LOC110520487


Basic Information

Item Value
gene id LOC110520487
gene name NA
gene type misc
species rainbow trout (Oncorhynchus mykiss)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048567.1
NCBI id CM023221.2
chromosome length 85311031
location 69892951 ~ 69895131 (-)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome

Sequence

>XM_036975042.1
CATGTTGACTAATGTGTGGAGCTGCAACTGGTCAACTCACGGATAGAGTTTGGGGTGTTACTATGGGACGTAGTAGGTCCAGCTGGCTGTTGATAGTAGTGTTTATGTTGATAGTGTTGCAGGTGGTGTTTATGTTGATAGTGTTGCAGGTGGTGTTTATGTTGATAGTGTTGCAGGTAGTGTTTATGTTGATAGTGTTGCAGGTGGTGTTTATGTTGATAGTGTTGCAGGTGGTGTTTATGTTGATAGTGTTGAAGGTGGTGTTTATGTTGATAGTGTTGCAGGTGGTGTTTATGTTGATAGTGTTGAAGGTGGTGTTTATGTTGATAGTGTTGCAGGTGGTGTTTATGTTGATAGTGTTGAAGGCGGTGTTTATGTTGATAGTGTTGCAGGTGGTGTTTATGTTGATAGTGTTGCAGGTGGGGTTTATGTTGATAGTGTTGCAGGTGGTGTTTATGTTGATAGTGATCTAGGTGGTGTTTATGTTGATAGTGTTGCAGGTAGTGTTTATGTTGATAGTGATTCAGATGGTGTTTATGTTGATAGTGTTGCAGGTGGTGTTTATGTTGATAGTGATCTAGGTGGTGTTTATATTGATAGTGTTGCAGGTGGTatgtatgttgatagtgttgcAGGTGGTGTTTATGTTGATAGTGTAGCAGGTGGTGTTTATGTTGATAGTGTAGCAGGTGGTGTTTATGATGACAGTGATGCAGGTTGTGTTTATGATGATAGTGATGCAGGTGGTGTTTATAATGATAGTGATGCAGGTAATGTTTATGTTGATAGTGATGCAGGTGGTGTTTATGTTGATAGTGTTGCAGGTGGTGTTTATGTTGATAGTGTAGCAGGTGGTGTTTATGTTGATAGTGATGCAGGAGGTGTTTATGTTGATAGTGTTGCAGGTGGTatgtatgttgatagtgttgcAGGTGGTGTTTATGTTGATAGTGTAGCAGGTGGTGTTTATGTTGATAGTGTAGCGGGTGGTGTTTATGATGATAGTGATGCAGGTTGTGTTTATGATGATAGTGATGCAGGTGGTGTTTATAATGATAGTGATGCAGGTAATGTTTATGTTGATAGTGATGCAGGTGGTGTTTATGTTGATAGTGTTGCAGGTGGTGTTTATGTTGATAGTGTAGCAGGTGGTGTTTATGTTGATAGTGATGCAGGTGGTGTTTATGCTGATAGTGATGCAGGTGGTGTTTATGATGATAGTGATGCAGGTAATGTTTATGTTGATAGTGATGCAGGTGGTGTTTATGTTGATAGTGTTGCAGGTGGTGTTTATGTTGATAGTGTAGCAGGTGGTGTTTATGTTGATAGTGATGCAGGTGGTGTTTATGTTGATATTGATGCAGGTGGTGTTTATGTTGATAGTGATGCAGGTGGTGTTTATGTTGATAGTGATGCAGGTGGTGTTTATGTTGATAGTGTTGCAGGTGGTGTTTATGTTGATAGTGTAGCAGGTGGTGTTTATGTTGATAGTGATGCAGGTGGTGTTTATGTTGATATTGATGCAGGTGGTGTTTATGTTGATAGTGATGCAGGTGGTGTTTATGTTGATAGTGTTGAAGGATGTGTTTGTGTTGATAGTGTTGAAGGTAGTATTTGTGTTGATAGTGTTGCAGTTAATGTTTATGTTGATAGTGATGCAGGTGGGGTTTATGTTGATAGTGTTGAAGTTGGTGTTTATGTTGATAGTGTTGAAGGTGGTGTTTATGTTGATAGTGTTGCAGGTGGTGTTTATGTTGATAGTGATGATAGAGATGTGCGTTATTCTAGTAGTGCCATATGTGTGATGATGCTGTTGGTAAGGGAGCTCGGTATCTATGGCAGTTCATTGACGTTTGTTTTTGTTTCTATTGTTGTATGTTATCATCAATGGATTCTAGAGGCTGTATTTTCCAGCGATTgcaggatttgtatttatttttattgatttcacctttatttaaccaggt
