XLOC_002085 (CT737184.1)


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_002085
gene name CT737184.1
gene type non-coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007121.7
NCBI id CM002894.2
chromosome length 45420867
location 21670831 ~ 21674458 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00004038
tcgacatgcaggcaacggctctcctaatttgaaattcacctgtcgtctttcatccagcgaattcatcctcgcacaacactgagatgaaggcgaagtcaccatgaaaagttaaacctttaccgttaagctacagtaattgatgttgaaaaactgatgctaccaatcactcctcacttgattattcaagcccaaattgtgatggacctggaatgcgacaccagttactcttaagacaagaaccgaataaagcacagtggagggatttgcagccaaactaactggagggaaggaacctttagtgtgggtgaacatactacctggatgtccaacaaaggctgcacaagagctcatttgattgcacatattctgtcctgtctacatctcggatgacctggaagtgcttcgacatcagatcatcatcatgctgctgccctttttcactgtccctttccacatcatttggccttcatcatttcctgtcttgtagcagtattttcacctgtttttaaaattgtaataatttttgatgcattaattgttgactggttttaatgatcaattgtttattagtgttctgttgctctgttatattgaattactgctactgttttagcatggtttacacaataaacctttatt
>TCONS_00004039
atttgaaattcacctgtcgtctttcatccagcgaattcatcctcgcacaacactgagatgaaggcgaagtcaccatgaaaagttaaacctttaccgttaaggtgtacctgagctacagtaattgatgttgaaaaactgatgctaccaatcactcctcacttgattattcaaggtaatgttgatgtcttcctcatttttattagattttgaaatgtcaagttgttcacagatttgttgtgaggagtttcatgtaaaacctctttttcttcttccagcagttcctaagataaaaaaaaaaatctggtgttaaaacagcagtctttgtttattagcaattttactgggcgtaTGGAActggaaactgtaagtttagttcaatatgttattttatgctattcatttttgtcttaacatggattgcatgttgaagctatcattttatagtgggaaaatgtaaaagagaatcactgaatacaatggcataatgattctgcttgttcaaagaagcccaaattgtgatggacctggaatgcgacaccagttactcttaagacaagaaccgaataaagcacagtggagggatttgcagccaaactaactggagggaaggaacctttagtgtgggtgaacatactacctggatgtccaacaaaggctgcacaagagctcatttgattgcacatattctgtcctg
>TCONS_00004040
aattcacctgtcgtctttcatccagcgaattcatcctcgcacaacactgagatgaaggcgaagtcaccatgaaaagttaaacctttaccgttaagctacagtaattgatgttgaaaaactgatgctaccaatcactcctcacttgattattcaaggtaatgttgatgtcttcctcatttttattagattttgaaatgtcaagttgttcacagatttgttgtgaggagtttcatgtaaaacctctttttcttcttccagcagttcctaagataaaaaaaaaaatctggtgttaaaacagcagtctttgtttattagcaattttactgggcgtaTGGAActggaaactgtaagtttagttcaatatgttattttatgctattcatttttgtcttaacatggattgcatgttgaagctatcattttatagtgggaaaatgtaaaagagaatcactgaatacaatggcataatgattctgcttgttcaaagaaggtacttgatttagttttcctcaagcgacacatcagtttttatgactattgcttgacacttgaattgaagggacagttcacccaaaaatgaaaataatagcatctttggcatcctccacttgtttcaaaatagttatatatttattttgttcc
>TCONS_00004041
cagcacaacactgagatgaaggcgaagtcaccatgaaaagttaaacctttaccgttaaggtaagctctggtcttcacataatcattttgactaagctatcattatggtaacatttttcaactgtaagttagttatttaagttaaactaaactcataatgaaatgagtcttaactgttttattaaatggagctgaaaattaaatgcagttgaattattttaagctaaggttaatattaacaaaatacatatttattgtctatttatcaataatgttaatgagcttgattTATATTGtgtcatttattgtacatttaatttttgctgttcaggtgtacctgaggtgagtgtacgttctgagtacacagatataagccaaagtcattatcactatatatatatatatatatatatatatatatatatatcctattctaagagaaattgatggggtcagtgaatgatttgtgtacaaatgtattttaaccccatacagattggtatggttgtaccatagatttagattaattaatgttaagtcttattttactcttattatatttatctgtttttcagctacagtaattgatgttgaaaaactgatgctaccaatcactcctcacttgattattcaagcccaaattgtgatggacctggaatgcgacaccagttactcttaagacaagaaccgaataaagcacagtggagggatttgcagccaaactaactggagggaaggaacctttagtgtgggtgaacatactacctggatgtccaacaaaggctgcacaagagctcatttgattgcacatattctgtcctgtctacatctcggatgacctggaagtgcttcgacatcagatcatcatcatgctgctgccctttttcactgtccctttccacatcatttggccttcatcatttcctgtcttgtagcagtattttcacctgtttttaaaattgtaataatttttgatgcattaattgttgactggttttaatgatcaattgtttattagtgttctgttgctctgttatattgaattactgctactgttttagcatggtttacacaataaacctttattgtgaagttaaa
>TCONS_00004042
cacaacactgagatgaaggcgaagtcaccatgaaaagttaaacctttaccgttaagcccaaattgtgatggacctggaatgcgacaccagttactcttaagacaagaaccgaataaagcacagtggagggatttgcagccaaactaactggagggaaggaacctttagtgtgggtgaacatactacctggatgtccaacaaaggctgcacaagagctcatttgattgcacatattctgtcctgtctacatctcggatgacctggaagtgcttcgacatcagatcatcatcatgctgctgccctttttcactgtccctttccacatcatttggccttcatcatttcctgtcttgtagcagtattttcacctgtttttaaaattgtaataatttttgatgcattaattgttgactggttttaatgatcaattgtttattagtgttctgttgctctgttatattgaattactgctactgttttagcatggtttacacaataaacctttatt
>TCONS_00004043
gaagggacagttcacccaaaaatgaaaataatagcatctttggcatcctccacttgtttcaaaatagttatatatttattttgttccgttgaacacaatttttcgtattttttaaagaaatttggttcaaatatggatgtcaatagttactggttactaacattcttcaaaatatctgctttagtgtttaacagaaattcaaactagtttaaaacacgtggagtaaatagtggcaaaatagtaaactattcctttaaatattttattctgagacttttatttatatgtgtcttgtcttttgtcatattgtccttctagcccaaattgtgatggacctggaatgcgacaccagttactcttaagacaagaaccgaataaagcacagtggagggatttgcagccaaactaactggagggaaggaacctttagtgtgggtgaacatactacctggatgtccaacaaaggctgcacaagagctcatttgattgcacatattctgtcctgtctacatctcggatgacctggaagtgcttcgacatcagatcatcatcatgctgctgccctttttcactgtccctttccacatcatttggccttcatcatttcctgtcttgtagcagtattttcacctgtttttaaaattgtaataatttttgatgcattaattgttgactggttttaatgatcaattgtttattagtgttctgttgctctgttatattgaattactgctactgttttagcatggtttacacaataaacctttattgtgaagttaaagtttcagtttctttatttttcttgtacgtcttgaacagttaaaataacacttgtgcaatttttgaaatttttttacccattataaagtagcactattaaatataataaaataacatttaataactgtaaaatactatacagtaataatgaaagtaacg

