G133439


Basic Information

Item Value
gene id G133439
gene name NA
gene type non-coding
species rainbow trout (Oncorhynchus mykiss)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048566.1
NCBI id CM023220.2
chromosome length 103806877
location 33144374 ~ 33173378 (+)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome

Sequence

>TU153676
TATTTTACATTCAATCTTTATTGATAGTGCTGCATAGTACAACCAGCCAACAAAGAACATAACAAAAAATAGGCTATGAAGTTTAGATGAGGAGCATATATTTTCAGAAAGCCATAAAGTGGTAAATATATTCCCATCTATTAATTTTAACAGTACAGAATTATAACTATTTAACAGCCATACATCTCAGTTGTAACAACATGAGAGACAGGGACTGGTACCACAGAAAAGCCATTCCATTGAATATAGGGTTATGAATCACAGATATGGAGAGCTCTCTTGGATCTGTGAGTATAGACATCAGTAACACTGGAAATCTGAGTAGTGGGGTTTATAGCACAGAAGAAAGAGATCAAATCAAACAGCAGTCCTTTAGAGCACAAGAACAAATTAAGTAAAGAACAGGAAACATAACTTTGTGAACCCTTTCTTAGGCAAGACACAGTAAGGGGACACGGAACATGGACCACAGTGTAAGAGACACTGTTGGTCAGTTATGAGAGGATTCTTATCTAAATAAAAACTACTATGGCCATTTAAGATGTATAAAATCCCGAAAACATCTACAAAACATCACCATAATGtatttgagtaaaaaaaaaatatctcttACATTAATTGTGGTGTAAATTGCTtcaaaatatgaaaataatataATAGATTAAGTGAAAAGAAAGGGGGTCACAGAGCAAAGATAATTCCCCAGAAATCAAATTATTTAGGGTGTGTTCGTAATTTGCGCCTTCATATATTTTGAGTGTTGTCAGATTCTCAATTTGTATATTCAGAGCCTTTCGCTCTTTGAACGTTTAGAGGGCACAATGGACGCTCTGGCCGGGGAatagggttgatctgagcgttctgacctcacaacggcagtcaagcacctaagataactggctaaagttggctagcttgctagctacttcaagacacaaatgagagaacacctcactcgtGTTGTGTAGagtgttggtgactaactgtgctgctggcaacaatttaaatatattttctttgCAGATGTTTATTGACACAggtcatattcaatgggtgttgcgTGTTCGAAAATTAATCTGACgacacactcagacgagagtgctctgaaatcgtaGTAGATGgccagagtgaatttatgaaCGCAACCttggtaaaaacaaacaaacatttttgCTAATACTTAATTGATCTGTGATACAAGAAAACCCATAAGAGAGAAAGCACTTAAAGCTAATGTATACTTTGACCTTTTGTATTGTTGTGCGATTAGTTGTCACGTATAGTTTAGTGTAGTAACTGCACTTGGTTGGCTTACATCACACCCACCATAGTGGGTtcatgaaaacaaacaaacaccaaaCAATATGGTTGAAAAGGAAACAGTAGTGTTTTTGGACAGTATAGTAGGCCAGTTTTGGTATTAAATTAAAACAGGCTACAAGTGTTTAGTGTTAGTTACAGTATGATTATCATTCCACTGACTTCATTATCCGGGCCAAAGCGCTTTGACAGACAGTCTAGTGTTTTTGTTGAATAATTATGGAAGCAATATAATGCtagtgttgtgtatgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgt
>TU153679
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>TU153680
TATTTTACATTCAATCTTTATTGATAGTGCTGCATAGTACAACCAGCCAACAAAGAACATAACAAAAAATAGGCTATGAAGTTTAGATGAGGAGCATATATTTTCAGAAAGCCATAAAGTGGTAAATATATTCCCATCTATTAATTTTAACAGTACAGAATTATAACTATTTAACAGCCATACATCTCAGTTGTAACAACATGAGAGACAGGGACTGGTACCACAGAAAAGCCATTCCATTGAATATAGGGTTATGAATCACAGATATGGAGAGCTCTCTTGGATCTGTGAGTATAGACATCAGTAACACTGGAAATCTGAGTAGTGGGGTTTATAGCACAGAAGAAAGAGATCAAATCAAACAGCAGTCCTTTAGAGCACAAGAACAAATTAAGTAAAGAACAGGAAACATAACTTTGTGAACCCTTTCTTAGGCAAGACACAGTAAGGGGACACGGAACATGGACCACAGTGTAAGAGACACTGTTGGTCAGTTATGAGAGGATTCTTATCTAAATAAAAACTACTATGGCCATTTAAGATGTATAAAATCCCGAAAACATCTACAAAACATCACCATAATGtatttgagtaaaaaaaaaatatctcttACATTAATTGTGGTGTAAATTGCTtcaaaatatgaaaataatataATAGATTAAGTGAAAAGAAAGGGGGTCACAGAGCAAAGATAATTCCCCAGAAATCAAATTATTTAGGGTGTGTTCGTAATTTGCGCCTTCATATATTTTGAGTGTTGTCAGATTCTCAATTTGTATATTCAGAGCCTTTCGCTCTTTGAACGTTTAGAGGGCACAATGGACGCTCTGGCCGGGGAatagggttgatctgagcgttctgacctcacaacggcagtcaagcacctaagataactggctaaagttggctagcttgctagctacttcaagacacaaatgagagaacacctcactcgtGTTGTGTAGagtgttggtgactaactgtgctgctggcaacaatttaaatatattttctttgCAGATGTTTATTGACACAggtcatattcaatgggtgttgcgTGTTCGAAAATTAATCTGACgacacactcagacgagagtgctctgaaatcgtaGTAGATGgccagagtgaatttatgaaCGCAACCttggtaaaaacaaacaaacatttttgCTAATACTTAATTGATCTGTGATACAAGAAAACCCATAAGAGAGAAAGCACTTAAAGCTAATGTATACTTTGACCTTTTGTATTGTTGTGCGATTAGTTGTCACGTATAGTTTAGTGTAGTAACTGCACTTGGTTGGCTTACATCACACCCACCATAGTGGGTtcatgaaaacaaacaaacaccaaaCAATATGGTTGAAAAGGAAACAGTAGTGTTTTTGGACAGTATAGTAGGCCAGTTTTGGTATTAAATTAAAACAGGCTACAAGTGTTTAGTGTTAGTTACAGTATGATTATCATTCCACTGACTTCATTATCCGGGCCAAAGCGCTTTGACAGACAGTCTAGTGTTTTTGTTGAATAATTATGGAAGCAATATAATGCtagtgttgtgtatgtgtgtgtgtgtgggtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgt

Function

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU153676 False 1604 lncRNA 0.37 2 33144374 33173378
TU153679 False 1598 lncRNA 0.42 2 33144374 33173378
TU153680 True 1606 lncRNA 0.37 2 33144374 33173378

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
tmem176l.1 m4a8a coding upstream 95086 33045832 ~ 33049288 (+)
LOC110487536 NA coding upstream 98653 33028873 ~ 33045721 (+)
LOC110487571 m4a8a coding upstream 110521 33030310 ~ 33033853 (+)
LOC110487479 LOC106605309 coding upstream 142368 32988834 ~ 33002008 (+)
LOC110487447 LOC106605310 coding upstream 204564 32896415 ~ 32939810 (+)
LOC110487649 LOC106581815 coding downstream 142912 33316290 ~ 33321834 (+)
LOC110487688 LOC106605287 coding downstream 233431 33406809 ~ 33408519 (+)
ntrk1 LOC106605284 coding downstream 261320 33434698 ~ 33460997 (+)
LOC118939517 NA coding downstream 358212 33531590 ~ 33540695 (+)
LOC110487797 LOC106605278 coding downstream 494765 33668143 ~ 33694941 (+)
G133432 LOC106605295 non-coding upstream 8748 33102930 ~ 33135626 (+)
G133417 NA non-coding upstream 60799 33083348 ~ 33083575 (+)
G133415 NA non-coding upstream 62392 33081687 ~ 33081982 (+)
G133272 NA non-coding upstream 131465 33011062 ~ 33012909 (+)
G133520 NA non-coding downstream 71619 33244997 ~ 33245280 (+)
G133523 NA non-coding downstream 79709 33253087 ~ 33253306 (+)
G133525 NA non-coding downstream 83114 33256492 ~ 33260732 (+)
G133527 NA non-coding downstream 90235 33263613 ~ 33264167 (+)
G133542 NA non-coding downstream 119162 33292540 ~ 33294126 (+)
G132342 LOC100136303 other upstream 1256802 31834170 ~ 31887572 (+)
eaf1 LOC106581241 other upstream 1778052 31360408 ~ 31366322 (+)
LOC110534710 LOC106605356 other upstream 1851340 31262054 ~ 31294577 (+)
G131517 ccne2 other upstream 2394420 30748055 ~ 30749954 (+)
G131491 NA other upstream 2443751 30700182 ~ 30700623 (+)
G133663 LOC106605282 other downstream 323076 33496454 ~ 33497285 (+)
G133760 LOC106605274 other downstream 640655 33814033 ~ 33814483 (+)
G134735 LOC100136012 other downstream 789039 33962417 ~ 33962658 (+)
si:dkey-30e9.6 LOC106605205 other downstream 1514577 34687955 ~ 34692286 (+)
G135916 NA other downstream 1798262 34971640 ~ 34971931 (+)

Expression


Co-expression Network