LOC118945258


Basic Information

Item Value
gene id LOC118945258
gene name NA
gene type misc
species rainbow trout (Oncorhynchus mykiss)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048567.1
NCBI id CM023221.2
chromosome length 85311031
location 6862876 ~ 6869053 (-)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome

Sequence

>XR_005040324.1
gCTGCAGGGCTGTTGTAATCATGGCCCACACtttgtttttcttcttttttttttatatattgtagtcgtttagtagacactcttatccagagctacttaGTTAGTGCAtccatcttcagatagctaggtggaacaaccacacatctcagtcatagtaagtacatttttcctgaAAGTAGTTATCAGCAAAATCAGAGTTAGTAAGGGGGGAATCAAGTGCAAGTGTTGGTTCTGGAAcggtctaatctacatggtgtcaatgttacatgacaggtctaatctacatggtgttgatgttacatgacaggtctaatctacatggtgtcaatgttacatgacaggtctaatctacatggtgtcaatgttacatgacagATCTAATCTACATGACAgatctaatctacatggtgtcaatgttacatgacaggtctaatctacatgacaggtctaatctacatggtgttgaTGTTACATG
>XR_005040325.1
gCTGCAGGGCTGTTGTAATCATGGCCCACACtttgtttttcttcttttttttttatatattgtagtcgtttagtagacactcttatccagagctacttaGTTAGTGCAtccatcttcagatagctaggtggaacaaccacacatctcagtcatagtaagtacatttttcctgaAAGTAGTTATCAGCAAAATCAGAGTTAGTAAGGGGGGAATCAAGTGCAAGTGTTGGTTCTGGAAcggtctaatctacatggtgtcaatgttacatgacaggtctaatctacatggtgttgatgttacatgacaggtctaatctacatggtgtcaatgttacatgacagATCTAATCTACATGACAgatctaatctacatggtgtcaatgttacatgacaggtctaatctacatgacaggtctaatctacatggtgttgaTGTTACATG
>TU251050
cactcttatccagagctacttaGTTAGTGCAtccatcttcagatagctaggtggaacaaccacacatctcagtcatagtaagtacatttttcctgaAAGTAGTTATCAGCAAAATCAGAGTTAGTAAGGGGGGAATCAAGTGCAAGTGTTGGTTCTGGAAcggtctaatctacatggtgtcaatgttacatgacaggtctaatctacatggtgttgatgttacatgacaggtctaatctacatggtgtcaatgttacatgacaggtctaatctacatggtgtcaatgttacatgacaggtctaatctacatggtgtcaatgttacatgacaggtctaatctacatggtgttgaTGTTACATGACAgatctaatctacatggtgttgatgttacatgacagATCTAATCTACATGACAgatctaatctacatggtgttgatgttacatgacaggtctaatctacatggtgttgatgttacatgacaggtctaatctacatggtgttgatgttacatgacaggtctaatctacatggtgttgatgttacatgacaggtctaatctacatggtgttgaTGTTACATGACAGATCTAATCTACATGgtgttgatgttacatgacaggtctaatctacatggtgttgatgttacatgacaggtctaatttacatgacaggtctaatctacatggtgtcaatgttacatgacaggtctaatctacatggtgtcaatgttacatgacaggtctagTCTACATGGTGTCGATGTTACATGACAgatctaatctacat
>TU251051
aatgttacatgacaggtctaatctacatggtgttgatgttacatgacaggtctaatctacatggtgtcaatgttacatgacaggtctaatctacatggtgtcaatgttacatgacaggtctaatctacatggtgtcaatgttacatgacaggtctaatctacatggtgttgatgttacatgacaggtctaatctacatggtgtcaatgttacatgacaggtctaatctacatggtgtcaatgttacatgacaggtctaatctacatggtgttgatgttacatgacaggtctaatctacatggtgtcaatgttacatgacaggtctaatctccatgacaggtctaatctacatgacagatctaatctacatggtgtcaatgttacatgacaggtctaatctacatggtgtcaatgttacatgacaggtctaatctacatgacagatctaatctacatggtgttgatgttacatgacaggtctaatctacatggtgttgaTGTTACATGACAtgtctaatctacatggtgttgatgttacatgacaggtctaatctacatggtgtcaatgttacatgacaggtctaatctacatggtgtcaatgttacatgacaggtctaatctacatggtgtcaatgttacatgacaggtctaatctacatggtgttgatgttacatgacaggtctaatctacatggtgtcaatgttacatgacaggtctaatctacatgacaggtctaatctacatgacaggtctaatctacatggtgtcaatgttacatgacaggtctaatctacatggtgttgatgttacatgacagatctaatctacatggtgttgaTGTTACATGACAgatctaatctacatggtgtcaatgttacatgacagATCTAATctacatgacaggtctaatctacatggtgttgatgttacatgacaggtctaatctacatggtgtcaatgttacatgacaggtctaatctacatggtgtcaatgttacatgacagATCTAATCTACATGACAgatctaatctacatggtgttgatgttacatgacaggtctaatctacatggtgttgatgttacatgacaggtctaatttacatgacaggtctaatctacatggtgtcaatgttacatgacaggtctaatctacatggtgtcaatgttacatgacaggtctagTCTACATGGTGTCGATGTTACATGACAgatctaatctacat
>TU251052
acatgacaggtctaatctacatggtgtcaatgttacatgacaggtctaatctacatggtgtcaatgttacatgacaggtctaatctacatggtgtcaatgttacatgacaggtctaatctacatggtgttgatgttacatgacaggtctaatctacatggtgttgatgttacatgacaggtctaatctacatgacagatctaatctacatggtgttgaTGTTACATGACAgatctaatctacatggtgtcaatgttacatgacagATCTAATctacatgacaggtctaatctacatggtgttgatgttacatgacaggtctaatctacatggtgtcaatgttacatgacaggtctaatctacatggtgtcaatgttacatgacagATCTAATCTACATGACAgatctaatctacatggtgttgatgttacatgacaggtctaatctacatggtgttgatgttacatgacaggtctaatttacatgacaggtctaatctacatggtgtcaatgttacatgacaggtctaatctacatggtgtcaatgttacatgacaggtctagTCTACATGGTGTCGATGTTACATGACAgatctaatctacat
>TU251055
cactcttatccagagctacttaGTTAGTGCAtccatcttcagatagctaggtggaacaaccacacatctcagtcatagtaagtacatttttcctgaAAGTAGTTATCAGCAAAATCAGAGTTAGTAAGGGGGGAATCAAGTGCAAGTGTTGGTTCTGGAAcggtctaatctacatggtgtcaatgttacatgacaggtctaatctacatggtgttgatgttacatgacaggtctaatctacatggtgtcaatgttacatgacaggtctaatctacatggtgtcaatgttacatgacaggtctaatctacatggtgtcaatgttacatgacaggtctaatctacatggtgttgaTGTTACATGACAgatctaatctacatggtgttgatgttacatgacagATCTAATCTACATGACAgatctaatctacatggtgttgatgttacatgacaggtctaatctacatggtgttgatgttacatgacaggtctaatctacatggtgttgatgttacatgacaggtctaatctacatggtgttgatgttacatgacaggtctaatctacatggtgtcaatgttacatgacaggtctaatttacat
>TU251053
cactcttatccagagctacttaGTTAGTGCAtccatcttcagatagctaggtggaacaaccacacatctcagtcatagtaagtacatttttcctgaAAGTAGTTATCAGCAAAATCAGAGTTAGTAAGGGGGGAATCAAGTGCAAGTGTTGGTTCTGGAAcggtctaatctacatggtgtcaatgttacatgacaggtctaatctacatggtgttgatgttacatgacaggtctaatctacatggtgtcaatgttacatgacaggtctaatctacatggtgtcaatgttacatgacaggtctaatctccatgacaggtctaatctacatggtgtcaatgttacatgacagatctaatctacatggtgtcaatgttacatgacagatctaatctacatggtgtcaatgttacatgacaggtctaatctacatggtgtcaatgttacatgacagATCTAATctacatgacaggtctaatctacatggtgttgatgttacatgacaggtctaatctacatggtgtcaatgttacatgacaggtctaatctacatgacagatctaatctacatggtgtcaatgttaaatgacaggtctaatctacat

