XLOC_002058 (CABZ01059623.1)


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_002058
gene name CABZ01059623.1
gene type non-coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007121.7
NCBI id CM002894.2
chromosome length 45420867
location 19602334 ~ 19725594 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00003984
TGCACGAGAATGCATGTGTTTAAATGCGCACGAGCGGAGATTGCTTCGAATGAATGCGAAATTGCGATTGGAAATGTGCCAAAATAGCCGATTCCAAAACATGATGATTAAGTTGATGTTTCCAGCCAACTTTTTAGTAGAATAGTCGACTCCTGAACTTTTTCTGGAAGATTCTACCAAAACAACAGTAACCGTTTTAACTTACGTCTATCCCAAGTGAAGTGTTTCAACATTATGGACGTCATGTTTGTAAAGCAGGTTAAATTCGCCCATCAGATGCACGTGCACAGTCAACATGCATCTGCCAAACACTAAGGCCCCTATCATGGACAGATGTGTCAACGGCCCTCAAGAGGAGGCAACACACCGATGCCAAAAATCAGCTGGAATATTGTGCTCCATATTGTCAAGATCACACTTGGGACACACTTGCTGAagctgtggattaaaggtaataatgttgaaaaaatattcattttctttaacattgtgattagtttttttaagaagagc
>TCONS_00005866
TGCGATTGGAAATGTGCCAAAATAGCCGATTCCAAAACATGATGATTAAGTTGATGTTTCCAGCCAACTTTTTAGTAGAATAGTCGACTCCTGAACTTTTTCTGGAAGATTCTACCAAAACAACAGTAACCGTTTTAACTTACGTCTATCCCAAGTGAAGTGTTTCAACATTATGGACGTCATGTTTGTAAAGCAGGTTAAATTCGCCCATCAGATGCACGTGCACAGTCAACATGCATCTGCCAAACACTAAGGCCCCTATCATGGACAGATGTGTCAACGGCCCTCAAGAGGAGGCAACACACCGATGCCAAAAATCAGCTGgacacaaagtttattttttaatgtcgCATGCAGCTCAAGTGATAATAGAGCGATGCTCCTGCTAATTCAGATGAACCCTTAGAAGAATCTACCCCAGTGTTCAATACTGTAGGTCATGGGTCTAATGTAACTTCCCTGATTCAACTTGGTCTGCCTAGAGCTGGATTCAAACTGGTGATTCTGGCGTGGGAAGCAGGCACACTAACAAGGATGCTGAAGACCAcagcctctagcgtctgtcttCTTGAGATCAGGGGTGTGAGGATTAATCACACAGCTCTTACTGGCTGACTTGTTTTACATATATGTTGAAGTTTAAAAGTGTCCGGTCAGTAACAATTATTTTTGGAGAAATTATGatcacaaaaaaagattttgtgtaattaaagctttattaaaaacagatcTTCTATGGGGGGGC
>TCONS_00005865
TGCGATTGGAAATGTGCCAAAATAGCCGATTCCAAAACATGATGATTAAGTTGATGTTTCCAGCCAACTTTTTAGTAGAATAGTCGACTCCTGAACTTTTTCTGGAAGATTCTACCAAAACAACAGTAACCGTTTTAACTTACGTCTATCCCAAGTGAAGTGTTTCAACATTATGGACGTCATGTTTGTAAAGCAGGTTAAATTCGCCCATCAGATGCACGTGCACAGTCAACATGCATCTGCCAAACACTAAGGCCCCTATCATGGACAGATGTGTCAACGGCCCTCAAGAGGAGGCAACACACCGATGCCAAAAATCAGCTGGAATATTGTGCTCCATATTGTCAAGATCACACTTGGGACACACTTGCTGAagctgtggattaaagGTCATGGGTCTAATGTAACTTCCCTGATTCAACTTGGTCTGCCTAGAGCTGGATTCAAACTGGTGATTCTGGCGTGGGAAGCAGGCACACTAACAAGGATGCTGAAGACCAcagcctctagcgtctgtcttCTTGAGATCAGGGGTGTGAGGATTAATCACACAGCTCTTACTGGCTGACTTGTTTTACATATATGTTGAAGTTTAAAAGTGTCCGGTCAGTAACAATTATTTTTGGAGAAATTATGatcacaaaaaaagattttgtgtaattaaagctttattaaaaacagatcTTCTATGGGGGGGC
>TCONS_00003985
TGGCGATATTGCTTTATAAAGAAACATGTGCACCTGcaaactgtttacaaaagttTGCATCGTTAGGTCCTAATACGTAAAGAACACCCAAAACACATGAAAGgttttggtgTAAACGGCATGAAAGTTGGAAATATCAGAGATTTTAAGGAATATTGTGCTCCATATTGTCAAGATCACACTTGGGACACACTTGCTGAagctgtggattaaaggtaataatgttgaaaaaatattcattttctttaacattgtgattagtttttttaagaagagc
>TCONS_00005867
TATAAAGAAACATGTGCACCTGcaaactgtttacaaaagttTGCATCGTTAGGTCCTAATACGTAAAGAACACCCAAAACACATGAAAGgttttggtgTAAACGGCATGAAAGTTGGAAATATCAGAGATTTTAAGGAATATTGTGCTCCATATTGTCAAGATCACACTTGGGACACACTTGCTGAagctgtggattaaaggacacaaagtttattttttaatgtcgCATGCAGCTCAAGTGATAATAGAGCGATGCTCCTGCTAATTCAGATGAACCCTTAGAAGAATCTACCCCAGTGTTCAATACTGTAGGTCATGGGTCTAATGTAACTTCCCTGATTCAACTTGGTCTGCCTAGAGCTGGATTCAAACTGGTGATTCTGGCGTGGGAAGCAGGCACACTAACAAGGATGCTGAAGACCAcagcctctagcgtctgtcttCTTGAGATCAGGGGTGTGAGGATTAATCACACAGCTCTTACTGGCTGACTTGTTTTACATATATGTTGAAGTTTAAAAGTGTCCGGTCAGTAACAATTATTTTTGGAGAAATTATGatcacaaaaaaagattttgtgtaattaaagctttattaaaaacagatcTTCTATGGGGGGGC
>TCONS_00005868
AGAAACATGTGCACCTGcaaactgtttacaaaagttTGCATCGTTAGGTCCTAATACGTAAAGAACACCCAAAACACATGAAAGgttttggtgTAAACGGCATGAAAGTTGGAAATATCAGAGATTTTAAGgacacaaagtttattttttaatgtcgCATGCAGCTCAAGTGATAATAGAGCGATGCTCCTGCTAATTCAGATGAACCCTTAGAAGAATCTACCCCAGTGTTCAATACTGTAGGTCATGGGTCTAATGTAACTTCCCTGATTCAACTTGGTCTGCCTAGAGCTGGATTCAAACTGGTGATTCTGGCGTGGGAAGCAGGCACACTAACAAGGATGCTGAAGACCAcagcctctagcgtctgtcttCTTGAGATCAGGGGTGTGAGGATTAATCACACAGCTCTTACTGGCTGACTTGTTTTACATATATGTTGAAGTTTAAAAGTGTCCGGTCAGTAACAATTATTTTTGGAGAAATTATGatcacaaaaaaagattttgtgtaattaaagctttattaaaaacagatcTTCTATGGGGGGGC

