LOC110520485 (dynlt3)


Basic Information

Item Value
gene id LOC110520485
gene name dynlt3
gene type misc
species rainbow trout (Oncorhynchus mykiss)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048567.1
NCBI id CM023221.2
chromosome length 85311031
location 69861894 ~ 69870212 (+)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome

Sequence

>XM_021597835.2
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>XM_021597836.2
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>XM_021597834.2
TCTTGCCTCACAGAGTCGCTTTCTTTGATTATTTCCATCTCGGTAACAGATATTTAGAAAAAAACAACAGACTCGGTGAAGAACCTTGTCGAAAGAGGAGAATTTTGCTTTTAAAGCAATGGAGGAGTACAATTCCGGAGAGGAGGAGTCACAGGTGTCCTTCAACGCAGATGAGGCCAGTGTCTCAGTTAAAGAGTGTATTGAAGCCATCATTGGAGGACTAGATTACAACCAGAACAAAGTGAACCAGTGGACTGCCAGCATTGTGGAGCACTCTCTCACCCAACTGGTCAAGCAAGGGAGACCATTCAAGTTCATAGTGAACTGTGCCATCATGCAGAAGAGTGGTGCTGGTCTCCACACGGCCAACTCCTGCTACTGGGACACTGCTACTGATGGAAGCTGCACGGTCAGGTGGGAGAACCGCACCATGTACTGTGTGGTGAGTGTTTTTGCCGTGGCCTTGACCTGTTAacatacccccccacccccccacaacCTGGCATGCACCAGCACCACCAAGCCTTGAAGATCCAAGCTGATTACCCATGCAAATAAATGTCTGTTGTACAACATCTTTCAACCCCACACTCTCAAACTTTGACCACTCCCAATGGGAACCATAGGATGGGAATTCAGTGATGTTGCTATAAGTGGTGGATACATAGTGTTGTCTGTGTGTAAATGTAAATAGACCAGTAGTTCTAGAGAGATGCTCAGCATGGACTTAGAAAATGGAACTAACCACACTGGACATGTGGAATATTATTTACTAAATCAATACATCCCATTTACAGTTTCAATAGTGTGTCGTAGTTGAACCActataacaaataataataattggagTCTGAAAGCAGAGGTCAGGTTTAATACATTCCTAACAGAGTGCAGAGAGAGACATTGTAGGTTTATGACGGTGTACTTTTCCTTTAAGAATGTGTATTATATTTATTCTAAGATCATTCCCTCTGGATTGTTGAAGTTGTAGCTCTCCTGCAGGTTGTATCACATTTACCTCACTAGCCCTTATGTCATTTGTGATATTAAATCGACTGAAAATGCTCATGACACTACAAGTATGACTTGTGACTGACTGTGTTTGTACATTGACCTTTgtcattaaatgtattatttaactATTGTCACATGATTTCCTGGTGTTTAATTGAGATGTCTCACCAGTAATGCAGGTTGACAGAATAGCTAATGAGGTTTAGGATGGGGTGAAACAAGTGCAACTGCTGGTTTCTTACCTTACACACATTCCTGTACATAAGGGGGTTGTGGTAGTAGTTATGTTAATTATCTTTTGTTGTTACAAATTGTCTATTTGCTGCATTGTTGTAATACATTCTATGTACCAGATGGGATTTTAAAATAAGATGGAGAGGAATTAGGATGCTTACTAATCACAGATGTTTAAAACAAGCACTGCAAATCTTCTTTAAGCCTTTAATGTCTAAACATAGACTCACCTCATCTATTAAAACTCACATGACTA
>XM_036975038.1
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>TU330385
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Function

symbol description
dynlt3 Predicted to enable dynein intermediate chain binding activity. Predicted to be involved in microtubule-based movement. Predicted to be part of cytoplasmic dynein complex. Predicted to be active in cytoplasm and kinetochore. Orthologous to human DYNLT3 (dynein light chain Tctex-type 3).

NR:

description
dynein light chain Tctex-type 3 isoform X4

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
XM_021597835.2 False 1639 mRNA 0.41 5 69861894 69870212
XM_036975041.1 False 1605 mRNA 0.40 5 69862022 69867869
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XM_036975038.1 False 1519 mRNA 0.41 5 69862035 69870212
TU330385 True 1425 TUCP 0.40 4 69862060 69870212

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
LOC110504579 LOC106582139 coding upstream 92248 69731759 ~ 69769646 (+)
LOC110504569 rpgr coding upstream 130237 69712348 ~ 69731657 (+)
LOC118964360 NA coding upstream 185231 69676510 ~ 69676663 (+)
LOC110520479 LOC106586674 coding upstream 221171 69634580 ~ 69640723 (+)
LOC110520478 LOC106586673 coding upstream 226591 69625755 ~ 69635303 (+)
LOC110504602 LOC106586683 coding downstream 45598 69915810 ~ 69923807 (+)
LOC110520491 LOC106586687 coding downstream 110056 69980268 ~ 70034765 (+)
LOC110520493 LOC106586690 coding downstream 187171 70057383 ~ 70070470 (+)
LOC110520495 LOC106586691 coding downstream 202592 70072804 ~ 70092807 (+)
LOC110518747 LOC106586693 coding downstream 361343 70231555 ~ 70314000 (+)
G291414 NA non-coding upstream 23969 69837711 ~ 69837925 (+)
G291411 NA non-coding upstream 28839 69832750 ~ 69833055 (+)
G291403 NA non-coding upstream 43917 69817578 ~ 69817977 (+)
G291404 sytl5 non-coding upstream 47526 69814140 ~ 69814368 (+)
G291402 NA non-coding upstream 47822 69813580 ~ 69814072 (+)
G291378 NA non-coding downstream 644 69870856 ~ 69871336 (+)
G291376 NA non-coding downstream 1481 69871693 ~ 69946132 (+)
G291440 NA non-coding downstream 17599 69887811 ~ 69888217 (+)
G291444 NA non-coding downstream 23643 69893855 ~ 69894931 (+)
G291490 NA non-coding downstream 101486 69971698 ~ 69971933 (+)
G291327 NA other upstream 166058 69695395 ~ 69695836 (+)
G289883 NA other upstream 1636588 68223725 ~ 68225306 (+)
G289517 NA other upstream 2099471 67761737 ~ 67762423 (+)
G289486 NA other upstream 2179772 67678862 ~ 67682122 (+)
G291461 NA other downstream 79455 69949667 ~ 69952168 (+)
LOC110520507 senp7 other downstream 706906 70576887 ~ 70597458 (+)
G293204 NA other downstream 1495971 71366183 ~ 71366423 (+)

Expression


Co-expression Network