Function

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
XR_005040324.1 False 475 mRNA 0.38 3 6866025 6869053
XR_005040325.1 False 441 mRNA 0.38 3 6866025 6869053
TU251050 False 789 lncRNA 0.44 4 6862876 6868976
TU251051 False 1226 lncRNA 0.47 3 6862876 6865983
TU251052 False 604 lncRNA 0.36 3 6862876 6866805
TU251055 False 601 lncRNA 0.38 3 6864056 6868976
TU251053 True 603 lncRNA 0.33 3 6866904 6868976

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
LOC110507764 LOC106576048 coding downstream 71747 6776481 ~ 6794278 (-)
LOC110507788 LOC106574611 coding downstream 121352 6714243 ~ 6744673 (-)
LOC110507843 LOC106576069 coding downstream 209137 6656513 ~ 6656888 (-)
LOC110507876 rpp38 coding downstream 242058 6622171 ~ 6623967 (-)
LOC110508127 NA coding downstream 315627 6527175 ~ 6550398 (-)
LOC110508277 cld12 coding upstream 32425 6901478 ~ 6905286 (-)
LOC110508304 gtpbp10 coding upstream 60404 6929457 ~ 6932661 (-)
LOC118964351 LOC106605995 coding upstream 79392 6948445 ~ 6952369 (-)
LOC118944481 LOC106575260 coding upstream 84103 6953156 ~ 6953874 (-)
zgc:174935 LOC106605997 coding upstream 107110 6976163 ~ 6979189 (-)
G220074 NA non-coding downstream 23893 6840522 ~ 6842132 (-)
G220064 NA non-coding downstream 40812 6824975 ~ 6825213 (-)
G220063 NA non-coding downstream 41808 6823909 ~ 6824217 (-)
G219936 NA non-coding downstream 49520 6816285 ~ 6816505 (-)
G220056 NA non-coding downstream 50129 6815686 ~ 6815896 (-)
G220116 NA non-coding upstream 63931 6932984 ~ 6933221 (-)
G220194 NA non-coding upstream 71047 6940100 ~ 6940522 (-)
G220201 NA non-coding upstream 82469 6951522 ~ 6951988 (-)
G220208 NA non-coding upstream 90470 6959523 ~ 6982097 (-)
G220218 NA non-coding upstream 118316 6987369 ~ 6988252 (-)
LOC110507902 LOC106593870 other downstream 375010 6479543 ~ 6491729 (-)
LOC110534138 LOC106605946 other downstream 524412 6329602 ~ 6349701 (-)
G219820 LOC106605946 other downstream 527212 6332968 ~ 6338813 (-)
G219592 NA other downstream 1113931 5751724 ~ 5752094 (-)
G219591 NA other downstream 1117311 5748158 ~ 5748714 (-)
G220202 LOC106605995 other upstream 83506 6952559 ~ 6952963 (-)
G220209 LOC105030512 other upstream 98028 6967081 ~ 6970500 (-)
LOC110508339 NA other upstream 119929 6988898 ~ 6993845 (-)

Expression


Co-expression Network