lnpa (LOC100194569)


Basic Information

Item Value
gene id lnpa
gene name LOC100194569
gene type coding
species rainbow trout (Oncorhynchus mykiss)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048567.1
NCBI id CM023221.2
chromosome length 85311031
location 50084100 ~ 50099697 (-)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome

Sequence

>XM_036974457.1
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CGTTTTTGCGTGTCTTCTGACGTCAGAAATGGGCCGCGCATGTTCTTCCGCTCCTAATATATAAGCAACAATATAGTGGTAATTGTGTTTCAGTCACAGATGAACTTCGGACATTAATACTGTCCAGGTGAAGAGATTCCACTGGAAAATCAGAGGGCTCTAAAAAGACTGACTTCATTTTGTCCTCAACATGGGGGTTGTAATATCCCGGTTTAGGACTAAGCCATCAACTGTAGAGGTTTTGGAAGGAATTGATAAGGATATCCAGGCTTGTGAGGAATGTCAAGAACTGTATCAAAAACAGTTGAAGTTATGGGTGTGGAGACTGCTTCAGTACTCATCTCTTCTTTACCTGATGGCTAGCATAATTGTGTATCTTTGGTACCTCCCTGAACAGATGATTGGAAAGGTCATATTGGTCCTTCCTTTTGTTGTATTTCCACTATTTGTATGGCTCCTTCGAAAGGGGCTGCTCACTCTTTTTAAAAGAAGAACAGAAAAAAACAATGAAAAATTGGAGGACCTCAAATCACAAAAACGAAAAATGCTTCTAGAGGTGATGGAAACTGAAACATATAAAACCGCAAAAATTATTCTGGAGAGATTTGATCCTGATTCAAAGACAAAGGTGCCTGAATCCATTCCAAGTGGAACACCTATGACTCCAAAACCTGGCCAAGAACTCCGTCAGCGGAATGTCACTCCTCGGCCCCCGGTGGCGGTGACTCCTGCTGCAGCACGTCCTCTTCTGGCACCAGGGGCCACCCATGCAGGACCGCCCCTCCACTCAGCTCCTGGAGGACCCCCAGAGAGAATCCTGTCTGCTGAGGCTGCTCAGCAGAGCTTGATGAAGAGGCCCATGACCCCTGGCACACCTGTTCCAGGAGTGGGAATGCACCCTCCAGGCCCACCCTTGGCCAGACCTGTTCTCCCCCGGGATAGAGGCACCATGGACAGGGTCATTGAGTACTTTGTTGGCGATGGCCCTCAGAATAGATATGCCCTCATATGCCAGCAGTGTCTCACCCATAACGGCATGGCATTAAAAGAggaatttgaatatgttgCCTTCAGATGTGCATATTGTTATGTCCTGAATCCTGCGAGAAAGACCAGACCCCAAGCCCCCCGACTCTCTGAGGTCACTGCTGAGGCAAAGACGCCCTCACACGCACCCATACCAACATCACCAACACCTGTAGAACCAGCACCCGTAGAACCAGCACCTGCCCCTGAAGCTGATGAGAGCCCCGCTACTTCAGTTGCCGAGAAGCAGCCTACTCCCCCAGCTGAAGAGATCCAAGAGTTGGTGACTCTGACCACAGATACTGCCCCAGAAACAGAAGTGCCAGGAACTTCACAATCTCTGCAACTCACCCCAGTGAAGTCAGACGGGGAGCTGGATGTATCAGACATGGAGGTTGAATAGAATGTCATTTCAACACATTAATTTATGCTAGAACTATATTCTACTtttttcagggggggggggggggggggggggggggggggggttctttctGTTTTTAAAGTCAACTTAATAATGGTTAGATTAATGCTGTGAGGTAGAATGGCAGAATAACAGGCAACGGGTTTGGTATTAACTTAAAGGTATTTTCTTGTCAGTTGTCATGGTACCAATATGAATTTAATGATTGGAATAAAAGTGAACAGCCAACACTTGAGGTTTTACGTCATGTCCACGGTACTTTCATGAACTGTACTTTCACTTCTATACATTACTCAACAGCACACTTAGTTCAGCTAGCTAAGCGTTTAGCGTTGATGCACTTATAGTGTGTTTTCCATATGTGGGAAATTGCTTATCCGCTTTACTATTGTATTTGACTCGTCTCTATCCATGTAGTCTACAGACATGCAAGATGATGACAATAATGAGCAAAAATCTAGCTAAATAGTTTGAGTTTCTGCACATTTAGAATGAgggtttctttttttaaattaagtaatttgcaacattgttttagTAGTTTGTCTTTTGACTGAATGTCTTACAATGTCTACAGAAGTGCAAAAAATGTCCTGTCTGGTGTGATATGAAATATTTTTAGGGGGCAGATATTTATAGATACTATGGTATACGTTAGTGCCTTTTTAACAGTATTGACTAGGTTTTGGGTAGTCCTAGTACAATGGGACTAACCACGTTTACACAGTAATAGTACAGTCATAGTAGTACTTATTTATTGCTTAAGAGGAGAAATGAAGCTGTATTTGCTGTCCTCTGCACCTGAGTGCCTTGATGCGTTTTAtgtttccactttgaaatgaatAAAGACTTGAGTCAGTCAGAATGCATGCGTTTG
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Function

