G105406


Basic Information

Item Value
gene id G105406
gene name NA
gene type non-coding
species rainbow trout (Oncorhynchus mykiss)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048566.1
NCBI id CM023220.2
chromosome length 103806877
location 1762315 ~ 1764283 (-)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome

Sequence

>TU118838
ggaggcagtatagtgtaatgtaatgtggaggcagtataatgtaatgtggaggcagtataatgtaatgtaatgtggaggcagtataatgtaatgtggaggcagtataatgtaatgtaatgtgaggcagtataatgtaatgtgaggcagtataatgtaatgtgaggcagtataatgtaatgtggaggcagtataatgtaatgtggaggcagtataatgtaatgtggaggcagtataatgtaatgtaatgtggaggcagtataatgtaatgttgaggcagtataatgtaatgtggaggcagtataatgtaatgtggaggcagtataatgtaatgtaatgtggaggcagtataatgtaatgtggaggcagtataatgtaatgtggaggcagtataatgtaatgtgaggcagtataatgtaatgtgaggcagtataatgtaatgtggaggcagtataatgtaatgtgatgtgaggcagtataatgtaatctggaggcagtataatgtgatgtggaggcagtataatgtaatgtgaggcagtataatgtaatgtggaggcagtataatgtaatgtggaggcagtataatgtaatgtggaggcagtataatgtaatgtgaggcagtataatgtaatgtggaggcagtataatgtaatgtggaggcagtataatgtaatgggagctctacaacacaacatcccccagacagagacagtaaaccACACAGCTCTACAACACAACAtcccccagacagagacagtaaaccACACAGCTCTACAACACAACAtcccccagacagagacagtaaaccACACAGCTCTACAACACAACAtcc
>TU118840
TTGAGCAGACACCACAACAGGAGAGTCAATTCAACCATTATTATCCAGACATTGAGCAGACACCACAACatggaggcagtataatgtaatgtggaggcagtataatgtaatgtggaggcagtataatgtaatgtggaggcagtataatgtaatgaaatgtgaggcagtataatgtaatgtgaggcagtataatgtaatgtggaggcagtataatgtaatgtggaggcagtataatgtaatgtggaggcagtataatgtaatgtggaggcagtataatgtaatgtggaggcagtataatgtaatctggaggcagtataatgtaatgaaatgtggaggcagtataatgtaatgtgaggcagtataatgtaatgtggaggcagtataatgtaatgggaggcagtataatgtaatgtgaggcagtataatgtaatgtggaggcagtataatgtaatgtaatgtggaggcagtataatgtaatgtgaggcagtataatgtaatgtggaggcagtataatgtaatgggaggcagtataatgtaatgtggaggcagtataatgtaatgtggaggcagtataatgtaatgtgaggcagtataatgtaatgtggaggcagtataatgtaatgtggaggcagtataatgtaatgtgaggcagtataatgtaatgtgaggcagtataatgtaatgtggaggcagtataatgtaatgtgaggcagtataatgtaatgtgaggcagtataatgtaatgtggaggcagtataatgtaatgtgatgtgaggcagtataatgtaatctggaggcagtataatgtgatgtggaggcagtataatgtaatgtgaggcagtataatgtaatgtggaggcagtataatgtaatgtggaggcagtataatgtaatgtggaggcagtataatgtaatgtgaggcagtataatgtaatgtggaggcagtataatgtaatgtggaggcagtataatgtaatgggagctctacaacacaacatcccccagacagagacagtaaaccACACAGCTCTACAACACAACAtcccccagacagagacagtaaaccACACAGCTCTACAACACAACAtcccccagacagagacagtaaaccACACAGCTCTACAACACAACAtcc
>TU118841
TTGAGCAGACACCACAACAGGAGAGTCAATTCAACCATTATTATCCAGACATTGAGCAGACACCACAACatggaggcagtataatgtaatgtggaggcagtataatgtaatgtggaggcagtataatgtaatgtggaggcagtataatgtaatgaaatgtgaggcagtataatgtaatgtgaggcagtataatgtaatgtggaggcagtataatgtaatgtggaggcagtataatgtaatgtggaggcagtataatgtaatgtggaggcagtataatgtaatgtggaggcagtataatgtaatctggaggcagtataatgtaatgaaatgtggaggcagtataatgtaatgtgaggcagtataatgtaatgtggaggcagtataatgtaatgggaggcagtataatgtaatgtgaggcagtataatgtaatgtggaggcagtataatgtaatgtaatgtggaggcagtataatgtaatgtgaggcagtataatgtaatgtggaggcagtataatgtaatgggaggcagtataatgtaatgtgaggcagtataatgtgatgtggaggcagtataatgtaatgtgaggcagtataatgtaatgtggaggcagtataatgtaatgtggaggcagtataatgtaatgtggaggcagtataatgtaatgtgaggcagtataatgtaatgtggaggcagtataatgtaatgtggaggcagtataatgtaatgggagctctacaacacaacatcccccagacagagacagtaaaccACACAGCTCTACAACACAACAtcccccagacagagacagtaaaccACACAGCTCTACAACACAACAtcccccagacagagacagtaaaccACACAGCTCTACAACACAACAtcc
>TU118842
ggaggcagtatagtgtaatgtaatgtggaggcagtataatgtaatgtggaggcagtataatgtaatgtaatgtggaggcagtataatgtaatgtggaggcagtataatgtaatgtaatgtgaggcagtataatgtaatgtgaggcagtataatgtaatgtgaggcagtataatgtaatgtggaggcagtataatgtaatgtggaggcagtataatgtaatgtggaggcagtataatgtaatgtaatgtggaggcagtataatgtaatgttgaggcagtataatgtaatgtgaggcagtataatgtaatgtggaggcagtataatgtaatgtaatgtagaggcagtataatgtaatgtagaggcagtataatgtaatgtggaggcagtataatgtgatgtggaggcagtataatgtaatgtggaggcagtataatgtaatgtggaggcagtataatgtaatgtggaggcagtataatgtaatgtggaggcagtataatgtaatgtggaggcagtataatgtaatgttgaggcagtataatgtaatgtggaggcagtataatgtaatgtggaggcagtataatgtaatgtaatgtggaggcagtataatgtaatgtggaggcagtataatgtaatgtggaggcagtataatgtaatgtgaggcagtataatgtaatgtgaggcagtataatgtaatgttgaggcagtataatgtaatgttgaggcagtataatgtaatgtggaggcagtataatgtaatgtggaggcagtataatgtaatgtggaggcagtataatgtaatgtgaggcagtataatgtaatgtggaggcagtataatgtaatgtggaggcagtataatgtaatgggagctctacaacacaacatcccccagacagagacagtaaaccACACAGCTCTACAACACAACAtcccccagacagagacagtaaaccACACAGCTCTACAACACAACAtcccccagacagagacagtaaaccACACAGCTCTACAACACAACAtcc

