G117333



Basic Information


Item Value
gene id G117333
gene name NA
gene type non-coding
species rainbow trout (Oncorhynchus mykiss)
category of species economic fish

Chromosome Information


Item Value
chromosome id NC_048566.1
NCBI id CM023220.2
chromosome length 103806877
location 16214036 ~ 16217352 (-)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome

Sequence


>TU134992
caaccatcactcctgtgttccaatggcacgttgtgttagctaatacaagtttatcattttaaaaggctaattgatcattagaaaacattagtgtctagtttgagaaacaattgcctcacaagttctcaattggcagcttcattaattgtaattagccttttaaaattgaATTTTAAaattgaattagctaacacaggagtgatggaacacaggagtgatggttgctgataatgggcctctgtacgcttcCATCTagagtagtcatttacaacattaacaatgtctacactgtatttataatcaatttgatattttaatggacaaaacattagcttttctttcaaaaacaaggacatttctaagtgaccccaaacttttgaacggagatatataaatatatatacacacacacacacacagtcttgtatatcTAACCTTGTATAACTAACCCATTCAAAATTCTGTACCCTAACATTAATTcttaaacctagctcctaaccctgaaCTTAATTCTAACcataacactaattctaaccttaaccctaaaccccctagaaatagcatttgaccttggggactaacaaaatgttcccagttggtcaaatttgtttgtttactattcttgtggggacttctggtccccacaaatatagtgaaacacgtccacacacacacacacacacacacacacactatctactAATGTCTTTAAGCTTATGCTATTTTCCATTTCAACAGTTTAAAAGTCTGAATGAATAATgtattacacacaaacacacacacctcaggcaTTCATTTCAGAGGGATCTGTGAAGTTGTTgatgggaatagagagagagacaagcaggCCAGTGGCACTGAGGAAACAGAGGTCCATCCAGCAGTCTTAACATAGCTAGTCGGAGAGGACTAGAATGTGTCTCTCAATGGccaatcccaaatcaacccctCGCCTAACCTCTTACTGTCCCCAAGCACATAGGAAACCAAACCACCCAGGATCGCTAGCCTAAAACAGTGGTGTAACACTGTTTCATAAATAGGAGTGTGTTTCCGCTGTAGATTACACTATGCATTGTGCACTGCCAAGTTAACCCTTTCACTGGCGGCATGTAGCGTTGGTAGCTTTCATTCATGTCAATCATTTCCGTTAACTTTATTTTTGTTTGTGAGACGTGGTCTTTAAAAGTCATTAAAGGATAGATTTACAAAGTGACTGAAGTACTGAGGAGTGAGTGTAACGTGATGGTGATGCAGGTCTTTATTTTCATGTCAATGTTCAACAGGTTGTAAATAGTGCACTAAAACACCACACACTTACAAAACATTTGAATGATATATTCTATTTAAAATTAAATAGAGGATTTTATAAATGTCAGAAGGCACAGTAACTTGCTTTGGAGACACTGTAATATGATGACCATGCATCCATCCTTTTGGGTAAAGAGGGAATGTATTGAAACACTAAAACGTCTTTACTTTTGGGTAAAGAGGGAATGTATTGAAAACACTAAAACGTCTTTACTTTTGGATAAAGAGGGAATGTATTGAAAACACTAAAACGTCTTTACTTTTGGATAAAGAGGGAATGTATTGAAAACACTAAAACGTCTTTACTTTTGGATAAAGAGGGAATGTATTGAAAACACTAAAACGTCTTTACTTTTGGATAAAGAGGGAATGTATTGAAAACACTAAAACGTCTTTACTTTTGGATAAAGAGGGAATGTATTGAAACACTAAAACGTCTTTACTTTTGGATAAAGAGGGAATGTATTGAAAACACTAAAACGTCTTTACTTTTGGATAAAGAGGGAATGTATTGAAAACACTAAAACGTCTTTACTTTTGGATAAAGAGGGAATGTATTGAAAACACTAAAACGTCTTTACTTTTGGATAAAGAGGGAATGTATTGACAACACTAAAACGTCTTTACTTTTGGGTAAAGAGGGAATGTATTGAAAACACTAAAACGTCTTTACTTTTGGGTAAAGAGGGAATGTATTGAAACACTAAAACGTCTTTACTTTTGGATAAAGAGGGAATGTATTGAAAACACTAAAACGTCTTTACTTTTGGATAAAGAGGGAATGTATTGACAACACTAAAACGTCTTTACTTTTGGATAAAGAGGGAATGTATTGACAACACTAAAACGTCTTTACTTTTGGGTAAAGAGGGAATGTATTGACAACACTAAAACGTCTTTACTTTTGGGTAAAGAGGGAATGTATTGAAAACACTAAAACGTCTTTACTTTTGGATAAAGAGGGAATGTATTGAAAACACTAAAACGTCTTTACTTTTGGATAAAGAGGGAATGTATTGACAACACTAAAACGTCTTTACTTTTGGGTAAAGAGGGAATGTATTGAAAACACTAAAACGTCTTTACTTTTGGTTATGTTGCAACAGTTATTATGAAGCAAAATGCTCATGGCACTTAAGATAAGGATTGTCTTCAGGAAAGAAAACAGTTGGATGTTGTGGTTCAACTTTACTTTACAGTCCTGTATTTACCAGGTATTTACTTAAATAGTAGAATGATCATTAGAATATCCACCTAATAACAACTTttgtattataatttttttaatattCATTGTAATAGTTTCTAATTCTGTTGAATTCTTTGAGATAAGTGCCAAAAGGTATGTCTCTTACCATAGTTTCATAGTAAAGACCAGGACCAGATGaggcagggctgtaaaataaagtCTGACTGATGCCCTATGTTTACATGATGGTAACTGTGTAAATCTGATGATTGACAAGCCCATATCCACTCATTAAAACATTGATTGAATGGACATTCAAGTTGAACCACGTGGGCTTACAGAGGCATCGTTGAAAACTCCACTTTGTATGATTTAAATGTGCAAATGTAACATTTGATAAAAGCAAC
