G213475


Basic Information

Item Value
gene id G213475
gene name NA
gene type misc
species rainbow trout (Oncorhynchus mykiss)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048566.1
NCBI id CM023220.2
chromosome length 103806877
location 102386129 ~ 102531578 (-)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome

Sequence

>TU242469
GTCCTGTTTCAACTGGTGTTTGTTGCTTTTCATTactaaaataaaatgtgtttgtttCTCTGAATCACATTTTAATTTAACCAAAAATCCAACTCAATCCATTTCAAACAATATGACTCATTCAATTTGTGACATAGATGTGTCAACTCAATAATTGATTGATCTCCATCTACATTTAATATGTAATCAGCTGGAATTACTTTTTACCAAATTCTCTGACTGAAATGTGCCGTGCTGCACCTTAATATTAAATTAATGCTCCTAGCTACAACatatgcctttgaacggggtatggtagtaggtgcctttgaacagggtatggtggtaggtgcctttgaacggggtatggtggtaggtgcctttgaacggggtatggtagtaggtacctttgaacggggtatggtagtaggtacctttgaacagggtatggtagtaggtgcctttgaacggggtatggtagtaggtacctttgaacagggtatggtagtaggtaccttcgaacggggtatggtggtaggtgcctttgaacggggtatggtagtaggtgtctttgtacggggtatggtagtaggtgcctttgaacagggtatggtggtaggtgtctttgaacggggtatggtagtaggtgtctttgaacggggtatggtagtaggtgtctttgaacggggtatggtagtaggtgtctttgaacggggtatggtagtaggtgtctttgaacagggtatggtagtaggtgtctttgaacagggtatggtagtaggtgtctttgaacggggtatggtagtaggtgtctttgaacagggtatggtagtaggtgtctttgaacagggtatggtagtaggtgtctttgaacagggtatggtggtaggtacctttgaacagggtatggtggtaggtgc
>TU242472
GTCCTGTTTCAACTGGTGTTTGTTGCTTTTCATTactaaaataaaatgtgtttgtttCTCTGAATCACATTTTAATTTAACCAAAAATCCAACTCAATCCATTTCAAACAATATGACTCATTCAATTTGTGACATAGATGTGTCAACTCAATAATTGATTGATCTCCATCTACATTTAATATGTAATCAGCTGGAATTACTTTTTACCAAATTCTCTGACTGAAATGTGCCGTGCTGCACCTTAATATTAAATTAATGCTCCTAGCTACAACatatgcctttgaacggggtatggtagtaggtgcctttgaacagggtatggtggtaggtgcctttgaacggggtatggtggtaggtgcctttgaacggggtatggtagtaggtacctttgaacggggtatggtagtaggtgtctttgaacggggtatggtagtaggtgtctttgaacagggtatggtggtaggtgtctttgaacagggtatggtggtaggtacctttgaacagggtatggtggtaggtgc
>TU242474
GTCCTGTTTCAACTGGTGTTTGTTGCTTTTCATTactaaaataaaatgtgtttgtttCTCTGAATCACATTTTAATTTAACCAAAAATCCAACTCAATCCATTTCAAACAATATGACTCATTCAATTTGTGACATAGATGTGTCAACTCAATAATTGATTGATCTCCATCTACATTTAATATGTAATCAGCTGGAATTACTTTTTACCAAATTCTCTGACTGAAATGTGCCGTGCTGCACCTTAATATTAAATTAATGCTCCTAGCTACAACatatgcctttgaacggggtatggtagtaggtgcctttgaacagggtatggtggtaggtgcctttgaacggggtatggtggtaggtgcctttgaacggggtatggtagtaggtacctttgaacggggtatggtagtaggtacctttgaacagggtatggtagtaggtgtctttgaacagggtatggtagtaggtgtctttgaacagggtatggtagtaggtgtctttgaacagggtatggtggtaggtacctttgaacagggtatggtggtaggtgc
>TU242475
tttgaacggggtatggtagtaggtgtctttgtacggggtatggtagtaggtgcctttgaacggggtatggtagtaggtacctttgaacggggtatggtagtaggtgtctttgaacggggtatggtagtaggtacctttgaacggggtatggtagtaggtgcctttgaacggggtatggtagtaggtgcctttgaacggggtatggtagtaggtgtctttgaacggggtatggtagtaggtgtctttgaacagggtatggtagtaggtgtctttgaacagggtatggtagtaggtgcctttgaatggggtatggtagtaggtgtctttgaacagggtatggtagtaggtgcctttgaatggggtatggta
>TU242466
gtaggtgtctttgaacggggtatggtagtaggtacctttgaacggggtatggtagtaggtgtctttgtacggggtatggtagtaggtacctttgaacggggtatggtagtaggtgtctttgaacggggtatggtagtaggtacctttgaacggggtatggtagtaggtgtctttgaacggggtatggtagtaggtacctttgaacggggtatggtagtaggtgtctttgaacggggtatggtagtaggtacctttgaacggggtatggtagtaggcgtctttgaacgggg
>TU242467
ctttgaacggggtacggtagtaggtgcctttgaacagggtatggtagtaggtacctttgaacggggtatggtagtaggtgcctttgaacggggtatggtagtaggtgcctttgaacggggtatggtagtaggtgcctttgaacagggtatggtagtaggtgtctttgaacagggtatggtagtaggtgcctttgaacggggtatggtagtaggtgtctttgaacggggtatggtggtaggtgtctttgaacggggtatggtggtaggtacctttgaacagggtatggtag

