LOC110520794 (LOC105024462)


Basic Information

Item Value
gene id LOC110520794
gene name LOC105024462
gene type misc
species rainbow trout (Oncorhynchus mykiss)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048567.1
NCBI id CM023221.2
chromosome length 85311031
location 8214332 ~ 8243743 (-)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome

Sequence

>XM_036967678.1
cttgAACCTGTTTCACTCAGCAGAAATCACCACGCATGCTCTATCCTCCACTATTGAACATCATCTTATCAGCGCGAGCCCAGTGGAAAGGGACAGAAATCAACGCTGCGCACTCCAGACCATATACATCCGGTCAGACTAATATGCGATAACCTATACCTAGGCTACATATGGTTGATTGACCAAGCTTTTAACATTTGCTTTATTCACCCTAGGACAACATATTTGAGTATATTACTAGGCCTAGGCTACGATTGTGAATTTGACAGACCAGTCTATATTCGCATCAACACCGCGTTTTATCCTAAAGGATGGCTGAAGCAGAACTACAGGCGTTTACGTCTATGATGGACGCACTCGTCCAAATCAGCTCTAACATGAAGAGTATGGAGCGGGAGCTGCATTGCCCGGTGTGTACTGAGATGGTGAAGCAGCCCATCATCCTGCCGTGCCAGCACAGTGTGTGTCTGCTGTGTGCTGCTGAGGTGTTAATCCAGAGAGGATACCCTGCCCCAGACCTCCCCCCAGAGCCCAACTCCCCGGCTGCCTCCCCCAACACACGCTCCCCGCGCGGGGCACGCAGGCCCCCGCCCAAGACCACCGACCGCCTGGACCGCGTCCTCAGACCagGTTTTGGGACGTACCCCGGGCGTCGTCGTAAGGACATGTCTCCTGCCCCCATGCTGTTCCCCTGTCCGTCCTGTCACAAGGAGGTGGAGCTGGGGGAGAGAGGACTGACCGATTGCCTCAGGAATCTCACCTTGGAACGCATCGtagagaggtacagacacacagtgaGCCTGGGCAGCGTGGCTATAATGTGTGGCTTCTGTAAGGCTCCTCAGTCCTTGGAGGCCACTAAGGGCTGTGCTGACTGCAGGTCCAACTTCTGCAACGAGTGTTTCAAGCTCTACCACCCCTGGGGTACGCTCCGCTCCCAGCACGAACACATACTGCCCACCAACAACTTCAGacccaagGTCCTAACGTGTCTGGAGCATGAGCAGGAGAGGTTGTTGTGGTACTGTCGCTCCTGCCAGAGGcttctgtgtcctgtctgtaaGCTCCACAGAGTCCACCACGGCCACAAGGTGGCGCCCATCGCACAGGCCTGCCAGGCACTAaagGACAAAATCACCAAGGAGATCAACTACATTCTGGCCAATCAGGACACAGTAAAGGCTCAGATAACTCAGCTGGAGAGTGCCATCACACACTTGGAGTTGAACAGTGCGTTGGCGAGGGAGCAGTTGTCCCAGTCTGTGAGGGAGCTGGGGGCGTCTCTAGTGGAGCGACAGGGAGCGTTGACCCTGGCCCTGGAGGGGGCCCGGCTGAGGAGGGGGGAGGCCCTGTCGGCCCAGGTGTCTGAGAGGAGGGGTCTGCAGGAGCACGGCGGTTTAATGGCCTACACACAGGAGCTGCTCAAAGAGACCGACCAACCCTGCTTCGTACAGGCCGCACGAATCACCCACAACAGgctggtGAAAGCCATAGAGAATctgcagtgtttctctctctcggctGATCCCTCCTTCAGACACTTCCACATGGACGCCTCCAGAGAAATTAAACTCATCAGCAGCATGGGATACATAAGAGCCCCATTGGCTCCTGTGATTGACACTCAGCGCACGCTGGCCTATGACCAGCTGTTCCTGTGCTGGCGACTCCCCCAGGACTCCGCCCCTGCCTGGCACTTCTCCGTGGAGTTCCAGCGGCGAATGGGATTGACAGAGGCAGGCTGGGGAGGAGAGGTCAGGAGTCCCAATGCTCCACTGGTGTGGCAACGCCTGGAGGAGGTGGGGGGGACTAGTGCTGTGATTGACAGGCTGGAGATGGACAGTGTGTACGTGTTAAGGGTGAAAGGAAGCAATAAGGCGGGTTTTGGAGAGTACAGCGAAGAGGTTTACCTGCACACACCACCCGCACCAGTGTTGTGTTTCTCTCTGGACTCTCGCTGGGGTTTGCATGCTGACCGACTGGCTCTGGGTAAAGGACAGACGTATGCCCGCAGCGTGCCCGGCCTCTCCCTTCTGCAGGCCGCTGACCGCTCCCTCACTTCCTGtcacctgacctctgacctcctcATAGGCGACCTGGCCATCACCCAGGGAAGGCACTACTGGGCATGCTCGGTGGAGCCCGGCTCCTACCTGGTAAAGGTGGGAGTTGGACAGGAGGCCAAGCTCCAGGAGTGGTTCCACCTTCCCCAGGACATGGCCAGCCCccgctATGACCCAGACAGTGGCCATGACAGTGGGGCTGAGGATTCCCCagactcctcccctcccttctgctTCCTCACCATGGGCATGGGCAAGGTCCTCTTACCCCAGGGGGCAGCAAACTTACACCACAGTACCCATAGTACCCATGGGAACAACCATGGTCCTCCTACTGCCCCCCTGCCCCCGCGCCTGGGGGTTTGTCTGGACTTCGAAAAGGGACGGGTCACGTTCTACGACGCCCACTCGCTGCGCACCCTGTGGGAGGGGCATGTGGATTGCTCTGCCCCTGTGTGCCCGGCCTTTTGTTTCATTGGTGGAGGGGCACTGCAGCTGCAGGAGCTGGTGGCCAATCGGAGCACAGAGGAGCCACTGCACAGAAGGGTCACCATCCAATCACGCGCCACCAATTTAGGTAACTGAAGAAGTATGGAGTGGAATGATGTGGAAAGACCCTTCATCAACTTGATGTTTACTTGTTTATGTTTAGGTTTCATTTGTAATGTCTGCAACTGTTGATGATGTACATTATGCAGAATAGAAGAATGTCAATGTCCCGGAATCCAGGGGATTATAAAGCGTTCTGCAGGTTACATCAGGATACGTGTATTCTGTGATTCCAACTGTTGCTGTGTTGCATCTGAAAAGGACTCATGAGTGGGACGTTAACTGTTAAATGACTCATGAGTGGGATGTTAACTGTTAAATGACTCATGAGTGGGACGTTTATTGTTAAATGACTCATGAGTGGACGTTTTCTGTTATAGAACTCATGAGTGGGATGTTAACTGTTAAATGACTCATGAGTGGGATGTTAACTGTTAAATGACTCATGAGTGGGATGTTAACTGGTAAATGACTCATGAGTGGAACGTTAACTGGTAAATGACTCATGAGTGGGATGTTAACTGTTAAATGACTCATGAGTGGGATGTTAACTGTTAAATGACTCATGAGTGGGACGTTTATTGTTAAATGACTCATGAGTGGACGTTTTCTGTTATAGAACTCATGAGTGGGACGTTAACTGTTAAATGACTCATGAGTGGGATGTTAACTGTTAAATGACTGATGAGTGGGACGTTTATTGTTAAATGACTCATGAGTGGGACGTTTATTGTTAAATGACTCATGAGTGGGACGTTAAATGACTCATGAGTGGGACGTTAACTGTTAAATGACTCATGAGTGGGATGTTAAATGACTCATGAGTGGGATGTTAAATGACTCATGAGTGGGACGTTAACTGTTAAATGACTCATGAGTGGGATGTTAAATGACTCATGAGTGGGATGTTAACTGTTAAATGACTCATGAGTGGGATGTTAACTGTTAAATGACTCATGAGTGGGATGGTAACTGTTAAATGACTCATGAGTGGGATGTTAACTGTTAAATGACTCATGAGTGGGATGTTAAATGACTCATGAGTGGGACGTTAACTGTTAAATGACTCATGAGTGGGATGTTAACTGTTAAATGACTCATGAGTGGGATGTTAAATGACTCATGAGTGGGACGTTAACTGTTAAATGACTCATGAATGGGATGTTAACTGTTAAATGACTCATGAGTGGGATGTTAACTGTTAAATGACTCATGAGTGGGATGTTAAATGACTCATGAGTGGGACGTTAACTGTTAAATGACTCATGAATGGGACGTTAACTGTTAAATGACTCATGAGTGGGATGTTAACTGTTAAATGACTGATGAGTGGGACGTTTATTGTTAAATGACTCATGAGTGGGACGTTTATTGTTAAATGACTCATGAGTGGGACGTTAAATGACTCATGAGTGGGACGTTAACTGTTAAATGACTCATGAGTGGGATGTTAAATGACTCATGAGTGGGATGTTAAATGACTCATGAGTGGGACGTTAACTGTTAAATGACTCATGAGTGGGATGTTAAATGACTCATGAGTGGGATGTTAACTGTTAAATGACTCATGAATGGGATGTTAACTGTTAAATTACTCATGAGTGGGATGTTAACTGTTAAATGACTCATGAGTGGGATGTTAACTGTTAAATGACTCATGAGTGGGATGTTAACTGTTAAATGACTCATGAGTGGGATGTTAAATGACTCATGAGTGGGACGTTAACTGTTAAATGACTCATGAATGGGATGTTAACTGTTAAATGACTGATGAGTGGGACGTTTATTGTTAAATGACTCATGAGTGGGACGTTTATTGTTAAATGACTCATGAGTGGGACGTTAACTGTTAAATGACTCATGAGTGCGACGTTAACTGGTAAATGACTCATGGGTGGGATGTTAACTGGTAAATGACTCATGGGTGGGATGTTAACTGGTAAATGACTCATGGGTGGGATGTTAACTGGTAAATGACTCATGAGTGCGATGTTAACTGGTAAATGACTCATGGGTGGGATGTTAACTGGTAAATGACTCATGGGTGGGATGTTAACTGGTAAATGACTCATGGGTGGGATGTTAACTGGTAAATGACTCATGGGTGGGATGTTAACTGGTAAATGACTCATGGGTGGGATGTTAACTGGTAATTGACTCATGAGTGCGATGTTAACTGGTAAATGACTCATGGGTGGGATGTTAACTGGTAAATGACTCATGAGTGGACGTTAACTGGTAAATGACTCATGAGTGGACGTTATCTGTTAGAGCTCATGCTACCTGCACTTCACATAGATCTTATTGTTTGAAACCAAACCAAAATGCTCACATTGTGGAAGATTCTCTCATAAGCTTCAAACATGTATTACAAATCAAGAGGGTATAAATATCTATTCTATATTTTCAGACAAAATAGAGATGAATGGGATTTACACATTATGGATAGAAAGGATTTTGCGTAAATCATGCGTTGATGTCAATGGGAAgatttaggatgtgtgtgtgttcacctgaaTTAAAATTATAATACTTATTTTATCATT
>TU253051
AATGACTCATGAGTGGGACGTTAACTGTTAAATGACTCATGAGTGCGACGTTAACTGGTAAATGACTCATGGGTGGGATGTTAACTGGTAAATGACTCATGAGTGGACGTTAACTGGTAAATGACTCATGAGTGGACGTTATCTGTTAGAGCTCATGCTACCTGCACTTCACATAGATCTTATTGTTTGAAACCAAACCAAAATGCTCACATTGTGGAAGATTCTCTCATAAGCTTCAAACATGTATTACAAATCAAGAGGGTATAAATATCTATTCTATATTTTCAGACAAAATAGAGATGAATGGGATTTACACATTATGGATAGAAAGGATTTTGCGTAAATCATGCGTTGATGTCAATGGGAAgatttaggatgtgtgtgtgttcacctgaaTTAAAATTATAATACTTATTTTATCATTCTCATCTGAGCTGGCTGAATATTTATACTGTTTTATAGCTTTTTATTCATAGCTTTTATGATTATTATGACTGGCAATAATACATTTTTACTCAACAGATTATTACTAAAAAGATAGATCTTACAGGGTCGAGGCTCAGACTGTCAGTATTCATACAGtatattgagtgtgtgtgtgtgtgtgagagagtgtgtattTCTACTTGAATGcatgtgtttacgtgtgtgtgtgagagagagtgagagacaaagagagaggga

