LOC110495533 (lysmd4)


Basic Information

Item Value
gene id LOC110495533
gene name lysmd4
gene type coding
species rainbow trout (Oncorhynchus mykiss)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048566.1
NCBI id CM023220.2
chromosome length 103806877
location 71766251 ~ 71772246 (+)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome

Sequence

>XM_021570845.2
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>XM_021570862.2
ATGATCAAATATCTGATTCTGAATCAGTACATCGATCCACAGGCATCATGGTTGTCTGAGCCGTGTGTCAGTTCTGGCAGCTTTGTGGGAATTTGACACTATGTGAAAACTAGATGAGTTACTTTAAACCCGGCTTGTTGTGATGCGGAGAGGAGACCCTGTTCCCCGCGCCTTCCAGGCCCCAGTGGATGTCCATGCTAGTGTAGATGGCCAGGTGTACATGTTCAGGCGAGGCCAGCAGAATGACTCTGCTGGCTCTTCAGAGGAAGAAGAGTTCAATGTGATGGAATTGAGGCCCTGGGGGTGGCAGGAGCTGGAACAGGACAGACGCGGTAGCCTCATGCTGCTGGAGAGGGATGTATTGGTTGGGGACAACCTCAACAAACTTGCTCTGCAATATGGCTGCAAGGTGGCAGACATAAAGAGAGTGAACAACCTGATTCAGGAACAGGATATATTTGCTTTGAAATCAATCAAAATCCCTGTGAAGAAACACAGCTTATTGACTGAGGCTAACACAGAGCTAAAAGTGCCAGATCCAGGAACCTCAAATTCAGCCACACCACTGCCCCAGCCACAGTGCAAACTTACAGCCAGCTTCCCTGGTAGGCCACATCTACAGGAATACACCGACTACCTCAAGGAAGTGGACCATGACATTGAGAGACTGATCCAAACCACAAATGCACAGGATGAGGTTTTTCTAGAGGCTGCAGAAAGGCCACAAAAGTTGGGCTCCAGAGGCCAGCGCCTGACCAGCTATGGAGCAGACTGGGGCATCCAGTGGTggaatgctgtggtggccatgctcCTGATAGGCATTATCCTGCCTGTCTTTTATGTTGTTTATATCAAAACACAAGATACTGGAGTGCCTGCTGCTGTAGCTACCTCAAACAGCTCAGGGACAGGCCTCAGCACAGATAGCCCTAGGAGCACTTTTAGCAGCCAAGGGAGTGTGTCTCTCAGTCTGAACAAACCTAACACTTAATTGAGGGAAACAATGTCTATGGACTTCATGCTTAACTTTGGTCAACCAATGTTAGCCATAAGTACAATCACTTTGAATCCCTAAATAATGTTCTGCTTAAAGGTCATCAAAGTATTACCTTAATGAAGATGTGTTGCTGTGTAACATTTCTTTACACAAGCTTGAAGCTTTTACTTTAGTATGGATTTCTTTGTGTTTTACCACGTATATTGGGCTTCATAGTTTCCGATTTTGTGTGCCTTATTAGATGCCTGACTTATCCAGTCAACTGTTCTTTCTTGTTTGTGCTAATTATTTTTGAACTTATTTTAACACAAGTGGTTGCTTTGTGACATTACAGCTTCAATTGAATATGGATATTCAGTTTCGGACTTTCTTAGACAATCTGAACTAATGgtacaaaatgttttatttttctatGATAAGGATACAATGCCAACAGTGCCATTTACAGAGATGTGTATGAactaacatgtttttattttgtttcaaTGCTTTATTAAGTGCAGTAAATGTCCTTTTAAAGGGATAATTGTGGATTTGATCTACTTCCTCAgggtcagatgaacttgtggatagcATTTTTTTGCATTTGCTTGCAGTGTTTTGGTAGTTTTGTGAGTCAATGCTAACCAGCGTTCGCGCAATGCCTGGAAGTCTACTGTTCCCATAGACTTTCAGttattgtgctaatgctagttagcaacttccttcaaactgcacgaagatacagtacatacaaatGTTATCCACAAATTCATCGGACTCTGGGGAAATaggtaaagggcctcattgccaaaacccccgaactatccctttaaactaGGAATTAAAACTAAACCTGCATGCATAAAATGTCCGCTTGCAGGTCTGTGAACTAGGCTATGCGGTGTGTTACACTGATGTAGGCCAGGCCTATCAGACAGCAAAGCAGTCAAAGCTTTTTCAATACTGCTGCCATGGTCCGTTTCAATCAAGTGCTCTTACTCTATGTGCCAATCAGTTAATGTTACTCCTGGAAAAATATAGCCTGATATTCCTATTGCCTTTGATCCAAAACAAACAGTGAGAATAATGTGAATTAATTAATTACTCCGGTCAGTAACAACTTTTATAAGTTAGCATTAGTGTTATTTTCCAAAGTTACATAAGTGTTTTGAGAATGTATGAACCATTCAAGAGGGCTCAAATTATGAATCATTTGAAACATGTTGGCAGTATTTTATCAAACTGACCCTTTTCAGTATTTTCCCCATTACTTTTTAAATTGGTTAACAATTATTATTTTCAAGCATAGCCTACAGTATGTAAGGCACAGGACCAGTGAGCAGTGACACAATGAAACTATTTGTTGCAGGACGAAGTTTTAACTGTTAGTTGTAACTGagaagtgtgtgtatatgtgtgtgtgtaatatatatatatatatatatatataacgcaacatgtaaagttttggtcccatgtttcatgagctgaaataaaaaatcccagaaagtTTCCATACA
