G108652


Basic Information

Item Value
gene id G108652
gene name NA
gene type non-coding
species rainbow trout (Oncorhynchus mykiss)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048566.1
NCBI id CM023220.2
chromosome length 103806877
location 5639671 ~ 5642231 (+)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome

Sequence

>TU123533
agataggatggacaacatgttgtatggaggagagataggatggacaacatgttgtatggaggagagataggatggacaacatgttgtatggaggagagataggatggacaacatgttgtatggaggagagataggatggacaacatgttgtatagagagataggatggacaacatgttgtatggaggagagataggatggacaacatgttgtatagaggagagatagtatggacaacatgttgtatggaggagagataggatggacaacatgttgtatggaggagagataggatggacaacatgttgtatggagagataggatggacaacatgttgtatagaggagagataggatggacaacatgctgtatggaggagagataggatggacaacatgttgtatagagagataggatggacaacatgttgtaaagagagataggatggacaacatgttgtatagagagataggatggacatcatgttgtatagagagataggatggacaacatgttgtatagagagataggatggacaacatgttgtatggaggagagatagggtggacaacatgttg
>TU123531
gtatggaggagagataggatggacaacatgttgtatagaggagagataggatggacaacatgttgtatggaggagagataggatggacaacatgttttatggaggagagataggatggacatCATGTTGTAtggagagataggatggacaacatgttgtatagaggagagataggatggacaacatgttgtatagaggagagataggatggacaacatgttgtatggaggggagataggatggacaacatgttgtatggaggagagataggatggacaacatgttgtatagaggagagataggatggacaacatgttgtatggaggagagataggatggacaacatgttgtatggaggagagataggatggacaacatgttgtatagaggagagataggatggacaacatgttgtatggaggagagataggatggacaacatgttgtatagagagataggatggacaacatgttgtatagagagataggatggacaacatgttgtatggaggagagataggatggacatGCAAGTAGTCTTTAGCCTATATTTTTTGAATTCAATAAATGGCTGCTGAATTTTTCAAGGGATGCTgggagaaaaacaacaacatatccctgctctttcccctcctcccgtTTCTCAACCAAAAAAGGTTGATGGAAAAGGTTATTCTCAAATCCTTCTCTTCACTCACTCTGTTTTTGG

Function

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU123533 False 577 lncRNA 0.34 2 5639671 5641680
TU123531 True 709 lncRNA 0.41 2 5640602 5642231

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
LOC110506279 LOC106595015 coding upstream 47418 5575366 ~ 5592253 (+)
dync1i1 LOC105016552 coding upstream 67053 5542994 ~ 5572618 (+)
ptp4a3b LOC106596188 coding upstream 96804 5480975 ~ 5542867 (+)
ccn4b wisp1 coding upstream 182541 5451499 ~ 5457130 (+)
tg LOC106573164 coding upstream 192471 5348252 ~ 5447200 (+)
mylipb LOC106596795 coding downstream 170016 5812247 ~ 5839646 (+)
LOC110505528 gmpr coding downstream 199286 5841517 ~ 5854355 (+)
LOC110505637 LOC106573538 coding downstream 311750 5953886 ~ 5958813 (+)
LOC110505679 LOC106579367 coding downstream 333969 5976200 ~ 6002265 (+)
LOC118937375 NA coding downstream 336035 5978266 ~ 5979890 (+)
G108623 NA non-coding upstream 24966 5614221 ~ 5614705 (+)
G108622 NA non-coding upstream 25548 5613585 ~ 5614123 (+)
G108621 NA non-coding upstream 26634 5612416 ~ 5613037 (+)
G108584 NA non-coding upstream 33355 5604983 ~ 5606316 (+)
G108588 LOC106573343 non-coding upstream 36760 5600663 ~ 5602911 (+)
G108653 NA non-coding downstream 2397 5644628 ~ 5646025 (+)
G108663 NA non-coding downstream 18811 5661042 ~ 5663859 (+)
G108675 NA non-coding downstream 65486 5707717 ~ 5709050 (+)
G108676 NA non-coding downstream 67126 5709357 ~ 5710446 (+)
G108677 NA non-coding downstream 68918 5711149 ~ 5711910 (+)
G108354 LOC106573122 other upstream 339738 5296179 ~ 5299933 (+)
G108280 NA other upstream 502679 5136356 ~ 5136992 (+)
G108048 NA other upstream 781397 4857911 ~ 4858274 (+)
G108682 NA other downstream 77734 5719965 ~ 5725579 (+)
G108702 NA other downstream 137983 5780214 ~ 5782921 (+)
G108733 NA other downstream 258280 5900511 ~ 5900950 (+)

Expression


Co-expression Network