Function

GO: NA

KEGG: NA

Ensembl:

ensembl_id ENSDARG00000102726

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00004038 False 639 processed_transcript 0.40 6 21670831 21674289
TCONS_00004039 False 694 processed_transcript 0.37 6 21670857 21673021
TCONS_00004040 False 642 lncRNA 0.34 3 21670863 21672339
TCONS_00004041 False 1097 lncRNA 0.33 4 21671219 21674300
TCONS_00004042 False 508 processed_transcript 0.40 4 21671222 21674289
TCONS_00004043 True 939 lncRNA 0.33 3 21672253 21674458

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_002082 pcdh1a6 coding upstream 21659 21559605 ~ 21649172 (+)
XLOC_002081 NA coding upstream 127269 21542521 ~ 21543562 (+)
XLOC_002080 BX957322.1 coding upstream 140156 21522545 ~ 21530675 (+)
XLOC_002079 BX957322.3 coding upstream 149324 21511495 ~ 21521507 (+)
XLOC_002078 etf1b coding upstream 200238 21434649 ~ 21470593 (+)
XLOC_002086 pcdh1g13 coding downstream 48434 21722892 ~ 21725312 (+)
XLOC_002087 pcdh1g14 coding downstream 52395 21726853 ~ 21729246 (+)
XLOC_002088 NA coding downstream 70804 21745262 ~ 21745505 (+)
XLOC_002089 cbln17 coding downstream 192849 21867307 ~ 21870457 (+)
XLOC_002090 hrh2b coding downstream 225295 21899753 ~ 21909696 (+)
XLOC_002077 BX465186.1 non-coding upstream 265860 21397320 ~ 21404971 (+)
XLOC_002075 BX004886.1 non-coding upstream 434153 21236564 ~ 21236678 (+)
XLOC_002074 NA non-coding upstream 462631 21179484 ~ 21208200 (+)
XLOC_002073 NA non-coding upstream 564121 21103921 ~ 21106710 (+)
XLOC_002091 NA non-coding downstream 231694 21906152 ~ 21906377 (+)
XLOC_002092 NA non-coding downstream 240177 21914635 ~ 21944085 (+)
XLOC_002093 NA non-coding downstream 243419 21917877 ~ 21945344 (+)
XLOC_002094 NA non-coding downstream 261820 21936278 ~ 21949408 (+)

Expression


Co-expression Network