LOC110487479 (LOC106605309)



Basic Information


Item Value
gene id LOC110487479
gene name LOC106605309
gene type misc
species rainbow trout (Oncorhynchus mykiss)
category of species economic fish

Chromosome Information


Item Value
chromosome id NC_048566.1
NCBI id CM023220.2
chromosome length 103806877
location 32988834 ~ 33002008 (+)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome

Sequence


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>TU153499
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>TU153489
ggctgctCTCAAAGAAAAGAGAACCTGCAGATCTAGTCTTTGTGAGAGGGGTAGTTAGAAGGCTGCTGCCTCATGTTTGCTGGTGGTGGCAGGTGAACAAGGACATGCTGGTGATTCAGCTGGTCTCCCACTAACACTGCATCAGATCGCTCTATTAAGTTGTTTTTTCAGGAGAACTCTTTTGCTCAACTTTTGTCCATCAAAATATAATGAATAGTTACAATAGACTGTTGTCCCTAGTCTAGGCAGCAACAGAGCCCCCCTTTCCCCCATTGTATTGTCAGCAGACCACTCCTGTTGTCCATGGACTGTGAAGAAATAGAACTGTACTTTCAGAGTATCTAAATTCTATTACATATTTAGAAATTAATTGACTATTTATTAATGGGGAGAACTGCACAGTGGTTTGGTCTGAACTGTCAATGACAATTTCAAGGCAGTATAACGCTGTTAACTGAATATAGTATTTTCTAttcttttttattttgttttaagcctGAATATTTTGTATTAAAAGATAAATATTGCTTTCACTTTGGCATGAAAGTTTAGTGACATACAGTAGGCCTTCAATAGTATTGCCCCTTAAAAAAACGTTCACGTAACTATTTGTCAGAAAAGAATGTGAATCAACCGGGTTGGGTGGGGTTAAATGGAATTGGGAAATTAGGCTCTTAAACCCTTTACATTAAAATATAGAGTAAAGCACCTTATTATGAGAAAACACATATAATTAATACCAAACCGACCACTGATGGTGAATATTTCTTCATAGATTTTGAAAGACATGCACATAAGGTTTCCCTATCATGTTTTTATAATATAATTATTGTTATTCcttgtagtagtggtattatgGGAAACCtctcatccattcagtcagtacTGATGACTTGGTTGAGTTTGCACTGGTTTAATGTAGAGGGCTTTTTAGAGAGTCTCACTGTTTTAGAGGCTGTGGGAGAAATTTGCATTGTGCTTTATGAGAAAGGATTCTGCGcatctgtgtatatatatatatcagtaatTTACATCCAGTCAAATGCCTGCTATATAAGTGGGATTTTGATTATTTTTACAAGGTGAAAATATCATTTTGAATTTGTTTGTTTATGGACTTTTAAGATCACtttgatttatatatatatatatataatgtcccCTCATCCTTAAACATAAAGTATATTGATAGGCTACTTATATGTATGGATCTAATAAACTTAAGCATTTCATCAAGTCAAATATATAGATAAGAATACCACAATACCACATACTGTAATGATGAATACAGGGCTGTATTGATGTTTCCACTGACATATACCAATACATTCTCTCAAATATGTGAAGACGTGTTCTAAAATATTCCTAGGTCCTTTTGGATGAATCAGGTTTTATGTACATTAGGATGAAAAGCAATAATGTCAATACTGCAACAGTAAACAAAAGAGCCAGTTTAGTAAATTCATAGAATTCAGCACCATCCATAACGCAAACTTGATTCATTTGAATATTATTCAATTTTTGGTTAATATCTTCTAAAAATGCATATGGATTTATGCCAATGTAGGATGAGAAATGTAATTAATTAGTAACAGTTTCAGGCACAATAGCATGTTTTTGTTGCTTTCCTACGTCTTGCTTTTAGTAATTTTTGACTGCTTAATCCCGTCTTTTTAACATTGAATATTAATAAGACTGCAAGTATACCTCAAATACAGGGTGTGCCAACACCAGTGCAACCTCAAGAGTTCCTCCTCTTAGTATCTGTGGAATTTTGAGATCACAATACCTATTATTTGGAAGAAACCAATTGCATTGTATAAGTAAGCTTTCAGTGTAAACATACAATGCTTTTCAGGAACATAACATGAACAATTGAGGCATTTCCTGTCTGTCGAAAGCAGGAAGTCATAACTTAAATCACAAACTAAAGTAGACACAATGGCAAGACAGAAGGTTGGATTATTTCCATAGGATCTATCTAAGACCTCTTCCATATGAACGTATACTGATGCCCAATGCATTGAGCCAATCATTTTCATCACTTGGGAAAGTAGCATTTATTTAACATGTATTACTCTGTATTTATTCATGTTTAGGGAGAAACGTTTATAGTTACCATAAGCATATCATGAgaatatatttcagtttttagaTTGGTTCCAAAACATATGTAGCTGATTTGATGGCACAATTTAATTATTTCTTTATGCTATCTGTTATAAGTAGTCATTATCCAGCATTTAGCTGATTTAAAATAAAAGGTCAAAAGGTAGCCAAAGAACAAAACCTTGGAAGAGGTTCGAGGACATCTATAGAAATTATATTGCTAATCGTAAGCTTACAATTCTACGAATGTTAACACATTTCGACCTTATCATAGTTTGGATTTATTGATGAAGGTGTCTGAGGTCAATACAATAATAATCAGCTTTTGTTTTTAATAACCCGCTAGTGATAGTTTTGTCCAAAGTCATACAGCATACAAGCTTCAGTCAATATCTGTGAAATGGAGCTTGTCTCAATAAAGACATCCTGTTTCAGTTTGGTCTTTTTTTATGCTACAGTAGCTTCAGTGATCAACTATCCAATCACTGCCCAAAGACACCAGTCCTAATGCGTCACCCTCTTAAGTTGTATTTATATTGGTATTATTGCCAACGTAGATTTATGAATAATGATGTCTATAAGTTGTTTCATCACAGCTCTTAATATGAAAACGCTAGACTTGTCTTAGGAAGTTTATGTTTCTTCAGAATGGGGCAGGGACACATAATAAATGAGAAAAATAAGGGTTAGAAATTTGTCTTTGTTTACAATTCTGTTCAAATTCATGTTGAATTTCAGCTGAAGGGCTAGATTTGTCTCAAAGACCCCAGACTGAACAATAGTTTAATGATGCATAAGAAAGTTGTTAAGATTACACAAATACCCTGCAGTACCTTTGTTAGAGTTCAAAAATAATACTGCGGTTTTAATTTAATATTGTTTCTAGTTAACTTTATACTCCATGTCGAAGTATGATAGCTGAAGTTTAGTCCAGTACATAAGAGTAAAATTAAGATCCCATGGCATTAACATATTTCATCAACATAACCACAAGGTGTATAAAAAGCTTTAAAGAAATTAAGATGGACATATTTAATTCCATATATTTACCTTGAGGTGTAATTGATATAGAAATTCAAATAATGACTGTCTTATAAGATGAGGTATAGCTTGATATATGCACCCAGTCACCCAGTATATGAAGTACTCCACTTCCTTTAGTGGAGAAACAAAGATGGCGGTGAGAACTCTTAGGGGGATGTCTATTTCATTAACTTTTTTTTCAATTGTTAGTGTTCTTTATAATATATTAAAGTAACCGTAGAAACTATGAACAGTTTTCTTCTCTTTAACAAATGTACAACTCTTTATGCATTATGTATAACAATAATAGCACCCCTTTCAAGGAGTGATAGGAAATCCTTTAAATTGACGCACTTAAGCAATTATTCTGACCTATCATAATCACAAGATGAGCAAGTAATGCATTTGAATGTAAAATAAATTACCATTGCACTCTTTTTACCTTTTGGtttatacattttaaagtgagcTGGAAAGAATTTGTGAGAAGGTTTCACCGCAGTCTATAGAGTTCTTCCAAATACATTTATAGAAAGCAACTTTAAAAATGAATATTATTACAGTTTCTTAAATCTATTTTGCTAACATGGGTTATTATTTCATAGAAAGACGAGGATTAAGTCAGTTTCAGGATGTTATTTATGAAAATCTTAAAATGAAGAAAACATATTTATGAGTAACCtcaagaaatgtgtttttttaattaaaaatacAAGAAGTTAATATATTTCTAAACACAGGAAAGTTGGTTTCTACTAacggttaaaaaaaataaaatacgttTTATTTATGAAAGTTATGGACTCACCTCCACACTGTATTTCATTGTAAATGAAATATAAGCTGATGTGTGTTCCCCATAGCTTATATTTTAACTTCCGATATGCACTATTTAAAAGAACACCCGTGCATTCACAGTGGAATTATGACagaaaataatataatatttttAGGATTTGGAGGTATTTTAGTCACTGAGCATCAATATTGTGCCTCAATTACACATGTATTTCTTGCATCAGCACTCTCTCTATGCTGCTTGCTTACATTTTCCCCTTTGACTAACCCCATACTGACTGGCCCCATTACACATTTCCTCTGGAGTCTTAACTTGCTTTTATTAATCTCTAACTTTTTATGCTAACACAGCTTCAGTTGTGATTGCAATGCTGAGAACGAGTGATTCAGGTGTCCCACAGGGGCACATGTTAAACACATTCAGATAAACACATTCATATGTCTACTACTTGGGACCCTTTGTGATTGGTAAGGCAAGAGAGGACATCATCAAAGCCTTAATGAATGATTACCTGAAAATTGGGCTCAAGTTTCTTCTTGAAAACATGACAGGCTGAGAACTGAGCTGAGTGATCAATAGTTTAGCACATAGGCACACTGTGTAGTAGATCTATGGtaaccagccacacacacacacaccaacacattcatATCCGTACTAGTTTGCATGTATCTTGTATGGTCACCTAGACTGGATAAACACCACAGATCCTTTGTGTTTGGTTTTAACACAAGGGGTCTGGGGCTGGTTGTTCCTTGTAGATTTTCATAGTTGGCGCCCCTTCAGAAAACAGAAAAGGACAAGTGTTTCAGGTGAAGCAAAGAGAGGCCGTTTCTGTCCCCATGTGACACGGTCAGTATTTGACCCTTTTCATTTTCTCATCCCAGTTCTATAAAGAGGGAAGGAAAGCTTGATTGTCATTCCTTCACATATGGATGAacctaaaaatgtatttatttaatctcAAAACTAGGTAGTTAAAAGTGAATATTTGTCGTACAATTCAACATGTCAGGACGGTATTTTCCGCCACAACTGACTGAAGCAGGGGGACTGAAATGACCTTCAC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Function


GO: NA

KEGG: NA

RNA


RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
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TU153489 True 5418 lncRNA 0.34 1 32996591 33002008

Neighbor


gene id symbol gene type direction distance location
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LOC110487411 LOC106605313 coding upstream 106776 32877901 ~ 32882058 (+)
LOC110487428 NA coding upstream 112984 32873188 ~ 32875850 (+)
LOC110487398 LOC106605316 coding upstream 136691 32775600 ~ 32852143 (+)
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LOC110487571 m4a8a coding downstream 28304 33030310 ~ 33033853 (+)
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G133417 NA non-coding downstream 81342 33083348 ~ 33083575 (+)
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G131491 NA other upstream 2288211 30700182 ~ 30700623 (+)
G133473 LOC106605294 other downstream 165432 33167438 ~ 33169378 (+)
G133663 LOC106605282 other downstream 494448 33496454 ~ 33497285 (+)
G133760 LOC106605274 other downstream 812027 33814033 ~ 33814483 (+)
G134735 LOC100136012 other downstream 960411 33962417 ~ 33962658 (+)
si:dkey-30e9.6 LOC106605205 other downstream 1685949 34687955 ~ 34692286 (+)

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