LOC110520205 (LOC106586291)


Basic Information

Item Value
gene id LOC110520205
gene name LOC106586291
gene type misc
species rainbow trout (Oncorhynchus mykiss)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048567.1
NCBI id CM023221.2
chromosome length 85311031
location 54044977 ~ 54149088 (+)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome

Sequence

>XM_036964950.1
atgaatgtgcagAAGAATGTGAGACTGACACTAGCCACTGCTTGTCGTCTGCAGGGTGGATCTGATGAGAGTCTGACAGCAGAGGAGCAGATGTACATTCTGTATGACATTAAACTCCAATGCCACCAGAACCTCTCCACCCGCGACCCTGCAGATGACCTTTGCCCCCCTGGTTGGGACGGCCTGGTTTGCTGGCCTCAGGGTTACCCAGGAGCTGTCACCAAGGTCCCCTGCCCCAGCTATGTCTACGACTTCAACCACAAAGGTCATACCTACAGGAAGTGTGACATCAATGGGTCGTGGGTGTTTGTGGAGAGCCTGAACAGGACGTGGCCTAACTACTCAGAGTGTCTGGGCCCTGGGTTTATGAAGCCAAGCAACGAGAGAGGGAAAcaGAACTTCTTTGAGCGGCTGTATGTCATGTACACTGTGGGCTATGCTGTGTCCTTCAGCTCTCTACTAGTGGCTATCTTCATCATTGGATACttcagGCGTCTCCACTGTACCAGGAATTATATCCACATCCACCTGTTTGTCTCCTTCATGCTCCGAGCCATCAGCATCTTCGTCAAGGACCGGGTGGTGTACGCCAGCGCCGGCCTGCAGGAGTTTGATGCGGTGCTCATGGACAACTTCAAGACTGTGGCCATGGCGCCACTGGACAACTCTCAATATATTGGTTGTAAAGTGACAGTGCTGCTGTTCATCTATTTCTTGGCGACTAACTACTACTGGATCCTAGTGGAGGGCCTGTACCTCCATAGTCTCATCTTCATGGCCTTCCTCTCTGACACAAAGTACCTGTGGGGTTTCACCCTCATTGGATGGGGTGTTCCAGCTCTGTTCGTGGCAACATGGGCAGTTGTCCGGGCAACACTAGCAGATGGAAGGTGCTGGGAGTTAAGTGCTGGGAACATTAAGTGGATATACCAGGTTCCCATTCTGACAGCCATCGGACTCAACTTTATCCTTTTTGTGAACATTGTGCGAGTGCTGGCGACAAAGATCAGGGAGACCAATGCAGGGAGATACGACACAAGAAAACAGTACAGGAAGCTAGCTAAGTCCACCCTAGTGCTGGTGCTGGTGTTTGGGGTCCACTACATTGTGTTTGTGGGGATGCCTCACACCTTCCAGGGCCTCAGCTGGGAGGTCAGGATGTACTTCGAGCTCTTCTTCAACTCCTTCCAGGGGTTCTTTGTATCCATCATCTACTGCTACTGCAATGGAGAGGTCCAGGCAGAGATCAAAAAGACGTGGACTCGTTGGAACCTGGCGTTTGACTGGAAAGGTCCGGTGGTGTGTGGCAGGTACCGCTACGGCTCGGTGCTCACAGTGCTCAACAACAGCACCATCAGCCAGTCCCAGCTGGCCGGGATTGGCCCTGCCACCCGATCCACCACCCTCTTCTCCAGCCAGGTCTACCGGAGCAACGGACCCCCTACACTCAGCACCCATGCCACCCTGCCTGGCTACGTCATTAGTAACTCAGACCCAGACagcctccacccctccatccctgaGGAACCAGAGGAGGACAGTGCCAAGCAGGTGGATGACATCTCTCTGAAGGAGACGCTGCCTGTACTTAACAGTAGCATGACCgcagatgatgatgaggagaCGCTGTAGACAAGGGGAGATACGGGAGGATTTCCTGAATATTTATAATATATATCTTGGCTGGGAAAAACACCAGGCCTTTGGAACAGGGACCAAAGACTCCTGGCCCTAGACTTGGAACCGCATGTACATTCATAGAGATACAAATGTATTAGTGCTGTGcaggttgactcataacccgcagtcccCGCGGTTATATCCGCAAGGCGGGTGGGTTTAGGGTCCTTaattattgtgtggatgaagggtcGGATTGAATGGGTTAGCGTATAACGCGAGCGTCTACATACAGagtaatatgaaatgctctgagaccagtttGTGAGAGAATGCAAATATTCAGTTAGATACCATCTGTAGAGGTGCTAAATTTATCAGCGTcctaaaagctgatagtattttaACCACATAAAAAATGCATCCAAgccgaactgaaatcttatcagaaacatgttgggtcattttcatagctttctatttccttacaactggtcaaactgatgtcattgGAAAATGTTGCACAGAAATCTTTCCagctttttttttgtttattgtgTTTTCTCCCCGCTCTCTAAATGTCTGCTCTGACGCTGAGAACTTtaccgatgtcaactagattgaagcattaATTTTTATCGATTTATGACATTATTttggtgagcaagggtttatttagtatTCAAGGGTAACATATTAATGACGAGAGAAGTTGCATGTATCGAACTATGGACAAGTTggctaacaaatagcctaccaaaatgtcagaaaatataagcagaaacatatctaaatcaggGGGGAAAAAACCTTAACCCCCTGTCCCCAAAAAATTCTACCatctctgactgtagcctacagcaCATTTATATATTAGCAGGTTTGGGTCGGGTGTGGGCCTCAGATTTTCATTTTATCACATATTGAGTGTTGAGTGGTTGTGGATGGGTTATTAACAATTGTGTGCCGAACAAACAGCTGACTATCACATACTGTACAGGTATAAAAACATAcattaggcctacagtatatagatacatacagtagacctatatggatacatacagtaggcctacagtatatagagacatacagtaggactatatggatacatacagtaggcctttatggatacatactgtacagtatacctaTATGGATGTATACAGTAGGCctttatggatatatacagtagGCTTATAtggacatatactgtacagtaggcctatatggatacatacagtaggcctttatggatacatactgtacagtagaccTATATGGATGCATACAGTAGGCCTTTATggatacatactgtacagtagaccTATATGGATGCATACAGTAGGCCTTTATGGACATAAACAATAGACCTATAtggacacatactgtacagtaggcctgTATGGATACATACTGTTCAGTAGGCCTATATggaaacatacagtaggcctatatggatgcatacagtaggcctttatggatacataaaataggcctatatatatacatacagtaggcctttatGGATACATACAGTATGCCTATATAGATACATACAGTGCGCCTATATGGATACATACAGTATGCCTATATGGATACATACAGTATGCCTATATAGATACATACAGTATGCCTatatagatacatacagtaggcctatatagatacatacagtatgcctatatggatacatacagtatgcctatatagatacatacagtatgcctatatggatacatacagtatgcctatatagatacatacagtatgcctatatagatacatacagtaggcctatatggatACATACAGTATGCCTATATAGATACATACAGTATGCCTATATGGATACATACAGTGTGCCTATATAGATACATACAGTATGCCTATATGGATACATACAGTGCGCCTATATGGATACATACAGTGCGCCTATATGGATACATACAGTATGCCTATATGGATACATACAGTGCGCCTATATGgatacatacagtaggcctctatggatacatacagtaggcctctatgtatacatacagtaggcctctatagatacatacagtaggcctatatggatACATACAGTATGCCTATATGGATACATACAGTATGCCTATATGGATACATACAGTGCGCCTATATGgatacatacagtaggcctctatggatacatacagtaggcctctatgtatacatacagtaggcctctataGATACATACAGTATGCCTATATGGATACATACAGTATGCCTATATAGATACATACATGCAAAAAATACAAATGTTCATTGCTTTATCCATGTGATTTTGGGCCAAGGATCCATGTTTTCTGCCAAACACTCCCCAGTTGTTGACAATCAGACATTCCATCCTTTAGGGGAGGTGAGGGCTAAAGTCAGTACTAAGGGCTAGAGGAACTGACTGCATCATGTGTCTGTTTGTGCAAAGCATGATTTTTTAAAATCCAAAATTACATTTGACTGACTAACAGATGTTTGGATGCCAACAGTATTTTGTTTCCCCCCTTGTCAAGCTGAGTTCTATCCAGTCTAGaaaaatacctttaaaaaaagcaCATTTCTCTCAGAGTCTGGCTTGTTGTTGGCTTACGTGATTACAGTCATGTCTCAGTGATATTTGTTGTTCTCTTCTCTGTTTACTTGTGATAAATGTTATTTCACTGCTCCCTGTT
>TU310226
TGTAGAGGTGCTAAATTTATCAGCGTcctaaaagctgatagtattttaACCACATAAAAAATGCATCCAAgccgaactgaaatcttatcagaaacatgttgggtcattttcatagctttctatttccttacaactggtcaaactgatgtcattgGAAAATGTTGCACAGAAATCTTTCCagctttttttttgtttattgtgTTTTCTCCCCGCTCTCTAAATGTCTGCTCTGACGCTGAGAACTTtaccgatgtcaactagattgaagcattaATTTTTATCGATTTATGACATTATTttggtgagcaagggtttatttagtatTCAAGGGTAACATATTAATGACGAGAGAAGTTGCATGTATCGAACTATGGACAAGTTggctaacaaatagcctaccaaaatgtcagaaaatataagcagaaacatatctaaatcaggGGGGAAAAAACCTTAACCCCCTGTCCCCAAAAAATTCTACCatctctgactgtagcctacagcaCATTTATATATTAGCAGGTTTGGGTCGGGTGTGGGCCTCAGATTTTCATTTTATCACATATTGAGTGTTGAGTGGTTGTGGATGGGTTATTAACAATTGTGTGCCGAA
>TU310225
atggatacatacagtatgcctatatagatacatacagtatgcctatatagatacatacagtaggcctatatggatACATACAGTATGCCTATATAGATACATACAGTATGCCTATATGGATACATACAGTGCGCCTATATGgatacatacagtaggcctctatggatacatacagtaggcctctatgtatacatacagtaggcctctatagatacATACAGTATGCCTATATGGATACATACAGTGCGCCTATATGgatacatacagtaggcctctatggatacatacagtaggcctctatgtatacatacagtaggcctctataGATACATACAGTATGCCTATATGGATACATACAGTATGCCTATATAGATACATACATGCAAAAAATACAAATGTTCATTGCTTTATCCATGTGATTTTGGGCCAAGGATCCATGTTTTCTGCCAAACACTCCCCAGTTGTTGACAATCAGACATTCCATCCTTTAGGGGAGGTGAGGGCTAAAGTCAGTACTAAGGGCTAGAGGAACTGACTGCATCATGTGTCTGTTTGTGCAAAGCATGATTTTTTAAAATCCAAAATTACATTTGACTGACTAACAGATGTTTGGATGCCAACAGTATTTTGTTTCCCCCCTTGTCAAGCTGAGTTCTAT

