LOC110520736 (LOC106605972)


Basic Information

Item Value
gene id LOC110520736
gene name LOC106605972
gene type misc
species rainbow trout (Oncorhynchus mykiss)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048566.1
NCBI id CM023220.2
chromosome length 103806877
location 9744866 ~ 9757901 (+)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome

Sequence

>XM_036937390.1
ctcttgaatgagtagatgttataaaacgtttgaccggtagtgtatgtttaTTAATTTAGTGACTAAGGGCCCTAGAGACATGTCTCTGTGaatgcagaggagaggagacgtgggGACGTGGGAAGGGGTGACGACAACAGCTGCCTCCcacatggcatcctattccctatatagctcaCTTTTTGAccagcactatatagggagtagggttccaTTTTTGGGACTCACACAACGTCTCTAATTATTCACATTAGTGATTACCCTGCAGCTGTCTGACGCCAAGCCTCAGCGGCTGGCTGCTAAATCATATTTGGCACCGTCGTTATCAGTTGTTTAGGGAAGTGGAGCGAGACAGGAGATTGTAATCCCTGATTGCAATGAACTGAAGTTTGGAGTCAGTTTGTGTCTTCTCTCAAGAAGAACGGTGGGGAGATGGAGATAGCAAAAGAAAGAGAGCGTGCGTGCGTTTACGTCTACAGTAcccgtgtctgtgtgtggtgtgtgaaaTATAAGCCAAATGAACATtatatacagtaggcctatattaagACCTTGTTCTATAACTCTGTGCTATTCAGAGGTGATGCCTGTGTTCCACCTTGTTCTGTTACTCAGTCTTTTCAGAGATGATGCCTGTGTTCCACCTTGTTCTGTTACTCAGTCTATTCAGAGATGATGGCTGTGTTCAACCTTGTTCTGTTACTCAGTCTATTCAGAAATTATGACTGTGTTCAACCTGGTTCTGTTACTCAGTCTATTCAGAGACGATGGCTGTGTGTTCAACCTTGTTCTGTTACTCAGTCTATTCAGAAATGATGGCTGTGTTCAACCTTGTTCTGTTTCTCAGTCTATTCAGAGATGATGGCTGTGATCAACCTTGAATATTTGCCAACTTCAGCCTACAACACCAACATCCCCCTTACTTAATCCCTGGCAAATGAAACAGACCCCCTTTAGACAAGCTGTTAGAAAGGTCCTGATAACATCCTGAAGCTCCTCAGACTTTAATCTTCCTCTCCCATTCAGCAGCACCAGAAATCATCTGTCCTGTATATCATATGGTTCCCATTGGTTCAGCTGGAGGGtattgtcccaaatggcaccctattccctatgtagtgcactaaatttgaccagagccctatgggtagtggtcaaatgtagtgcactatatacagtagggagtaTGGTGTCagagtactacagtatatagggattgggtgccatttgggagcagCTCTAATGTGTGTGAGTAATGCAGGGGAGGTGTGTTTACTTACATTACTGTCATCTTTTGTGTTTTAATTCACTCACTTCCTCTGCACGGCGCACACAGCAGCCTGGAGGAGAATATCCACACGCATTTTAAAGTTGTCTTTGCAGCCTGTAGCTTTTACAGCATCGCTCTTAGGGTTGCACAATTCCGGTAACGAAGAATAAATTCCCAGATTGTCCAGAATACCTAGTTGGAAGATTCTGAATTTCTTGATTCCCTCCTGATTTCAGAAATCCTCTAACTGGGTTTtcgggaaaaccagggaatttattgattattccctcctgatttcaGAAATCCTCTAACTGGGTTTtcgggaaaaccagggaatttattgattattccctcctgatttcaGAAATCCTCTAACTGGGTTTtcgggaaaaccagggaatttattgaaagttcccagaattttGCAACTCTAGCTCTGACAGAAAGCAGAACCCTCCGACTGGGTCTGAACTGACATAGGCAGAAGAAGAAGATGGAGTATTTTTccattgtcatttttttgtgcaATGGGTTCAATGGGATGATACCCAGTTGTCCTTCATCTTTTCACATGGTTTTCTATAACAGGACGTTTCCATTGAGTGAAAGTCCCTCCTGGTTTCAAGTGGGTTAATGACTGAGATGATTAATGACATGTGGAAATTGTCTCTACCCCCTTAGTTCATATAAATGCCAAAATTACATATTTATTTTCTGACCTCAACCAGTTTCACAACTGTTCAGTTAACCATGACACTTGTTGCCTAATGTTAAGGTATTGCTTCTAGGGCCCTTGGGGTTCATTTTGATCCAGCACCAGAAGATACAACTGCCTCCATACTCGCCCTACAGCCCAACAGTCTGTCTCACTGGTGTGGTATGAGATGTTTAATGTACGAGTTTGTTTTACCGTTCTCCCATCACTTACTTAGTTTATTGAAAGATCACAGGAGCCTACATGAATATGAAGTCATCCTGCAGCGAAGGGTCTGTCTAAACAACGCTTAGAATGTCCTCAAACGTTCAATTCATGATGTCCAGTCCGAACCACTTGGACTGGAATGAAACAAACATTCAACCAGTGTCTCTTGGACATTGCAGGCAACAGAGTTCTAATTCCATGTCAGAAGTAGAGTTGCCTGCTTTAGATCCAGTCCAGTATATACACCTTAACTCAGGTCTGTAGATCCAGTCCAGTATATACACCTTAACTCAGGTCTGTAGATCCAGTCCAGTATGTATACCTTAACTCAGGTCTGTAGATCCAGTCCAGTATATACACCTTAACTCAGGTCTGTAGATCCAGTCCAGTATGTATACCTTAACTCAGGTCTGTAGATCCAGTCCAGTATATACACCTTAACTCAGGTCTGTAGATCCAGTCCAGTATATACACCTTAACTCAGGTCTGTAGATCCAGTCCAGTATGTACACCTTAACTCAGGTCTGTAGATCCAGTCCAGTATGTATACCTTAACTCAGGTCTGTAGATCCAGTCCAGTATGTATACCTTAACTCAGGTCTGTAGATCCAGTCCAGTATATACACCTTAACTCAGGTCTGTAGATCCAGTCCAGTATGTACACCTTAACTCAGGTCTGTAGATCCAGTCCAGTATGTATACCTTAACTCAGGTCTGTAGATCCAGTCCAGTATGTATACCTTAACTCAGGTCTATAGATCCAGTCCAGTATGTATACCTTAACTCAGGTCTGTAGATCCAGTCCAGTATGTATACCTTAACTCAGGTCTGTAGATCCAGTCCAGTATATACACCTTAACTCAGGTCTGTAGATCCAGTCCAGTATGTATACCTTAACTCAGGTCTGTAGATCCAGTCCAGTATGTATACCTTAACTCAGGTCTGTAGCTCCAGTCCAGTATATACACCTTAACTCAGGTCTGTAGATCCAGTCCAGTATGTATACCTTAACTCAGGTCTGTAGATCCAGTCCAGTATGTATACCTTAACTCAGGTCTGTAGATCCAGTCCAGTATATACACCTTAACTCAGGTCTGTAGATCCAGTCCAGTATGTACACCTTAACTCAGGTCTGTAGATCCAGTCCAGTATGTATACCTTAACTCAGGTCTGTAGATCCAGTCCAGTATGTATACCTTAACTCAGGTCTGTAGATCCAGTCCAGTATATACACCTTAACTCAGGTCTGTAGATCCAGTCCAGTATGTATACCTTAACTCAGGTCTGTAGATCCAGTCCAGTATGTATACCTTAACTCAGGTCTGTAGATCCAGTCCAGTATGTATACCTTAACTCAGGTCTGTAGATCCAGTCCAGTATATACACCTTAACTCAGGTCTGTAGATCCAGTCCAGTATGTACACCTTAACTCAGGTCCAGCAGAGTAGGGGTCCTTTTTTGGTAGTGGGGGGCGATGTGCTGTGTTTGGTTCCTGCTCATTTTCAGGAGGGACCATTCAATGAAACACAGCTCCCTGGGCTTTGTCATGGTGACACAATGTTTAGGGGGCTGGGACGAGAAGAGTTGACTAGGACTGTATTAGGCTGGTGATCTCCAATGCCCACAGACAGTTCATAGTAAACACCCTGGGAAGATAGGTAACACTTGTGTTGCTATTTTACCTGTGTAATAACACTGTAATTAAACCAGTAACAGAGTTGTATTAGCATGTTGTTACATAATACTTTAGTAAATACATTATTTTGACCGTTTCAATAATGCAACTGGTTTGATACCTCAAAATGAGTCAGCACAGCTCACAGCAATATACTTTTCAGCTCATTCTGCTGAACATCAATACTTTTTGTGTGATAACAGAGTACTGACAGTGCAAGAGAAATTAGGTCCCTAACAGGAAATGTGGAAAAGGTTGAGACTCATTCTGGAAGATGAATGTGTCTAGAAGAGGTTCACTCATGGGTCATTACTTAGCTGGTACCAGAGACAGACTGGCCATAGGACAgttctggcaaatgccagatgggtcGTCCATCTTTAGCCCGGTGGGCCTGTCTGAATTGGGCTTTTTCTGGTGTTCCCCAGTCTGTCCCTGAGTGGTACTGTACTGAAATGATGTTTTCCAGTCTAGAAGTGTCAAGTGGAATCATCAAACTAACTTCTCACTTCAAATGATCTTTGTTATGATTCACTTTGGTTTTCCTTGCTAACTTAATGTTTGTATTGATGTAAATAATGGAATGTGTGTTTTAAAGAGATCCCAGATCTTGAGTTGAAATGTAGTCATATGTGCCTCATGGCTGTTATAGGAGGATGCCACTTGATTTTTCTCATTTGTATGAAACCTCTGAAATCAGCTTTTGTGAAAAAGACTTACCAATTTCCAGTTACTTTTTTTTCAGTCTCACAGGAATAAATTCCGGGATATTCCACAAGACTGTATtcgcttcccaaatggcaccctattccctttatagcacACTATAGTgccccctggtcaaaagtagcgcactataaatggaacagggtgccatttaggaaacAGTCTGTGGTACAGAGAGTCCTTGTTTAGTGATGTCACAGTTCATGTAAACTTAGGAAGACTTCCTCTCTAAGTATCCTCAGCTAAAAGACCGGGGACCGGATTAGTTAGTGTGATGCTGAGCGGAAGAGCAGACAGGGAGGCtaaggcacagagagacagaactgtGGGGTTTCCTTTTAAATGTTTAGATATGGGAAGAGTGCAGAGCCGTATGCTGGGGAGCAGAGGACCAGAGGTAAACAGTG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>TU127836
GATCCAGTCCAGTATGTATACCTTAACTCAGGTCTGTAGATCCAGTCCAGTATATACACCTTAACTCAGGTCTGTAGATCCAGTCCAGTATGTATACCTTAACTCAGGTCTGTAGATCCAGTCCAGTATATACACCTTAACTCAGGTCTGTAGATCCAGTCCAGTATATACACCTTAACTCAGGTCTGTAGATCCAGTCCA

