XLOC_020642 (CABZ01085140.1)


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_020642
gene name CABZ01085140.1
gene type coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007133.7
NCBI id CM002906.2
chromosome length 39133080
location 44365 ~ 50878 (-)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00040839
atatatatatatatatatatatatatatatatatacttttgctctgcctaaaaaatgtaaataaaaagcaataggaaaatgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtttagtatgTGTGGAATGGCAGTGCTTTTGGATGATGGTGGAGGTGATGAAGAGTTTGACGTGGGCGACGGGATCCGGATGCTGCCGCCGCCTCCAGCTCAGTGTGACGGTGGGGTCTGGGGCCCCCGGCGGGGCTGCTGCGGGTGTGTGATATGGACACTGGTCCTGCTGCTGTGGAAcctgctgctgctggtggtgtgtgtgtgtctgatgttcCTGGTGTTTGGCCTCGTCCTGCTGCCCGCCGCCCTGCTGCTGTACGCTGGGTTTCTGTGCCACTCGCGGGTTGTGGCTTCTCCTGCTCCTCTCTGCAGTTACCTTGACGACAACAGTTGCTCCGCCCTCATCATCCTGGGCTTTGTCATGATGTCACCACTGGTCGTGATTGCCGCAGCAACCTTCTGCGCTCTTCTCAGACGGCTCCACCTTCTTTTATATTTTCAGCCAATCACTGGAGCTCGTTACCAAGGGAGGGGCTTGGGCTGGAGGCAGGACTTCCACGCCTGGGTTTGACTGACACGCCCACCAATCTCAGGTGACCTGTGAGGGGTCAAAGGGCGAGCGATGTCACAGGACAGCGCTACTGTAAATCTGCAGAAACACAATCATGTAAAACAATCCACGGAACTAAAGAGACGCTCTTCAGACTGTGTTACCAGTGTATTTTCATTATTCTATGACTGCTTTTGTTCTATTGACGCATttgcaagtcagaattattggccctcctgtgagtttctttatcaaatatttcccagatgatgttgaacagattcaggagttgttcacagtgtttcctctaatatttgttcttctagagaaagtctgatttgttttatttgggctagaataaaagcagtgtcagtgtttaatagttttaaactcattttaaggtcaatattattggccccttcagcaatattagtgttggattgtctccagaacaaaccactgttatacaatgacttgcctaattaccctaactttaccctaattaccctagtgaagcctttacatgccactttaagctgaacactagtgtcttgaagaatatctagtctaatattattcactgtcatcatgatgaagaggaaataaatcagtgattagagatgagttattaacactattatgtgcagaaatgtgttttactttcagtttaacagaaattggtggaaaaatattaaagaacatAAATTTaacaaaagggctaataattctgacttcacctgattatatatactgtatatacagcaatatatatataaccacAAACACATCATATACGTCAACAAAAACAGGCCTGCAAATGCATGCTAACACCCATAAGCTATATATAACTCTCTCAAACATATAAATAATGCCCCtacaaaaacatgtaaatacaCCAAACAACAGATGTATAAGCCCACAGAACCATGTATATATGCGCAATTGATTGCATATGACCAAAAACACATGCGTAGACCCATGAATCCATGCATATTCCCCCAGACGCATGCATATCATCATTTCCCCCATATCACATGCACATGCAGCATTTAATTTCTGGATTTATGCAGTTTCTCTTAccggataaaaagtttatcctacttatttttgtgcacatttgtttttaaggggtggtccagagtgtatatTTAAGGCttagttgtgtttataagatgctaAGCAGTATGTGCTCATGCTGcacttgtagaaaatcaggtTATGTTTTCACATATCTTACTTGGATGATACACAGCTACTCAGTAGTGATGTGCGATATCACTGGTTTTCTATCCAATCCCATACCATGTAAAATGAAGGCAAGTATCGGCGATACCGATCCGATACTGGCCAAAAATGACTGTATGGTATATTAAAATAACAAGTAGTGTACTTAAAAGTGTCAATTGAATATGAGACATATTGCgggttattattgtttattgatgAAGAATCGTCATACAAAAACAGCCaacttacatatttattgacagcatCTGAGCACAGGGGTGCAACTGCGCATTTACTGATGGGCTTGCGGCTTTAACTTTTGCGCCCCCCCCCCTAAAACCAATTTTATTGCCAAactatttccatcaataaataaaagatattttttcCTCATCAACGTGcttcaaacaaatacatttcacagtcctgaacacaactgaaatagtatgaggTAGTGAAAGGTATAATTACGTTACGCATGTTGAATTACATCGCAAAGAATTACATCTCATCCCTCCCCAAACTTCTCAATTTAATTTCCTTACCAAATGATTACAGCACCTTAACTTGCCTTGCTTTTGGattttttgtactacatttgtcaaaacaaaatgatagatgtGGAAGtactaaagggcaaaagaactttgcaattacttctcacatgcgTCTGTGAGAGGTGTAAGATGTGTCTTTGCAGGAACAATGGACTGAAACAGCTATACACCTCTCactagtgaaataaaaaagactgtaaaatgtttagtgcaaaagacaaactgcctgaaatgttctatcttattaaaatgttatgggAAACTTTATctgtagctaaaattaaaatagttttgagcaaaagaagttaccaaaaggcctgatgaatcaatatgatgcataataaattcataaacacctgtatatggtatgaaaaatggggggaggggataataataatattattatatattaattttattattattattattattattattatcattattatatttattattatttttattatgtgaaacttttaatttggataatttcaaaaatagttttggtacaatgagagattctggaagttctcccttgtcaaatgctagagctatacctgttttataattctctggaacatcaTTTAATTAAACTGTAAGCTCTTCTCTcgttgtgttgtgtcctttggaagtccaaatacagaaacagaagaagctctgtgggaatagcagcgtttggacgcaattttagctttctctgctagaacattacagcgcctctggccacacccctcCGCTGCGCAGGGTGTGTGCGTGTGGTGAATGCTCATCATAACCCTTGTGATGTCATTAGCCCTGTTGAATGCTTTGTAGTCCCCAAagtttgttcgctgtaggctttgctaagctaactctgtaaaacatttccctttgcattgaactgtGAGCGACTTACAGTCAGAGATGCTGTTCATGTCCACACAGCTACAtacacaacattcattcattcattcattcattttctttttggattagtccctttattaatctgatgttgccacagcggaatgaaccggcaacttatccagcacattttatacacagcggatggccttccagctgcaacccatcactgggaaacatccatacacactcattcgcacacatgcACTACgaacaattcagcttacccaattcccctatagcgcatgtgtttggactgtggaggaaacccacgccaacacggggagaacatgcaaactccacacagaaacaccaactgacccagccgggactcgaaccagtaaccttcttgctgtgaggcgatgggGCTACCCACTGCTCAACCCTGCTCAACCCagtacacatcaactaaagtttaacatgatatcgtagtggaccacccctttaataaatgtgcatattGTGTGCTCATTAATTATGACCAGGGCCAGGCAGAATCTtcatttctttaaattaaaagtaaCTATGTacctttaatttaatgttatCAAAGCCCAATCAGATGCACTGGTTTGAGAAATGTTCCTCTTCTATATGGCGTGTACTCTTTCATGCCGAGCACTGTATATTCCTCTTTATCTCTTTTGTCTGTGATGTCTGTGTGTTGTGCTCTAAACCCCTCCCCCATCAAGAGTGGCCACGCCCCTCAATGCCGATTGGCTGATCAGTCCACATTTGCATTTTTCAAACATGGCTTGCAGCAGCTTGAATGCAGCATCTCAATAAGACGTTCTTTGTTTTGGAAAAAGCCTCGGTGTGTAGTGCACCTGTACTAGTCTGAGTGGGTGTCAGTGCTGTGTGTGATTGGTGTTGGTCTAACGTGAATAAACCGACTCAAACCTAATCTGTGCTGG

