LOC110495604 (LOC106573778)


Basic Information

Item Value
gene id LOC110495604
gene name LOC106573778
gene type misc
species rainbow trout (Oncorhynchus mykiss)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048566.1
NCBI id CM023220.2
chromosome length 103806877
location 72059717 ~ 72065199 (+)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome

Sequence

>XR_002469455.2
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>TU204899
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>TU204900
TCCTCCTCCCTTTTCCCTGCACGCATTCCAAATGAAATCATGAAGGGATTGTAGGCTACTAGAAGCAACGGGCTTTGACAGCAGCTAGGAAAAACTGAGAGCAGCGACCATTCAGGAGATAATTGTTAGGTTATACAGATGGATAGGCTATTTACACCGTTTTAAGGAACCGGTTCGTTTGACGAGTGGATGCGCAATTTTAAACACTTCCTTGAAATGTCACAGAATGTCATCATCGCCAATCTTGAATCGCATATCTTCCTTGGCTTCGTGAAAGAAATTTAGAGAGAAAGAAACGACGATTATTTTCACAAGCAATTTACTCTTATTCTTTCAAGCAGGATGGTTTCATACAGTTTAATATTCACTTTGGTTATTGCTGCGGCATGGAAAGTTATAGGTGAACCACAAACTGTGTCTTCACCCGCAACGCAGTTAAATTCAACACCAACCCACCATGGAGGGGATTTGTCAAATAATATCACAGATCATGCACAGACCGAATCAAGAATGTATTCAATATTACAATATCTTCCGACTCTTAAAAATATTGTAATTATTATCTGCGTGCTAACAGCTGTTCTCATCACGTGCTTGGTCATCAAAGTGATCAGATCTGGAAGGAGAATAAGGAAAACACGAAAGTATGACATAATCACTACACCAGCAGAGCGAGTAGAGATGGCTCCTTTGAATGAGGAgaatgaggaagaagaggactCCACCCTCTTTGATGTCAAGTACAGGTGAATGCCAGCATTAAACAGAGGATGTTGGATTTTAATCCCACCATTTTCTCCAGTGGGAACACAACCCAAGGATATGTGGCCTAATGCAGTCTCCAGATGTCTTCAGTGTTTGGTAACTTTTGTCAAGTCTAGTCAAGTTTCCGATCTCACCGATATTTGCAGAAAAGGTTACCTCTGTGGTCTGGTATTCTAGAATGTATTCTGATTGTAAACATGCTGTATTTACAATCCTTTTGTACACATCAGACACTTCCAACATCAGAGGGATGTTGCCAATAGATTGTGAATTGGGGCTAGCTCAGTAAATTTGAATCTTCTTTAAGCAAAAATAAAATGCATAGAGAACATTTGATGGCTTTTGCTGTCTGCAAGGCAATCCTTTTGCCGTCCTGTAATGCTTATGGTATATTATTCACTAATAATATAAGATACAATCCTCAGAATAATATTTTATATAAATACTTATTTACTCGTCTGTTGCAAAGATTATTTTAATTGTCTTATTATTCTTATTCCAAATATTACACTAACCACTCAAATGTGCATACACTGTATACTGTCTGAGGCTTTCTGTCCTCTGTCTCATAGTTTGTTTGGGTGCATATTTTTACTGTATGTGTTTGAGAGTCTCCCATTTTGCTGCTATCTCTAACCTGGGGTTGGATAAGGTTTCTAGTGCATATGTTTGGTCACAATGACAAACAAGTATATTGAAGAACAGGTCATAGAATATACTTTGTATGATTTTGGAAATACATGTACGTTTCTCAAAGTTGAATTGTAAAATATATCAATGTATATTTGAATATACAAACAGTATCTCATCTTTTTTTACCATTATTACCTTGCCAGACATGTTCCGAGACCGGGTCATTGGTGTGTTCTAGTGAATGTAATTACACATAACAGGCAAATCCCGGTATTGCTCACACAGGCTTATTAAAAATGGTAACCTTAACCCAGGACTTTCGTGGCATGTTCCACATTTACTCAGAACTTGTGGAATTAATTATTTGATTGGTTCCATGCCACAATGATTGGCTTTGCGACTAGACTGATGTGTGATAGATATTTCTTTTAAGTGAAGGAATAATCATGGATAACTAACTACTCTTACAAAATGAATGCTTTTAAGCTGTTGATGGAAGAAATAGTGTGAGAAGGGAGGGTTATGACTGTTGTAATATAAATGTATGCAGATTACTTTCAAATGAAATTGGCACCTACCTCTTTCCTGTAATAATTGAGAAAGTTGAAACCCCAAACAACGTCCCACCATTTAGACAGTTGCAGTATAATAAACTGACCAATGGACTGTCAAACTTTGGTTTTTCTATTTCAAAATAGAAGCAATTGAACAGCcaatgtgtatgtacagtgccttttaATTGGACCATACATCAGTAAATGGAGTGCATACTTTCACATTCAGAAGCTTTACATTAGCCTACCCCTACAATTAAAACACATTGTTGGACAAAAGTTACCCATCAACTCAGGTATTTCAAGGCACCTCTGACGTGTCGCTCTAAATAGTCTAACACATGAGGAATACTTTTGATTGAAACAAAAGTACATGTTTAAAGAATCAGTTAATATGAAGAAATAACTCAAAGAATCATTCCATCCTTAGATAATGTGGTCTTTAGGTCCTCTGGAAATGTAGTGTAGTAATATAAAAAACGTGTTGAATCCTTAATGTCACCTTGTCTGTTTAACCAGTTTTGTTATCTGAGAGTACACTATCAACTAGAGTACATACGGGGGGTTTCCAGGAAGTTCAAATGGAATTAATTTGAGTTATCTGATAAGTAACACCAttagaggaacttaaaacgttctgTTCAATCTTCCTATGCCACATTGTCAGAGAGCACATTATGATTTTAAGCTGTTAACTTGTTTTCCATTTAGATTTGTATTTTTCAGCCTGCAGTTAAAATAAATTACTGTTGAAGATTGACAGTAAGATTCAAGTTTTTCATTGTATACAAATATAAAAAACTTGAGTCCAGTTTGGATTATTATTTTATGTTTCAGTCATCAGAGGATTTTAATTTAGGATATTTTGAGTGTGATTTAGTTAATTCTGTAGTTTTCAATAATGTACAGGTAGTCTTGTTTCTTTGATTGTATTCTTGATATATTTCTTTTAGATGCATTGTTGCTAAAACATTTCCACCTTCCTCATTTCTCTCCTCTGCAATTGATTTCTTCTACAAAATCCTCTCTAAAAGGATAATAGTGTGAATGTTTCTGATCTTCAGTGCAGTGTTTGAATGTACAAGTAATTTATTTTGGGGTTTATGTCTCGTAACAATATTCATTTGAACTTTATTGAGAAACTTTTATTTGAAATGAATATTCTGGTTAAGGCAGCTTTTCCTCTGGTAAATTTAATCAAAGCTGTCATACTATATCTAGATCATTGCTAATTACCCTCATCCCAACTCTAAGCCAAAAATGCCTAAGTGAGAACCATTGTTTAATGCTTCTTTTGAAGAATATAGAAAGCATGTCTAGCTTGGTTTTTCTGTcacaaaaaatgtaattgtaGAGTTAACTACCCACTGGCTGGCTCCATGTTTTTTTTCCAAATAAAAGTACTCTCCCTCACCATCAA