>TU134997
caaccatcactcctgtgttccaatggcacgttgtgttagctaatacaagtttatcattttaaaaggctaattgatcattagaaaacattagtgtctagtttgagaaacaattgcctcacaagttctcaattggcagcttcattaattgtaattagccttttaaaattgaATTTTAAaattgaattagctaacacaggagtgatggaacacaggagtgatggttgctgataatgggcctctgtacgcttcCATCTagagtagtcatttacaacattaacaatgtctacactgtatttataatcaatttgatattttaatggacaaaacattagcttttctttcaaaaacaaggacatttctaagtgaccccaaacttttgaacggagatatataaatatatatacacacacacacacacagtcttgtatatcTAACCTTGTATAACTAACCCATTCAAAATTCTGTACCCTAACATTAATTcttaaacctagctcctaaccctgaaCTTAATTCTAACcataacactaattctaaccttaaccctaaaccccctagaaatagcatttgaccttggggactaacaaaatgttcccagttggtcaaatttgtttgtttactattcttgtggggacttctggtccccacaaatatagtgaaacacgtccacacacacacacacacacacacacacactatctactAATGTCTTTAAGCTTATGCTATTTTCCATTTCAACAGTTTAAAAGTCTGAATGAATAATgtattacacacaaacacacacacctcaggcaTTCATTTCAGAGGGATCTGTGAAGTTGTTgatgggaatagagagagagacaagcaggCCAGTGGCACTGAGGAAACAGAGGTCCATCCAGCAGTCTTAACATAGCTAGTCGGAGAGGACTAGAATGTGTCTCTCAATGGccaatcccaaatcaacccctCGCCTAACCTCTTACTGTCCCCAAGCACATAGGAAACCAAACCACCCAGGATCGCTAGCCTAAAACAGTGGTGTAACACTGTTTCATAAATAGGAGTGTGTTTCCGCTGTAGATTACACTATGCATTGTGCACTGCCAAGTTAACCCTTTCACTGGCGGCATGTAGCGTTGGTAGCTTTCATTCATGTCAATCATTTCCGTTAACTTTATTTTTGTTTGTGAGACGTGGTCTTTAAAAGTCATTAAAGGATAGATTTACAAAGTGACTGAAGTACTGAGGAGTGAGTGTAACGTGATGGTGATGCAGGTCTTTATTTTCATGTCAATGTTCAACAGGTTGTAAATAGTGCACTAAAACACCACACACTTACAAAACATTTGAATGATATATTCTATTTAAAATTAAATAGAGGATTTTATAAATGTCAGAAGGCACAGTAACTTGCTTTGGAGACACTGTAATATGATGACCATGCATCCATCCTTTTGGGTAAAGAGGGAATGTATTGAAACACTAAAACGTCTTTACTTTTGGGTAAAGAGGGAATGTATTGAAAACACTAAAACGTCTTTACTTTTGGATAAAGAGGGAATGTATTGAAAACACTAAAACGTCTTTACTTTTGGATAAAGAGGGAATGTATTGAAAACACTAAAACGTCTTTACTTTTGGATAAAGAGGGAATGTATTGAAAACACTAAAACGTCTTTACTTTTGGATAAAGAGGGAATGTATTGAAAACACTAAAACGTCTTTACTTTTGGATAAAGAGGGAATGTATTGAAACACTAAAACGTCTTTACTTTTGGATAAAGAGGGAATGTATTGAAAACACTAAAACGTCTTTACTTTTGGATAAAGAGGGAATGTATTGAAAACACTAAAACGTCTTTACTTTTGGATAAAGAGGGAATGTATTGAAAACACTAAAACGTCTTTACTTTTGGATAAAGAGGGAATGTATTGACAACACTAAAACGTCTTTACTTTTGGGTAAAGAGGGAATGTATTGAAAACACTAAAACGTCTTTACTTTTGGGTAAAGAGGGAATGTATTGAAACACTAAAACGTCTTTACTTTTGGATAAAGAGGGAATGTATTGAAAACACTAAAACGTCTTTACTTTTGGATAAAGAGGGAATGTATTGACAACACTAAAACGTCTTTACTTTTGGATAAAGAGGGAATGTATTGACAACACTAAAACGTCTTTACTTTTGGGTAAAGAGGGAATGTATTGACAACACTAAAACGTCTTTACTTTTGGGTAAAGAGGGAATGTATTGAAAACACTAAAACGTCTTTACTTTTGGATAAAGAGGGAATGTATTGAAAACACTAAAACGTCTTTACTTTTGGATAAAGAGGGAATGTATTGACAACACTAAAACGTCTTTACTTTTGGGTAAAGAGGGAATGTATTGAAAACACTAAAACGTCTTTACTTTTGGGTAAAGAGGGAATGTATTGAAACACTAAAACGTCTTTACTTTTGGATAAAGAGGGAATGTATTGAAAACACTAAAACGTCTTTACTTTTGGATAAAGAGGGAATGTATTGAAAACACTAAAACGTCTTTACTTTTGGTTATGTTGCAACAGTTATTATGAAGCAAAATGCTCATGGCACTTAAGATAAGGATTGTCTTCAGGAAAGAAAACAGTTGGATGTTGTGGTTCAACTTTACTTTACAGTCCTGTATTTACCAGGTATTTACTTAAATAGTAGAATGATCATTAGAATATCCACCTAATAACAACTTttgtattataatttttttaatattCATTGTAATAGTTTCTAATTCTGTTGAATTCTTTGAGATAAGTGCCAAAAGGTATGTCTCTTACCATAGTTTCATAGTAAAGACCAGGACCAGATGaggcagggctgtaaaataaagtCTGACTGATGCCCTATGTTTACATGATGGTAACTGTGTAAATCTGATGATTGACAAGCCCATATCCACTCATTAAAACATTGATTGAATGGACATTCAAGTTGAACCACGTGGGCTTACAGAGGCATCGTTGAAAACTCCACTTTGTATGATTTAAATGTGCAAATGTAACATTTGATAAAAGCAAC