Function

NR:

description
Dynein heavy chain

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU118838 False 829 lncRNA 0.50 3 1762315 1763503
TU118840 False 1135 lncRNA 0.39 3 1762315 1764283
TU118841 False 883 lncRNA 0.40 2 1762315 1764283
TU118842 True 1019 lncRNA 0.38 4 1762315 1763503

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
zdhhc3a zdhhc3 coding downstream 29982 1709516 ~ 1732333 (-)
kiaa1143 k1143 coding downstream 57452 1702951 ~ 1704863 (-)
LOC110515405 LOC106590999 coding downstream 78826 1573402 ~ 1683489 (-)
LOC110515934 gadl1 coding downstream 305182 1427251 ~ 1457133 (-)
LOC118937319 NA coding downstream 446070 1314565 ~ 1316245 (-)
nrsn1 nrsn1 coding upstream 156727 1921010 ~ 1925939 (-)
LOC118937333 NA coding upstream 538353 2302636 ~ 2303881 (-)
LOC118937335 NA coding upstream 665992 2273420 ~ 2440302 (-)
sox4b sox4 coding upstream 682091 2446374 ~ 2449761 (-)
LOC110512766 LOC106593784 coding upstream 749427 2513710 ~ 2516419 (-)
G105402 NA non-coding downstream 5374 1756403 ~ 1756941 (-)
G105394 NA non-coding downstream 25340 1736702 ~ 1736975 (-)
G105386 NA non-coding downstream 54412 1707563 ~ 1707903 (-)
G105385 NA non-coding downstream 59845 1701371 ~ 1702470 (-)
G105381 NA non-coding downstream 68915 1689966 ~ 1693400 (-)
G105409 NA non-coding upstream 11652 1775935 ~ 1776987 (-)
G105418 NA non-coding upstream 24107 1788390 ~ 1789725 (-)
G105361 NA non-coding upstream 35383 1799666 ~ 1799990 (-)
G105360 NA non-coding upstream 37034 1801317 ~ 1805294 (-)
G105364 NA non-coding upstream 41503 1805786 ~ 1806068 (-)
G105340 NA other downstream 120583 1641267 ~ 1641732 (-)
G105285 NA other downstream 220609 1540730 ~ 1541706 (-)
G105220 NA other downstream 419980 1333986 ~ 1342335 (-)
G105427 NA other upstream 148309 1912592 ~ 1917188 (-)
G105428 NA other upstream 153068 1917351 ~ 1918027 (-)
G105492 NA other upstream 194201 1958484 ~ 1961587 (-)
G105636 NA other upstream 353796 2118079 ~ 2120501 (-)
G105938 NA other upstream 598716 2362999 ~ 2363531 (-)

Expression


Co-expression Network