Function

NR:

description
unnamed protein product

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
XR_002469455.2 False 3260 mRNA 0.35 3 72059856 72065199
TU204899 False 3395 TUCP 0.36 3 72059717 72065195
TU204900 True 3372 TUCP 0.36 4 72059717 72065195

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
LOC110495562 LOC106561144 coding upstream 51593 71995694 ~ 72008263 (+)
LOC118937292 NA coding upstream 77035 71961719 ~ 71982821 (+)
LOC118941481 NA coding upstream 99757 71944685 ~ 71960099 (+)
LOC110495533 lysmd4 coding upstream 287610 71766251 ~ 71772246 (+)
LOC110495511 arrdc4 coding upstream 346126 71705084 ~ 71713730 (+)
LOC110533853 LOC106561194 coding downstream 185685 72250884 ~ 72253809 (+)
LOC110495632 LOC106561195 coding downstream 271603 72336802 ~ 72343356 (+)
tln2b LOC106561152 coding downstream 823118 72888317 ~ 73030225 (+)
LOC110495666 LOC106573503 coding downstream 990929 73056128 ~ 73069598 (+)
lactb LOC106561153 coding downstream 1007218 73072417 ~ 73075269 (+)
G180481 NA non-coding upstream 7316 72052304 ~ 72052540 (+)
G180483 NA non-coding upstream 13224 72043386 ~ 72046632 (+)
G180468 LOC106561145 non-coding upstream 41355 72018103 ~ 72018501 (+)
G180458 NA non-coding upstream 69300 71990078 ~ 71990556 (+)
G180456 NA non-coding upstream 71216 71988309 ~ 71988640 (+)
G180501 NA non-coding downstream 10734 72075933 ~ 72076159 (+)
G180502 LOC100380853 non-coding downstream 13875 72079074 ~ 72079455 (+)
G180809 NA non-coding downstream 184444 72249643 ~ 72249876 (+)
G180844 NA non-coding downstream 205794 72270993 ~ 72271320 (+)
G180855 NA non-coding downstream 214004 72279203 ~ 72279529 (+)
igf1ra igf1r other upstream 1251952 70794530 ~ 70905277 (+)
G177812 NA other upstream 1946416 70107286 ~ 70113440 (+)
G177067 NA other upstream 2602423 69456558 ~ 69457433 (+)
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G176612 LOC100846954 other upstream 3198488 68860838 ~ 68861368 (+)
G181995 NA other downstream 1276181 73341380 ~ 73342277 (+)
LOC110501876 LOC106561170 other downstream 1511566 73456669 ~ 73580075 (+)
G182139 LOC106561173 other downstream 1541693 73606892 ~ 73610237 (+)
G182144 NA other downstream 1557337 73622536 ~ 73624518 (+)

Expression


Co-expression Network