>XM_021570855.2
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>XM_021570836.2
gagtgaaggaaGCAAGCAAGCATGGAATGTCAAAAATATATTCGGCCGTTTAGCTAGCTACTGGTAGCTGTTAACGTTACCACGTAGCTAAATAGCTTGCTGGTTATTTTGTTCGTCCTGTCGTTTTATGCTTGTTGTGATGCGGAGAGGAGACCCTGTTCCCCGCGCCTTCCAGGCCCCAGTGGATGTCCATGCTAGTGTAGATGGCCAGGTGTACATGTTCAGGCGAGGCCAGCAGAATGACTCTGCTGGCTCTTCAGAGGAAGAAGAGTTCAATGTGATGGAATTGAGGCCCTGGGGGTGGCAGGAGCTGGAACAGGACAGACGCGGTAGCCTCATGCTGCTGGAGAGGGATGTATTGGTTGGGGACAACCTCAACAAACTTGCTCTGCAATATGGCTGCAAGGTGGCAGACATAAAGAGAGTGAACAACCTGATTCAGGAACAGGATATATTTGCTTTGAAATCAATCAAAATCCCTGTGAAGAAACACAGCTTATTGACTGAGGCTAACACAGAGCTAAAAGTGCCAGATCCAGGAACCTCAAATTCAGCCACACCACTGCCCCAGCCACAGTGCAAACTTACAGCCAGCTTCCCTGGTAGGCCACATCTACAGGAATACACCGACTACCTCAAGGAAGTGGACCATGACATTGAGAGACTGATCCAAACCACAAATGCACAGGATGAGGTTTTTCTAGAGGCTGCAGAAAGGCCACAAAAGTTGGGCTCCAGAGGCCAGCGCCTGACCAGCTATGGAGCAGACTGGGGCATCCAGTGGTggaatgctgtggtggccatgctcCTGATAGGCATTATCCTGCCTGTCTTTTATGTTGTTTATATCAAAACACAAGATACTGGAGTGCCTGCTGCTGTAGCTACCTCAAACAGCTCAGGGACAGGCCTCAGCACAGATAGCCCTAGGAGCACTTTTAGCAGCCAAGGGAGTGTGTCTCTCAGTCTGAACAAACCTAACACTTAATTGAGGGAAACAATGTCTATGGACTTCATGCTTAACTTTGGTCAACCAATGTTAGCCATAAGTACAATCACTTTGAATCCCTAAATAATGTTCTGCTTAAAGGTCATCAAAGTATTACCTTAATGAAGATGTGTTGCTGTGTAACATTTCTTTACACAAGCTTGAAGCTTTTACTTTAGTATGGATTTCTTTGTGTTTTACCACGTATATTGGGCTTCATAGTTTCCGATTTTGTGTGCCTTATTAGATGCCTGACTTATCCAGTCAACTGTTCTTTCTTGTTTGTGCTAATTATTTTTGAACTTATTTTAACACAAGTGGTTGCTTTGTGACATTACAGCTTCAATTGAATATGGATATTCAGTTTCGGACTTTCTTAGACAATCTGAACTAATGgtacaaaatgttttatttttctatGATAAGGATACAATGCCAACAGTGCCATTTACAGAGATGTGTATGAactaacatgtttttattttgtttcaaTGCTTTATTAAGTGCAGTAAATGTCCTTTTAAAGGGATAATTGTGGATTTGATCTACTTCCTCAgggtcagatgaacttgtggatagcATTTTTTTGCATTTGCTTGCAGTGTTTTGGTAGTTTTGTGAGTCAATGCTAACCAGCGTTCGCGCAATGCCTGGAAGTCTACTGTTCCCATAGACTTTCAGttattgtgctaatgctagttagcaacttccttcaaactgcacgaagatacagtacatacaaatGTTATCCACAAATTCATCGGACTCTGGGGAAATaggtaaagggcctcattgccaaaacccccgaactatccctttaaactaGGAATTAAAACTAAACCTGCATGCATAAAATGTCCGCTTGCAGGTCTGTGAACTAGGCTATGCGGTGTGTTACACTGATGTAGGCCAGGCCTATCAGACAGCAAAGCAGTCAAAGCTTTTTCAATACTGCTGCCATGGTCCGTTTCAATCAAGTGCTCTTACTCTATGTGCCAATCAGTTAATGTTACTCCTGGAAAAATATAGCCTGATATTCCTATTGCCTTTGATCCAAAACAAACAGTGAGAATAATGTGAATTAATTAATTACTCCGGTCAGTAACAACTTTTATAAGTTAGCATTAGTGTTATTTTCCAAAGTTACATAAGTGTTTTGAGAATGTATGAACCATTCAAGAGGGCTCAAATTATGAATCATTTGAAACATGTTGGCAGTATTTTATCAAACTGACCCTTTTCAGTATTTTCCCCATTACTTTTTAAATTGGTTAACAATTATTATTTTCAAGCATAGCCTACAGTATGTAAGGCACAGGACCAGTGAGCAGTGACACAATGAAACTATTTGTTGCAGGACGAAGTTTTAACTGTTAGTTGTAACTGagaagtgtgtgtatatgtgtgtgtgtaatatatatatatatatatatatataacgcaacatgtaaagttttggtcccatgtttcatgagctgaaataaaaaatcccagaaagtTTCCATACA

