G154702


Basic Information

Item Value
gene id G154702
gene name NA
gene type non-coding
species rainbow trout (Oncorhynchus mykiss)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048566.1
NCBI id CM023220.2
chromosome length 103806877
location 50844726 ~ 50853090 (+)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome

Sequence

>TU176965
tccatgctagatagggctgttgtgtaCTGATCCATGCTAGTTAGGGCTGTTGTGTACTGATCCATGCTAGTTAGGGCTGTTGTGTACTGATCCATGcttagggctgtgttgtgtgctgctacatgctagatagggctggtgttgtgtgctgctccatgcttagagatgtgttgtgtgctgctacatgctagatagggctggtgttgtgtgctgctccatgcttagagatgtgttgtgtgctgctccatgctagatatggctgtgttgtgtactgctccatgctagatagggctgtgttgtgtactgctccatgctagatagggctgttgtgtaCTGCTCCGTGCTAGATATGGCTGTTgggtactgctccatgctagatagggctgttgtgtactgctccatgctagatagggctgttgctgtgtgctgctccatgctatatagggctgtgttgtgtgcttcTACATGCTAGATAGGATTGTTGTGttctgctccatgctagatagtgctgtgttgtgtactgctccatgcttacgcctgtgttgtgtactgctccatgctagatagggctttGTTGTGTACTGCGCCATGCTAGATagtgctgtgttgtgtactgctccatgcttagggctgtgttgtgtactgctccatgctagatagggctttgttgtgtactgctccatgcttagggctgtgttgtgttctgctccatgctagatagggctggtgttgtgtgctgctccatgcttagagatgtgttgtgtgctgctccatgctagatagggctgttgtgtgctgcgccatgctagatagggcttttgtgtactgctccatgctagatagggttgttgtgtactgctccatgctagatagggctgttgtgtactgctccatgctagatagggctgtgttggtactgctccatgctttgggctgtgttgtgtgctgctccatgctagatagggctggtgTTGTGTTCTGCTCCATGcttagggctgtgttgtgtgctgctccatgctagatagggctgttgtgtgctgctccatgctagatagggctgtgttggtactgctccatgctagatagggccgtgttgtgtactgctccatgcgacatagggctgtgttgtgtgctgctccatgctagatagggctgtgttgtgtgctgctccatgcttagggatgtgttgtgtgctgctccatgctagatagggctgttgtgtactgctccatgctagatagggctgttgtgtactgatccatgctagatagggctgttgtgtactgctccatgctagatagggctgtgttTTTTACTGCTCCATGCTTatggctgtgttgtgtgctgctacatgctagatagggctggtgttgtgtgctgctccatgcttagagatgtgttgtgtgctgctccatgctagatagggctgtgttgtgtactgctccatgctagatagggctgtgttgtgtactgctccatgctttgggctgtgttgtgtgctgctccatactagatagggctgttgtgtgctgctcccTGCTAGATAGTGctgttgtgtactgctccatgctagatagggctatgttggtactgctccatgctagatagggctgttgcTGTGTGCTGCTCTATGCTATATAGGGCTGTGTTGtatactgctccatgctagatagtgctgtgttgtgtactgctccatgcttaGGGCTGTGTTGcgtactgctccatgctagatagggctttGTTGTGTACTGCGCCATGCTAGATAGTtctgtgttgtgtactgctccatgcttagggctgtgttgtgtactgctccatgctagatagggctttgttgtgtactgctccatgcttagggctgtgttgtgtgctgctccatgctagatagggctggtgttgtgtgctgctccatgcttagagatgtgttgtgtgctgctccatgctagatagggctggtgttgtgtgctgctccatgctagatagggctggtgttgtgtgctgctccatgctagatagggctggtgttgtgtgctgctccatgctagatagggctggtgttgtgtgctgctccatgctagatagggctgttgtgtactgctccatgctttgggctgtgttgtgtgctgctccatgctagatagggctggtgTTGTGTTCTGCTCCATGCTTAGGGCTGTttttgtgtgctgctccatgctagatagggctgtgttgtgtactgctccatgctacatagggctgtgttgtgtactgctccatgctagattgggctgtgttgtgtgctgctccatgctagataggtcTGTTGTGTACTgttccatgctagatagggctgttgagtactgctccatgctagatagagctgttgtgtgctgctccatgctagattgggctgttgtgtgctgctccatgctagatagggctgtgttgtgtactgctccatgctacatagggctgtgttgtgtgctgctccatgctagatagggc

Function

NR:

description
PREDICTED: salivary glue protein Sgs-3-like

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU176965 True 2487 lncRNA 0.51 3 50844726 50853090

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
LOC110491108 NA coding upstream 155579 50678814 ~ 50689147 (+)
zgc:56585 pgdh coding upstream 264510 50575416 ~ 50580216 (+)
LOC110515922 faxdc2 coding upstream 374601 50460347 ~ 50470125 (+)
LOC110510939 faxdc2 coding upstream 411170 50424133 ~ 50433556 (+)
LOC110491046 LOC106560687 coding upstream 608500 50223738 ~ 50236226 (+)
LOC110491193 LOC106560681 coding downstream 107041 50960131 ~ 50972173 (+)
sat2b sat2 coding downstream 129868 50982958 ~ 51008552 (+)
LOC110491259 LOC106560678 coding downstream 214401 51067491 ~ 51087131 (+)
LOC118944166 NA coding downstream 241633 51094723 ~ 51094847 (+)
LOC110491269 LOC106560677 coding downstream 261117 51114207 ~ 51136900 (+)
G154655 NA non-coding upstream 6166 50837797 ~ 50838560 (+)
G154684 NA non-coding upstream 43097 50801276 ~ 50801629 (+)
G154679 NA non-coding upstream 57773 50786357 ~ 50786953 (+)
G154663 NA non-coding upstream 61156 50733489 ~ 50783570 (+)
G154715 NA non-coding downstream 20996 50874086 ~ 50874616 (+)
G154740 NA non-coding downstream 124483 50977573 ~ 50979292 (+)
G154776 NA non-coding downstream 131044 50984134 ~ 50984935 (+)
G154796 NA non-coding downstream 165550 51018640 ~ 51018990 (+)
G154775 NA non-coding downstream 186782 51039872 ~ 51042833 (+)
LOC110491026 LOC106560691 other upstream 744252 50098387 ~ 50100624 (+)
G152167 NA other upstream 2287040 48556782 ~ 48557686 (+)
G150997 NA other upstream 3297147 47497948 ~ 47547579 (+)
uevld uevld other upstream 3859500 46981686 ~ 47007672 (+)
G148191 NA other upstream 5352347 45472082 ~ 45492379 (+)
G154859 NA other downstream 312325 51165415 ~ 51167174 (+)
LOC110501653 LOC106560673 other downstream 468706 51317121 ~ 51339537 (+)
rl28 rl28 other downstream 559176 51412121 ~ 51417154 (+)
G155541 NA other downstream 567757 51420847 ~ 51421122 (+)
G156000 LOC106560791 other downstream 963420 51816510 ~ 51824182 (+)

Expression


Co-expression Network