCTAATGCAAGCTTagataaactttaaaaatgtgttcttgTTTTAATCTTATTAGGAAATGTTGTGGCCTATCAAATGCTGCTAGGGGTGTGCATATTGGTTCCGATTGGCCTGTTTTTGACCAGGATTTTACACACGGGATTTAGATGAGAacaaggaaacaatggtgtttcaGGCCAACGTTATGCAATTTTCATgtactgaactttttttttttatacagctaTACCTCGCTAAATCCAGATttgcattctatggcacctttaaagaaTTTGAGTATTTAAAGTGAAAGTACAGAGCTGCAGAGTGATCTTGTTTTAACAACACACTAATATCTGAAGTTACCATTATAGTTATTGTTTTTAGCATGAATGTACCTTAACTTATGTAGGGAATCTTGTGCATGAGGAAACCCTATTGATAAAAGTACGGTCACATTAGTAATAATTCAGATAAAtttagagggaaaaaaaaaaaaaaacaggtcgacAGTATTGCAGTCCATCAACCTAAACCCAATGCAAACTTTTTACACTCTCACACAGAATTGAAATGCCTGGAATTTGCatgaataagaataatataatcaCAACCGGTTTAGGTTTTGGAGCAGAGCTTGAACGTTTCACAGGTACTTTAGTAGTCATTTAGATtctttagttcagttcatttgaTCTgaatcaaaaagaaaatgatagaTTAGGTACAGGGCCCTGCACATGACATGCAAAAAAAGGATAAATCATGGGCataatttctttaataattcCCTCAGTTTATTAGAGCATGAGTacgatttattcatttgttccctTGATTTACTAAATCATGTGCACAGTTTAATATTTTGTGTCCGCATTCTAGGTAAATCGTGCACAAAATGATAATCATTGCCTTTATTAAACAGAATTCCTaatgctatactatactataacatGAAGTATAATACACGAACAAGAAGTACACCCAAGTTTATTATTTCATACACACGACTTACCTTGAACGAAGGTGTGAAGGCCACACATAACTTCAACCGACGGAACGGTAGTCCCATatggaatctgcgtgcgcagaaatACAATATTTCCACAGATTTTGAGGCCATCATTgggtctatttatttacttgtgtaaatgtgtgtaaatttatatttattcagtttttaaaataatttcagtaataatattaactaaaatgaaaatgttcattaaataattttttatgatACAGTTTTtgtaaagtcattttttttcttttagttgaTATATTATACGATAGACTATAAacgtggatctaattggatttgcattataaacattaaataaatattccaAAAAATCATTCCTCctcataaatccacagatttttttttctttttataaaattatgcacagaaatagcaaaaaacgtccgcagattatGTCTGGCCCTACTGATCGATCTtgcataaattgtttacaacaagGGAATGAATGAGTGTATCAAGTGCACAATTTAATAAATCAAGGGAACTAATTAAAAAATTGTCGACGCACTTTTGTAAATTAAGAgatcaaattaaaatattgtctacTCTAGTAGAGCAAGGGAACAAATTACTAAACTGCAccctaaatttatttttttcttgtcatgTGTGGAGGCTCTGCAATTTAGCTCTGGTTTGCTTAGCATCCACAAAATCAAGTGGATTTTGTTGCATTTGTTTTCAAAACTTGACAAGCATCCGAAACAATCCATACTTGTTGAATGTGTGAATACAGCATGGTGTTTTAATCATCTGGGATAAAACTCATGAAGATCTAATAAGTCAAAACAAAACCTGGAATTTCTCTGTCACGCGCTTTAATGAAGATTACACCTTTATTGAACTGTATTGGCCAATGTTGTGacgaggagaaaaaaaaaaagctatctaTTCTTTTATGATCACATTTAGAGACACAATGTCCtgtttttggtccatttagaTATTTTTGGTCCATGTTGGATTCGTTTTAATTCAGTTTCTGGAAGTTAACTGAGACCCAGCTTCTCAGTGCGCTTGGTACAGTTGCTTTGTTCGGATGGCAGTGTTTAAATTTATTCAACTAAACCACACTCACAGAGCAATCACACAAAAACAAATTAGTTTTAACCAAACATAGGCTTCCttagtgtgtatatatagatataggtACTTGTTTTAAAACCACCCGGAAATACTGAATGTCAGAAAACTTTACCTATACTAATCTGTCTGTAGCAGGGGTgtttaaactcggtcctggagaaccggtgtcctgcaaagtttacgtccaaccccaatcagacacacctgggctagctaattaggcacttactaggctttctggaaacatccatgcaggtgtgttgagacaagttagagctaaaatcgtCAGGAAATAGGCCcttcaggacagagtttgggcaccccttgtTTATAGGTTTGtggataataataaaaccattactCGGTACAAAACCACTCAAGCAGGATCTCAGAAAGACCACATGCTATCAAGTTgtacattttcactgtatgtttATTGTAGTTGTTCATTTTAATACTGTGTATTTGGAAAACATGTACGGTTTGCATCATTGTTGTCAATCATGTCTTAAGTGTGTTTTGAATGACTTCATGTCTTAATAATGTAACGACTGAAAATTCTGATTAGCTAGAATTTTGCCTTGCGAAGATTTTTAACCCATTTTCTTTCTGATTTTTTGTTGCTAATTAGGAAAGTAaactttatttgatttaatataattGTAGCATTATTTTGGGATCTGGTCATAGTTAACGTTGCCGTAGAAACTACCAAGTGTTTTTGAAAAGGTGTACTtcaaaatgtcattatttttgcAAGTTCACTCTTTCAccagttacttttttttaaatccaaacaCTACTTGAAACTAGACGGTAACCATATAAATTGAGGAAAGAAAATGCTACccaaatttattttttgttcaatctTTGCTGTTTACATAGGCTCGTTATTGACGTGCGTTTCTGTTGTGTAGTTAGTATTTTTTTTGTGCTGCTGGGAATCCTTTTAAAGATGCATGTGCACACTTGGCCATTCACTTTTTTACTTTATAGTATTGCGACGCTCTTCGTTTTTTGATCTGTTTCTTTTTCGTAAGTTGACTATAGAGCTGCTGTAGCTGAATCACTGGACTCTCCAAACTGCGCTTTTGAATGTTCAACACAATGTTTTCGTTACACATATAATCTTTTACTCACCATTCGTGCTTGATTTTTCTTGAATGTTCTTCGGTACAGTTTAGTTTGTGGTGGTTGAAGTGCTTTGGAGTGAGTGAAGCTGGATGGTTGAACTCCACCGCATGCTCTCAGTGCAgttattttgttttcaagtgcaaaTTAGGTCAGTCTGGTGTGTTATTACAGGAACTACTGGTACCACTGTATGCACTGTGAactcaaataaattatatatatgtcCTTACA

