LOC110508481 (LOC106573839)


Basic Information

Item Value
gene id LOC110508481
gene name LOC106573839
gene type misc
species rainbow trout (Oncorhynchus mykiss)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048567.1
NCBI id CM023221.2
chromosome length 85311031
location 7531548 ~ 7552027 (-)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome

Sequence

>XM_036967504.1
CTTTCattaacaaggacatttctaagtgaccccaaacctttgaacggatatatatatatatatatatatgtgtgtatatagatatgtgttacacacacacacacacacacacagtcttgtatatcTAACCTTGTATAACTAATCCATTCAAAATCCTGTACCCTAACATTAATCcttaaacctagctcctaaccccaaaactaaacctagctcctaaccctgaaCTTAATTCTAACCATAACaccaattctaaccttaaccctaaaccccctagaaatagcattttaccttggggactaacaaaatggccccagttggtcaaatttgtttgtttactattcttgtggggacttctggtccccacaaatatagtgaaacacgtccacacacactaTCTACTAATGTCTTTAATCTTATGCTATTTTCCATTTCAACAGTTTAAAAGTCTGAATGAATAATgtattacacacaaacacacacacctcaggcaTTCATTTCAGAGGGATCTGTGAAGTTGTTgatgggagtagagagagagactagcagGCCAGTGGCACTGAGGAAACAGAGGTCCATCCAGCAGTCTTAACATAGCTAGTCGGAGGGGACTAGAACATGTCTCTCAATGGccaatcccaaatcaacccctCGCCTAACCTCTTACTGTCCCCAAGCACATAGGAAACAAAACTACCCAGGATCGCTAGCCTAGAAAAGTGATGTAACACTTGTCTGTTTCATAAATAGGAGTGTGTTTCCGCTGTAGATTACACTATGCATTGTGCACTGCCAAGTTAACCCTTTCACTGGCGGCATGTAGCGTTGGTAGCTTTCATTCATGTCAATCATTTCTGTTAACTTATTTATTAATAACTTTATTTTTGTTTGTGAGATGTGGTCATTAAAGGATAGATTTACAAAGTGACTGAAGTACTGAGGAGTGAGGGTAACGTGATGGTGATGCAGGTCTTTATTTTCATGTCAATGTTCAACAGGTTGTAAATAGTGCACTAAAACACCACACACTTACAAAACATTTGAATGATATAttctatttaaaataaaatagagGATTTTATAAATGTCAGAAGGCACATTAACTTGCTTTGGAGACACTGTAATATGATGACCATGCATCCATCCTTTTGGGTAAAGAGGGAATGTATTGAAAACACTAAAACGTCTTTACTTTTGGGTAAAGAGGGAATGTATTGAAAACACTAAAACGTCTTTACTTTTGGATAAAGAGGGAATGTATTGAAACACTAAAACGTCTTTACTTTTGGATAAAGAGGGAATGTATTGAAACACTAAAACGTCTTTACTTTTGGTTATGTTGCAACAGTTATTATGAAGCAAAATGCTCATGGCACTTAAGATAAGGATTGTCTTCAGGAAAGAAAACAGTTGGATGTTGTGGTTCAACTTTACTTTACAGTCCTGTATTTACCAGGTATTTACTTAAATAGTAGAATGATCATTAGAATATCCACCTAATGACAacttttattatttttaaaaaaagttaATTTGAAGAGTTTCTAATTCTGTTGAATTCTTTGAGATAAGTGCCAAAAGGTATGTCTGTTACCATAGTTTCATAGTAAAGACCAGGTCCAGGACCAGATgaagcagggctgtaaaataaagtCTGACTATGTTTACATGATGGTAACTGTGTAAATCTGATGATTGACAAGCCCATATCCACTCATTAAAACATTGATTGAACGGACATTCAAGTTGAACCACGTGGGCTTACAGAGGCATCGTTGAAAACTCCACTTTGTGTGATTTTAAATGTGCAAATGTAACATGGTACGATTGTGACAAAAGCAACCTAATAAATTAAGCTTTGACCTTCTGAAGAACagttgtcatgttgttgtgtccAAAATGTCAGCTTTATGCCGACTGATAAGTGGTGAGAGGTGAGAATGAAAAGTATTGCTGTTCTGTCCGTTACAGGTCTGTTAATTAACCTTCAGCACTTCACAGCAACAGAGAACCTCTATCTGACTATTTTAAACCTACACAACAACTTTTGCAGTAAAGACATTGTTTTCACTTCCCTTTTCTCAAGACATATTTAAAGGTTGTTCTCTAGTATTCTGCACGAGACTGTAGCGGTCTAGGTGTGGACAGAAGTACAGACTTCTCCCCCCATAGAAGCACAGAGGTCTGGCACAGGAAGACCGTTTTTAAACACGGAACACTGAGGTCTAACAGCAAGAATGACGTTTGTTTTTTGGGTGTGGAGGCCCGGTGTGAGTGTGCTGctgctcttgtgtgtgtgtgacggagcAGAAGGGGTGATCAGGCGTCACTGTGACTGCTATGAGGAGGATATGTATGTACAGAAAGACATCGGAGGGTTCATACAGTGTTCCCTTAAGCCTGGCCTGGGACCCTATGCTGAGTGCACAGAGATCACTGACCTCAGGTCTGGGCTGGAGGAGGTGTTTCCTGATGTGCGTTCTCTTTGTAtccttcactcctcctcctccctgcctgCAGACTCCTTCTCTCACATTCCCCTCCTGGAGCACCTCTATTTGGATGGCTCACACCTGGCaaagGTGACCTCAGGGGCCTTCGCTGGTCTCCCCAAACTAAGGTTCCTCCACATCCTCGTCTCCTCCTCCTGGGGGGGAGTGAACGTCACTCTGGAGCCAGGGGTGTTCCAGGGCCTTTCTAGCCTGGAGGAGCTCACCCTGGCTGGGATGAGTCTGGCCCTGGCCCCCGCTGCTCTGCTGGATCCCCTGGTACGGGTGAGGAGCCTGAGGGTGGACAGGGCTGGAGCGAGAGACCTGGGGGAActgttctgtctcctctcccctgggATGGAGAAACTAGAGACCCTGGAGCTGCCTGACAGCATGGTCAGCTCCATCCAGAACGGAGGCTGCTCTGGATCCAATCCGTGGCCCACAGTGCTCCTGTCCAGGATCCGGATCCTGGATCTGAGTGGAAACCCGGTGCGAAGGGTAGAGCCGAAGTCTCTGTCTGTGTTCCAGAACCTGTCCAGTCTGTCCCTGTCTATGGTGGATGTCTGGGTGGGCCAGCTGTGGGGGTCTGGCATGGGGAGGGTTAACAAGCTCTACCTGTCCAGTTACGCCTTGAGACAGTTCACCCCCAGCCTGTCTGACCTGTGTACTCTGGTAGTAAAACATGGAGTGGAGTCCTTGGATCTGCGCCTGGCCCTGATCACAGCCTTCACTGCAGAGGTCATGAAGAGGTGTGGTCCTGGTCTGAGGCAGCTGTCTGTGACTTCTCAGGATCTGTCTGGTATGGACCTGGGGTTCTGGACTGGTACCGGTCAGATACAGGGTCTGATGATGGTCCTGACCAAGCTGACCAATGCCTCGTTCTGCTCAGCAGGGGGGGGGAGGGTGTGGAACCTCacctctctcattctccatgAGAACCACCTCACTGAGATCACCACTGAtcagTTCTCCTGTATGCCCCTGCTGGAGCGTTTGGATCTGAGTGAGAACCATATCTCCTCCCTGGCCCACCGGGCTCTCCAGGGGATGCCGCTCCTCCGCGTCCTCGACCTCACCCACAACAAAATCTCCATGCTGGGAGAAGACGACTTTGAGGGTCTGCCTGCTCTAGAGGTTCTCCTCCTGGAAGGGAACAAGATCTCAGGGGGCATCGCTCATGGGGTGTTCCGTAGACAGCATCGACTCCAAGACCTCAGCCTGGGAGAGATAGACATTATCTACCAGCTCTACCTCAACATGCTGTTCCTGGGTTTCCCCACCAAGCTCCAGCACCTCCTCATCGACACAGGCCCAGGAACCTACCTCACCGTAGGCCATGTTCCCGCTCCTGAGTTCCCCATGCTCCTGGAACTCAGAGGGAAGATGATCCAGTCCTCTGACTGTGAAAACAACATGTTCCCCATGGTCCGAGAGCTGAAGGTGGGCGACGGGACAAAATTTGACTGCAACAACATTTTCCTGGCCCCCTACTTCCTCAACCTGGAGTCGTTTGAGTTCTCAGCCAACCCTGAGAAGTTTGCCACCCCCTACACCACCATCAACCAGCTTCGAAAGCTGAAGAGGCTCAAACTGACCAACCTCAACTTCTCCAACCACACAGACCCCAGTGTTACCTTCAGGAACCTGACGGAGCTCAGGAGCCTAGTGCTGATCAACTGTCGACTCAACTTCCTCACCAGGtccATGTTTACAGACCTGGTGTCTCTACGTGTTTTGAGGCTGTACAGTGAGAGCCCTCTGATCCTGTTGGAGGGGGTCTTCATtcccctgctgtctctctccacGCTGGTCTTTGACCAGGTCGACTTCCGCTGTGACTGCTCCAACGGCTGGCTTCTGGACTGGGCTGACAACTCTCGCAAAACACAGGTGGTGCTCCTGCAGCGACAGCAGTGCATCTGGCACTACCAGCGACTCAACTTCCTGTCCACCATGGAGCGCCTATGCCAGACCGAAGACGACTTCCTGTCCTACGTCTCCACAACGGCCGCTGTGTGCACCCTCCTGTGCTTGGCGCTAGGATACCGCTTCCTCCGCTGGCCCTGTGTTGTTCTATTCTTTCGTCTGAGAGGATGGGTGGAGCGACGTgtggggaggaggtggtggaggaggaggatggggggacAGTGGGAGGAGCtgatagagggggaagagggagaggaggaggtgaggtaTGATGCGTTTGTGTCGTTCAGCAGTGGTGACGAGGCGTGGGTACTGGGAGAGATGGCCCCGAtgctagaggaggagggggagccaCGACTAAGACTGTGTCTGCACCACCGAGactttgagGTAGGGAAGGGCATCGTGGATAACATCGCTGAGAACATCTACTGCAGCAGGAGGACGGTGTGTGTGTTGACCAGACGCTACCTGAGGAGTGACTGGTGTGGCCTGGAGATGAGAGTGGCCACACACCGCCTGTTGTCTGAGCACAGCCACAGACTCATCCTCATCTTCCTAGAACACATCTCCCCCTTCGAGCTG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>TU252029
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>TU252030
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Function

