G207859 (LOC106561692)


Basic Information

Item Value
gene id G207859
gene name LOC106561692
gene type non-coding
species rainbow trout (Oncorhynchus mykiss)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048566.1
NCBI id CM023220.2
chromosome length 103806877
location 95372475 ~ 95382273 (-)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome

Sequence

>TU235319
actactactactactactactactattaactactactactactactattaactactactactactactactattaactactactactgctactactactactactaccactattaactactactactactactactattaactactactactactattaactactactattaactactactactactactactactactactactactattaactactactattaactactactactactactactgctactattaacaactactactaataataagaagaatattaactactactacaactactactattaactactactactactactattaactactactactactattaactactactactactactattaactactactactactactactactattaactactactactattaactactactactattactactactactactattaactactactactactactattaactactactactactactattaactactactactactactattaactactactactactactactactactactattaactactactactactactattaactactactactactactattaactactactactactactactactactactattaactactactactactactactactactactactactactactattaactactactactactactactactactactattaactactagtactactactactactactactactactactactactattattaactactactacaactactactactactattaactactactactactactactactactactactattaactactactactactactactactacaactactactactactactactactattaactacgactactactactactaactgctactactactaactgCTACTAACACCCTACAACCCCATGTGACCCTGTATTTACCCACACTGCTCTGCTCCAGTTTGTATAGATAGGTGCATTGCTAGCCTTCGATGGAAGGGCTACGAATTTCAAAACAACGAAAGCATCAAACGTATTTGTACTTCCGCTGTCGTACACAGGAGGCTAAAGCAGACAGGCTAACGCCCAACGAAATAGACTTACTAGAATGAGCATTCTCATTCGAGTCAATGGGTCTGTGACAGGTTGACTGGCGTGTGGTTATATTTCTACGTGCTAAACCTGCCGTGGGCTGCTAATGCTTAAAGTGGATTAGCTGTTAGCTGTGCAGTGAGTTCCCTGACAGTCGCTCAACACAAGTCTATTATCTTGTTATTACCGGACACGCCGCGGAGCTGCGCGTGTGATATTACTGTAAAGTTACTATGGCAACTTGAAACAATGGGTGCGTCTGCATCACATGGTGGTTCATTTCACTGTCACCGACAATAACATTATGATTTAAAAATCACCAACGTTTGGGTGGAGTACGGTTGGATCTTCTGACAGGAATGCATTAGGACAGTAGAACTACCGTAGAAGGAGAACATTCTGTGTTTCAAGTTCTAGGTGATTTCAGCTTTGGACTTAAGCCTGGTCTCCTCCACCCCAAAATATAATATTTCAGAGTTTTATTACATTTCAATTGGACACAGAAGATTATCGTCAGGGATACAGGAGAAATAGTCACAAACAAAGGAGAGGATGACTTTTCTTGTTGTACACCTGTTATCTCCAAATAAACCTACCAGCGGTCAGTCTAGAGAAATGCTTAACCTAACTACATAAGCCTAACTAAGGATTGGACTGGAGACGGATTTGTCAACTTTCTAAATGCTGTTAGGGGTTGAATAAAGAACCATGGCCTTGTATGGTCACACCATCTGTAGCTAGCTGGGTGTCGGAGAGCTGCTGTAACATACCCCAGGATTTCTAGCCATGTAAACAGTCAACCACGGTGTTCTagactcctctctctattctagAACACAAAAAAAAAGGAGTCTTTCTAAGGCTTCGTGTCAGAGGGTCAGAGTGTGCTGTAACCTCTGGTCAAATTGGAGTGCTTTCAAGTCAACGAGTCATCCTTGTGAATCTTGGCACTCCTGCTCCAAAGCTCATCCTCATGCATTTCCAGCACAGAACAGGCTGTTTTTAAACCCCAAGCATCTAAGCACATGTCCCTTGGCAGATGAAGAGGAATCGTGCCCAAATTTGGCGTTGCTGtgtgtggaggctataaacactAAAGCCAGGCTTACGACCTCTGGGCCTGAGAGAGCTCCTTCACTCAGTCAGAGACAGCTGGCAGGGgcgtcctctgtctgtctgtctgtctgtctctttctctctctctctctctctctctctctctgtctgtcgatctctcgctctctgtctgtcgatctttctctctctctctctctctctgtccgtcgatctctctctctcactgtctgtcgatctctctctcgctgtctgtcaatctctctctctttcgatctctctctctcgatctttctctctgtctgtcgatctctctctctatctgtcgatctctctctctctctaagtctgtctgtctgtctctcactgtctctctctgtctctctccgtctctctctcaaaaatgAATTAAAAACATTCCAGCCCAAAAGCTCACTTGTCACTTACCAATAGACACCAACTTGATGTGTTCCCTGTCCAAAAATTCCAGAGCGACGGACACATTTTCCAATTTCATCTGTCGGAAGTTGGGTCTAGTGTGGTGTTTTTTGTACATCTTTTTCTGGCTCAGAACCTCCAGGAGCCCAATGAGCTTTAACCCGTCGCCAAAATCCTTCTGGAGGTCTGTCACGGTCTTATTGACACACTTGAGATGCTCGTTGCACCACCTTGTAAAGGTGTTCTGTTGGATTTTCTTCCATGGTGCATCCTCGGCAAGATCTTTCTCCGTAGCCGGCATCTCGTCTTCCTCGTCCCCCTCGAAGCTGTCCGTGCCCTGGTAGTGCTGCGGTGGCTGGCTGTCGTCGTAGTAATGTGTGTTATTGCTCGTCATGTTGGCGGTTTTCCGTGTGTCCCTTTTTATACAGCAAGTCAGACCGATGTGTGAAGTT

