LOC110493965 (LOC106573899)


Basic Information

Item Value
gene id LOC110493965
gene name LOC106573899
gene type misc
species rainbow trout (Oncorhynchus mykiss)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048567.1
NCBI id CM023221.2
chromosome length 85311031
location 3738335 ~ 3754296 (+)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome

Sequence

>XM_036966108.1
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>XM_036966105.1
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>TU247405
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Function

NR:

description
syndecan-2-like

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
XM_036966108.1 False 3770 mRNA 0.42 5 3738335 3754295
XM_036966105.1 False 3216 mRNA 0.42 5 3739548 3754295
TU247405 True 2935 lncRNA 0.41 2 3750470 3754296

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
LOC110507370 LOC106606027 coding upstream 4639 3725954 ~ 3733696 (+)
LOC110520760 LOC106606028 coding upstream 30558 3558280 ~ 3707777 (+)
LOC110520752 LOC106606080 coding upstream 182068 3534519 ~ 3556267 (+)
LOC118936611 LOC106573422 coding upstream 205238 3507608 ~ 3533097 (+)
LOC110520734 LOC106605972 coding upstream 231218 3494116 ~ 3507117 (+)
LOC110493962 pgcp coding downstream 371 3754666 ~ 3803724 (+)
LOC110507394 LOC106595324 coding downstream 100152 3854447 ~ 3874865 (+)
LOC118964350 NA coding downstream 143931 3898226 ~ 3910037 (+)
LOC118944821 LOC106584755 coding downstream 162696 3916991 ~ 3924440 (+)
LOC110520766 LOC106584755 coding downstream 211163 3965458 ~ 3968265 (+)
G217223 NA non-coding upstream 27131 3710797 ~ 3711204 (+)
G217220 NA non-coding upstream 50239 3686596 ~ 3688096 (+)
LOC118944810 NA non-coding upstream 247652 3487998 ~ 3490683 (+)
G217081 NA non-coding upstream 369438 3368331 ~ 3368897 (+)
G217244 NA non-coding downstream 45626 3799921 ~ 3802530 (+)
G217521 NA non-coding downstream 50516 3804811 ~ 3805064 (+)
G217546 NA non-coding downstream 92456 3846751 ~ 3846981 (+)
G217552 NA non-coding downstream 96523 3850818 ~ 3851040 (+)
G217554 NA non-coding downstream 120648 3874943 ~ 3875184 (+)
G217146 NA other upstream 256799 3480316 ~ 3481536 (+)
G216673 NA other upstream 630102 3106354 ~ 3108233 (+)
G216640 LOC106606088 other upstream 696818 3039986 ~ 3041517 (+)
G217809 LOC106593792 other downstream 388348 4142643 ~ 4143089 (+)
G217870 NA other downstream 543261 4297556 ~ 4302856 (+)
G217896 NA other downstream 697459 4451754 ~ 4452556 (+)
G218309 NA other downstream 1182802 4937097 ~ 4939894 (+)
G218293 NA other downstream 1190708 4945003 ~ 4961450 (+)

Expression


Co-expression Network