G173293


Basic Information

Item Value
gene id G173293
gene name NA
gene type non-coding
species rainbow trout (Oncorhynchus mykiss)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048566.1
NCBI id CM023220.2
chromosome length 103806877
location 65654632 ~ 65658304 (-)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome

Sequence

>TU197074
gtggatatacagttgatatacagtgggtaaacggttgatatacagtgggtaaacggttgatatacagtgggtaaacggttgatatacagtgggtaaaCGGTTGATATACcgtgggtatacggttgatataccgtgggtatacggttgatatacagtgggtaaacggttgatatacagtgggtaaacggttgatatacagtgggtaaacggttgatatacagtgggtatacggttgatataccgtgggtatacggttgatataccgtgggtatacggttgatataccgtgggtatacggttgatatacagtgggtatacggttgatatacagtgggtttacggttgatatacagtgggtatacggttgatatacagtgggtttACGGTTGATATACcgtgggtatacggttgatatacCGTGGGTATACTGTTGATATACACCGGGTATTCGGTTGATATACACCGGGTATACAGTGGGTacacggttgatatacagtgggtgtacggttgatatacagtgggtatacggatgatatacagtgggtatacggttgatatacagtgggtatatgGTTGATATACActggatatacagttgatatacagtgggtatacggttgatatacagtggttatatagtttatatacagtgggtatacggttgatataAACTGGGTATATTGTTGATATACATTGGGTAtactttttatatacagtgggtatacggttgatatacagtgggtaaacggttgatatacagtgggtaaacggttgatatacagtgggtaaacggttgatatacagtgggtaaacggttgatatacagtgggtaaacggttgatatacagtgggtaaacggttgatatacagtgggtaaacggttgatatacagtgggtaaacggttgatatacagtgggtaaacggttgatatacagtgggtaaacggttgatatacagtgggtaaaCGGTTGACATACAGTGGGTaaacggttgatatacagtgggtttacggttgatatacagtgggtttacggttgatatacagtgggtatacggttgatatacCGTGGGTATACTGTTGATATACAGTGTGTATGTGGTTGATATACACTGGGTATACAGTGGGTATATGGTTGATATATAGTCGGTATACAGTGGGTAtctggttgatatacagtgggtatctggttgatatacagtgggtatctggttgatatacagtgggtatacggatgatatacagtgggtatctggttgatatacagtgggtatctggttgatatacagtgggtatacggttgatatacagtgggtaaacggttgatatacagtgggtatacagttgatatacagtgggtaaaCGGTTGACATACAGTGGGTAAACGGTTGATATACAAtgggtatacggttgatatacagtgggtatactgtTGATATACACCGGGTAttcggttgatatacagtgggtttACGGTTGATATACACTGGGTATACAGTGGGTATATGGTTGATATATAGTCGGTATACAGTGGGTAtctggttgatatacagtgggtatctggttgatatacagtgggtatctggttgatatacagtgggtatacggatgatatacagtgggtatatgGTTGATATACActggatatacagttgatatacagtgggtatacggttgatatacagtggttatatggttgatatacagtgggtatacggttgatatacagtgggtatacggttgatatacagtgggtatacggttgatatacagtgggtatacggttgatatacagtgggtatacagtgGGTATATGGTTGATATATAGTCGGTATACAGTGGGTAtctggttgatatacagtgggtatctggttgatatacagtgggtatctgGTTGATATACAGTTGGTAtctggttgatatacagtgggtatctggttgatatacagtgggtatacggttgatatacagtgggtatatgATTGATATACACTGGGTATACAGTTGATACACAGTGGATGTAAAAATGTACAGTATCAGTATGAATATATCTAAATGCAGAGAGACAACCCCACTCAGAACATTTCCATCGATTTCTCGTGTGTTTCCGTGCAAAACATTTCTTTCAActttttgggccctcaccagtttgcaTCCTTGTACTTTACAGAGCTCACCAGATCCCCCC

Function

NR:

description
proline-rich extensin-like protein EPR1

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU197074 True 2187 lncRNA 0.43 2 65654632 65658304

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
zcchc14 zcchc14 coding downstream 83607 65530911 ~ 65571025 (-)
det1 LOC106560940 coding downstream 145566 65487387 ~ 65509066 (-)
ntrk3a LOC106560958 coding downstream 288633 65111274 ~ 65365999 (-)
LOC110493816 LOC106560960 coding downstream 806564 64802877 ~ 64848068 (-)
LOC118937287 NA coding downstream 875593 64777758 ~ 64779039 (-)
slc7a5 slc7a5 coding upstream 26957 65685261 ~ 65715957 (-)
LOC110493906 ca5a coding upstream 72427 65730731 ~ 65752045 (-)
LOC110493917 LOC106560931 coding upstream 104417 65762721 ~ 65778516 (-)
ccdc135 drc7 coding upstream 124026 65782330 ~ 65792797 (-)
usb1 usb1 coding upstream 163353 65821657 ~ 65829740 (-)
G173201 jph3 non-coding downstream 34260 65608539 ~ 65620372 (-)
G173239 NA non-coding downstream 79317 65574375 ~ 65575315 (-)
G173214 NA non-coding downstream 129504 65524422 ~ 65525128 (-)
G173297 NA non-coding upstream 3548 65661852 ~ 65662637 (-)
G173309 NA non-coding upstream 35480 65693784 ~ 65694028 (-)
G173326 NA non-coding upstream 63817 65722121 ~ 65722321 (-)
G173328 NA non-coding upstream 65655 65723959 ~ 65724172 (-)
G173349 NA non-coding upstream 141588 65799892 ~ 65803350 (-)
G173121 NA other downstream 270759 65383437 ~ 65383873 (-)
G172141 NA other downstream 568444 65085572 ~ 65086188 (-)
tmem117 LOC106573612 other downstream 1486234 64102056 ~ 64170220 (-)
LOC110501772 LOC106560973 other downstream 1690811 63958607 ~ 63963969 (-)
G173370 LOC106560927 other upstream 175037 65833341 ~ 65839074 (-)
G173431 NA other upstream 263546 65921850 ~ 65922229 (-)
LOC110494122 LOC106560915 other upstream 619517 66277821 ~ 66299637 (-)
G173675 NA other upstream 677108 66335412 ~ 66338386 (-)
G173696 LOC106560906 other upstream 716922 66375226 ~ 66390766 (-)

Expression


Co-expression Network