LOC110497890 (LOC106561402)


Basic Information

Item Value
gene id LOC110497890
gene name LOC106561402
gene type misc
species rainbow trout (Oncorhynchus mykiss)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048566.1
NCBI id CM023220.2
chromosome length 103806877
location 83408936 ~ 83422350 (+)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome

Sequence

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>XM_021574344.2
agaaggtgttctaaaacattttaccggtagtgtatatatgtcACAGCAGCCATAATACTGACCACTTAGTGCTTCATTGCACAAATAGAACACCACAACATTGTTGTAGGTCATGATAACATTCTATCTATTGCCTACATTTTCCAGGAAGCTTCAAAACTTTTGTGGAATTTGCTTTTGTGGCTTGTTCCTTGGTCACTTGAATTTCTTTAACTTTTGATATGTTATGGCTCAAAGTTTAGCTGTTCATAATATTGAAAAAACCATTCCattaaaattatatttttggaaGTTGGAAGGTTTTACTCTGAGGTAAAAAGGAAAACTGTGTGCACTAATCAGAGCTCAAGTCTGTTAATATTGATCAGTTGGAGCTTTTCTCTCAAAAGAAAGGAAAAAACGTTGATTATAATAGAACAGACTATCCTAAAGTTATAATCCCTCACAAAAGCCAATGAGATTCTTACATTATCGTTTTTATTTCTTTGTTATTAAAGTAGATATGATATTCAATATATTTTCTTCTGAGAGCTTCCTCTATATGTGAATTGTAGTCAGTAAACTTCAACAAAAATCTATATTGGCTGTTGACACTTTATGCACACCCATGCATAGGCCTACATATGCACAACAGTATAGTCTACATTGATTTATATTCCAGCTTGTCTCTTCATGTCTAGGTTATGTAACATTGCATGTGAAGTATTGATGTTGCTCATGTTAGACAGTAAATACTAGAGCCTGCCACACCtaccataaaatatattttctttgttTCTTTGCAGAAATGTTCAGAAAAAAGCCGAAGCAATTTTATTGAACTATTTCAAGATATGCTGTTTCTTTCTCCCAAACATGTTGGACAAGTTTGTGCAGTGTATCCTGGTATTGTGTATATTATGTCTGTTCCTCAGGCCTACACACaacttttcaagtctctccaaCCAACCTTGGCACTGTGGGAGGAATGTCTGTACCCTTGTGGACTCCTCAATGCACATGTCCCAGCAAGCCCTGAATACACTacactgtaggctacacctcaACATGGCCAATGCAGAAAGACATATAAAGGAGCAGCAACATCAAACAGGCCTGTAAAGATTTAACTTACACACAGTCATACTTGTATTCTGTCCTGGGTTTGACTTGTATACAATTGATATTCTGATCTTCCAGGTTATAAAGTTATCTAATAATAGGGTGCTTTCTTGAATCTATATTCTACTCTGCAGACATGTGAAAATGACAAACTTGTCACCGTTTATTTGTCCAAACAAAACTCATACAACATTAATCAGCAGTTATATATATTGTGCACACAGCAGTGGATGTGTTGTCACACCACGCTTCATAAGACGCGGGAGTGGCTGTGCTCTGGTTGACCACTGCAGGCGGCGCCTAGTTGCGCGTTACGAGAATTTCAAGAACTCATAGGTAGGTCAATGGGTGTGTAAACGAAACTGGGAAATCACCTCTTGGGACACATCGTGAATTTGTTAAAAAGTGGTCAAATAAGATGTCGAGCCGGACCAGACCTGGCTACTGTCGCCAGGACGTGAACAAAACCACCTGGGAGGTACCGGAGCAGTACCGGGAGCTGAAACAGGTGGGGACGGGGGCTTACGGTACAGTCTGCTCTGCGGTGGACTTCAGGACAGGGACCAAGGTGGCCATTAAGAAGCTCCACAGGCCCTTCCAGTCTGAGCTCTTTGCTAAGAGGGCCTATCGGGAGCTGAGGCTGCTCAAACACATGAAACATGAAAATGTTATTGGCCTTGTCTATGTATTCACTGCAGACCTCTCCTTGGACAGATTCCATGACTTctaTCTGGTGATGCCCTTCAtgggaacagatctggggaagttgATGAAGTTACAGAATCTCTCGGAGGACAAAGTACAGTTCCTGGTGTATCAGATGCTGAAGGGACTCAAGTATATCCATTCTGCTGGCATCATTCATAGGGACCTCAAACCTGGGAATCTGGCTGTTAACCAGGAATGTGAGCTCAAgATCCTGGACTTTGGGTTGGCGCGGCAGGCTGACAGTGAGATGACTGGCTACGTAGTGACTCGCTGGTACAGAGCCCCAGAGGTCATCCTCAGCTGGATGCACTACACCCAGACTGTGGACATCTGGTCAGTGGGCTGCATCATGGCAGAGATGCTGTCGGGAAAAACACTGTTCAAAGGCAATGACCACCTGGATCAGCTGACTGAGATCATGAAAATCACCGGGACGCCCACTCAGGACTTCATCACCAAACTGCAGTCTCAGGATGCAAAAAACTATGTCAAAAGCCTTCCCAAAGTGCAAAAGAAAGACCTTCAGGAACTCTTTTCCAAAGTCAACCCACAGGCGGTGACAGTTATAGAGTGCATGCTGCTGCTCGACCCAGAGAGTAGGGTGATGGCGGCAGAGGCCCTCGCCCTGCCATACTTCTCAGAGTTTAGAGAGCCAGAGGAGGAGACTGAGGCCCAGCCTTATGACCACTCGGTAGACAACTCTGACTTGTCcctggaacagtggaaacGTCACACGTTCACAGAGATCTTGTCTTTCCAGCCCCAAGTGGTTGAGTCCAGGGAAACCGCACTGTAAGGTGAAGCGTCATGGTAACCAACCCCCACCCACCATTTGTTTTTACAAGTGTCCTCCTCTGTTAATCCAACATTCTCAGACTGTAATGTTTGTATGGGTTTACTCCTCACGTGTGTATATTTTCAGCTATTTTCATACCACTCTTGTTGGCTCCTGGATCAAGCGCTTGTCAAGACAACGATTTTTGTCATTTAGGATAAGACGTTGTTTGTCCTTTGACTAGAATTCTAGGACGTTTccgtgtgtgtgtagctgtgtagtCTAAACATGTCTGTGACCCCTACTGATGTTTCCTTAATATTGTCATTTCCTTTTATCACCTTAATGAACAATGGTACAGGTCCAAACATCTGAAACCATTTACTAAAGTGTGAGCACAGCAGCAGTTATTTGATGACACAGTTTGCAGACACATAAAAACCATTGGTGGTCTGCAAAACGTTGCACATTTTttaaacttaaaaaaaaatatataagccATTTACTGTAATTTTGCTTACAttggatatttatttttttattaaaacacCATTGTTTAAAG
>TU220012
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>TU220014
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>TU220013
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>TU220015
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Function

