G113311 (LOC106593635)


Basic Information

Item Value
gene id G113311
gene name LOC106593635
gene type non-coding
species rainbow trout (Oncorhynchus mykiss)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048566.1
NCBI id CM023220.2
chromosome length 103806877
location 11469788 ~ 11524208 (+)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome

Sequence

>TU129549
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>TU129551
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>TU129552
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>TU129553
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>TU129554
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>TU129556
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Function

NR:

description
vacuolar protein sorting-associated protein 13B-like, partial

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU129549 False 2133 lncRNA 0.40 4 11469788 11472311
TU129551 False 2190 lncRNA 0.50 2 11469788 11472311
TU129552 False 706 lncRNA 0.42 2 11469788 11524208
TU129553 False 2370 lncRNA 0.51 4 11469788 11472311
TU129554 False 1307 lncRNA 0.38 5 11469788 11472311
TU129556 True 1840 lncRNA 0.38 5 11469788 11472311

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
LOC110510416 LOC106596421 coding upstream 11357 11416206 ~ 11459325 (+)
fbxo43 fbxo43 coding upstream 56075 11402943 ~ 11413713 (+)
echdc1 echdc1 coding upstream 72480 11392942 ~ 11397308 (+)
soga3a LOC106593623 coding upstream 96788 11328026 ~ 11373000 (+)
LOC110520740 LOC106592347 coding upstream 144981 11307174 ~ 11324807 (+)
LOC110511179 NA coding downstream 775331 12299517 ~ 12300453 (+)
LOC118944185 NA coding downstream 948032 12430935 ~ 12555437 (+)
LOC110513835 nipal2 coding downstream 1038129 12562337 ~ 12616197 (+)
LOC110510520 rida coding downstream 1149877 12674085 ~ 12680150 (+)
spag1b LOC106592835 coding downstream 1192366 12716574 ~ 12776832 (+)
G113288 NA non-coding upstream 13934 11452796 ~ 11455854 (+)
G113305 LOC106595260 non-coding upstream 21396 11447602 ~ 11448392 (+)
G113292 NA non-coding upstream 46833 11422163 ~ 11422955 (+)
G113286 NA non-coding upstream 54002 11415508 ~ 11415786 (+)
G113334 NA non-coding downstream 1518 11525726 ~ 11526083 (+)
G113339 LOC106593525 non-coding downstream 20248 11544456 ~ 11545199 (+)
G113343 NA non-coding downstream 23327 11547535 ~ 11548604 (+)
G113344 vps13b non-coding downstream 27338 11551546 ~ 11552270 (+)
G113348 NA non-coding downstream 33317 11557525 ~ 11558379 (+)
G113285 NA other upstream 54610 11414931 ~ 11415178 (+)
elovl4a LOC106606161 other upstream 196788 11260912 ~ 11275480 (+)
fbxo32 fbxo32 other upstream 226719 11227497 ~ 11243074 (+)
G112697 NA other upstream 643725 10811518 ~ 10826063 (+)
LOC118937659 NA other upstream 1693337 9773574 ~ 9776807 (+)
G113396 NA other downstream 184395 11708603 ~ 11709777 (+)
G114243 NA other downstream 1196200 12720408 ~ 12720693 (+)
G114244 NA other downstream 1196522 12720730 ~ 12721315 (+)
G114263 NA other downstream 1238024 12762232 ~ 12762827 (+)
G114323 NA other downstream 1425152 12949360 ~ 12964930 (+)

Expression


Co-expression Network