Function


GO: NA

KEGG: NA

RNA


RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU134992 False 2907 lncRNA 0.35 2 16214036 16217352
TU134997 True 3044 lncRNA 0.51 2 16214036 16217352

Neighbor


gene id symbol gene type direction distance location
LOC110536122 LOC106573839 coding downstream 5673 16203014 ~ 16208363 (-)
LOC110536110 LOC106573847 coding downstream 12488 16199987 ~ 16201548 (-)
LOC110536103 s10ag coding downstream 18274 16189940 ~ 16195762 (-)
s100t LOC106575525 coding downstream 33426 16176859 ~ 16180610 (-)
LOC110534219 LOC106575505 coding downstream 106004 16079813 ~ 16108032 (-)
LOC110536154 LOC106575541 coding upstream 119 16217471 ~ 16245556 (-)
LOC110536166 NA coding upstream 28417 16245769 ~ 16247419 (-)
LOC110536161 LOC106593005 coding upstream 32079 16249431 ~ 16289180 (-)
LOC110536191 LOC106605933 coding upstream 106066 16323418 ~ 16447506 (-)
LOC118937848 NA coding upstream 213431 16430783 ~ 16433481 (-)
G117327 NA non-coding downstream 24408 16189373 ~ 16189628 (-)
G117041 NA non-coding downstream 38511 16175228 ~ 16175525 (-)
G117040 NA non-coding downstream 40003 16171188 ~ 16174033 (-)
G117038 NA non-coding downstream 45685 16167955 ~ 16168351 (-)
G117008 NA non-coding downstream 64867 16102835 ~ 16149169 (-)
G117354 NA non-coding upstream 39395 16256747 ~ 16259206 (-)
G117335 LOC100286671 non-coding upstream 74478 16291830 ~ 16298545 (-)
G117362 NA non-coding upstream 84196 16301548 ~ 16301846 (-)
G117407 NA non-coding upstream 196366 16413718 ~ 16414705 (-)
LOC110518702 atp8b2 other downstream 254034 15898225 ~ 15982097 (-)
LOC110536013 NA other downstream 356332 15778980 ~ 15857764 (-)
G118273 NA other upstream 610319 16827671 ~ 16828022 (-)
G118303 NA other upstream 716217 16933569 ~ 16934290 (-)
G118319 NA other upstream 778168 16916621 ~ 16998362 (-)
G118392 NA other upstream 833829 17051181 ~ 17055124 (-)
LOC110534246 LOC106605885 other upstream 876982 17094247 ~ 17121323 (-)

Expression



Co-expression Network