Function

GO: NA

KEGG: NA

Ensembl:

ensembl_id ENSDARG00000117243

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00003984 False 513 lncRNA 0.40 3 19602334 19615527
TCONS_00005866 False 745 lncRNA 0.41 4 19602396 19725594
TCONS_00005865 False 698 lncRNA 0.42 4 19602396 19725594
TCONS_00003985 False 277 lncRNA 0.34 3 19612228 19615527
TCONS_00005867 False 622 lncRNA 0.39 5 19612242 19725594
TCONS_00005868 True 552 lncRNA 0.39 4 19612247 19725594

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_002057 zgc:173837 coding upstream 4325 19595009 ~ 19598009 (+)
XLOC_002056 CABZ01059627.3 coding upstream 12601 19583289 ~ 19589733 (+)
XLOC_002055 CABZ01059627.2 coding upstream 26372 19573791 ~ 19575962 (+)
XLOC_002054 CABZ01059627.1 coding upstream 31988 19569052 ~ 19570346 (+)
XLOC_002053 atp6v1b2 coding upstream 35860 19554604 ~ 19566474 (+)
XLOC_002059 xpo7 coding downstream 344584 20070178 ~ 20146544 (+)
XLOC_002060 ppp3ccb coding downstream 454569 20180163 ~ 20234383 (+)
XLOC_002061 TCIM coding downstream 530860 20256454 ~ 20257175 (+)
XLOC_002062 golga7 coding downstream 638415 20364009 ~ 20372269 (+)
XLOC_002063 NA coding downstream 651494 20377088 ~ 20381313 (+)
XLOC_002045 AL928714.1 non-coding upstream 799899 18798927 ~ 18802435 (+)
XLOC_002043 NA non-coding upstream 1319899 18240550 ~ 18282435 (+)
XLOC_002042 NA non-coding upstream 1530828 18007123 ~ 18071506 (+)
XLOC_002040 BX927277.1 non-coding upstream 1712131 17890089 ~ 17890203 (+)
XLOC_002065 NA non-coding downstream 722873 20448467 ~ 20452630 (+)
XLOC_002066 NA non-coding downstream 776182 20501776 ~ 20502178 (+)
XLOC_002069 NA non-coding downstream 917741 20643335 ~ 20645459 (+)
XLOC_002070 NA non-coding downstream 939422 20665016 ~ 20667861 (+)

Expression


Co-expression Network