XLOC_020987 (si:ch211-227m13.1)


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_020987
gene name si:ch211-227m13.1
gene type coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007133.7
NCBI id CM002906.2
chromosome length 39133080
location 13276693 ~ 13350356 (-)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00041273
ATATCTGGAGCAGCTGAAgcatatttgaatttaaagggagGGGCGACACTTTCAGATAACCAAAACGAGGTTCATATCTGAAAACCAGCAGAAAGAGTGAGACAGATAAAGAGTAGGTGAGGCGTTCAGCACATGGCCTTTTAGACTCCATCAAACTCAAGTGGACAGCAGTTGGAGAAACCAGGCGAGACAACCTGCTGAAACTCTCACAGTCAGACTGCCTACATGGAAGACATGGAATCAACCAGCCCACCAGTCTCACATAGACCAGCTAGCCAAATATACACAAGTGCTCCAGAGATATCTGAGCCGGCTGCAGTATCATTGTTTCACAATGACACCTccgGTGAGATCACAAACGCCACGAAAGTAGACACAGTTGGTTTCAGTTCCATTGCTGACGAATCAGTGTACGGCATTCTGTTGGGAGTATCTCTGATAGCAGTGCTTGTGACGATTGTGCTCATTTCTGTAGTGGTTCTCCGCTACATTAGCCATCAGAAAGGTACATATTACACCTACGAGGAGTCTTTAGTGTTTAAGAGTGACCCCGAGATGCTGGACATGCCAGAAAGTCCAGATGACGAAGAGCTTTCAGAAGATCAAGATGATCAAGAAGATCCAGAAGATAAAGAAGACCCAGAAGAAGAGGAGCCTTAGTATCTCCTGGCTGGGAGCCTTTTGGGACGTTTCCTGTGTGAAATGTATCACTGTGAAAGACAGACGGATCTTTCGTGGATCCTCTTCCTTTTCACTCAACAATCGCATATGCCTTTTCCAGCAGATGTCCTTTTCTGATGGCTTCACACTCACGCAGTCcaaaactaaaatagatttcCATGTGAAGCACTTGTGTACTAGTTAATTTAACACAATACTAAGATGATGTTAAATGTGTTTTGAAACTGTACTGTTTTATCATTAACACACTGatgtctttttaaaattatttcataaTCTTTTTttcacgctttttttttttttgcaagtgttaagttttggtaacactttataataactgcataCTATCCATGATCTATTtaacattagcaaatagttaatttgtaATTCGTTAAGCACTAACTCTACACTAATAGACATTATTAAGCAGTTTCTAATTaaacagctacaaatgctgcCTTCTTGACTTATATAAGCACATATAAAAGGCAGTTTTCAacactaaattaagtattgcattatttacaaaccatttattTGGGAgttgttggtggtttttaagatcatttagaatgagtaagtacattaataataaactattcaaacgtacagttgaagtcagaattattagccccctttgaagttttttcatttttaaatattttccaaattatgtttaacagagcaaggaaactttcacagaatgtctgatcaactttttcttctggaaaaagttttatttgttttatttcggctagaataaatacagttttaatttttttttaaaacattttaaggtcaatattattactcccTTTAGCAATttcttttcaatagtctacagaacaaaccattgttatacaatgtcttgcccaattaccctaacctgcctaattaacctagttaagcctttaaatgtcactttaagctgtatagaagtgtcttaaaaatatcaaaatattatttattgtcaacatgaaaaagatcaaataaaacagttattagacatgaggtattaaaactattatgcttagaaatgtgttgaaaaaatctttcagttaaacagaaattgggaggaaaaaataacaacccaggctcattgtggaaacgtagtcccgtggacgtttccgCAGACCGCGGAATACATCCTGGTGGGTAcatacggctgcagtttttgtttttgcgaatccgtgagaggccgctgttgtgcgctttttcgcacctcagatgcctctcgcgagtgcagttcgcgcctgcgctgttctcgcatgaacccaccagaggccactgtccgactgaccggatgattgactgcgcgaccggccaatcggccgacccgccctcctccttccctgaacccaaccaatccctaaacccaagcaacagtttacaaaagccgtccaaaaaaataaaagccctaatttttttttttattctaccgcgttttcggatttcaccgcattctcaccctgttacgaaacacgttcacttaatttttgggattctgtttttgttttacctgattgctggaaccgctcttccccggactcgaaacctgtcgccgtggtcaactcctctctgcatctcgagcctgcagACGTatacggtgagctgagtggacaaacgggttgcagcggggaagccctccacaaggaggtaaggcaagcgcaaaagggaacatcgtcacaccgccccgcagcgttcgcttgaaaagaATTAACGCAGCCATACGTACCCCCCAGGACATATtctgctgtctccagaaacgtccgctggactacattttcagaatgagcttgggttgaagaataaacagggggggctaataattctgacttcaactgtacatttatacATCTTATTTTTCAGGCATAGTAATAGttaataatgcttttttttcattatttactgTAAGCtcatctaaagtgaggactatgtaaatcccttataaatgacaattaaatgctcggaaaaaggggaaaaaaaatctaaacattgcGATCCTATCGAAAAATAAAAGTACTATCTTTCATATCAGTGAATAACTCGAATCCTTTATCATATTGTTAAATTGTACAATTATTGTTGCTTTGgacaatgcagtggcgcagtaggtagtgctgtcgcctcacagcaagaaggtcgctggtttgagccttggctgggtcagttgacatttctgtgaggTGGGGTGGGGTGAGTCGTAATTCAAGGAGGACGAAGTGTCTTTGTCCAGTACTTTACAGAGGCTGGAAAAACCTACAAGTGTGGGAGGGGGTATCTGTGTCCAGTATCGTTCAGAGACTTTACAgaggctggaaaaaaaaaaacagggggtgCCTGGTCAGCTGTCCTATGCGCAAGGCACTGGCTACCATCGGATTATTCGGCAATCCAGGGTGTACTAGATGTACCAAACACTTGAGGACCAGGAAATGGACTGACAATTCTGGGAGTTTTTGGGGAGAAATGACAaaatgggagatgggtctgaaatatggcaGACTCCCcacgggaaaaacgggagtgttggcagataTGGTACACAAATACATTGCCTACAGTATATGCTATAAAATTGCAAGTTAAAAATGCTGTTGaaatatattaacttatatttgattgtaactaTAACTCAGTTTTATGGTAATGCAATTATAGTCagcttttgtaaagctgctttgaaacaattattataaaaagcatacacaaatcaacttgaattgaattggacATCAAATATGTGCGTAGAAATCAAGCATCTGCAGCTGTattagaagtggtgttagtgaggccagcagggggcactcaacctgctgtctgtgtgaaTCGTAATGCCCCAGAACAGCGAAAGGGACATTATACTGTCAGcgagtgccgtctttcagatgagactataaaccgaggtcctgactctctggtcATTAAAATCTCatagcacttcttgtaaagagtaggggtgtaaccttggtgtcctggccaaattccatcAATTGGCCCTtaccaatcatggcctcccaattataCTCAcacactgaattggctctatgactgtctctccactccacctatagctagtGTGTAGTAAGCGCACTGGTGGTGTTATCCTGTGGCTGCCGTGGCATAATCCAAGTGGGtgctgtacactggtggtggtgtggataGACCCTCCTCATGAATGTGAAGAGCTTTGGGTATATGGCCATACATgagtaatgtgctatataactacacattaaattacattacataattCTAAACTGCTTACTTATGTTTATTAATGTACAGTTAATGCTTTAGACATTGTGAGCAAACTATTTGCTTATGCTTAGTAAATTATTCATAGTGTGCAATTACCTACTTTTTTCTGGACATCTTATTGTCTAGTTGGAATGTTTTTTTGTAGAAACAGACTGAATCAAACCTGACCATGTGACTTATTATCCAGGACACTGTCAAAAGCTATTCCAAAGATTGCCATGATGCATTTTTAATAATACTCACAGGTAGAAAATAAATGATGAGCCATCGGCAGCTGTCCATGGGCATGGTGGAATAATTCACTCAATGAAAAATCTACTTTACTTCACAAAATGTGAGTACATGATTAAATTTTATACAATGGAGATTGAAATTGGAGAACCACCTACACTTTTCATGTTTggatttcaaatatataaaatgtatgtgtTATTTTCAACATGTatgttaaaacattgtaaaatggccatttacgtatatttttaaaacattgcagctggaaaaaaattgcaatccaggctcattctaaaaatgtacctctagatacatttctggagatgggGAAATACGTCTTGAGGTACTTTtttgcggtttttgttttcgcaaatccaccagagggtgctgtgtatgctttttgagatctcaaatttctctcatgagtgccattcgcacctgctgtcaTCGTgaaaacccaccagaggccgctgttgactaaccgattgactgacccatcctcctacttccctaaacctaaccaattttattgattgacccgTAAAACccacttcccaaaacccaaccaaacattttcaaaagcaatccagaaaaagaaaagcccttgtctgatttttaccacgttttcagattttaccacattctcaccctcttatttacttgtttattttattttttggattctgtttttgtcttacctgctttctggaatcattcttcaCCGAACTCGAACGCTGTCATCGTGGTTAacatctcaagtccgctgaaGTACATGGCGAGCTCAGGgaacaaactggttacagcgggaaagctgtccatacgga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>TCONS_00041274
GTGAGGCGTTCAGCACATGGCCTTTTAGACTCCATCAAACTCAAGTGGACAGCAGTTGGAGAAACCAGGCGAGACAACCTGCTGAAACTCTCACAGTCAGACTGCCTACATGGAAGACATGGAATCAACCAGCCCACCAGTCTCACATAGACCAGCTAGCCAAATATACACAAGTGccgGTGAGATCACAAACGCCACGAAAGTAGACACAGTTGGTTTCAGTTCCATTGCTGACGAATCAGTGTACGGCATTCTGTTGGGAGTATCTCTGATAGCAGTGCTTGTGACGATTGTGCTCATTTCTGTAGTGGTTCTCCGCTACATTAGCCATCAGAAAGGTACATATTACACCTACGAGGAGTCTTTAGTGTTTAAGAGTGACCCCGAGATGCTGGACATGCCAGAAAGTCCAGATGACGAAGAGCTTTCAGAAGATCAAGATGATCAAGAAGATCCAGAAGATAAAGAAGACCCAGAAGAAGAGGAGCCTTAGTATCTCCTGGCTGGGAGCCTTTTGGGACGTTTCCTGTGTGAAATGTATCACTGTGAAAGACAGACGGATCTTTCGTGGATCCTCTTCCTTTTCACTCAACAATCGCATATGCCTTTTCCAGCAGATGTCCTTTTCTGATGGCTTCACACTCACGCAGTCcaaaactaaaatagatttcCATGTGAAGCACTTGTGTACTAGTTAATTTAACACAATACTAAGATGATGTTA
>TCONS_00042359
tttaaagggagGGGCGACACTTTCAGATAACCAAAACGAGGTTCATATCTGAAAACCAGCAGAAAGAGTGAGACAGATAAAGAGTAGGTGAGGCGTTCAGCACATGGCCTTTTAGACTCCATCAAACTCAAGTGGACAGCAGTTGGAGAAACCAGGCGAGACAACCTGCTGAAACTCTCACAGTCAGACTGCCTACATGGAAGACATGGAATCAACCAGCCCACCAGTCTCACATAGACCAGCTAGCCAAATATACACAAGTGCTCCAGAGATATCTGAGCCGGCTGCAGTATCATTGTTTCACAATGACACCTccgGTGAGATCACAAACGCCACGAAAGTAGACACAGTTGAACCGTAAACAGCAAAGCAACAGGAGCAGTGAACAGGTCTATAATGCTAAAACAGAAAAAGAGAGATCCAGCGTCCGGCAGATGGACGTGTGTAAATGAGGC