Function

symbol description
lysmd4 Predicted to be located in membrane. Predicted to be integral component of membrane. Is expressed in central nervous system. Orthologous to human LYSMD4 (LysM domain containing 4).

NR:

description
lysM and putative peptidoglycan-binding domain-containing protein 4-like isoform X1

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
XM_021570845.2 False 2507 mRNA 0.41 3 71766251 71772246
XM_021570862.2 False 2499 mRNA 0.41 3 71766256 71772246
XM_021570855.2 False 2502 mRNA 0.41 3 71766525 71772246
XM_021570836.2 True 2496 mRNA 0.41 3 71766528 71772246

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
LOC110495511 arrdc4 coding upstream 52521 71705084 ~ 71713730 (+)
LOC110495497 NA coding upstream 323488 71432338 ~ 71442763 (+)
LOC110495472 NA coding upstream 503426 71255348 ~ 71262825 (+)
LOC110495464 mctp2 coding upstream 616277 71108902 ~ 71149974 (+)
LOC110495445 mef2a coding upstream 676133 70994926 ~ 71090118 (+)
LOC118941481 NA coding downstream 172439 71944685 ~ 71960099 (+)
LOC118937292 NA coding downstream 189473 71961719 ~ 71982821 (+)
LOC110495562 LOC106561144 coding downstream 223448 71995694 ~ 72008263 (+)
LOC110495604 LOC106573778 coding downstream 287610 72059717 ~ 72065199 (+)
LOC110533853 LOC106561194 coding downstream 478638 72250884 ~ 72253809 (+)
G179651 NA non-coding upstream 291339 71474644 ~ 71474912 (+)
G179649 NA non-coding upstream 294718 71471331 ~ 71471533 (+)
G179647 NA non-coding upstream 296320 71469696 ~ 71469931 (+)
G179564 LOC105023478 non-coding upstream 341606 71353606 ~ 71424645 (+)
G179530 NA non-coding upstream 449412 71316442 ~ 71316839 (+)
G180438 NA non-coding downstream 188736 71960982 ~ 71961201 (+)
G180449 NA non-coding downstream 206382 71978628 ~ 71978830 (+)
G180454 NA non-coding downstream 214525 71986771 ~ 71986991 (+)
G180456 NA non-coding downstream 216063 71988309 ~ 71988640 (+)
igf1ra igf1r other upstream 958347 70794530 ~ 70905277 (+)
G177812 NA other upstream 1652811 70107286 ~ 70113440 (+)
G177067 NA other upstream 2308818 69456558 ~ 69457433 (+)
G176725 lonp2 other upstream 2808365 68956263 ~ 68957886 (+)
G176612 LOC100846954 other upstream 2904883 68860838 ~ 68861368 (+)
G181995 NA other downstream 1569134 73341380 ~ 73342277 (+)
LOC110501876 LOC106561170 other downstream 1804519 73456669 ~ 73580075 (+)
G182139 LOC106561173 other downstream 1834646 73606892 ~ 73610237 (+)

Expression


Co-expression Network