Function

GO: NA

KEGG: NA

Ensembl:

ensembl_id ENSDARG00000098070

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00040839 True 4206 mRNA 0.40 2 44365 50878

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_020641 NA coding downstream 8249 27146 ~ 36116 (-)
XLOC_020640 mrpl20 coding downstream 33539 9165 ~ 10826 (-)
XLOC_020639 atad3 coding downstream 37315 5156 ~ 7050 (-)
XLOC_020643 CABZ01085139.1 coding upstream 5766 56644 ~ 57177 (-)
XLOC_020644 CABZ01101813.1 coding upstream 25591 76469 ~ 80533 (-)
XLOC_020645 ndufaf3 coding upstream 34719 85597 ~ 94519 (-)
XLOC_020646 NA coding upstream 50204 101082 ~ 101447 (-)
XLOC_020647 si:ch1073-335m2.2 coding upstream 80089 130967 ~ 155627 (-)
XLOC_020657 NA non-coding upstream 262832 313710 ~ 315380 (-)
XLOC_020664 NA non-coding upstream 341741 392619 ~ 395900 (-)
XLOC_020672 NA non-coding upstream 609039 659917 ~ 697504 (-)
XLOC_020673 NA non-coding upstream 649335 700213 ~ 704907 (-)

Expression


Co-expression Network

Homologous

species gene id symbol gene type chromosome NCBI id location
rainbow trout (Oncorhynchus mykiss) LOC110494366 LOC106565648 misc NC_048581.1 CM023235.2 63909040 ~ 63919556 (+)