GO:

id name namespace
GO:0000165 MAPK cascade biological_process
GO:0006468 protein phosphorylation biological_process
GO:0005524 ATP binding molecular_function
GO:0004707 MAP kinase activity molecular_function

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
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XM_021574344.2 False 3146 mRNA 0.42 12 83410225 83422350
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TU220015 True 450 lncRNA 0.30 1 83410350 83410799

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
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LOC110502210 LOC106561405 coding upstream 15180 83377647 ~ 83395033 (+)
LOC110497874 btbd11 coding upstream 65561 83241269 ~ 83344652 (+)
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LOC110502176 cry1 coding upstream 205412 83203362 ~ 83204801 (+)
LOC110497903 LOC106561401 coding downstream 10868 83433218 ~ 83471783 (+)
LOC110502224 LOC106561400 coding downstream 75799 83498149 ~ 83611296 (+)
LOC110497928 LOC106561399 coding downstream 239601 83661951 ~ 83682409 (+)
LOC110497962 tmem5 coding downstream 391850 83814200 ~ 83818689 (+)
LOC110497968 LOC106561395 coding downstream 401233 83823583 ~ 83979825 (+)
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G194029 NA non-coding upstream 94130 83315702 ~ 83316083 (+)
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G194263 NA non-coding downstream 7318 83429668 ~ 83429868 (+)
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G194267 NA non-coding downstream 9847 83432197 ~ 83432434 (+)
G194366 NA non-coding downstream 76091 83498441 ~ 83498677 (+)
G194368 NA non-coding downstream 77479 83499829 ~ 83500238 (+)
LOC110497837 tmem263 other upstream 285248 83119221 ~ 83124965 (+)
G193339 LOC106561425 other upstream 755783 82652633 ~ 82654430 (+)
LOC110497686 NA other upstream 988031 82417794 ~ 82426875 (+)
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LOC110497665 LOC106561427 other upstream 1021692 82366183 ~ 82393779 (+)
G194395 NA other downstream 136570 83558920 ~ 83559598 (+)
G195155 NA other downstream 1174060 84596410 ~ 84600324 (+)
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G198417 LOC106561459 other downstream 3615161 87037511 ~ 87039236 (+)

Expression


Co-expression Network