Function

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
XM_036967678.1 False 5158 mRNA 0.48 12 8214592 8243743
TU253051 True 684 lncRNA 0.35 2 8214332 8215315

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
si:dkey-246i14.3 LOC106570832 coding downstream 374117 7744358 ~ 7840475 (-)
LOC110520788 LOC106593005 coding downstream 597399 7577008 ~ 7617193 (-)
LOC110508498 NA coding downstream 638978 7573853 ~ 7575614 (-)
LOC110508494 LOC106575071 coding downstream 641073 7554786 ~ 7573519 (-)
LOC110508481 LOC106573839 coding downstream 662565 7531548 ~ 7552027 (-)
LOC110520844 LOC106605887 coding upstream 223193 8466936 ~ 8495390 (-)
LOC110520892 LOC106605923 coding upstream 455292 8699031 ~ 8703263 (-)
LOC118964373 NA coding upstream 457720 8701463 ~ 8701598 (-)
LOC118964372 NA coding upstream 458140 8701883 ~ 8702017 (-)
LOC110520835 ash1l coding upstream 560908 8804651 ~ 8839679 (-)
G221696 NA non-coding downstream 350 8211641 ~ 8214242 (-)
G221708 NA non-coding downstream 30376 8178723 ~ 8184216 (-)
G221707 NA non-coding downstream 31031 8175399 ~ 8183561 (-)
G221702 NA non-coding downstream 47800 8166259 ~ 8166792 (-)
G221701 NA non-coding downstream 49819 8164457 ~ 8164773 (-)
G221720 NA non-coding upstream 9491 8253234 ~ 8254152 (-)
G221734 NA non-coding upstream 18407 8262150 ~ 8262373 (-)
G221736 NA non-coding upstream 20778 8264521 ~ 8264724 (-)
G221738 NA non-coding upstream 21722 8265465 ~ 8288604 (-)
G221737 NA non-coding upstream 22568 8266311 ~ 8331740 (-)
LOC110508472 LOC106573847 other downstream 684275 7528026 ~ 7530317 (-)
LOC110508454 s10ag other downstream 690100 7517195 ~ 7524544 (-)
LOC110520792 LOC106575505 other downstream 778421 7408252 ~ 7436195 (-)
G220751 NA other downstream 1013171 7176392 ~ 7201421 (-)
G221788 LOC106574877 other upstream 105576 8345683 ~ 8350289 (-)
G221806 NA other upstream 150618 8394361 ~ 8410809 (-)
G221807 adar other upstream 259441 8503184 ~ 8523208 (-)
G221986 NA other upstream 519376 8763119 ~ 8763884 (-)
G221719 NA non-coding upstream 9685 8225000 ~ 8225310 (-)

Expression


Co-expression Network