G121197


Basic Information

Item Value
gene id G121197
gene name NA
gene type non-coding
species rainbow trout (Oncorhynchus mykiss)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048566.1
NCBI id CM023220.2
chromosome length 103806877
location 20532867 ~ 20549210 (-)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome

Sequence

>TU139948
cagtaccatgaccattatagtcataaccagtaccataaccattatattcaataaccagtaccataaccattatagtcaataaccagtaccataaccattatagtcaataaccagtaccataaccattatagtcaataaccagtaccataaccattatagtcataaccagtaccataaccattatagtcataaccagtaccataaccattatattcaataaccagtaccataaccattatattcaataaccagtaccataaccattatagtcataaccagtaccataaccattatagtcaataaccagtaccatgaccattatattcaataaccagtaccataaccattatagtcataaccagtaccataaccagtaccataaccattatattcaataaccagtaccataaccattatagtcataaccagtaccataaccattatagtcaataaccagtaccataaccattatagtcaataaccagtaccatgaccattatattcaataaccagtaccatgaccattatagtcaataaccagtaccatgaccattatagtcaataaccagtaccataaccattatattcaataaacagtaccataaccattatagtcataaccagtaccatgaccattatATTCATacccagtaccataaccattatattcaataaccagtaccataaccattatagtcataaccagtaccataaccattatagtcataaccagtaccataaccattatattcaataaccagtaccataaccattatagtca
>TU139950
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>TU139943
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>TU139954
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>TU139956
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>TU139963
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>TU139958
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>TU139945
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>TU139947
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>TU139957
cagtaccatgaccattatagtcataaccagtaccataaccattatattcaataaccagtaccataaccattatagtcaataaccagtaccataaccattatagtcaataaccagtaccataaccattatattcaataaccagtaccatgaccattatagtcaataaccagtaccataaccattatagtcaataaccagtaccatgaccattatagtcaataaccagtaccataaccattatagtcataaccagtaccataaccattatagtcatatccagtaccataaccattatagtcataaccagtaccataaccattatattcataaccagtaccataaccattatattcaataaccagtaccataaccattacattcaataaccagtaccatgaccattatagtcataaccagtaccataaccattatagtcaat
>TU139962
gtaccataaccattatagtcataaccagtaccataaccattatagacataaccagtaccataaccattatagtcataaccagtatcataaccattatagtcataaccagtaccataaccattatagacataaccagtaccataaccattatagtcataaccagtaccataaccattatagtcataaccagtaccataaccattatagtcataaccagtaccataaccattagagacataaccagtaccataaccactatagacataaccagtaccataaccattatattcaataaccagtaccatgaccattatagtcataaccagtaccatgaccattatagtcataaccagtaccataaccattatagtcataaccagtaccataa

Function

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU139948 False 781 lncRNA 0.38 2 20532867 20539796
TU139950 False 531 lncRNA 0.32 2 20532867 20540960
TU139943 False 734 lncRNA 0.33 3 20535000 20542119
TU139954 False 822 lncRNA 0.34 4 20535000 20543669
TU139956 False 360 lncRNA 0.35 2 20535842 20539796
TU139963 False 341 lncRNA 0.35 3 20535842 20549210
TU139958 False 512 lncRNA 0.55 2 20536572 20539796
TU139945 False 355 lncRNA 0.32 2 20538651 20539796
TU139947 False 386 lncRNA 0.32 2 20538651 20541370
TU139957 False 439 lncRNA 0.33 2 20538651 20539796
TU139962 True 388 lncRNA 0.34 2 20542568 20543669

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
LOC110509434 NA coding downstream 27998 20465981 ~ 20504869 (-)
LOC110509624 ret1 coding downstream 67013 20462682 ~ 20465854 (-)
LOC110503575 LOC106605669 coding downstream 80311 20438795 ~ 20452556 (-)
LOC118936525 LOC106605721 coding downstream 111943 20413499 ~ 20420924 (-)
LOC110503568 c1r/c1s coding downstream 133374 20391977 ~ 20399493 (-)
LOC110537423 LOC105029961 coding upstream 47846 20597056 ~ 20602488 (-)
LOC110537462 LOC106576526 coding upstream 102024 20651234 ~ 20660987 (-)
LOC110537468 LOC106605860 coding upstream 113782 20662992 ~ 20665219 (-)
LOC110537475 LOC106605848 coding upstream 119358 20668568 ~ 20673278 (-)
LOC110537483 LOC106605857 coding upstream 124566 20673776 ~ 20688855 (-)
G121186 NA non-coding downstream 3962 20491944 ~ 20528905 (-)
G121192 NA non-coding downstream 22110 20509386 ~ 20510757 (-)
G121176 NA non-coding downstream 60914 20470108 ~ 20471953 (-)
G121175 NA non-coding downstream 62860 20469011 ~ 20470007 (-)
G121174 NA non-coding downstream 64734 20467152 ~ 20468133 (-)
G121203 NA non-coding upstream 19390 20568600 ~ 20573951 (-)
G121219 NA non-coding upstream 36538 20585748 ~ 20628481 (-)
G121238 NA non-coding upstream 92545 20641755 ~ 20643822 (-)
G121209 NA non-coding upstream 145159 20694369 ~ 20695390 (-)
G121188 NA other downstream 32280 20498896 ~ 20500587 (-)
G121046 NA other downstream 320500 20211068 ~ 20212367 (-)
LOC110537275 grl1 other downstream 604407 19924063 ~ 19928533 (-)
LOC118944062 LOC106575151 other downstream 837303 19692971 ~ 19695564 (-)
G121208 NA other upstream 77347 20626557 ~ 20627700 (-)
G121421 LOC106576258 other upstream 507388 21056598 ~ 21058849 (-)
G121533 LOC106583873 other upstream 739406 21288616 ~ 21346687 (-)
G121738 NA other upstream 913483 21462693 ~ 21463030 (-)
G121756 NA other upstream 941057 21490267 ~ 21547037 (-)

Expression


Co-expression Network