LOC118945333


Basic Information

Item Value
gene id LOC118945333
gene name NA
gene type misc
species rainbow trout (Oncorhynchus mykiss)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048567.1
NCBI id CM023221.2
chromosome length 85311031
location 9319354 ~ 9389195 (-)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome

Sequence

>XR_005040492.1
GTATACCAGTagttaactaggaggtggttcctgtatgagtgtagagttagtaacaccagtattaaCTAGGAGGTGCTTCTCCCAGGTAAGAGCAGATGCCTTGGGTCTTGAAATGCCTCAGTGGTTGGAGTGAAGAGTTAGTATACCAGTagttaactaggaggtggttcctgtatgagtgtagagttagtaacaccagtattaaCTAGGAGCTGGTTCTCCCAGGTAAGAGCAGATGCCTTGGGTCTTGAAATGCCTCAGTGGTTGgagtgtagagttagtatacCAGTATTAACTAGGAGGTGCTTCTCCCAGGTAAGAGCAGATGCCTTGGGTCTTGAAATGCCTCAGTGGTTGGAGTGAAGAGTTAGTATACCAgtattaactaggagGTGCTTCTCCCAGGTAAGAGCAGATGCCTTGGGTCTTGAAATGCCTCAGTGGTTGGAGTGaagagttagtaacaccagtattaaCTAGGAGCTGGTTCTCCCAGGTAAGAGCAGATGCCTTGGGTCTTGAAATGCCTCAGTGGTTGGAGTGAAGAGTTAGTATACCAGTagttaactaggaggtggttcctgtatgagtgtagagttagtaacaccagtattaactaggaggtggttcctgtatgagtgtagagttagtaacaccagtattaactaggagctagttcctgtatgagtgtagagttagtaacaccagtagtTAACTAGGAGCTGGTTCTCCCAGGTAAGAGCAGATGCCTTGGGTCTTGAAATGCCTCAGTGGTTGGAGTGAAGAGTTAGTATACCAGTagttaactaggaggtggttcctgtatgagtgtagagttagtaacaccagtattaactaggaggtggttcctgtatgagtgtagagttagtaacaccagtattaactaggagctggttcctgtatgagtgtagagttagtaacaccagtattaaCTATGAG
>XR_005040491.1
GTATACCAGTagttaactaggaggtggttcctgtatgagtgtagagttagtaacaccagtattaaCTAGGAGGTGCTTCTCCCAGGTAAGAGCAGATGCCTTGGGTCTTGAAATGCCTCAGTGGTTGGAGTGAAGAGTTAGTATACCAGTagttaactaggaggtggttcctgtatgagtgtagagttagtaacaccagtattaaCTAGGAGCTGGTTCTCCCAGGTAAGAGCAGATGCCTTGGGTCTTGAAATGCCTCAGTGGTTGgagtgtagagttagtatacCAGTATTAACTAGGAGGTGCTTCTCCCAGGTAAGAGCAGATGCCTTGGGTCTTGAAATGCCTCAGTGGTTGGAGTGAAGAGTTAGTATACCAgtattaactaggagGTGCTTCTCCCAGGTAAGAGCAGATGCCTTGGGTCTTGAAATGCCTCAGTGGTTGGAGTGaagagttagtaacaccagtattaaCTAGGAGCTGGTTCTCCCAGGTAAGAGCAGATGCCTTGGGTCTTGAAATGCCTCAGTGGTTGGAGTGAAGAGTTAGTATACCAGTagttaactaggaggtggttcctgtatgagtgtagagttagtaacaccagtattaactaggaggtggttcctgtatgagtgtagagttagtaacaccagtattaactaggagctagttcctgtatgagtgtagagttagtaacaccagtagtTAACTAGGAGCTGGTTCTCCCAGGTAAGAGCAGATGCCTTGGGTCTTGAAATGCCTCAGTGGTTGGAGTGAAGAGTTAGTATACCAGTagttaactaggaggtggttcctgtatgagtgtagagttagtaacaccagtattaactaggaggtggttcctgtatgagtgtagagttagtaacaccagtattaactaggagctggttcctgtatgagtgtagagttagtaacac
>XR_005040493.1
GTATACCAGTagttaactaggaggtggttcctgtatgagtgtagagttagtaacaccagtattaaCTAGGAGGTGCTTCTCCCAGGTAAGAGCAGATGCCTTGGGTCTTGAAATGCCTCAGTGGTTGGAGTGAAGAGTTAGTATACCAGTagttaactaggaggtggttcctgtatgagtgtagagttagtaacaccagtattaaCTAGGAGCTGGTTCTCCCAGGTAAGAGCAGATGCCTTGGGTCTTGAAATGCCTCAGTGGTTGgagtgtagagttagtatacCAGTATTAACTAGGAGGTGCTTCTCCCAGGTAAGAGCAGATGCCTTGGGTCTTGAAATGCCTCAGTGGTTGGAGTGAAGAGTTAGTATACCAgtattaactaggaggtggttcctgtatgagtgtagagttagtaacaccagtagtTAACTAGGAGCTGGTTCTCCCAGGTAAGAGCAGATGCCTTGGGTCTTGAAATGCCTCAGTGGTTGGAGTGAAGAGTTAGTATACCAGTAGTTAACTAGGAGgtggttcctgtatgagtgtagagttagtaacaccagtattaactaggaggtggttcctgtatgagtgtagagttagtaacaccagtattaactaggagctagttcctgtatgagtgtagagttagtaacaccagtagtTAACTAGGAGCTGGTTCTCCCAGGTAAGAGCAGATGCCTTGGGTCTTGAAATGCCTCAGTGGTTGGAGTGAAGAGTTAGTATACCAGTagttaactaggaggtggttcctgtatgagtgtagagttagtaacaccagtattaactaggaggtggttcctgtatgagtgtagagttagtaacaccagtattaactaggagctggttcctgtatgagtgtagagttagtaacac
>TU254171
AGAGTTAGTATACCAGTagttaactaggaggtggttcctgtatgagtgtagagttagtaacaccagtattaactaggagctggttcctgtatgagtgtagagttagtaacaccagtagttaactaggagctggttcctgtatgagtgtagagttagtaacaccagtattaactaggagctggttcctgtatgagtgtagagttagtaacaccagtagttaactaggagctggttcctgtatgagtgtagagttagtaacaccagtagttaactaggaggtggttcctgtatgagtgtggagttagtaacaccagtattaactaggaggtggttcctgtatgagtgtagagttagtaacaccagtagttaac
>TU254173
AACACCAGTCttaactaggagctggttcctgtatgagtgtagagttagtaacaccagtattaactaggagctggttcctgtatgagtgtagagttagtaacaccagtagttaactaggagctggttcctgtatgagtgtagagttagtaacaccagtagttaactaggaggtggttcctgtatgagtgtggagttagtaacaccagtattaactaggaggtggttcctgtatgagtgtagagttagtaacaccagtagttaac