Function

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
XM_036937390.1 False 6985 mRNA 0.44 2 9744866 9757901
TU127836 True 201 lncRNA 0.43 1 9747359 9747559

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
LOC110506952 LOC106606100 coding upstream 2143 9701990 ~ 9742723 (+)
LOC110506885 LOC106573706 coding upstream 193222 9548702 ~ 9551644 (+)
LOC110519250 mroh1 coding upstream 262366 9445190 ~ 9482500 (+)
LOC118944051 LOC106573691 coding upstream 386444 9355022 ~ 9358422 (+)
LOC110520731 LOC106605982 coding upstream 429175 9309984 ~ 9315691 (+)
LOC110520735 LOC106573422 coding downstream 427 9758328 ~ 9785173 (+)
LOC118937659 NA coding downstream 15673 9773574 ~ 9776807 (+)
LOC110520749 LOC106606080 coding downstream 63229 9821130 ~ 9845619 (+)
LOC110507293 LOC106606028 coding downstream 91233 9847951 ~ 9983302 (+)
LOC110493963 LOC106606027 coding downstream 249157 10007058 ~ 10014363 (+)
G112008 NA non-coding upstream 19486 9725171 ~ 9725380 (+)
G111998 NA non-coding upstream 50189 9694367 ~ 9694677 (+)
G111990 NA non-coding upstream 59588 9684809 ~ 9685278 (+)
G111978 NA non-coding upstream 67489 9677177 ~ 9677377 (+)
G112081 NA non-coding downstream 32214 9790115 ~ 9790613 (+)
G112082 NA non-coding downstream 34708 9792609 ~ 9792883 (+)
G112083 NA non-coding downstream 43787 9801688 ~ 9805928 (+)
G112084 NA non-coding downstream 53684 9811585 ~ 9811944 (+)
G111788 NA other upstream 300825 9440309 ~ 9444041 (+)
G111453 NA other upstream 413250 9330269 ~ 9331616 (+)
LOC110535224 aif1 other upstream 515841 9221418 ~ 9229025 (+)
LOC110518388 LOC106598833 other upstream 706965 8820359 ~ 9072449 (+)
G112697 NA other downstream 1053617 10811518 ~ 10826063 (+)
fbxo32 fbxo32 other downstream 1482831 11227497 ~ 11243074 (+)
elovl4a LOC106606161 other downstream 1503653 11260912 ~ 11275480 (+)
G113285 NA other downstream 1657030 11414931 ~ 11415178 (+)
G112013 NA non-coding downstream 4545 9752104 ~ 9752340 (+)

Expression


Co-expression Network