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
XM_036967504.1 False 6169 mRNA 0.47 13 7531548 7552027
TU252029 False 2165 lncRNA 0.38 2 7549673 7551927
TU252030 True 2210 lncRNA 0.38 2 7549673 7551927

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
LOC110508472 LOC106573847 coding downstream 1365 7528026 ~ 7530317 (-)
LOC110508454 s10ag coding downstream 7004 7517195 ~ 7524544 (-)
LOC110508441 LOC106575525 coding downstream 20688 7506201 ~ 7510860 (-)
LOC110520792 LOC106575505 coding downstream 95353 7408252 ~ 7436195 (-)
LOC110537383 LOC105024478 coding downstream 137049 7365417 ~ 7394499 (-)
LOC110508494 LOC106575071 coding upstream 2759 7554786 ~ 7573519 (-)
LOC110508498 NA coding upstream 21826 7573853 ~ 7575614 (-)
LOC110520788 LOC106593005 coding upstream 24981 7577008 ~ 7617193 (-)
si:dkey-246i14.3 LOC106570832 coding upstream 192331 7744358 ~ 7840475 (-)
LOC110520794 LOC105024462 coding upstream 662565 8214332 ~ 8243743 (-)
G220894 NA non-coding downstream 26934 7504333 ~ 7504614 (-)
G220892 NA non-coding downstream 29045 7498513 ~ 7502503 (-)
G220889 NA non-coding downstream 36683 7494623 ~ 7494865 (-)
G220879 NA non-coding downstream 52080 7478146 ~ 7479468 (-)
G220797 NA non-coding downstream 123438 7406437 ~ 7408110 (-)
G220866 NA non-coding upstream 155 7552182 ~ 7552852 (-)
G220922 NA non-coding upstream 37500 7589527 ~ 7591887 (-)
G220929 NA non-coding upstream 77328 7629355 ~ 7630077 (-)
G220930 NA non-coding upstream 79025 7631052 ~ 7631372 (-)
G220751 NA other downstream 330127 7176392 ~ 7201421 (-)
G220261 NA other downstream 431378 7099338 ~ 7100170 (-)
G221788 LOC106574877 other upstream 797292 8345683 ~ 8350289 (-)
G221806 NA other upstream 842334 8394361 ~ 8410809 (-)
G221807 adar other upstream 951157 8503184 ~ 8523208 (-)
G221986 NA other upstream 1211092 8763119 ~ 8763884 (-)
G220908 NA non-coding downstream 14248 7535216 ~ 7535425 (-)

Expression


Co-expression Network