>XM_036975043.1
CATGTTGACTAATGTGTGGAGCTGCAACTGGTCAACTCACGGATAGAGTTTGGGGTGTTACTATGGGACGTAGTAGGTCCAGCTGGCTGTTGATAGTAGTGTTTATGTTGATAGTGTTGCAGGTGGTGTTTATGTTGATAGTGTTGCAGGTGGTGTTTATGTTGATAGTGTTGCAGGTAGTGTTTATGTTGATAGTGTTGCAGGTGGTGTTTATGTTGATAGTGTTGCAGGTGGTGTTTATGTTGATAGTGTTGAAGGTGGTGTTTATGTTGATAGTGTTGCAGGTGGTGTTTATGTTGATAGTGTTGAAGGTGGTGTTTATGTTGATAGTGTTGCAGGTGGTGTTTATGTTGATAGTGTTGAAGGCGGTGTTTATGTTGATAGTGTTGCAGGTGGTGTTTATGTTGATAGTGTTGCAGGTGGGGTTTATGTTGATAGTGTTGCAGGTGGTGTTTATGTTGATAGTGATCTAGGTGGTGTTTATGTTGATAGTGTTGCAGGTAGTGTTTATGTTGATAGTGATTCAGATGGTGTTTATGTTGATAGTGTTGCAGGTGGTGTTTATGTTGATAGTGATCTAGGTGGTGTTTATATTGATAGTGTTGCAGGTGGTatgtatgttgatagtgttgcAGGTGGTGTTTATGTTGATAGTGTAGCAGGTGGTGTTTATGTTGATAGTGTAGCAGGTGGTGTTTATGTTGATAGTGATGCAGGAGGTGTTTATGTTGATAGTGTTGCAGGTGGTatgtatgttgatagtgttgcAGGTGGTGTTTATGTTGATAGTGTAGCAGGTGGTGTTTATGTTGATAGTGTAGCGGGTGGTGTTTATGATGATAGTGATGCAGGTTGTGTTTATGATGATAGTGATGCAGGTGGTGTTTATAATGATAGTGATGCAGGTAATGTTTATGTTGATAGTGATGCAGGTGGTGTTTATGTTGATAGTGTTGCAGGTGGTGTTTATGTTGATAGTGTAGCAGGTGGTGTTTATGTTGATAGTGATGCAGGTGGTGTTTATGCTGATAGTGATGCAGGTGGTGTTTATGATGATAGTGATGCAGGTAATGTTTATGTTGATAGTGATGCAGGTGGTGTTTATGTTGATAGTGTTGCAGGTGGTGTTTATGTTGATAGTGTAGCAGGTGGTGTTTATGTTGATAGTGATGCAGGTGGTGTTTATGTTGATATTGATGCAGGTGGTGTTTATGTTGATAGTGATGCAGGTGGTGTTTATGTTGATAGTGATGCAGGTGGTGTTTATGTTGATAGTGTTGCAGGTGGTGTTTATGTTGATAGTGTAGCAGGTGGTGTTTATGTTGATAGTGATGCAGGTGGTGTTTATGTTGATATTGATGCAGGTGGTGTTTATGTTGATAGTGATGCAGGTGGTGTTTATGTTGATAGTGTTGAAGGATGTGTTTGTGTTGATAGTGTTGAAGGTAGTATTTGTGTTGATAGTGTTGCAGTTAATGTTTATGTTGATAGTGATGCAGGTGGGGTTTATGTTGATAGTGTTGAAGTTGGTGTTTATGTTGATAGTGTTGAAGGTGGTGTTTATGTTGATAGTGTTGCAGGTGGTGTTTATGTTGATAGTGATGATAGAGATGTGCGTTATTCTAGTAGTGCCATATGTGTGATGATGCTGTTGGTAAGGGAGCTCGGTATCTATGGCAGTTCATTGACGTTTGTTTTTGTTTCTATTGTTGTATGTTATCATCAATGGATTCTAGAGGCTGTATTTTCCAGCGATTgcaggatttgtatttatttttattgatttcacctttatttaaccaggt
>TU330923
