LOC118937325


Basic Information

Item Value
gene id LOC118937325
gene name NA
gene type coding
species rainbow trout (Oncorhynchus mykiss)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048566.1
NCBI id CM023220.2
chromosome length 103806877
location 1605140 ~ 1606773 (+)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome

Sequence

>XR_005034594.1
GAAGTTATAATCACTAAGGGGTCTAGGTGATGAAGCTATATTCACTAAGGGGTCTAGGTGATGAAGTTATAATCACTAAGGGTGATGAAGTTATAATCACTAAGGGGTCTAGGTGATGAAGCTATAATCACTAAGGGGTCTAGGTGATGAAGTTATAATCACTAAGGGGTCTAGGTGATGAAGCTATAATCACTAAGGGGTCTAGGTGATGAAGCTATAATCACTAAGGGGTCTAGGTGATGAAGTTATAATCACTAAGGGGTCTAGGTGATGAAGTTATAATCACTAAGGGGTCTAGGTGATGAAGTTATAATCACTAAGGGGTCTAGGTGATGAAGTTATAATCACTAAGGGGTCTAGGTGATGAAGCTATAATCACTAAGGGGTCTAGGTGATGAAGTTATAATCACTAAGGGGTCTAGGTGATGAAGTTATAATCACTAAGGGGTCTAGGTGATGAAGTTATAATCACTAAGGGGTCTAGGTGATGAAGCTATAATCACTAAGGGGTCTAGGTGATGAAGTTATAATCACTAAGGGGTCTAGGTGATGAAGTTATAATCACTAAGGGGTCTAGGTGATGAAGTTATAATCACTAAGGGGTCTAGGTGATGAAGTTATAATCACTAAGGGGTCTAGGTGATGAAGCTATAATCACTAAGGGGTCTAGGTGATGAAGTTATAATCACTAAGGGGTCTAGGTGATGAAGCTATAATCACTAAGGGGTCTAGGTGATGAAGTTATAATCACTAAGGGGTCTAGGTCATGAAGCTATAATCACTAAGGGGTCTAGGTGATGAAGTTATAATCACTAAGGGGTCTAGGTGATGAAGTTATAATCACTAAGGGGTCTAGGTGATGAAGTTATAATCACTAAGGGGTCTAGGTGATGAAGTTATAATCACTAAGGGGTCTAGGTGATGAAGTTATAATCACTAAGGGGTCTAGGTGATGAAGTTATAATCACTAAGG
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>XR_005034590.1
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>XR_005034591.1
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>XR_005034592.1
GTCTAGGTGATGAAGCTATAATCACTAAGGGGTCTAGGTGATGAAGTTATAATCACTAAGGGGTCTAGGTGATGAAGTTATAATCACTAAGGGGTCTAGGTGATGAAGTTATAATCACTAAGGGGTCTAGGTGATGAAGTTATAATCACTAAGGGGTCTAGGTGATGAAGTTATAATCACTAAGGGGTCTAGGTGATGAAGTTATAATCACTAAGGGGTCTAGGTGATGAAGTTATAATCACTAAGGGGTCTAGGTGATGAAGTTATAATCACTAAGGGGTCTAGGTGATGAAGCTATAATCACTAAGGGGTCTAGGTGATGAAGTTATAATCACTAAGGGGTCTAGGTGATGAAGTTATAATCACTAAGGGGTCTAGGTGATGAAGTTATAATCACTAAGGGGTCTAGGTGATGAAGTTATAATCACTAAGGGGTCTAGGTGATGAAGCTATAATCACTAAGGGGTCTAGGTGATGAAGTTATAATCACTAAGGGGTCTAGGTGATGAAGCTATAATCACTAAGGGGTCTAGGTGATGAAGTTATAATCACTAAGGGGTCTAGGTCATGAAGCTATAATCACTAAGGGGTCTAGGTGATGAAGTTATAATCACTAAGGGGTCTAGGTGATGAAGTTATAATCACTAAGGGGTCTAGGTGATGAAGTTATAATCACTAAGGGGTCTAGGTGATGAAGTTATAATCACTAAGGGGTCTAGGTGATGAAGTTATAATCACTAAGGGGTCTAGGTGATGAAGTTATAATCACTAAGG

Function

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
XR_005034594.1 False 973 mRNA 0.39 4 1605140 1606773
XR_005034589.1 False 805 mRNA 0.39 4 1605339 1606773
XR_005034590.1 False 805 mRNA 0.39 4 1605339 1606773
XR_005034591.1 False 836 mRNA 0.39 4 1605339 1606773
XR_005034592.1 True 774 mRNA 0.39 4 1605339 1606773

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
LOC118937328 NA coding upstream 15772 1588820 ~ 1589368 (+)
LOC118937327 NA coding upstream 16490 1585657 ~ 1588650 (+)
LOC118937324 NA coding upstream 31719 1570310 ~ 1573421 (+)
stt3b stt3b coding upstream 40835 1456336 ~ 1564305 (+)
LOC118937323 NA coding upstream 178863 1424316 ~ 1426453 (+)
gpd1l LOC105023484 coding downstream 76788 1683561 ~ 1698369 (+)
tmem42a LOC106595323 coding downstream 98116 1704889 ~ 1707675 (+)
LOC110514512 LOC105016610 coding downstream 138525 1745298 ~ 1794938 (+)
slc6a3 slc6a3 coding downstream 210035 1816808 ~ 1853570 (+)
LOC110511503 LOC106605726 coding downstream 258592 1865365 ~ 1901456 (+)
G105020 NA non-coding upstream 5599 1598185 ~ 1599541 (+)
G105019 NA non-coding upstream 7153 1597586 ~ 1597987 (+)
G105014 NA non-coding upstream 13687 1589595 ~ 1591453 (+)
G105001 NA non-coding upstream 64930 1538977 ~ 1540210 (+)
G105049 NA non-coding downstream 26964 1633737 ~ 1634417 (+)
G105052 NA non-coding downstream 34049 1640822 ~ 1641037 (+)
G105058 NA non-coding downstream 42184 1648957 ~ 1649297 (+)
G105060 NA non-coding downstream 42834 1649607 ~ 1650827 (+)
G105063 NA non-coding downstream 54815 1661588 ~ 1662075 (+)
tgfbr2b LOC106606173 other upstream 252277 1309202 ~ 1390936 (+)
G104761 NA other upstream 451391 1153061 ~ 1153749 (+)
cmc1 cc068 other upstream 732625 860459 ~ 872515 (+)
G104092 NA other upstream 903869 690046 ~ 701271 (+)
G103851 NA other upstream 1424118 174996 ~ 181022 (+)
G105036 NA other downstream 92300 1699073 ~ 1700431 (+)
G105042 NA other downstream 102196 1708969 ~ 1710557 (+)
G106019 NA other downstream 913943 2520716 ~ 2527972 (+)
G106122 NA other downstream 1111188 2717961 ~ 2718525 (+)
G106240 NA other downstream 1368050 2974823 ~ 3039475 (+)

Expression


Co-expression Network