Function

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
XR_005040492.1 False 960 mRNA 0.44 3 9319646 9322368
XR_005040491.1 False 944 mRNA 0.44 3 9319859 9322368
XR_005040493.1 False 903 mRNA 0.44 3 9319859 9322368
TU254171 False 371 lncRNA 0.41 2 9319354 9321444
TU254173 True 263 lncRNA 0.42 2 9319354 9389195

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
LOC110508553 LOC105018974 coding downstream 87688 9160983 ~ 9231958 (-)
LOC110500119 LOC105018975 coding downstream 168655 9122222 ~ 9150991 (-)
LOC110501040 LOC106605812 coding downstream 201209 9101425 ~ 9118437 (-)
LOC110520814 LOC106595728 coding downstream 268784 8988084 ~ 9050862 (-)
LOC110520856 LOC106591015 coding downstream 337363 8973956 ~ 8982283 (-)
LOC110520816 LOC100380759 coding upstream 24783 9347151 ~ 9371934 (-)
rprd2b LOC106605802 coding upstream 54131 9376499 ~ 9390272 (-)
LOC110508575 prpf3 coding upstream 67919 9390287 ~ 9401122 (-)
LOC110508582 LOC106575046 coding upstream 123896 9446264 ~ 9451249 (-)
LOC110508594 LOC106605789 coding upstream 193540 9515908 ~ 9525313 (-)
G222547 NA non-coding downstream 323 9317833 ~ 9319323 (-)
G222545 NA non-coding downstream 3125 9316153 ~ 9316521 (-)
G222540 NA non-coding downstream 12167 9307226 ~ 9307479 (-)
G222539 NA non-coding downstream 12902 9306429 ~ 9306744 (-)
G222538 NA non-coding downstream 13725 9305714 ~ 9305921 (-)
G222573 NA non-coding upstream 79255 9401623 ~ 9401866 (-)
G222574 NA non-coding upstream 79769 9402137 ~ 9402559 (-)
G222576 NA non-coding upstream 82299 9404667 ~ 9404887 (-)
G222579 NA non-coding upstream 84008 9406376 ~ 9406682 (-)
G222465 NA other downstream 224430 9093180 ~ 9095216 (-)
G222023 LOC100136250 other downstream 370459 8853817 ~ 8949187 (-)
LOC110520835 ash1l other downstream 498579 8804651 ~ 8839679 (-)
G221986 NA other downstream 555762 8763119 ~ 8763884 (-)
G222607 LOC106574954 other upstream 172428 9494796 ~ 9496853 (-)
LOC110508584 LOC104949237 other upstream 208806 9528874 ~ 9551643 (-)
LOC110520821 LOC106574299 other upstream 239377 9559133 ~ 9594654 (-)
G222662 NA other upstream 295257 9617625 ~ 9622934 (-)
LOC118944443 LOC106573533 other upstream 350075 9665862 ~ 9673439 (-)
G222582 NA non-coding upstream 22282 9411477 ~ 9411703 (-)

Expression


Co-expression Network