NR:

description
protein lunapark-A-like isoform X1

GO: NA

KEGG:

id description
K23292 LNPK; endoplasmic reticulum junction formation protein lunapark

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
XM_036974457.1 False 2885 mRNA 0.44 13 50084100 50099551
XM_036974458.1 False 2888 mRNA 0.44 13 50084100 50099551
XM_036974456.1 False 2327 mRNA 0.44 13 50084100 50099687
XM_036974455.1 True 2340 mRNA 0.44 13 50084100 50099697

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
LOC110520125 atp5g3 coding downstream 102230 49979196 ~ 49981870 (-)
atf2 atf2 coding downstream 105208 49962467 ~ 49978892 (-)
LOC110520122 LOC106586243 coding downstream 163772 49905433 ~ 49920328 (-)
LOC110520121 LOC106581751 coding downstream 182525 49895327 ~ 49901575 (-)
LOC110520120 LOC106586242 coding downstream 188990 49879110 ~ 49895110 (-)
evx2 evx2a coding upstream 19972 50119669 ~ 50124620 (-)
nfe2l2a LOC106586247 coding upstream 225412 50325109 ~ 50332906 (-)
pde11a pde11a coding upstream 278703 50378400 ~ 50436074 (-)
LOC110520139 LOC106586251 coding upstream 340504 50440201 ~ 50442930 (-)
prkra LOC106586253 coding upstream 420568 50520265 ~ 50525331 (-)
G268702 NA non-coding downstream 3414 50080483 ~ 50080686 (-)
G268701 NA non-coding downstream 5777 50078119 ~ 50078323 (-)
G268700 NA non-coding downstream 6113 50077784 ~ 50077987 (-)
G268673 NA non-coding downstream 37810 50045926 ~ 50046290 (-)
G268560 NA non-coding downstream 122887 49960915 ~ 49961213 (-)
G268722 NA non-coding upstream 9243 50108940 ~ 50109195 (-)
G268885 NA non-coding upstream 139351 50239048 ~ 50239267 (-)
G268899 NA non-coding upstream 148755 50248452 ~ 50251001 (-)
G268927 NA non-coding upstream 172410 50272107 ~ 50272358 (-)
G268931 NA non-coding upstream 174558 50274255 ~ 50274469 (-)
LOC110520119 NA other downstream 212455 49867187 ~ 49871681 (-)
LOC110520112 LOC106586230 other downstream 516626 49563841 ~ 49608114 (-)
LOC118944672 NA other downstream 581129 49494001 ~ 49503025 (-)
G268310 NA other downstream 588297 49495477 ~ 49495803 (-)
LOC110520160 LOC106586095 other upstream 1028743 51126600 ~ 51130404 (-)
fgf9 NA other upstream 1373627 51471899 ~ 51478510 (-)
il1rl1 il1rl1 other upstream 1497702 51596933 ~ 51619476 (-)
LOC110520182 NA other upstream 2608486 52693956 ~ 52708816 (-)

Expression


Co-expression Network