rbpms2a (LOC106560779)


Basic Information

Item Value
gene id rbpms2a
gene name LOC106560779
gene type coding
species rainbow trout (Oncorhynchus mykiss)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048566.1
NCBI id CM023220.2
chromosome length 103806877
location 53637305 ~ 53651854 (+)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome

Sequence

>XM_021564940.2
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>XR_005037045.1
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>XR_005037046.1
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Function

NR:

description
RNA-binding protein with multiple splicing 2

GO:

id name namespace
GO:0003676 nucleic acid binding molecular_function
GO:0000166 nucleotide binding molecular_function

KEGG:

id description
K25091 RBPMS; RNA-binding protein with multiple splicing

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
XM_021564940.2 False 2180 mRNA 0.43 8 53637305 53651854
XM_036950411.1 False 2195 mRNA 0.44 8 53637305 53651854
XR_005037045.1 False 2115 mRNA 0.44 9 53637305 53651854
XR_005037046.1 True 2100 mRNA 0.44 9 53637305 53651854

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
psma4 psma4 coding upstream 170989 53444044 ~ 53466316 (+)
ireb2 ireb2 coding upstream 198536 53416113 ~ 53438769 (+)
wdr61 wdr61 coding upstream 266925 53351100 ~ 53370380 (+)
sin3aa sin3a coding upstream 351881 53252808 ~ 53285424 (+)
ptpn9a ptpn9 coding upstream 388078 53205081 ~ 53249227 (+)
LOC110491473 ap3b2 coding downstream 47964 53699818 ~ 53797088 (+)
cpeb1a LOC106560740 coding downstream 145372 53797226 ~ 53823634 (+)
snx1a LOC106560773 coding downstream 200974 53852828 ~ 53868273 (+)
snx22 LOC106560771 coding downstream 215662 53867516 ~ 53890738 (+)
LOC110491599 NA coding downstream 242280 53894134 ~ 53898191 (+)
G158514 NA non-coding upstream 82682 53554358 ~ 53554623 (+)
G158496 NA non-coding upstream 91210 53545871 ~ 53546095 (+)
G158495 NA non-coding upstream 91532 53545571 ~ 53545773 (+)
G158492 NA non-coding upstream 92555 53544529 ~ 53544750 (+)
G158490 NA non-coding upstream 93319 53543361 ~ 53543986 (+)
G158607 NA non-coding downstream 25115 53676969 ~ 53677266 (+)
G158584 NA non-coding downstream 30788 53682642 ~ 53682859 (+)
G158583 NA non-coding downstream 31078 53682932 ~ 53685702 (+)
G158612 NA non-coding downstream 33922 53685776 ~ 53685981 (+)
G158613 NA non-coding downstream 34184 53686038 ~ 53686811 (+)
G156000 LOC106560791 other upstream 1813123 51816510 ~ 51824182 (+)
G155541 NA other upstream 2216183 51420847 ~ 51421122 (+)
rl28 rl28 other upstream 2220187 51412121 ~ 51417154 (+)
LOC110501653 LOC106560673 other upstream 2314872 51317121 ~ 51339537 (+)
G154859 NA other upstream 2470131 51165415 ~ 51167174 (+)
G158778 LOC106560766 other downstream 369754 54021608 ~ 54021904 (+)
G159415 NA other downstream 701129 54352983 ~ 54353388 (+)
G159889 LOC106562215 other downstream 1076442 54728296 ~ 54728860 (+)
G160569 NA other downstream 2294289 55946143 ~ 55947245 (+)
G161687 NA other downstream 2593190 56245044 ~ 56252598 (+)

Expression


Co-expression Network