LOC110486995 (atg5)


Basic Information

Item Value
gene id LOC110486995
gene name atg5
gene type coding
species rainbow trout (Oncorhynchus mykiss)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048566.1
NCBI id CM023220.2
chromosome length 103806877
location 31589474 ~ 31624014 (+)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome

Sequence

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Function

symbol description
atg5 Acts upstream of or within several processes, including autophagosome assembly; heart development; and regulation of skeletal muscle tissue regeneration. Predicted to be located in cytoplasm and membrane. Predicted to be part of Atg12-Atg5-Atg16 complex. Predicted to be active in phagophore assembly site membrane. Is expressed in several structures, including central nervous system; head; liver; male organism; and tail bud. Human ortholog(s) of this gene implicated in autosomal recessive spinocerebellar ataxia 25. Orthologous to human ATG5 (autophagy related 5).

NR:

description
autophagy protein 5-like

GO:

id name namespace
GO:0006914 autophagy biological_process
GO:0007399 nervous system development biological_process
GO:0005737 cytoplasm cellular_component

KEGG:

id description
K08339 ATG5; autophagy-related protein 5

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
XM_036945732.1 False 6264 mRNA 0.43 9 31589474 31624014
XM_036945733.1 False 6207 mRNA 0.43 9 31589479 31624014
XM_021558888.2 True 6296 mRNA 0.43 8 31595832 31624014

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
eaf1 LOC106581241 coding upstream 223152 31360408 ~ 31366322 (+)
LOC110486933 can7 coding upstream 273561 31300002 ~ 31315913 (+)
LOC110534710 LOC106605356 coding upstream 294897 31262054 ~ 31294577 (+)
mxtx2 NA coding upstream 328344 31255824 ~ 31261130 (+)
LOC110486889 NA coding upstream 367395 31208985 ~ 31222079 (+)
LOC110534719 LOC106605346 coding downstream 217724 31841738 ~ 31857595 (+)
LOC110487037 LOC106605342 coding downstream 289666 31913680 ~ 31933154 (+)
LOC110487045 LOC106581064 coding downstream 317952 31941966 ~ 31974601 (+)
LOC110487089 LOC106581052 coding downstream 361345 31985359 ~ 31987549 (+)
LOC110534747 LOC106605338 coding downstream 363670 31987684 ~ 32027099 (+)
G131968 NA non-coding upstream 10845 31577067 ~ 31578629 (+)
G131957 NA non-coding upstream 28094 31560610 ~ 31561380 (+)
G131946 NA non-coding upstream 50037 31539012 ~ 31539437 (+)
G131925 NA non-coding upstream 77332 31509542 ~ 31512142 (+)
G131923 NA non-coding upstream 84629 31504637 ~ 31504845 (+)
G131983 NA non-coding downstream 2981 31626995 ~ 31627345 (+)
G131988 prdm1 non-coding downstream 7950 31631964 ~ 31633994 (+)
G131998 NA non-coding downstream 33393 31657407 ~ 31657610 (+)
G132000 NA non-coding downstream 35239 31659253 ~ 31659535 (+)
G132002 NA non-coding downstream 45200 31669214 ~ 31669425 (+)
G131517 ccne2 other upstream 839520 30748055 ~ 30749954 (+)
G131491 NA other upstream 888851 30700182 ~ 30700623 (+)
G130414 NA other upstream 1799643 29789576 ~ 29789831 (+)
G132342 LOC100136303 other downstream 233634 31834170 ~ 31887572 (+)
G133473 LOC106605294 other downstream 1543424 33167438 ~ 33169378 (+)
G133663 LOC106605282 other downstream 1872440 33496454 ~ 33497285 (+)
G133760 LOC106605274 other downstream 2190019 33814033 ~ 33814483 (+)
G134735 LOC100136012 other downstream 2338403 33962417 ~ 33962658 (+)

Expression


Co-expression Network