XLOC_020798


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_020798
gene name NA
gene type non-coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007133.7
NCBI id CM002906.2
chromosome length 39133080
location 5860140 ~ 5872272 (-)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00042314
GGCCTAGTAAGGATTATAatcagtgatgttcttgctgtgacgcaacagtgctaattactgggccgccgtgccacccAATCTAGGAAACAAGtcgattcttcaagacgaagatgactgagCCACTCTCTTGGGTTGTCTGTATACTCGGGTGTATTCTTGTATCATCCTTGGTTGTCTGACCATCCCTAAAAAAAGCTGCAgttggatcctcacctctgttgtctGCAAGATGTTATAAAAGCCACAAAATGGATCCAGCAGCAAGTCTTGTCAGACTAAAACAAGaCTTCATGAACCCGGAGGAAGCACACATGAGCATAGGGAGaaaatgtaaactctgcacagaaatgttaaCAGGCCTAGTAAGGATTataaccagtgatgttcttgctgtgacacaacagtgctaatcacaggggccgccgtgccgcccaatctaGGAAAcaaggggattcttcaagacgaagatgactgagCAACACCAGACTCCAGAGTGACTGAATCTCCCTCCATCACTGACATCACTACATCTGAATcagcaaacacacctgaacaacacACAGCGTATATCAGTTCCACTCCGACTTTCTGCATgaagttaaaaatattataacataaaatatgacATGCTTTGTTGTCTCGTGAGAAATCCCTCATTATGTTCATATAGATTAAAGTAGTATAACTTTAATATTAGTGTAGAAATACTAACTaggatttttatctttttttattttcaacttttataacaaataatacataTTCATTTAGGGAAATGTTACTGTAAATAGTGCTAGATTTTTGGATTTTAAGTTATACAGATTTCACTCcgcatgtaaacgcatcaaccgGCTTTCTGTCGCCTTAGAGGTGTATAACGTATTTTGATGTTTTCCCAAAATAATCAGTCTCAGTATTTAAAATACACAGGCTTTGTATTTTGACTTAATTGactgaattcattttttttgcgtggattattttagtttttaaaactatccaATAAGTTCAGCTAACTTAAATTTTAAAGCAGATTTCAATATGTTTAACTAACCTAAGTTTTTTTATGGCAGAATTCATTAAGTTCAGCTAGCTTAAGGTTTTAAAGCGGAATCCAATAAGTTCAGCTAACTTTAAAAACTTAAGCAGGATCCAATAGGTTCAGCTAACTTAAGTTTTTAAAGCGGAATCCAATAAGTCCAgctaacttttaaaaacttaaGCGGAATCCACTAAGTTCAACTAACTTAAGCTTTTAAAGTGGAATTTAATAAGTTCAGCTAGCTTAAGATTTTAAAGCGGAATCCAATAAGTTCAGCTAACTTTAAAAACTTAAGCTGAATCCAATAAGTCCAGCTAACTTTAAAAACTCAAGTAGGATCCAATAGGTTCAGCTAACTTACGTTTTTAAAGCGGAATCCAATAAGTCCAgctaacttttaaaaacttaaGCGGAATCCACTAAGTTCAACTAACATAAGTTTTTAAAGCGAA
>TCONS_00042315
tgtgaactctgcacagaaacattgACTGGCCTAGTAAGGATTATAatcagtgatgttcttgctgtgacgcaacagtgctaattactgggccgccgtgccacccAATCTAGGAAACAAGtcgattcttcaagacgaagatgactgagCAACACCAGACTCCAGAGTGACTGAATCTCCCTCCATCACTGACATCACTACATCTGAATcagcaaacacacctgaacaacacACAGCGTATATCAGTTCCACTCCGACTTTCTGCATgaagttaaaaatattataacataaaatatgacATGCTTTGTTGTCTCGTGAGAAATCCCTCATTATGTTCATATAGATTAAAGTAGTATAACTTTAATATTAGTGTAGAAATACTAACTaggatttttatctttttttattttcaacttttataacaaataatacataTTCATTTAGGGAAATGTTACTGTAAATAGTGCTAGATTTTTGGATTTTAAGTTATACAGATTTCACTCcgcatgtaaacgcatcaaccgGCTTTCTGTCGCCTTAGAGGTGTATAACGTATTTTGATGTTTTCCCAAAATAATCAGTCTCAGTATTTAAAATACACAGGCTTTGTATTTTGACTTAATTGactgaattcattttttttgcgtggattattttagtttttaaaactatccaATAAGTTCAGCTAACTTAAATTTTAAAGCAGATTTCAATATGTTTAACTAACCTAAGTTTTTTTATGGCAGAATTCATTAAGTTCAGCTAGCTTAAGGTTTTAAAGCGGAATCCAATAAGTTCAGCTAACTTTAAAAACTTAAGCAGGATCCAATAGGTTCAGCTAACTTAAGTTTTTAAAGCGGAATCCAATAAGTCCAgctaacttttaaaaacttaaGCGGAATCCACTAAGTTCAACTAACTTAAGCTTTTAAAGTGGAATTTAATAAGTTCAGCTAGCTTAAGATTTTAAAGCGGAATCCAATAAGTTCAGCTAACTTTAAAAACTTAAGCTGAATCCAATAAGTCCAGCTAACTTTAAAAACTCAAGTAGGATCCAATAGGTTCAGCTAACTTACGTTTTTAAAGCGGAATCCAATAAGTCCAgctaacttttaaaaacttaaGCGGAATCCACTAAGTTCAACTAACATAAGTTTTTAAAGCGAA

Function

GO:

id name namespace
GO:0007191 adenylate cyclase-activating dopamine receptor signaling pathway biological_process
GO:0002193 MAML1-RBP-Jkappa- ICN1 complex cellular_component

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00042314 False 1494 lncRNA 0.36 4 5860140 5872245
TCONS_00042315 True 1164 lncRNA 0.33 2 5860140 5872272

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_020797 si:rp71-36a1.5 coding downstream 20454 5835693 ~ 5839686 (-)
XLOC_020793 NA coding downstream 34941 5723328 ~ 5825199 (-)
XLOC_020796 cers5 coding downstream 37993 5758090 ~ 5822147 (-)
XLOC_020794 bcdin3d coding downstream 108131 5742173 ~ 5752009 (-)
XLOC_020795 BX005329.2 coding downstream 110690 5745303 ~ 5749450 (-)
XLOC_020800 si:rp71-36a1.1 coding upstream 36284 5908556 ~ 5919307 (-)
XLOC_020801 si:rp71-36a1.2 coding upstream 50918 5923190 ~ 5933924 (-)
XLOC_020802 si:rp71-36a1.3 coding upstream 68126 5940398 ~ 5958066 (-)
XLOC_020803 NA coding upstream 105134 5977406 ~ 6009822 (-)
XLOC_020804 CU468041.2 coding upstream 154323 6026595 ~ 6054749 (-)
XLOC_020792 NA non-coding downstream 136009 5701260 ~ 5724131 (-)
XLOC_020788 NA non-coding downstream 229059 5624373 ~ 5631081 (-)
XLOC_020784 NA non-coding downstream 397025 5453243 ~ 5463115 (-)
XLOC_020805 CU468041.1 non-coding upstream 171900 6044172 ~ 6046595 (-)
XLOC_020806 NA non-coding upstream 192598 6064870 ~ 6066867 (-)
XLOC_020808 BX004840.1 non-coding upstream 213035 6085307 ~ 6087757 (-)
XLOC_020810 NA non-coding upstream 282403 6154675 ~ 6167952 (-)

Expression


Co-expression Network