G113589


Basic Information

Item Value
gene id G113589
gene name NA
gene type non-coding
species rainbow trout (Oncorhynchus mykiss)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048566.1
NCBI id CM023220.2
chromosome length 103806877
location 12189257 ~ 12193804 (+)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome

Sequence

>TU129919
TTAACAGGTGTGTCCCCTATATAGTCCAGGTTAACAGgtgtgtcccctatatagtccaggttaacaggtgtgttccctatatagtccaggttaacaggtgtgttccctatatagtccaggttaacaggtgtgttccctatatagtccaggttaacaggtgtgttccctatatagtcctggtTAACAGgtgtgttccctatatagtcctggtTAACAGGTGTGTCCCCTATA
>TU129923
CCCTATATAGTCCTGGTTAACAGGTGTGTCCCCTATATAGTCCTGGTTAACAggtgtgttccctatatagtccaggtTAACAGgtgtgttccctatatagtcctggttaacaggtgtgtgtgtcccctatatagtccaggttaacaggtgtgtcccctatatagtccaggttaacaggtgtgttccctatatagtccaggttaacaggtgtgttccctatatagtccaggttaacaggtgtgttccctatatagtccaggttaacaggtgtgttccctatatagtcctggtTAACAGGTGTGTCCCCTATATAGTCCAGGTTAACATGTGTGTCCCCTATATAGTCCAGGTTAACAggtgtgttccctatatagtcctggttaacaggtgtgtcccctatatagtcctggttaacaggtgtgttccctatatagtccaggttaacaggtgtgttccctatatagtccaggttaacagGTGTGTTCCCTATATAACAGGTGTGCGTGCAGACAGCTGACCTGTGATGTCCATGAAGGCTCGGTCCCAGAACTCATGGACGGTGTAACTCTCAGCAGAGGTGATGTTGACAGACAGGACGATGTCGTCCTCAACGTACTTCAAGATCAGGTTGTTGACCACAATGTTGACGTTGTTCACCACCCGACGGATCAGACTCTGGACGTAGcct
>TU129916
AGTCCTGGTTAACAggtgtgttccctatatagtccaggttaacaggtgtgtcccctatatagtcctggttaacaggtgtgtcccctatatagtccaggttaacaggtgtgttccctatatagtccaggttaacaggtgtgttccctatatagtccaggttaacaggtgtgttccctatatagtccaggttaacaggtgtgttccctatatagtcctggtTAACAGGTGTGTCCCCTATATAGTCCAGGTTAACAGGt
>TU129917
tTAACAGGTGTGTCCCCTATATAGTCCTGGTTAACAGGTGTGTCCCCTATATAGTCCTGGTTAACATGTGTGTCCCCTATATAGTCCAGGTTAACAggtgtgttccctatatagtcctggttaacaggtgtgtcccctatatagtcctggttaacaggtgtgttccctatatagtccaggttaacaggtgtgttccctatatagtccaggttaacaggtgtgt
>TU129925
CTATATATCCCAGGTTAACAgGTGTGTTCCCTATATAACAGGTGTGCGTGCAGACAGCTGACCTGTGATGTCCATGAAGGCTCGGTCCCAGAACTCATGGACGGTGTAACTCTCAGCAGAGGTGATGTTGACAGACAGGACGATGTCGTCCTCAACGTACTTCAAGATCAGGTTGTTGACCACAATGTTGACGTTGTTCACCACCCGACGGATCAGACTCTGGACGTAGcct

Function

NR:

description
PREDICTED: vacuolar protein sorting-associated protein 13B

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU129919 False 231 lncRNA 0.49 3 12189257 12191035
TU129923 False 688 lncRNA 0.39 6 12189301 12193804
TU129916 False 257 lncRNA 0.47 2 12190113 12190459
TU129917 False 223 lncRNA 0.52 3 12191633 12193115
TU129925 True 232 lncRNA 0.42 2 12193059 12193804

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
LOC110510416 LOC106596421 coding upstream 730826 11416206 ~ 11459325 (+)
fbxo43 fbxo43 coding upstream 775544 11402943 ~ 11413713 (+)
echdc1 echdc1 coding upstream 791949 11392942 ~ 11397308 (+)
soga3a LOC106593623 coding upstream 816257 11328026 ~ 11373000 (+)
LOC110520740 LOC106592347 coding upstream 864450 11307174 ~ 11324807 (+)
LOC110511179 NA coding downstream 105735 12299517 ~ 12300453 (+)
LOC118944185 NA coding downstream 278436 12430935 ~ 12555437 (+)
LOC110513835 nipal2 coding downstream 368533 12562337 ~ 12616197 (+)
LOC110510520 rida coding downstream 480281 12674085 ~ 12680150 (+)
spag1b LOC106592835 coding downstream 522770 12716574 ~ 12776832 (+)
G113577 NA non-coding upstream 43461 12145155 ~ 12145796 (+)
G113574 NA non-coding upstream 66274 12121934 ~ 12122983 (+)
G113570 NA non-coding upstream 77060 12111708 ~ 12112197 (+)
G113561 NA non-coding upstream 95035 12093829 ~ 12094222 (+)
G113559 NA non-coding upstream 98763 12089477 ~ 12090494 (+)
G113593 NA non-coding downstream 9878 12203682 ~ 12204188 (+)
G113619 NA non-coding downstream 80490 12274294 ~ 12274762 (+)
G113634 LOC106591507 non-coding downstream 107405 12301209 ~ 12307847 (+)
G113644 LOC106572245 non-coding downstream 119004 12312808 ~ 12314280 (+)
G113396 NA other upstream 479480 11708603 ~ 11709777 (+)
G113313 LOC102781083 other upstream 706516 11477976 ~ 11482741 (+)
G113285 NA other upstream 774079 11414931 ~ 11415178 (+)
elovl4a LOC106606161 other upstream 916257 11260912 ~ 11275480 (+)
fbxo32 fbxo32 other upstream 946188 11227497 ~ 11243074 (+)
G114243 NA other downstream 526604 12720408 ~ 12720693 (+)
G114244 NA other downstream 526926 12720730 ~ 12721315 (+)
G114263 NA other downstream 568428 12762232 ~ 12762827 (+)
G114323 NA other downstream 755556 12949360 ~ 12964930 (+)
LOC110520769 LOC106593286 other downstream 1428173 13604304 ~ 13623972 (+)

Expression


Co-expression Network