Function

symbol description
si:ch211-227m13.1 Predicted to be located in membrane. Predicted to be integral component of membrane.

GO: NA

KEGG: NA

Ensembl:

ensembl_id ENSDARG00000096917

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00041273 False 6675 mRNA 0.38 7 13276693 13350356
TCONS_00041274 False 724 mRNA 0.45 6 13282477 13350240
TCONS_00042359 True 455 lncRNA 0.47 5 13300448 13350327

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_020986 NA coding downstream 32142 13201478 ~ 13244551 (-)
XLOC_020985 NA coding downstream 88361 13187861 ~ 13188332 (-)
XLOC_020983 ahr2 coding downstream 111507 13046270 ~ 13165186 (-)
XLOC_020984 BX908726.1 coding downstream 164371 13101736 ~ 13112322 (-)
XLOC_020982 ahr1b coding downstream 233701 12979213 ~ 13042992 (-)
XLOC_020988 CU062647.1 coding upstream 72212 13422568 ~ 13431304 (-)
XLOC_020989 cntnap5b coding upstream 108379 13458735 ~ 13544244 (-)
XLOC_020990 NA coding upstream 255925 13606281 ~ 13607563 (-)
XLOC_020991 si:ch211-279g13.1 coding upstream 288230 13638586 ~ 13649604 (-)
XLOC_020992 NA coding upstream 318629 13668985 ~ 13693627 (-)
XLOC_020981 NA non-coding downstream 311816 12958222 ~ 12964877 (-)
XLOC_020980 NA non-coding downstream 326401 12949820 ~ 12950292 (-)
XLOC_020993 CT990618.1 non-coding upstream 361078 13711434 ~ 13716585 (-)
XLOC_020995 BX649510.1 non-coding upstream 595597 13945953 ~ 13946067 (-)

Expression


Co-expression Network