Function

NR:

description
filamin-C-like

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU235319 True 3081 lncRNA 0.43 3 95372475 95382273

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
LOC118944198 NA coding downstream 101203 95271093 ~ 95271272 (-)
LOC110502417 LOC106561684 coding downstream 247928 95097379 ~ 95124547 (-)
LOC110500368 LOC105021811 coding downstream 352046 95015675 ~ 95020429 (-)
trnay-gua NA coding downstream 362784 95009602 ~ 95009691 (-)
LOC110500345 LOC106561680 coding downstream 397562 94959918 ~ 94974913 (-)
parietopsin LOC106561711 coding upstream 246176 95628449 ~ 95632062 (-)
LOC110502485 LOC106561707 coding upstream 253623 95635896 ~ 95664503 (-)
LOC110500466 nampt coding upstream 321086 95703359 ~ 95721115 (-)
LOC110533932 NA coding upstream 499858 95882131 ~ 95883679 (-)
LOC110502500 LOC106561698 coding upstream 669029 96051302 ~ 96092405 (-)
G207875 NA non-coding downstream 9849 95362260 ~ 95362626 (-)
G207867 NA non-coding downstream 12616 95356208 ~ 95359859 (-)
G207869 LOC106561691 non-coding downstream 24931 95335262 ~ 95347544 (-)
G207836 NA non-coding downstream 75516 95296574 ~ 95296959 (-)
G207593 NA non-coding downstream 93288 95268306 ~ 95279187 (-)
G207916 NA non-coding upstream 53786 95436059 ~ 95436584 (-)
G207917 NA non-coding upstream 56386 95438659 ~ 95446469 (-)
G207934 NA non-coding upstream 100209 95482482 ~ 95482771 (-)
G207943 LOC106561696 non-coding upstream 100826 95483099 ~ 95484439 (-)
G207944 NA non-coding upstream 103274 95485547 ~ 95485895 (-)
G207340 LOC105021815 other downstream 596119 94762662 ~ 94776356 (-)
G207249 NA other downstream 742736 94629437 ~ 94629739 (-)
G207244 LOC100194703 other downstream 755243 94616915 ~ 94617232 (-)
G206750 NA other downstream 1044292 94327910 ~ 94328183 (-)
G206744 LOC106561643 other downstream 1058557 94313390 ~ 94313918 (-)
G207959 NA other upstream 141695 95523968 ~ 95524227 (-)
G207884 NA other upstream 221955 95604228 ~ 95609786 (-)
G207876 LOC106561706 other upstream 299764 95680851 ~ 95686864 (-)
G208077 NA other upstream 447101 95829374 ~ 95832362 (-)
G208472 NA other upstream 751804 96134077 ~ 96134472 (-)

Expression


Co-expression Network