LOC110520014 (ormdl1)



Basic Information


Item Value
gene id LOC110520014
gene name ormdl1
gene type coding
species rainbow trout (Oncorhynchus mykiss)
category of species economic fish

Chromosome Information


Item Value
chromosome id NC_048567.1
NCBI id CM023221.2
chromosome length 85311031
location 45191720 ~ 45209591 (+)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome

Sequence


>XM_036974226.1
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>XM_036974225.1
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Function


symbol description
ormdl1 Predicted to be involved in cellular sphingolipid homeostasis; ceramide metabolic process; and negative regulation of ceramide biosynthetic process. Predicted to act upstream of or within negative regulation of sphingolipid biosynthetic process. Predicted to be located in endoplasmic reticulum membrane. Predicted to be part of SPOTS complex. Orthologous to human ORMDL1 (ORMDL sphingolipid biosynthesis regulator 1).

NR:

description
hypothetical protein cypCar_00042736, partial

GO:

id name namespace
GO:0006672 ceramide metabolic process biological_process
GO:0005789 endoplasmic reticulum membrane cellular_component
GO:0016021 integral component of membrane cellular_component

KEGG: NA

RNA


RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
XM_036974226.1 False 3148 mRNA 0.40 5 45191720 45209591
XM_036974224.1 False 3145 mRNA 0.40 5 45204139 45209591
XM_021596971.2 False 3045 mRNA 0.39 4 45204140 45209591
XM_036974225.1 False 3109 mRNA 0.40 5 45204167 45209591
XM_021596972.2 True 3007 mRNA 0.39 4 45204170 45209591

Neighbor


gene id symbol gene type direction distance location
LOC100135920 LOC100135920 coding upstream 83133 45105779 ~ 45108587 (+)
hibch hibch coding upstream 99645 45041037 ~ 45092075 (+)
LOC110505238 NA coding upstream 156374 45028832 ~ 45035346 (+)
LOC110520010 LOC106586134 coding upstream 181096 44989108 ~ 45010624 (+)
LOC110520005 LOC106586127 coding upstream 260836 44904034 ~ 44930884 (+)
LOC110520018 LOC106586140 coding downstream 70346 45279937 ~ 45292634 (+)
glsb LOC106586143 coding downstream 130738 45340329 ~ 45399501 (+)
LOC118956876 NA coding downstream 284718 45494309 ~ 45495980 (+)
LOC110520024 cxcr4 coding downstream 290547 45500138 ~ 45502139 (+)
dars1 sydc coding downstream 299874 45509465 ~ 45539298 (+)
G262735 cssa21h2orf88 non-coding upstream 89282 45100039 ~ 45102438 (+)
G262313 NA non-coding upstream 232545 44958687 ~ 44959175 (+)
G262259 NA non-coding upstream 299661 44851379 ~ 44892059 (+)
G262035 NA non-coding upstream 675236 44516200 ~ 44516484 (+)
G262028 NA non-coding upstream 683629 44507752 ~ 44508091 (+)
G262814 NA non-coding downstream 17582 45227173 ~ 45227384 (+)
G262820 NA non-coding downstream 33259 45242850 ~ 45243091 (+)
G262827 NA non-coding downstream 44606 45254197 ~ 45254448 (+)
G262875 NA non-coding downstream 125536 45335127 ~ 45335366 (+)
G262852 NA non-coding downstream 190686 45400277 ~ 45488380 (+)
G262037 NA other upstream 666312 44520419 ~ 44525408 (+)
G261749 NA other upstream 939169 44252069 ~ 44252551 (+)
LOC110519969 LOC106586020 other upstream 4739540 40440040 ~ 40452542 (+)
LOC110519960 LOC106586058 other upstream 5523632 39658753 ~ 39668297 (+)
G254816 NA other upstream 6347164 38843510 ~ 38844556 (+)
G263547 LOC106586150 other downstream 629330 45838921 ~ 45839480 (+)
G263710 NA other downstream 724528 45934119 ~ 45934418 (+)
G263733 LOC106586158 other downstream 865893 46075484 ~ 46079425 (+)
G263859 LOC107588258 other downstream 974543 46184134 ~ 46184804 (+)
LOC110520046 LOC106586167 other downstream 1621417 46801058 ~ 46832288 (+)

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