G121930


Basic Information

Item Value
gene id G121930
gene name NA
gene type non-coding
species rainbow trout (Oncorhynchus mykiss)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048566.1
NCBI id CM023220.2
chromosome length 103806877
location 21798351 ~ 21812247 (+)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome

Sequence

>TU140835
tgtttgttttggttgtgtgtcAGAGTATTTTGTGCTCAATAGAAAttcatggtaaataatgtattgtcacttttattataaattAGAATAGTGTATGTTTTCTTCTATTTTAGtggctaccatgattacggataaaaCTGAATGAATTGTGATTAATGAGTGAAAGTTAGaagcataaatatcataccccctcaaaatgctaacctcccctgttattgtaatggtaagatgttagcatgtcttgggcaTGATACTTGTGCGTCTGTACTCTAGCTTTCTCACTTATTATTCACGACTATCCGTAATCATTGtagcatccaacaagtttgtagagtaaCAACCTTGTTGTAATCAATATGTGCTAGGAcaatgggaccaaatactacacttttgactacttttaccACACGGAATTTGTACCAATTCtttcagtcccccccccccccccccccccccccccccccccccttttcaaaAAGTGTAATTTCTAAACTGTTCATATGgataaaaatacaaattaaagCTGACTGTCTACACTTTAACCTAAtaatcattgtatcatttcaaagtcTGGAGGTACAGAGCCAAAAGAACAAAACATAATTCACtgccccaatacttttggagctcttTTGTTAATATTATTGCTCTTTTGTTTTATGGATGTTTAACCAGTTCAATGTAAGCTACATAATCCTTAAAAGTAGTTATCACGAGGGCCATAAATGATAACTAGTAATGTTGCATACTCAAAGGTTTTAAATCTCACTTCCGGTAAAAAAATAGGTATAGATTGTTGAGGTCACTATTGAGGATACTAGCTCAAGTACACACAGTACAAAtgatacaattttatttgacaaAATTGTATGAATAGGGCTGTGAAGTGTTTATTCTTTCTAAATATTACTTAAATTATAAAATGACACTGAGATATCATCTTCCATGTGCTTTGTCAGTAGCTGTGATATAGGGTTCAGCCAGACGTTGGACAGTTGGAAGACTGATTGAAATGGTAGAagggacatcccagcttcaagtggtgtTAGATTTCACATCCTACATTACGCAGGGTCGGAACCGGTACCAGAACCACCCAGGTCCCCCAAACAAGGGACCTTATGTCTAAGAggttataaacacacacaaaaaaatgttttatttgctcTGTATAAAAATTAAGAATGTATGTACAGAAGATGGTTTCATGAATGATTGACCTGGTGATCAGTAGGCGATAATAAATTCTGAAAGATCGTCAGTTTTCTTTGCTTTGTGTTTGTAGTATATTCCTTGATTTGGAACAAGAGGATAATTTATGTAAAGGTAACTCTGATACTATTGTTATAAACATGccatttaattaaagttaattACATAGAGACC
>TU140836
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Function

NR:

description
PREDICTED: proto-oncogene c-Fos

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU140835 False 1386 lncRNA 0.35 2 21798351 21812247
TU140836 True 1618 lncRNA 0.36 2 21798351 21812247

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
LOC110537646 LOC106574911 coding upstream 7942 21757293 ~ 21804410 (+)
LOC110537775 LOC106605724 coding upstream 56182 21736749 ~ 21742169 (+)
LOC110537629 LOC106578808 coding upstream 89990 21705264 ~ 21708361 (+)
LOC110514317 LOC106578808 coding upstream 93588 21698295 ~ 21704763 (+)
LOC110537622 LOC106605554 coding upstream 121431 21671490 ~ 21676920 (+)
LOC110537735 LOC106595974 coding downstream 8918 21821165 ~ 21825285 (+)
LOC110537677 LOC106578847 coding downstream 22198 21834445 ~ 21847982 (+)
LOC110537720 LOC106578847 coding downstream 37024 21849271 ~ 21853703 (+)
LOC118938391 LOC106605706 coding downstream 91116 21903363 ~ 21966857 (+)
arhgef1b arhgef1 coding downstream 155431 21967678 ~ 22024337 (+)
G121920 NA non-coding upstream 69614 21728474 ~ 21728737 (+)
G121897 NA non-coding upstream 86215 21711588 ~ 21712136 (+)
G121898 NA non-coding upstream 87773 21709313 ~ 21710578 (+)
G121884 NA non-coding upstream 101349 21696636 ~ 21697002 (+)
G121877 NA non-coding upstream 104375 21693761 ~ 21693976 (+)
G121929 NA non-coding downstream 43715 21855962 ~ 21856420 (+)
G121962 NA non-coding downstream 46063 21858310 ~ 21858797 (+)
G121986 NA non-coding downstream 82015 21894262 ~ 21894505 (+)
G121987 NA non-coding downstream 82412 21894659 ~ 21894882 (+)
G121677 NA other upstream 212250 21585421 ~ 21586101 (+)
LOC118938333 LOC106605563 other upstream 251317 21532987 ~ 21547038 (+)
LOC110509768 LOC106576258 other upstream 782460 20990131 ~ 21058856 (+)
erfl3 LOC106576393 other upstream 822152 20900204 ~ 20977481 (+)
G120169 NA other upstream 1379223 20407862 ~ 20419128 (+)
G122030 NA other downstream 204415 22015130 ~ 22018815 (+)
LOC110537939 apoc1 other downstream 530280 22342491 ~ 22346615 (+)
apoc4 NA other downstream 536336 22348543 ~ 22349936 (+)
G122459 LOC106578191 other downstream 998520 22810767 ~ 22811263 (+)

Expression


Co-expression Network