Function

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
XM_036964950.1 False 4319 mRNA 0.44 13 54044977 54149088
TU310226 False 613 lncRNA 0.37 1 54146748 54147360
TU310225 True 658 lncRNA 0.38 3 54148122 54148940

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
LOC110520204 LOC106586306 coding upstream 54496 53904310 ~ 53990481 (+)
LOC110520202 LOC106586307 coding upstream 161055 53870750 ~ 53883922 (+)
LOC110520200 LOC106586309 coding upstream 175439 53865468 ~ 53869538 (+)
parp14rs3 LOC106586314 coding upstream 398552 53631769 ~ 53646425 (+)
LOC110520196 NA coding upstream 415692 53600172 ~ 53629285 (+)
LOC110520208 LOC106586301 coding downstream 59787 54208875 ~ 54317829 (+)
LOC110520209 e41l5 coding downstream 169595 54318683 ~ 54365397 (+)
LOC110520210 LOC106586303 coding downstream 216841 54365929 ~ 54437361 (+)
LOC110520220 LOC106586295 coding downstream 519762 54668850 ~ 54672399 (+)
LOC110520222 LOC106586294 coding downstream 524144 54673232 ~ 54689498 (+)
G273173 NA non-coding upstream 19676 53962021 ~ 54025301 (+)
G273119 NA non-coding upstream 179554 53865155 ~ 53865423 (+)
G273113 LOC106586310 non-coding upstream 185005 53857406 ~ 53859972 (+)
G273093 LOC106586310 non-coding upstream 226440 53817120 ~ 53818537 (+)
G273056 NA non-coding upstream 288195 53756576 ~ 53756782 (+)
G273801 NA non-coding downstream 25483 54174571 ~ 54174807 (+)
G273989 NA non-coding downstream 355026 54504114 ~ 54505805 (+)
G274076 NA non-coding downstream 469766 54618854 ~ 54653554 (+)
G274056 NA non-coding downstream 471445 54620533 ~ 54659687 (+)
G273094 LOC106586310 other upstream 203360 53841264 ~ 53841617 (+)
G273004 LOC106586313 other upstream 386294 53657461 ~ 53658683 (+)
G272965 NA other upstream 392546 53648825 ~ 53652431 (+)
LOC110520190 LOC106586322 other upstream 708451 53291284 ~ 53339392 (+)
LOC110520187 LOC106586325 other upstream 821712 53174264 ~ 53235027 (+)
G274592 NA other downstream 725311 54874399 ~ 54875115 (+)
LOC110520231 dbr1 other downstream 1225458 55371759 ~ 55375526 (+)
G275542 LOC106586374 other downstream 1751106 55900194 ~ 55900743 (+)
G275553 LOC107595854 other downstream 1766241 55915329 ~ 55916133 (+)
G277296 NA other downstream 3115479 57264567 ~ 57264892 (+)
G273287 NA non-coding upstream 10131 54136282 ~ 54136617 (+)
G273276 NA non-coding upstream 24795 54121725 ~ 54121953 (+)
G273270 NA non-coding upstream 33341 54113188 ~ 54113407 (+)
G273261 NA non-coding upstream 52610 54092518 ~ 54094138 (+)
G273257 NA non-coding upstream 59257 54087151 ~ 54087491 (+)

Expression


Co-expression Network