Function

GO:

id name namespace
GO:0044421 obsolete extracellular region part cellular_component
GO:0005576 extracellular region cellular_component
GO:1901681 sulfur compound binding molecular_function

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00042145 True 5443 lncRNA 0.35 1 23484437 23489879

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_020433 dennd1b coding upstream 4448 23359369 ~ 23479989 (+)
XLOC_020434 NA coding upstream 99981 23384198 ~ 23384456 (+)
XLOC_020432 NA coding upstream 221392 23228710 ~ 23263045 (+)
XLOC_020431 BX469928.1 coding upstream 388633 23095688 ~ 23095804 (+)
XLOC_020430 BX936380.1 coding upstream 528588 22955732 ~ 22955849 (+)
XLOC_020436 CR388178.2 coding downstream 2447 23492326 ~ 23493332 (+)
XLOC_020437 aspm coding downstream 57047 23546926 ~ 23582605 (+)
XLOC_020438 b3galt2 coding downstream 667928 24157807 ~ 24169089 (+)
XLOC_020439 NA coding downstream 705142 24195021 ~ 24197050 (+)
XLOC_020440 glrx2 coding downstream 724786 24214665 ~ 24219083 (+)
XLOC_020429 CABZ01039424.1 non-coding upstream 643762 22840558 ~ 22840675 (+)
XLOC_020445 BX784032.1 non-coding downstream 1001748 24491627 ~ 24500269 (+)
XLOC_020451 NA non-coding downstream 1224374 24714253 ~ 24851829 (+)
XLOC_020456 NA non-coding downstream 1637363 25127242 ~ 25128870 (+)

Expression


Co-expression Network