LOC110501485 (LOC106591986)


Basic Information

Item Value
gene id LOC110501485
gene name LOC106591986
gene type coding
species rainbow trout (Oncorhynchus mykiss)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048566.1
NCBI id CM023220.2
chromosome length 103806877
location 102735537 ~ 102756512 (+)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome

Sequence

>XM_036961294.1
TTATATATAGCGGTTGGATGCCCGCTGGTTTTCCTGCTGCTGAGGTTAAATGACAAGGCTGGAACTGCAGTGCATTGCGGGGACGGGCAGGATAAGAAGGTATAATAACCGGATAGGACcggggaaggaaggaaagggacGGTGCCACTTGGATTCACAGACATCGAACCTCGCCTTAATTTAGATTCAGAATGGGGAATAGAGACGACGAGTATGATTACTTGTTTAAAGtGGTGTTGATAGGAGACTCTGGAGTGGGGAAGAGTAACCTGTTGTCTCGTTTCACCCGGAATGAGTTTAACCTGGAGAGTAAGAGCACCATCGGGGTGGAGTTTGCCACCCGCAGTATCCAGGTGGATGGGAAGACCGTGAAGGCTCAGATCTGGGACACAGCTGGCCAGGAGAGATACCGGGCTATTACATCAGCGTATTACCGTGGTGCAGTGGGGGCCTTGTTGGTCTATGACATCGCCAAGCACCTGACCTATGAAAACGTGGAGCGTTGGCTGAAGGAGCTGAGAGACCATGCAGACAGCAACATCGTCATTATGCTGGTCGGCAACAAGAGTGACCTGCGCCACCTCAGGGCCGTGCCCACCGACGAGGCACGGACATTTGCAGAGAAGAACGGTTTGTCTTTCCTGGAGACCTCAGCCCTGGACTCTACTAACGTGGAGACATCCTTCCAGACCATTCTGACTGAAATCTATCGCATCGTGTCTCAGAAACAGATGTCGGACCGACGAGACAACGACATGTCGCCTAGCAACAACGTGGTCAACATCCAGGTGCAGCCGACGGAGAACAAACCAaagatgcagtgttgtcagaGCATCTAACAGCCTCACCAGTAGCACCTGATCCCCTCCCCTAAAAGACTGCTTGGTCCTGTCTGACTGAGACACAGCTGCATGGCCAGGCTCTAGACTGAGACACAGCTGCGTGACCAGGCTCTAGACTGAGACACAGCTGCGTGGCCAGGCTCTAGACTGAGACACAGCTGCGTGGCCAGGCTCTAGACTGAGACACAGCTGCGTGGCCAGGCTCTAGACTGAGACACAGCTGCATGGCCAGGCTCTAGACTGAGACACAGCTGCATGGCCAGGCTCTAGACTGAGACACAGCTGCATGGCCAGGCTCTAAACTGAGACACAGCTGCATGGCCAGGCTCTAGACTGAGACACAGCTGCATGGCCAGGCTCTAGACTGAGACACAGCTGCATGGCCAGGCTCTAGACTGAGACACAGCTGCATGGCCAGGCTCTAGACTGAGACACAGCTGCATGGCCAGGCTCTAGACTCTATGCTTCCATGTAGAGGGTGAGGCTGTGTCCAGATTCTCCACCCTTCCTCCCAAAGTGTGGCATACTCCATGTCATGGATTTAAAGGCATTAGATTGTAATCATTGGCTGAAGAGagtttattttcatcattgttaAATGTATGATGGGAAATGTTCAAGTGAACACTTTGAGAAAAGGGTGGATCATTAGGGTGCAGCTGTGAGCCCGCTGGTTCCTTAAGGATCCCCAGTCAGGATTATACAGCTGTGAGCCCGCTGGTTCCTTAAGGATCCCCAGTCAGGACTATACAGCTGTGAGCCCACTGGTTCCTTAAGGATCCCCAGTCAGGACTATACAGCTGTGTCTGAGCATGTTGGTTCCTTAAGGATCCCCAGTCAGGACTATACAGCTGTGATCCCGTTGGTTCCTTAAGGATCCCCAGTCAGGACTATACAGCTGTGTCTGAGCATGTTGGTTCCTTCAGGATCCCCAGTCAGGACTATACAGCTGTGTCTGAGCCCGCTGGTTCCTTAAGGATCCCCAGTCAGGACTATACAGCTGTGAGCCCACTGGTTCCTTAAGGATCCCCAGTCAGGACTATACAGCTGTGTCTGAGCATGTTGGTTCCTTAAGGATCCCCAGTCAGGACTATACAGCTGTGATCCCGTTGGTTCCTTAAGGATCCCCAGTCAGGACTATACAGCTGTGTCTGAGCATGTTGGTTCCTTCAGGATCCCCAGTCAGGACTATACAGCTGTGTCTGAGCCCGTTGGTTCCTTAAGGATCCCCAGTCAGGACTATACAGCTGTGTCTGAGCCCGTTGGTTCCTTAAGGATCCCCAGTCAGGACTATACAGCTGTGTCTGAACCCGTTGGTTCCTTAAGGATCCCCAGTCAGGATTATACAGCTGTGTCTGAGCCCGTTGGTTCCTTAAGGATCCCAGTCAGGACTATACAGCTGTGTCTGATCCCGTTGGTTCCTTAAGGATCCCCAGTCAGGACTATACAGCTGTGTCTGAGCCTGTTGGTTCCTTAAGGATCCCCAGTCAGGACTATACAGCTGTGATCCCGTTGGTTCCTTAAGGATCCCCAGTCAGGACTATACAGCTGTGTCTGAGCATGTGTTGGTTCCTTCAGGATCCCCAGTCAGGACTATACAGCTGTGTCTGAGCCCGTTGGTTCCTTAAGGATCCCCAGTCAGGACTATACAGCTGTCTGATCTCGTTGGTTCCTTAAAGATCCCCAGTCAGGACTATACAGCTGTGTCTGAGCATGTTGGTTCCTTAAGAATCCCCAGTCAGGACTATACAGCTGTGTCTGAGCCCGTTGGTTCCTTAAGGAACCCCAGTCCGGACTATACAGCTGTGTCTGATCCCGTTGGTTCCTTAAGGATCCCCAGTCAGGACTGTACAGCTGTGTCTGATCCCGTTGGTTCCTTAAGGATCCCCAGTCGGGACTATACAGCTGTGTCTGATCCCTTTGGTTCCTTAAGGATCCCCAGTCAGGACTATACAGCTGTGTCTGATCCCGTTGGTTCCTTAAGGATCCCCAGTCAGGACTGTACAGCTGTGTCTGATCCCGTTGGTTCCTTAAGGATCCCCAGTCGGGACTATACAGCTGTGTCTGAGCCCGTTGGTTCCTTAGGGATCCCCAGTCAGGACTATACAGCTGTGTCTGAGCCCGTTGGTTCCTTAAGGATCCCCAGTCAGGACTATACAGCTGTGATCCCGTTGGTTCCTTAAGGAACCCTTCAGGATTATACAGCTGTGATCCCGTTGGTTCCTTAAGGATCCCCAGTCAGGATTATACAGCTGTGATCCCGTTGGTTCCTTAAGGATCCCCAGTCAGGACTATACAGCTGTGTCTGAGCCGGTTGGTTCCTTAAGGAACCCCAGTCAGGATTATACAGCTGTCTGAGCCCGTTGGTTCCTTAAGGAACCCCAGTCAGGACTATACAGCTGTGTCTGAGCCCGTTGGTTCCTTAAGGAACCCCAGCTTTTTATTTTTGCCGtcttttatattattatatagctGTTTTAATAACCAGACAGACGCTGGAAGAATCTGCACAGAAATGTATTCATATATGATGGAATAGTTTTATTGGTGATAACGCAGACCTGCCAACATACATTGTACCTACCATAGGCTTCTATTTGGCACATTGTGGTTTTTGACTCAACCGGCTAAAGTTGGAGCTGAGCCAATCAGAGGACTTGGCTGAGGAGAAAACATCTCCAGCTCTCCTCCCCCCCTGTGTTCATAGTAATGTTTTCCTCACTCCATCTTGATAGCAGCTCTTCACTCTGTCTGTTCATACCACTGATGCGTGAGCGGGAAAATGGAGAACCAACTGTTTGGCAAATACATTTTCCATAATTGTAAGTGTTAGTCAAGCACATAACCACTATTTAGCAGTTAGCTCCTTAGCTAAGGCGTCATTACGACTAAGGTAGTTAGCTACAGTGTTTAGTCAACTAAGCGAGAACAATTTCTCTGCAATGGTAGTAGGCACAAGCACATTGACGAGCAACATGTGCTGTGTTGCAGTAGTTCAATGTTACTGAGTGTTATGCTAGTTCAGCGCTGCGCTAGTTCAGCGCTGCGCTAGTTCAGTGTGCGTCACTGTGAGGATGGAAACAGACATGGCAGAGAGCTGTTCTGCTAATACTGTCCTTCATTGAAAGTTATGTTAAAGTGTTAAAGATTAGCAGGCCTATGTTATTgaatcatttgtggatctgtcCTCTTCAAATACCTGGTGGATGAGGTCAGGGCCGGTGGATGAGGTCAGGGCCGGTGGATGAGGTCCGGGCCGGTGGATGAGGTCAGGGATAGAGATCTGGAACCAGCTCCTATAAGCCTAGCTCAATTTTTGTCATATTCCATATATCCTACAGTCAACTAGACTGCTACATTGCATCCATTAATTTAATTATTTAGAATTTTCTCCTCAAACAAGTTTAAGAAGAAGCTAGTTTGCATTTTCACTAGACGATCCACCTTCATTACCCCTCAATTTAACCTAGAAAAAAAACACCTCAATTTAATTTAGCATCAAACACAATACTTCTATGTTTACTACAATGTTTGATTTAATTTATAGCTCTAGCCTGAGGGGAAAGTCGACTGACCCAATCTGGGCCTTCTCCTACACAACCTTAGTCCTACATCCGCACCACCTTGGCAGAAAATCCCAGGGAGAGCCCTGATTGTACATCTGACCGTATTTCTAGTTTGCTACTGAAGACCAGCCAATTACCAAGTACCCATAGCAGTCTATAGACTACCATGCCTACTGAGGCAGTCTTCTACCAACATCATTTGGATAAAAAAGGTTCCTATGACTTGACCAGTGTGGGTGTCGTTGCACTGAATTGGTACTCTTAAAACTTATTCAAGGATAATGTGAGGATTGTTTTTGTTCATTTGAAAATGAACCTGGTTAAAGGAGTGCACTGtgaagggaatagggggccatgtgGGACTCGGGCAGTGGGGAGCCTGGTACTGCTACTGTATAGATGATGGCTTCTTTCTTGTTGTAATGCTAATGATAGGCTAGGGATCAGTGGTAGTAATGCTGTAATGATAATGATAGGCTAGGGATCAGTGGTAGTAATGCTAATGATGATAGGCTAGGGATCAGTAGTAGTGATGCTAATGATAGGCTAGGGATCAGTGGTAGTAATGCTAATGATAGGCTAGGGATCAGTG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Function

NR:

description
PREDICTED: ras-related protein Rab-11A

GO:

id name namespace
GO:0007264 small GTPase mediated signal transduction biological_process
GO:0001525 angiogenesis biological_process
GO:0032402 melanosome transport biological_process
GO:0015031 protein transport biological_process
GO:0070121 Kupffer's vesicle development biological_process
GO:0055037 recycling endosome cellular_component
GO:0005525 GTP binding molecular_function

KEGG:

id description
K07904 RAB11A; Ras-related protein Rab-11A

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
XM_036961294.1 True 7538 mRNA 0.47 5 102735537 102756512

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
slc24a1 LOC106561848 coding upstream 14297 102682822 ~ 102721240 (+)
LOC118936918 NA coding upstream 127204 102600618 ~ 102608333 (+)
LOC110501451 LOC106561861 coding upstream 421103 102307497 ~ 102314434 (+)
LOC110501429 LOC106561864 coding upstream 456654 102262117 ~ 102278883 (+)
LOC110501421 LOC106561865 coding upstream 497277 102184359 ~ 102238260 (+)
c2h15orf61 cssa10h15orf61 coding downstream 99378 102855890 ~ 102857341 (+)
skor1b LOC106561870 coding downstream 313221 103069733 ~ 103083283 (+)
pias1b LOC106584817 coding downstream 330847 103087359 ~ 103125059 (+)
kbtbd4 kbtbd4 coding downstream 473637 103230149 ~ 103233417 (+)
rapsn rapsn coding downstream 499234 103255746 ~ 103274597 (+)
G213669 NA non-coding upstream 3612 102731631 ~ 102731925 (+)
G213646 NA non-coding upstream 54091 102681239 ~ 102681446 (+)
G213643 NA non-coding upstream 57075 102678231 ~ 102678462 (+)
G213633 LOC106604990 non-coding upstream 64165 102671063 ~ 102671372 (+)
G213213 NA non-coding upstream 160744 102574084 ~ 102574793 (+)
G213679 NA non-coding downstream 3139 102759651 ~ 102760006 (+)
G213680 NA non-coding downstream 3632 102760144 ~ 102760391 (+)
G213683 NA non-coding downstream 5135 102761647 ~ 102761971 (+)
G213682 NA non-coding downstream 5552 102762064 ~ 102764914 (+)
G213684 NA non-coding downstream 10441 102766953 ~ 102767156 (+)
G213645 NA other upstream 55441 102679375 ~ 102680096 (+)
G213221 NA other upstream 135671 102595531 ~ 102599866 (+)
G213185 NA other upstream 219235 102514207 ~ 102516302 (+)
G213055 NA other upstream 495997 102238303 ~ 102239540 (+)
G213051 NA other upstream 557619 102177409 ~ 102177918 (+)
G213775 NA other downstream 307805 103064317 ~ 103065327 (+)

Expression


Co-expression Network