XLOC_020938


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_020938
gene name NA
gene type non-coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007133.7
NCBI id CM002906.2
chromosome length 39133080
location 10706775 ~ 10711531 (-)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00042345
ACAATAACAGCCTTAAAGCCAGACCTGTTCTTATCTCCAATAATTAGACTAACAATAATCTATTTTATACATTCACACAAAATGGTCTGTTTTGTCCACATTACAGAGGATAGAGGAACCCTGTAGGGCACACGTCTATTAACcaacaaacacaattaatctgAACGACCTTTATTAAGCATTGAACAAAAGCATGTTTCATGTCTCTGCGGTACCATGCACACCGAATCTGAATTCAGTCCCAATGACGAATGTCCTCAGGCTGAAGATCTGGAAATATTCACAGGTCAGAGGTGCCGCACTGTCCTCAACAACAGACTCATATCTACAAGCTATAAAGAAAAGACCACAGCACAGAAATACCACAAACATTACAGTCTCTGTCATGTAGAAAAGCTTTaggcaataaataataaatatgtgatGAACACCTACATTTTTAGGTGAGGTAATTTAATACCAGCATCTTTTAATGaacacttattttttttcttcctccgcAGCCTCTGGAAATGTTCTGTTTATTCTGAGGAATAATCTACAGCCCATACGAATCTGAGAACTACTGATAATGAATGATAAACGTCCAATATTACAATCCTTCGGAGCTCCCAAACCATATGTTGAGTCATTCACACATTGACATGCTATTCACAGTTATACATGTGTGCTAACTGCTGGTGTTAACCATTTCACTCAAAGAGATATAGACAGAAGACAAGAAATACTCTCTCGTAGTGTGTCTAATAAATTCTTGCAGGATTAGTGACTTTGATTATTCACCAAAAACCTTCGAcattgaagatttagaaaaattATAAAGGAATACTTCACTTCTTTAACGGATAGTGTCATTTTACAACTCTTAAATCTGgaggtaaacagttgagttttatgatttttaatccattcagtcgatTTCTGGGTTTGACGGGAGCACATTtagattagcttagcttagcataaatcattgaatcagactagaccattagcatctcactcaaaaatgaataaacattatgTATTAAAACTGATGAAGAATGAAATGTTGTTATTTTCAAAGCCTATAGGAACTATACTTTCATcctggcgtaataatcaaagaACTTTGCCTTTCTGTTCGTCTTAAAGCACAACGCTactacaaaagagtcaagctttgaataaataaattatcaaaaatctttggtcatttttaactgagatgctaatggtctaaaacTATTCAATGATtatactaagctaagctaaaagtgcccctGCCAAAATTAGAGATTGGCTGAACggattcaaaaatagtaaaactcaactgtttaactctagggaagtagtaaaattagcctatttctaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaagatttctttaaCAATGTTGATTTTGCCTTTACATGACTCTTGCTGTAACAGAAAAACCACTGCAATAGTGTTATAAGAACAATAATCAGACTGGAAACAATGGGATCCCTGTTATATGAACAACCCAAGACTATAATAAACATGGCTACCTGGCTATAAGAAAACACAACCATAACAATTGTGACACTGATACAACGGAAAAATAACGGAAAATGGATTTACAGTAACACACCTCAGCCTGGAAAACCATGGCAGGTCTGTTCCAAAAAAACATCCCAGCTAAGCCATAAGAACAATTGCAGATCTGGAAAAATGGCAGCCATGTTATTGGAGCAAGATCAACCAAatgttaaaggcacagttcacccaaaaaacaaaaatgaaaataagctcattgtttactctccctcatgtggttttaaccCTTTGAGatactttcttctgctgaacaggagagaagttattttgaaaaaagctggttGATGGCAcccattgatatccatagtagCAAAACAaatttctatggaagtcaatgagacaAGAAAGCTTCCAAATTTGTGTGCAAAGACAATCAAAAGGGTTTAAAACATGACTTCTTTTGGTTTTTGGGTGAACGATACTTTTAAAGTGGTCATGTAGTGTAAAATCAATATTTGCTTTGTCTTTTGACCTATAAGATTATGAGGTCATTGTGCTATAAAATCATCTTGTAGGTTTTATAACTCAAAACATGCCGGTTTAGCTCCATCCACCAATGTGTAGCAGGTAAATTAGGTGAGAACAAAAATGGAGGACTATGTTGAACCCAAACgataatgaataaaaacaatacagtcaGCTATTGACTTTCTTCTGATCTCAGCATTATTAAGGAGTTAACTTGTCAGTAAGAACTAGGCCCCTAGTTTTTTCCATGAATTTGTTTACAAACAAGGCACATTTTGATGCTAAATTTACAGAAACATGATGCTGTGGCGActatgttgattattgataactGTTTTTATCATGTGGTCACTTTTATTATGTGATCTCTGGAtttggcgggagcacttttagcttagcttagcatagatcattaaatcagattagaccattagcatcttgcttaaacGACCAGAGTTTTGATAATTCTTACATTTAAAGCTTGACCCTTCTGAAGTAAATATCATTGCCCCTTTTGCAGCCATTGAACGGcagtaaagttccttgattattacgccaaaaTTAGAGTATatttcctagccatatcagcctagaaaatagcaacattAATTTTCTGCCAGTCTTAGTACAaggtgtaactacagaagagtcaagctttatatAGGAACATTATTGAAACGTTTTGGCAATTTCTGAGTAAATTGCTGACGGTCAAATCCAATCCAACTTGTTTATAAATGAGGCACATTTTGACGCTGATTTTCCAGAAAGATGATGCTGTGCCAGCTTTAATAgatattaataactgtttttatgaTGTGGTCACTTTTATAATGTGATCTCAGAgaactttagcttagcttagcatagttcattgaatcaaattagaccattagcatcttattcAAAAGTTATAAAAGAGTTTCGATAATTTAAAGTTAATATCATTGTCCCTACTGCAGCCATGGAACAGCAGCAAAGCTCCTTGAATATTACactagaatgagagtatagttcctagccatatcaaccAAGAAAATAGCAATCGTTTCATTTTCTGCCAATCTAAGTACAAGGTGTAACTAAAGACGAGGCAAGTTTTATAtgggaaaattatcaaaaatttTTTGCCACTTTTtgagtgaaatgctaatggtctaatccaatccAACTCGTTTATAAACAAGGCGCCGTTTGACGCTAAATTTCCAGAAAGATGATGCTGTGCCAACTTTAATAgatattaataactgtttttatgaTGTGGTCACTTTTATAATGTGATCTCTGAGCACTTTAgcgtagcttagcatagatcagtgTTCCCGCCAGAGCCGGAGATTAgctgaatagattcaaaaaatgataaaactcaactatttagtacTAGGGAGGTTGTAAAATTAGcttgtttacaaaaaaagtgttcctttaaagtaGGTATTTAAGAAGGAGCAGGGcgcttgcattttttaaatggtGAATTTTGGACCACACTTGTCGAAGTGAACAATATACAATTTCCAATTTATTTTCTCCTGAAACGTTAACACGACGCAATACAGCAATACTAAGAATATCTCATTATTGCTGTTCattattgttgaaaaaaattcacattctatattaaaatatgctttatgTATTTGTGCGAGGTCCCTCCCAGAACTTAAAgtgatagctcacccaaaaatgaaaattcacttattatttacacaccctcaagtggttcaagaactttgagtttcatttttttctgttaaacacaaaagaagatattttaaagaatgttagaaaccagtaaccattgaaatccatagtagaaacaaaaaatactatgaagGTCAATGTGGAAACTCAAACATAAACGAGTGATGAAATTAGGACAcattatcatttttgggtgaactattcctttaatccCATTATTAAGTCTATTTTCCCCTAACATATTATCTATCACCAAACACATTTCTTACCTATGCAACGTCCTATGAAATATAAAATTCATATGAAGAAACGCAAAATGAAAATAAGtgtaatatataaaacaacaTCCCACATGCCCATTAACGACAAACTCCAGACCTCAAAAATGACCATCGCATGTACCCTTGGCTAACAAACTTCTGAAAGGGCCCTTCATGAAGAGAAAATCAGCCCCTACAAATGGCGCACTAATCCCAAAGGGCCTTTCAATGGTGCAAAAACACCATTAAGAACTCGCCCAATATAACTTCTGAATGTTCACAGTTTTTAATAATAGCATTTTAACAACATCCCTCAGATTTGTTAGAGAATGATATTTAAAGTGTTCCGGAATCATCCTTAG
>TCONS_00042346
TGCATGTcttaatatgaatttatttacttTGATTTATTTCAGACCACTTTTGAACCTTCAGCCTCTTACAAAGGAAGTAAAAACAAATTTTCTCCACTTGAAATTGTACTTTTTACTTTAACAATAACAGCCTTAAAGCCAGACCTGTTCTTATCTCCAATAATTAGACTAACAATAATCTATTTTATACATTCACACAAAATGGTCTGTTTTGTCCACATTACAGAGGATAGAGGAACCCTGTAGGGCACACGTCTATTAACcaacaaacacaattaatctgAACGACCTTTATTAAGCATTGAACAAAAGCATGTTTCATGTCTCTGCGGTACCATGCACACCGAATCTGAATTCAGTCCCAATGACGAATGTCCTCAGGCTGAAGATCTGGAAATATTCACAGGTCAGAGGTGCCGCACTGTCCTCAACAACAGACTCATATCTACAAGCTATAAAGAAAAGACCACAGCACAGAAATACCACAAACATTACAGTCTCTGTCATGTAGAAAAGCTTTaggcaataaataataaatatgtgatGAACACCTACATTTTTAGGTGAGGTAATTTAATACCAGCATCTTTTAATGaacacttattttttttcttcctccgcAGCCTCTGGAAATGTTCTGTTTATTCTGAGGAATAATCTACAGCCCATACGAATCTGAGAACTACTGATAATGAATGATAAACGTCCAATATTACAATCCTTCGGAGCTCCCAAACCATATGTTGAGTCATTCACACATTGACATGCTATTCACAGTTATACATGTGTGCTAACTGCTGGTGTTAACCATTTCACTCAAAGAGATATAGACAGAAGACAAGAAATACTCTCTCGTAGTGTGTCTAATAAATTCTTGCAGGATTAGTGACTTTGATTATTCACCAAAAACCTTCGAcattgaagatttagaaaaattATAAAGGAATACTTCACTTCTTTAACGGATAGTGTCATTTTACAACTCTTAAATCTGgaggtaaacagttgagttttatgatttttaatccattcagtcgatTTCTGGGTTTGACGGGAGCACATTtagattagcttagcttagcataaatcattgaatcagactagaccattagcatctcactcaaaaatgaataaacattatgTATTAAAACTGATGAAGAATGAAATGTTGTTATTTTCAAAGCCTATAGGAACTATACTTTCATcctggcgtaataatcaaagaACTTTGCCTTTCTGTTCGTCTTAAAGCACAACGCTactacaaaagagtcaagctttgaataaataaattatcaaaaatctttggtcatttttaactgagatgctaatggtctaaaacTATTCAATGATtatactaagctaagctaaaagtgcccctGCCAAAATTAGAGATTGGCTGAACggattcaaaaatagtaaaactcaactgtttaactctagggaagtagtaaaattagcctatttctaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaagatttctttaaCAATGTTGATTTTGCCTTTACATGACTCTTGCTGTAACAGAAAAACCACTGCAATAGTGTTATAAGAACAATAATCAGACTGGAAACAATGGGATCCCTGTTATATGAACAACCCAAGACTATAATAAACATGGCTACCTGGCTATAAGAAAACACAACCATAACAATTGTGACACTGATACAACGGAAAAATAACGGAAAATGGATTTACAGTAACACACCTCAGCCTGGAAAACCATGGCAGGTCTGTTCCAAAAAAACATCCCAGCTAAGCCATAAGAACAATTGCAGATCTGGAAAAATGGCAGCCATGTTATTGGAGCAAGATCAACCAAatgttaaaggcacagttcacccaaaaaacaaaaatgaaaataagctcattgtttactctccctcatgtggttttaaccCTTTGAGatactttcttctgctgaacaggagagaagttattttgaaaaaagctggttGATGGCAcccattgatatccatagtagCAAAACAaatttctatggaagtcaatgagacaAGAAAGCTTCCAAATTTGTGTGCAAAGACAATCAAAAGGGTTTAAAACATGACTTCTTTTGGTTTTTGGGTGAACGATACTTTTAAAGTGGTCATGTAGTGTAAAATCAATATTTGCTTTGTCTTTTGACCTATAAGATTATGAGGTCATTGTGCTATAAAATCATCTTGTAGGTTTTATAACTCAAAACATGCCGGTTTAGCTCCATCCACCAATGTGTAGCAGGTAAATTAGGTGAGAACAAAAATGGAGGACTATGTTGAACCCAAACgataatgaataaaaacaatacagtcaGCTATTGACTTTCTTCTGATCTCAGCATTATTAAGGAGTTAACTTGTCAGTAAGAACTAGGCCCCTAGTTTTTTCCATGAATTTGTTTACAAACAAGGCACATTTTGACGCTGATTTTCCAGAAAGATGATGCTGTGCCAGCTTTAATAgatattaataactgtttttatgaTGTGGTCACTTTTATAATGTGATCTCAGAgaactttagcttagcttagcatagttcattgaatcaaattagaccattagcatcttattcAAAAGTTATAAAAGAGTTTCGATAATTTAAAGTTAATATCATTGTCCCTACTGCAGCCATGGAACAGCAGCAAAGCTCCTTGAATATTACactagaatgagagtatagttcctagccatatcaaccAAGAAAATAGCAATCGTTTCATTTTCTGCCAATCTAAGTACAAGGTGTAACTAAAGACGAGGCAAGTTTTATAtgggaaaattatcaaaaatttTTTGCCACTTTTtgagtgaaatgctaatggtctaatccaatccAACTCGTTTATAAACAAGGCGCCGTTTGACGCTAAATTTCCAGAAAGATGATGCTGTGCCAACTTTAATAgatattaataactgtttttatgaTGTGGTCACTTTTATAATGTGATCTCTGAGCACTTTAgcgtagcttagcatagatcattgaatcggattacaccattagcatctcattcaaaaaatGAGATGATTAAAAAAGGTCCACGATTATTACGCCAaaataagagtatagttcctagccatatcaactAAGAAAATAGCAATCGTTTTTTCTGCCAGTCTTAGTACAAGGTGTAacaacagaagagtcaagctttatatAGGAAAATTATCTAAACGTTTTGACAATTTTTGAgttaaatgctaatggtctaatctaattcaatgatctatgctaagctaagctaacagtgTTCCCGCCAGAGCCGGAGATTAgctgaatagattcaaaaaatgataaaactcaactatttagtacTAGGGAGGTTGTAAAATTAGcttgtttacaaaaaaagtgttcctttaaagtaGGTATTTAAGAAGGAGCAGGGcgcttgcattttttaaatggtGAATTTTGGACCACACTTGTCGAAGTGAACAATATACAATTTCCAATTTATTTTCTCCTGAAACGTTAACACGACGCAATACAGCAATACTAAGAATATCTCATTATTGCTGTTCattattgttgaaaaaaattcacattctatattaaaatatgctttatgTATTTGTGCGAGGTCCCTCCCAGAACTTAAAgtgatagctcacccaaaaatgaaaattcacttattatttacacaccctcaagtggttcaagaactttgagtttcatttttttctgttaaacacaaaagaagatattttaaagaatgttagaaaccagtaaccattgaaatccatagtagaaacaaaaaatactatgaagGTCAATGTGGAAACTCAAACATAAACGAGTGATGAAATTAGGACAcattatcatttttgggtgaactattcctttaatccCATTATTAAGTCTATTTTCCCCTAACATATTATCTATCACCAAACACATTTCTTACCTATGCAACGTCCTATGAAATATAAAATTCATATGAAGAAACGCAAAATGAAAATAAGtgtaatatataaaacaacaTCCCACATGCCCATTAACGACAAACTCCAGACCTCAAAAATGACCATCGCATGTACCCTTGGCTAACAAACTTCTGAAAGGGCCCTTCATGAAGAGAAAATCAGCCCCTACAAATGGCGCACTAATCCCAAAGGGCCTTTCAATGGTGCAAAAACACCATTAAGAACTCGCCCAATATAACTTCTGAATGTTCACAGTTTTTAATAATAGCATTTTAACAACATCCCTCAGATTTGTTAGAGAATGATATTTAAAGTGTTCCGGAATCATCCTTAG

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00042345 False 4371 lncRNA 0.34 2 10706775 10711411
TCONS_00042346 True 4283 lncRNA 0.34 2 10706775 10711531

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_020937 BX465868.2 coding downstream 31180 10673169 ~ 10675595 (-)
XLOC_020936 BX465868.3 coding downstream 38801 10667858 ~ 10667974 (-)
XLOC_020935 BX465868.1 coding downstream 45778 10658018 ~ 10660997 (-)
XLOC_020934 cyb561d2 coding downstream 64902 10639440 ~ 10641873 (-)
XLOC_020933 bap1 coding downstream 101730 10591958 ~ 10605045 (-)
XLOC_020939 sass6 coding upstream 24378 10735909 ~ 10752471 (-)
XLOC_020940 BX908398.1 coding upstream 52402 10763933 ~ 10764047 (-)
XLOC_020941 timm13 coding upstream 59584 10771115 ~ 10774735 (-)
XLOC_020942 arhgef18b coding upstream 102673 10814204 ~ 10891213 (-)
XLOC_020943 BX908744.1 coding upstream 184432 10895963 ~ 10900976 (-)
XLOC_020919 NA non-coding downstream 484246 10216792 ~ 10222529 (-)
XLOC_020914 BX324213.1 non-coding downstream 627106 10076578 ~ 10079669 (-)
XLOC_020944 BX908744.2 non-coding upstream 191979 10903510 ~ 10917793 (-)
XLOC_020945 NA non-coding upstream 211234 10922765 ~ 10926958 (-)
XLOC_020948 NA non-coding upstream 371411 11082942 ~ 11097837 (-)

Expression


Co-expression Network