XLOC_021550


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_021550
gene name NA
gene type non-coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007134.7
NCBI id CM002907.2
chromosome length 46223584
location 16226431 ~ 16249237 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00044799
TACTTAACATTTCTTATAACACAAAATATATGATGAATCAGCATCTGCGGAAAAAGCACAGTTAGTAGAGAGACATTTACACACGgctttcctcctcttcctcctcctcagcAGATATTAGTAATGGCATTGTGTAAGGGGGTGGTGGTCTATCTTTCTTTTCAATTGCTGTTACTATCACCCTGTTACACAATGACCTGATGCATGGGACACAACAACATCCACATGTCACCATTATAGCTACAAAGGTAGCAATTGAGATGAAAACTAAAGTTATCatagttttatattttccaaacacaCGGGTCATCCATTCATCAAAAAGGTTATCTATACCAAAGTGTTCTGCCATCGCTTTTGAGAGTATTTTAATCCTTATAGGGCCCTGGTTATAGACccgttattattttattttttctacaaTTTTTTCAATCTAATTTgtgtaattaattcattcattttcattaaggcttagtccctttttaaatctggggtcgccccagtggaattaatcgccaacttatccagcatatttttacacagcggatgcccttccagctgcaacctatcactgggaaacatccatacacactcaatcacacacatacactacgcccaatttagcatacccaatttttggatttgtgggggaaacaggagtaTCTGGAAGAACACTGTCCAATTTATTGACACCCTGTcccattcattctttttttttcattctttctttacAATTTTTGGCATCGAGATGCTTTTGATGTTGTTTTCCTTACAATTGTCACTCACACACTTTGTCAGATTGTCTTGTGTTAGTAagtcagtctttttttttctttctattttaaaatttaacattGTATTTGTTTCCCCTTTTTGTGTTGGCCTGTATCTAATATACAGTTGGCCTCATGCATTGGTGTTGCAGTATGTTCATCTCCTACACCAATACATGCTTACACACTCCAATTAGTCAATTGTCCCCAATTAGTCCTCTGTTAATTAATCTCCCCCTTTCGGCCTGGAGCTAGGTCCAGGCCGCTTTTACACCCCTATGTTGACTGTCAAGTTAATCCGGCCAGCTTCACACCTTCAGCAACCTGTTTAGAAACAATTGTGAATAATGTTGTTAATTTGTCATAACATAATCTCTACATAAGTGATTCAGTGCACATCAAAGCTGCACCAGGTCCCTGAAACTGCAGTCCTGTAAACAGTTCAAAAATCATTAATTCCATCGTTTTGTTCCATTAACTAATATCCcttaatatgatttttattttatttccttttagtCTGTGTACAGATTTTTGCcagttttgttttcaaatttctaTTAATTCTCTTGACATTTccctgtaattattattttttacaccaTTTCTAAAATCATGTTTCAGGCCTAGTGCCTACTCCACTAATTTAAAATATTCCTTATTCCAGTGTTTATCATTATCTAATCTAATTTTCCCACAACATCTATTTATTTCTAGATTGTTATTCATTAAACACTTAATCACTGTCTGACTGTACTCTTTGCTTGCTGACCAGTCCTCCAGCCATCCAGTATAGCTGTCAATCATGACGAGCAGATATCTTTTTATTCACCTGTTCTCCCATATCTCTATAATCAATTATAACCTTACCCTCATTCTTCTCCTGCAGTTTCTAATACCTCTAAATATGATTTTAGTCTATAATCTGTATTAGTCCTATTAACGTCTTTTACAGTCACCAGTTTACGGTTATTTGAAATGACGTATTTATTTTGCGATCTGACTCCACCTATCCTAGACACCATTTGTCCCAATATTGTGGCATGTTATCaattcaattatattttaatttactttcttTAAATCTGGTTCCCTATAAGTGTCATAACACCTGCTTGCTTCCAATCAATTAGGTGTCCACTATTTTTTAGCTAGTAAAATATATCGTAAATATCGTATATAGAGTAACACTCCCTCTGTCAAGTGGCAATCACTCAGCGGGCCTCGCAGGGCGTGATTTAACAACCCTGGAGACAATATTAATTCTTGTGGTACTCTGGTGTACCTGTATTGCTGCCCCCTAAAGGTAAATGAAAACACATCCTTCAAATTTGGTGCCAGTGTTAAAGAGAAAAAATTCATTGGCTAAGTCTAGACATTAAAATCACTTATTCTCTTGGTGTAAAGCTGGTAATGCAGTGAATCAATTTGGAACTGGCATTGTGGCGTTTTTCACTACTGCATTAACTTTTCTTAAATCATGAGCCATtctgtattttcctgtattttgtttttctacagGTAAAATTGGAGTGTTTGGGTGTGAGGTCGATGGCTCTAACACAACTATAGTCAACAATTCTTTAATTGTGTCTGCAATGCCGGCTTTAGCTTTGGGTTTGTGAGGATACTGTAGCTGCCATATCGGCCTTTCATTATTTAACTCCattattaaactttaatttatGTCTGAGAGTGAGGAGCAAAAACCCACATCTGCTGGTCCTGTAGACCATAATTGGCTTGGTAAACTGTACAGCATTGGTGCCGTCACCTCATTATCCGTTCTTTCTCTTCCATGCCACCTTGTGACCCATATATGTTTAGTTAATCTGCCAACCACACCCTTCtaattaattttttctttcagtttagtTTTGGTCACAGATTAAAGTCATGTGCGGTGGGTTGGTGGGAGGCATGTATGGTGCAATAAGAGTTACCCAAGGTCTCCATTGAGCATAAAGTGAGAGAaggccgtctcccagcatggttTGTGGCTACAGTTTGCCCCAATAAATGTCAACTCCTACAGGCTCTCGCATCGATGACAGCAACCATTGTCCTCGCAGGTGAGGTGTACCCAGTGAACAGTTCTTAGTCGTCCCTGTAGGAAATCTCACCAGAACACCATCAGCACACCATAGAATGATGCATCAAGCTTTATCAGCAGGTCTCTGCCCCATAAGTTCGTGTGGGCTCTGTCTGACAACAGAAAGTGATGTTTCAGTTGTTGTCCATCAACAGACACTGGTATTAGCTCAGTTAAAGACAGTCTTTCACATTCCTCAGTGAAACCCATTacttccagtttttttttttttaatcaagtccTGATTGACAGGGTTAATCAATGTTGAATAGGTCACACCCGTGTTGACCAAAAAAGTCCAGACAGTCTTTGTTGACCCTTCATAGATAACAGTGGCTCCACCATAGCCCCGCTTCGGTCTCCCTGTGGGCCTCCTCAGAAATGCTCCCATCTTCCCCAGAGTGGATAGTGTTCCACCCTGCCCTGGGTTCTGTCCTCCAGGGTTTGGAGCTTGCCCTGCAAGTGGTGCCACAAAGCCTTTGCCTCCTTGCACGCCCCCTCTCTGGCATACAGATTTTTTCCATTGCGATATCTTGTCGAAATGTGTCCCAGCTGACTGCACGTGTAGCATTGACTAGCCTGGCAGTTGCGATGTAGCTGACATAGGCGGCCACACCTGAAACAACCCTCTCCACATCCATACTCTCTGTAAGCCCCCGGGACCCCCTTGACCCCAATGCCTCCCCTATTCTGTCTTCTAAATTGAGGTTGGCATTTAGGTGTTTGGTTTGATGGCTGTTTGTACACAGGTGCCATGTAAGATTGTTCAGGGTCAGGCGACTGCACCAATTGTTTGCCTTTATCTTTCTCATTTGATCATTGACTTCTTGTCTGGCTTTGTTCATTTGTAATTTCAACTGTAATTGTAATTTAACTGGTTTTTCAGTTCCTCAATCTCAGACTGACTCTCATCAGCTTTATCTTTAGCTCTATTGATGTAATGGAGCAAGTGTCTCTCCCAGGTGGCCAAAGCACTTCCTGGTATGTCAGgggttattatttatgtatttttattttattataattattattttagttatttaacaCAGCTTGAAGTATCCTCAACCACTCCTTCATAAATTGGTTAGCATGAATATGTGTCCCAGTCTGGGCTTCTCACTCCAGTTTACATCTCAATACATATGCTGCTGATGTTTCATCTGCCTTAGGGGTGGACTTTATGTTATGTATAGCACGAGGTGGTAGAGAAAATTTTCTCCTTATTACTGTGCCCCACGCAGTTGCTACTTTGCCAAAAGGAGTGTCTGATTGACAT
>TCONS_00044800
GTCATAACATAATCTCTACATAAGTGATTCAGTGCACATCAAAGCTGCACCAGGTCCCTGAAACTGCAGTCCTGTAAACAGTTCAAAAATCATTAATTCCATCGTTTTGTTCCATTAACTAATATCCcttaatatgatttttattttatttccttttagtCTGTGTACAGATTTTTGCcagttttgttttcaaatttctaTTAATTCTCTTGACATTTccctgtaattattattttttacaccaTTTCTAAAATCATGTTTCAGGCCCAGTGCCTACTCAACTGATTTAAAATATTCCTTATTCCAGTGTTTATCATTATCTAATCAAATTTTCCCattacatctat

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00044799 False 4141 lncRNA 0.40 1 16226431 16230571
TCONS_00044800 True 347 lncRNA 0.31 2 16227564 16249237

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_021549 NA coding upstream 155048 16068252 ~ 16071383 (+)
XLOC_021548 NA coding upstream 191843 16034238 ~ 16034588 (+)
XLOC_021547 NA coding upstream 208606 16013897 ~ 16017825 (+)
XLOC_021545 NA coding upstream 469915 15749752 ~ 15756516 (+)
XLOC_021546 CR376835.1 coding upstream 474885 15750018 ~ 15751546 (+)
XLOC_021551 NA coding downstream 18260 16267497 ~ 16268738 (+)
XLOC_021552 NA coding downstream 23328 16272565 ~ 16279494 (+)
XLOC_021553 AL928725.1 coding downstream 107471 16356708 ~ 16357229 (+)
XLOC_021554 NA coding downstream 157321 16406558 ~ 16407426 (+)
XLOC_021555 ntsr1 coding downstream 181322 16430559 ~ 16525698 (+)
XLOC_021556 CU041345.1 non-coding downstream 195724 16444961 ~ 16446040 (+)

Expression


Co-expression Network