G183177 (LOC106561186)


Basic Information

Item Value
gene id G183177
gene name LOC106561186
gene type non-coding
species rainbow trout (Oncorhynchus mykiss)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048566.1
NCBI id CM023220.2
chromosome length 103806877
location 74156622 ~ 74226257 (+)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome

Sequence

>TU207811
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>TU207813
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>TU207812
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>TU207820
ACTGTATACTGTTTTAATCGGTTTTAACACAGTTGTAGCTGACAGTATTTTTCAGGGACAACACGTTTGTGGCCTCCATCTTCCATTTATACACAGGTGTTCGAAAGACGCatatagctaattagcacaggtagtcCAGTTGGTCTTCCGTCTGTTGTCCGTGTGGGAATCCTAACCCTATAAAATTGTGCATCAATTTAATCTTTTGTTTTTTGAAAATAATTTATTGCCGATGTGAAATACaaggtccttatgcttccaaaactgTACCGCAAATGATTCATGATAATGTTCGGAAAGAGCGTCATGGCTCTCTTCCCCCTACAGATAACGGCACCGTCCAATGActtttatgtgtaatgtaatgcaacagagagtcatgatcaagggctagcTGCACACAAGCTTCTGGACATCCAGATCCCAGTAGCCTTCAATACAGTCCATACAGTAGCTGTGTCCAGAAGGAATAGTCACCGGATCCTTCAGTATCTCCTAACATATTGAACAACTGATCAAGTCCATGGCATCTGCCATTTTGAAATGCAAGTGCTTTATCCATGGCatagaccaggtgaatccaggtgaaagcaatgatcCCTTTTGGTGTCACTtgtcaaatccacttcaatcagtgtagatgaaggggaggagacagattaaataaggatgtttaagccttgagacatgtattgggtatgtgtgccattcagagggtgaatgggcaatatttaagtgcctttgaacagggtatagtAATTTGTGTACACTGATGCCTAACATTAGAATCAATCCCTTTCAGTGACATAGACTGTGGACAGTTCATATTTTAACAGTAGTGCACATGTTGTGCATTCACCAGCAGTTTGTATCATAAAATAATGTTAAGTCTGTCAGGTTGAAACAGATTGCATGATGTATATGTACACAGTGAAAGTCAATAAGTGTAGATAAATATGTGTTTCTTTCCAAACAATGCAAACAACTCATTGTCAATGGAGCTTGTGCAAAGCTGATGTCTAACAGAGTAAATCCATTTCATTGAAATGGACTGCATCCTCTGAATAGTGTGAAGGTATTATGTTATTGTGTCAGGCTGAAAAAGATTTTACGATGCTTATGAACACACTGAAAGTCAATGAGTGTAGATAAAACTTTGTTAATTTACTATATTGGTGTCAGTATCTTCACAGATGATCCATAACCAGGACCAACCCAGAATCCAGGGTAGAGgggctgagtgaatgtggtctggactctgtggaggagggtcatcttgtcagagacactgtagaaggacagagttCCTGCCTTGTGGTCcagGTAGACTCCTACTCTGGAGGAGCAGGGGGTAGGGATATCAGTATTGATATTATTGTGCCTGAAATAGCAGATAGACGGATCACAGACCAAAGTCCAGGACTGATAATTTCGTCCAAAGCTAACATccactccatctcctctcctgcaGATCCCTTTATAAGACACGGCAACTTTACACTTGCTTCCACTCCTTTCTACCTCCCAGTAGCAGGTTCCAGACAAAGCTTCTTTACACAACAGCTGGCAGTAGAAGTtaaatctgtctggatggtgaagATAGGACTCAGCGTTTTCACTCCTGGTCACCTTCCTGTTCCCCTCAGACAGACGCAGATATCTATTAGCTcaagtactctg
>TU207810
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>TU207816
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>TU207824
GGTGATGCTGTGTTGTTGAGATCATGCAAGACACAAAATAAGAGGCACAAagaatgattattattattatcatcccACCCATTCACTCAGCTCACACCAGGACCCCAGATAGCCTATTCCCCACACTGGGACTCAGTGGTGTTTGAATGAGGCCCTGCATGGGCTCCTCAATGGCTTTAGTCTAGGAATCTGCTAATTCAATAAACTACATGTGAGTTGTCAACACTCaaaacaaataaatcaaatcaaatgtattttgtcacatacacatggttagcagatgttaatgcgagtgtagtgaaatgcttgtgcttctagttccgacaatgcagtaataaccaacgagtaatctaacctaactaTTCCAAatctactaccttatacacacaagtgtaaagggataaagaatatgtacataaagatatatgaatgagtgatggtacagaactcACCTTAAGTTTCACCTGAATCTTCTTCGTATCTATTTCTGTCAGTGTTTCCACCAATTCTGCAATGACAGTGTTTTTGTTCAGAACAGGCCTTGTAGGGAAGATCTGTCTGCACTGGGGGCAGCTGCAGACAAGCTTCTGATCCCAACAGCATTTAATACAGTCCATACAGTAGCTGTGTCCACAGGGAATAGTCACTGGATACTTCAGTATCTCCAAACAGATTGAACAACTGATTGAGTCCATGGCTTCTGCCATTTTGAAACGCAAGCAGACTGAGCTGAAGAGATGAGTTTCGTTTCCAATTGTGCTGAGGAGTAGGCTTAGGAGTGGCTCCCACTAACCCATATAACATTTCACTTCCTGGATCTGAACTCACGTATCAGATACCAGGTCTGGCCAG