Function

NR:

description
PREDICTED: proteoglycan 4-like isoform X7

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU242469 False 899 TUCP 0.43 4 102386129 102387513
TU242472 False 521 lncRNA 0.40 3 102386129 102387513
TU242474 False 548 TUCP 0.40 2 102386129 102387513
TU242475 False 369 TUCP 0.48 3 102529552 102531226
TU242466 False 290 lncRNA 0.49 2 102530406 102530965
TU242467 True 290 lncRNA 0.50 3 102530533 102531578

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
commd4 comd4 coding downstream 93773 102287895 ~ 102292356 (-)
LOC110501416 LOC106561859 coding downstream 386042 101997799 ~ 102000087 (-)
LOC110501407 LOC106561868 coding downstream 469686 101912984 ~ 101916443 (-)
LOC110517830 LOC105018063 coding downstream 639582 101743015 ~ 101746551 (-)
LOC118944015 NA coding downstream 679482 101706005 ~ 101706647 (-)
c2h15orf39 LOC106561847 coding upstream 43721 102575299 ~ 102614406 (-)
trnaq-cug NA coding upstream 203702 102735280 ~ 102735351 (-)
LOC110501471 rl4a coding upstream 239567 102771145 ~ 102777929 (-)
LOC118944154 NA coding upstream 240620 102772198 ~ 102772265 (-)
LOC118944156 NA coding upstream 240973 102772551 ~ 102772618 (-)
G213507 NA non-coding downstream 2163 102381645 ~ 102383966 (-)
G213495 NA non-coding downstream 27219 102358191 ~ 102358910 (-)
G213485 NA non-coding downstream 51041 102334777 ~ 102335088 (-)
G213465 NA non-coding downstream 104440 102280221 ~ 102281689 (-)
G213425 NA non-coding downstream 199171 102185943 ~ 102186958 (-)
G213573 NA non-coding upstream 2648 102534226 ~ 102534566 (-)
G213634 LOC106604990 non-coding upstream 139485 102671063 ~ 102671583 (-)
G213635 NA non-coding upstream 140202 102671780 ~ 102672123 (-)
G213636 LOC100380853 non-coding upstream 140979 102672557 ~ 102672850 (-)
G213637 LOC106562530 non-coding upstream 141668 102673246 ~ 102673469 (-)
G212836 NA other downstream 666397 101719367 ~ 101719732 (-)
G212829 LOC106613263 other downstream 673282 101712238 ~ 101712847 (-)
LOC110502631 LOC106592148 other downstream 1206368 100976119 ~ 101191014 (-)
pkp3a pkp3 other downstream 1671876 100662972 ~ 100716213 (-)
G214030 NA other upstream 287790 102819368 ~ 102819829 (-)
G214038 NA other upstream 312443 102844021 ~ 102847527 (-)
G214041 NA other upstream 331829 102863407 ~ 102863771 (-)
G214126 NA other upstream 590071 103121649 ~ 103122969 (-)
G214137 NA other upstream 624932 103156510 ~ 103157854 (-)

Expression


Co-expression Network