XLOC_002121 (LTN1)


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_002121
gene name LTN1
gene type coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007121.7
NCBI id CM002894.2
chromosome length 45420867
location 23099365 ~ 23215879 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00004115
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>TCONS_00005892
catgtacataagtattcacagcctttgctcagtattttgttgatgcacctttggcagcaattacagcctcaagtctttttgaatatgatgccacaagcttgtcatgcctgtctttgggaatttttgcttcattcctctttgcagtacctctcacgctctttcaggttggatgggaagtgatggtgtacagccattttcagatcactccagagatgtttaataggatttgagtctgggctctggctgtgcTCATAGGAACTttaagagcagcagaaatttttctgtaaccttccccagccttgtgcctcaagacaattcTGTCTCgtggtctacagacaattcctttgtcttcatgcttggtttgtgctttgacatgcactatcaaccctgggatgccttttcaaatcatgtccaattaactgaatttaccacaggtgaactctaattaagttgctgaaacatctcaagaatgatcagtggaaacagaatgtacctgagctcaatttagagcttcacggcgaAGGCTGGGAACATTTGCGTACATgggatttttcaagttttttatttgtaataaatttgcaacaacttcaaaaaaaatctcttttttacaTGTGTTTTTCATACACAAGTATTTTTGACTAAATGAAAAGAATGACAGTGAATGCATATCACTAGGGTAATAAATGGTGCATTTTAAATGCTTCCTAAATACGCTGTCTGTTTTCTGCCTTTTTGATAtaatcccagcaaacaattttgtgtttaatagacgtctaattgacatctaaacatagacagctctGCTAAAACAAGGCTTAATTTGGGCTTCAGTGAAAATAgaatctaaatctaaaatctgaatctaaaaatagcccaaaactagactagtcgtcaaatagataaattagacagactttacatgTGTAGTCATTCCTTTGTGTTTatctgatgactagtctagttctgGCCTATTCGTAGACGTCTtagattagattttcactgacagccaaaATTTAGCCATGTTTTAGCCTAAATGATATGttcagacgtctattagacatctattagacatcttttaaaaacaaaaaaacgcttgGTGGAATCTGTCTGCTATTTGGTACAGTCTGTATGTTATAATCTATTAGGAGGAGAAACAAGCCAGCAGGTGTTTTATGTGGACATATCccagcaaacatttaaaaaaaaaaaagaggtctaatagatgtctaacagACGTCTAAACTTAGTTGTCTTGACTTTAACAAGGCTAAACTGTGCTGaaattgggctgtcagtgaaaatctaatagatgtctaagaataggccagaactagactagtcataaaacaaacattaatgaatgactacacaaagTCTGCTAATCTgcttatttgatgactagtctagtttgggGCTGTCCTTAGATGTCTATTGGATTTTCACTAACAGCCcaggtttagccttgttttagccaagctgtcttcTTTTCTATGTCTATTAgacatttattaaacacaaaattgtttgctgggtatgGATCCTATTTTCAGAATATAATGTTCAGTCGGTATCCAAAACGGTGACGAAACAGTTGAACAACAATTGTtgtcataaaatgtttttaacaaaCCAAATAAGGGATTTGTTCCAAAACCTACCACGCTGTCTTAATAGATAGCGTCCTAACTGTTACATAACCTCTGTGTGATCCTTTGGAACAGTTTCTGTCACTAATGCACGAATGAAATACTGTTGCTGACCAAAATTTTgcattgtacactgtaaaaacaaatcctGGTGGCCTTAAatatttaagctgaatcaaattaacctcatgagtccattgaacttatattgttaaactgacttaatacagcttgcataacttataaaattaagttggaACATGATTATCTTAGTTTAGTAAGTTACAATGATCTATAAACATATGCTGTcgggactaattgatcatataatgcTTTAGCAGTGTACAAACTGGGGTTAAATTGTTCCGAATTCAATAAGTTCAAAGCACATTAGTAATACAGACTTgagattttattaatgttttttaaagtgtaaGCTAAATGCGACTAAATAGGTTGATGAATATTAAACTGTAGCACACTGAATAGGTAAACTCGTCTACTCACTAGTCACTAGTGTTCAGTTTAGATTGAAGAAACAGGGTCAGAAATAAAGACTACTTTTGTACAACAGAATGTACAATCACAGATTTTCttcagcattttcatttttataataaacaaCTTGAGAAATAAGATACAAAGCTTTCCAGCAAACAATTATgggtttaatagacgtctaatagacattaaaatgtagacagcttggctaaaacaaggctaaatttgcgctgtcagtaaaaatataatagacataaaaaaatagaccaaaactagactagtcgtcaaataggcAGATTAGACAGACGTTATATGTGTAgtctttcatttctgtttatttgatgactagtctagttttggcctattcttagacatctattagattttcactgacggCCCAAattaagccttgttttagccaagatgactatgtttagacgatTATTAGTCATTTCATATCAGACATTTGCTTGCTGGGTTCAAACTTATATTAACCTAATTGTAAGATGTTAATTTGTAAAACGCAACACTGTCTGACTGAATAAATCCTAAGATTTGTCATTTTAACTATGAACCCTTCATAAAATACTCTGCAATCACTTTTTGGTggtgcattaaaataaagtgaataggGTGATGATACAACATGCGGCATTTAAAAGGCGAGTTTGAAGGAAATAAAACAAGCAGGCATTTTTGTGACAAGAACCCATACGAAACAGCATGAAGCTCCCACTACAAACACAAAGGCAATTATGGTGATTAAAGAAGCTGATTTATTTGTTCTTTGAAACGTCGAGTACGGGTCAAAATCTGAGCAAGCGGATGTAGTTTCCTCATAATAGCATGTGATTTACTGACCGTGAAGGCAGCATGAGGTCAGTGTCACAATAAGACAGACAAATACCAAAAAACTTAGCAGTGATTATGCCTGACAGACGGCATCGAGCCAATCCACAGAAAGAGGGAAAGTAGCAGGGATAGAGAATAGAAATTAACAGTAATCGTGGCTTGATGTCAGCACGTTTCATTTCGTAAGgctaaaactgattttttttttttttttgtgcactgaTAAACGGTTTGGCCTTAAGAAGTAAGAAGTGACTAGCTATTAAATATTTCACACATATTAAGGATACATGTGACGAGACAATTAGACTTGAGTAGCATATTGTTTATGTAAATGATATGCTATGTTATTTTGGTGACTGAAATGAAACAATCTGTTTGAGATATAGCAATACAAATTTAAAGCTTgaccatttattgttttttttaagcatgtgtgATGTATTTCTTATATGAGAACAGAGCCAGATTGTGGAAGCAATGCTGGTAGCAAATTATGAACAGTAATAGTCATCATTTACAGGAAACAAACAGCAGGTAAAAGTGTTTTAGGGCATGTTTATCTGACTGTGTGGTTTTGGAAAGTTTTTAGCACAGATGATGATGTGGTTAAAATTAGGGATGCCCAGATCCAATCATGTCATCAGAAATCGGGCCCGATCACGTAGTTTCAGACTCGATTGGAATCGGACGTTACCTTTCgatcatatatatgtatatatactcttatatatatgtatatgtggcacagagttagacctctttcttgacttcacacagaaacagcaatgcatttggcatgacatcactttgttgcagagacgctataatgctggcaaagtagaacacagaaACAGCTTGAAGCAAAAATTGTGAATATGTCTGCAGTCTGAAGGTATTATAAAAGTTGTTGATGAGATATTTAAActtgagatatgtaaacttgggattgcctgccaggtattttaagttgaggtgctatttgtaaAGAATTTATGTTacttattacttgattgttcaagctacctcacagaagtgctctgtttgttaacagagttgttgaatgttaaaataaattaaataaaaaataaggaacatcctggatctgtttcgtCACAGTATCAGTAGACACTCAAAATCAAATTATTAAGACTtggactcaagggcaaaaaaaccCGATTGGGACATCCCTATAGTTAAAATGATAGTAATAtgtatgccaggccagtaggtggCAATGTCACTTTGTGAAGAAACATTACACTGATGCACAAAGATGGTCCTGAAGTCCACAATTGTTATTTTGGTTCGTAAGTACATATTTATAGACTACATATAACACACGTGCGCATGGTGTCGCCTTTTTaccacaaaaaagttttttttttttttgtaatttttgtagTATAGACCATtctgagggatgtaaacaataacaatggtcctgtCGTATTTTccgttttacattttaaatttccatagcttctgaaGCCgtttttccactgcacacgacaagcgacagattGGAAGTAATTTATTTCCAATGGACAGTAGTGCAAGAGTTGCGTCGAGTTCCAATCATCTTCATATACAAAAAAATTTGGatccgatttgagctgcggataTGTTGAAGTATATTTGAACTTCTGCGACAAGACCGTCTGCTCGAGATaagaaataaattttattttcgTTAATTCTTTAAtcaaaaaaaaagtctatattaaaaaaaaatttatattcataaatgagtaataaaaaatataatttttttatattgtctcTACATTCCCTTCAAATGTTTTAGCAGTCTGTGAGTCTCTTGCATTGTATTCTTTCAGCCATGGTGAATGCACGAAGAGTAAAGGCCCTTGCTCTTGCAtgcctttatttcggacaccgcgAGAACAGTTTCTCTCCCATGATgcacgacaaaactgaaaattcggtgtgactgccacaagggggcgtaatCCAACAGTCATTTACAAATGcagtgtgcagtggaaaggcggttTGAGggtccaaaaagagccacatattgataattaATGTTATGATAGTTGTTATAAcatcaagttatgattgaatcgTCTCTTGTTACAGatataaaatagtttgacaacaagcaggaaatgttcattggCCATtggcatcaccacattgaaatttTACATAGAGGTGATGATTTTTAAAAACCTTAGCGaaaaagttttcattttcagGCCCTTCAGTATGCCACTGTTGTGTAAATGAACAACCAAAACAAGTTTTCCATTTGAATTACTTGAAAATGTCATATAAACATACCCTAAATCTCTCATTCAACAAATACATAGCTTTGCCATTTCAACAAGCATCCCACTGCTGTTGTACTAATTGAGTGATTTTCAGTTAagcaatattaaataatttacactgtaagtttaacaaaaaacaaaaaacttcaatttttttttcttcaaaatgtgtgatacttatacagtatatacatgccTTGAGCTAAAGCAAAGGTTATGAAGTTGTCAAGAATCTTTTATTGTCAGGTaagatgataaaaaataataataaaaaacaatttccCCCACCAATATTTAGATTAGCTAATATACAAACTTCATGGAATTAGGGATCCCCAAAGTCTAACAACAATTTTCACTAGTTACCACATTTAGCAGATATATTATACAGCCTTAGCAAGGTTGTCTATTCATTGTAGAAATCAACAAAAGAACAGAAAAGAGACCATAACTTCATGAACACCATCAACGCAAACTTCAGTTAATCTGATGTCCAGTTTGGGTTATGAAAATCAAAGTTAGCTATTTGTACATCGTGATCGCTGCATTTTTGAATTGATGTGAGTCATTTTGTGCTTATTTGTTTGGACTAATATGTGGGATGAGCAAGTGAGTGACACATTGTGTGCATTGGCAGCATTCTCTCAATGTTTGTGAAATGTTCAGGTTTGCATAAAAGGTTGTTTGAGATCTTTCATGGACCGATATCAATCTGAGCAGTGATGTGAAAGTTTAAGAGCACTGAAATAGTTGCACACTACTTTTTGTTATCGCCTTCTGTGTTATGAGATTTCTTGTGTTGGGCACAGCGGTTGTGTAAACAGCTGAAAGGATGACATATTGGATGGTTACCACCTCATCCGTGAATCTGCTGTGTATGGGGAGGTCTTTAGGGGGGCTGATCAGTGCAGAGATACACAAAACTGTCCAAACAGTGGCGAGGCATCATcaaactacacaaacacacaacagggCTTGCTCTTTCTTCGCCTGGTTGCTAATTTACTAAATTCACTATGGTTTTTTCGGTGGCCGAAGTTGGTTAACCTAACCGCTTGACCAAATTCAATAATacaaggtgatttttttttt

Function

symbol description
ltn1 Predicted to enable ribosomal large subunit binding activity and ubiquitin protein ligase activity. Predicted to be involved in rescue of stalled ribosome and ribosome-associated ubiquitin-dependent protein catabolic process. Predicted to be part of RQC complex. Predicted to be active in cytosol. Orthologous to human LTN1 (listerin E3 ubiquitin protein ligase 1).

GO: NA

KEGG:

id description
ko03009 Ribosome biogenesis
ko04121 Ubiquitin system

Ensembl:

ensembl_id ENSDARG00000003984

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
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Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
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XLOC_002116 FP102052.2 coding upstream 142995 22938231 ~ 22956370 (+)
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Expression


Co-expression Network