Function

NR:

description
E3 ubiquitin/ISG15 ligase TRIM25-like

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU207811 False 2165 lncRNA 0.50 4 74156622 74168006
TU207813 False 2154 lncRNA 0.43 2 74156622 74161853
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TU207820 False 1680 lncRNA 0.40 4 74157076 74226257
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TU207816 False 1848 lncRNA 0.49 2 74163092 74168006
TU207824 True 852 lncRNA 0.42 2 74163092 74167105

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
LOC110495996 LOC106561183 coding upstream 17120 74126223 ~ 74139502 (+)
LOC110495989 LOC106573469 coding upstream 45798 74069964 ~ 74110824 (+)
LOC110495967 LOC106573468 coding upstream 146063 73999269 ~ 74010559 (+)
LOC110495946 LOC106561177 coding upstream 171885 73883551 ~ 73984737 (+)
idh2 LOC100194640 coding upstream 388091 73756972 ~ 73768531 (+)
LOC110496089 LOC105018423 coding downstream 293519 74519776 ~ 74529599 (+)
LOC110496107 LOC106561202 coding downstream 434102 74660359 ~ 74732682 (+)
LOC110496116 LOC106561204 coding downstream 602010 74828267 ~ 74890826 (+)
LOC110496126 LOC106561207 coding downstream 684210 74910467 ~ 74962990 (+)
LOC118936821 LOC106561223 coding downstream 744981 74971238 ~ 74988691 (+)
G183176 NA non-coding upstream 277 74155844 ~ 74156345 (+)
G183175 NA non-coding upstream 1064 74155246 ~ 74155558 (+)
G183168 NA non-coding upstream 14977 74141347 ~ 74141645 (+)
G183152 NA non-coding upstream 26751 74060896 ~ 74129871 (+)
G183119 LOC106561179 non-coding upstream 122541 74018173 ~ 74034081 (+)
G183226 frmd4a non-coding downstream 34116 74260373 ~ 74261170 (+)
G183346 NA non-coding downstream 212156 74438413 ~ 74438688 (+)
G183354 NA non-coding downstream 226281 74452538 ~ 74457151 (+)
G184023 NA non-coding downstream 527109 74753366 ~ 74753628 (+)
G182144 NA other upstream 532104 73622536 ~ 73624518 (+)
G182139 LOC106561173 other upstream 546385 73606892 ~ 73610237 (+)
LOC110501876 LOC106561170 other upstream 576547 73456669 ~ 73580075 (+)
G181995 NA other upstream 814345 73341380 ~ 73342277 (+)
LOC110533853 LOC106561194 other upstream 1902895 72250884 ~ 72253809 (+)
G183361 NA other downstream 303392 74529649 ~ 74535026 (+)
LOC110496136 LOC106561223 other downstream 810995 74991655 ~ 75145608 (+)
LOC110496459 LOC106561246 other downstream 1941400 76167573 ~ 76181555 (+)

Expression


Co-expression Network