ATGTTGATAGTGTTGCAGGTAGTGTTTATGTTGATAGTGATTCAGATGGTGTTTATGTTGATAGTGTTGCAGGTGGTGTTTATGTTGATAGTGATCTAGGTGGTGTTTATGTTGATAGTGTTGCAGGTGGTatgtatgttgatagtgttgcAGTTGGTGTTTATGTTGATAGTGTTGAAGGTGGTGTTTATGTTGATAGTGTTGCAGGTGGTGTTTATGTTGATAGTGATGATAGAGATGTGCGTTATTCTAGTAGTGCCATATGTGTGATGATGCTGTTGGTAAGGGAGCTCGGTATCTATGGCAGTTCATTGACGTTTGTTTTTGTTTCTATTGTTGTATGTTATCATCAATGGATTCTAGAGGCTGTATTTTCCAGCGATTgcagg
>TU330930
GTTGATAGTAGTGTTTATGTTGATAGTGTTGCAGGTGGTGTTTATGTTGATAGTGTTGCAGGTGGTGTTTATGTTGATAGTGTTGCAGGTAGTGTTTATGTTGATAGTGTTGCAGGTGGTGTTTATGTTGATAGTGTTGCAGGTGGTGTTTATGTTGATAGTGTTGAAGGTGGTGTTTATGTTGATAGTGTTGCAGGTGGTGTTTATGTTGATAGTGATGTAGGTGGTGTTTATGTTGATAGTGTTGAAGTTGGTGTTTATGTTGATAGTGATGCAGGAGGTGTTTATGTTGATATTGATGCAGGTGGTGTTTATGTTGATAGTGTTGCAGGTGGTGTTAACGTTGATAGTGTAGCAGGTGGTGTTTATGATGATAGTGATGCAGGTAATGTTTATGTTGATAGTGATGCAGGTGGTGTTTATGTTGATAGTGTTGAAGGATGTGTTTGTG
>TU330927
GTTGATAGTAGTGTTTATGTTGATAGTGTTGCAGGTGGTGTTTATGTTGATAGTGTTGCAGGTGGTGTTTATGTTGATAGTGTTGCAGGTGGTGTTTATGTTGATAGTGATGCAGGTGGTGTTTATGTTGATAGTGTTGCAGGTGGTGTTTATGTTGATAGTGTAGCAGGTGGTGTTTATGTTGATAGTGATGCAGGTGGTGTTTATGTTGATATTGATGCAGGTGGTGTTTATGTTGATAGTGATGC
>TU330924
GTTGATAGTAGTGTTTATGTTGATAGTGTTGCAGGTGGTGTTTATGTTGATAGTGTTGCAGGTGGTGTTTATGTTGATAGTGTTGCAGGTGGTGTTTATGTTGATAGTGTTGAAGGTGGTGTTTATGTTGATAGTGTTGCAGGTGGTGTTTATGTTGATAGTGTAGCAGGTGGTGTTTATGTTGATAGTGATGCAGGTGGTGTTTATGCTGATAGTGATGCAGGTGGTGTTTATGATGATAGTGATGCAGGTAATGTTTATGTTGATAGTGATGCAGGTGGTGTTTATGTTGATAGTGTTGCAGGTGGTGTTTATGTTGATAGTGTAGCAGGTGGTGTTTATGTTGATAGTGATGCAGG
>TU330926
GTTGATAGTAGTGTTTATGTTGATAGTGTTGCAGGTGGTGTTTATGTTGATAGTGTTGCAGGTGGTGTTTATGTTGATAGTGTTGCAGGTAGTGTTTATGTTGATAGTGTTGCAGGTGGTGTTTATGTTGATAGTGTTGCAGGTGGTGTTTATGTTGATAGTGTTGAAGGTGGTGTTTATGTTGATAGTGTTGCAGGTGGTGTTTATGTTGATAGTGATGTAGGTGGTGTTTATGTTGATAGTGTTGAAGTTGGTGTTTATGTTGATAGTGATGCAGGAGGTGTTTATGTTGATATTGATGCAGGTGGTGTTTATGTTGATAGTGTTGCAGGTGGTGTTAACGTTGATAGTGTAGCAGGTGGTGTTTATGATGATAGTGATGCAGGTAATGTTTATGTTGATAGTGATGCAGGTGGTGTTTATGTTGATAGTGTTGCAGGTGGTGTTTATGTTGATAGTGTAGCAGGTGGTGTTTATGTTGATAGTGATGCAGG

Function

NR:

description
uncharacterized protein LOC110520487 isoform X1

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
XM_036975042.1 False 1967 mRNA 0.39 2 69892951 69895131
XM_036975043.1 False 1805 mRNA 0.39 3 69892951 69895131
TU330923 False 389 lncRNA 0.39 3 69892994 69894649
TU330930 False 451 lncRNA 0.39 3 69893326 69895043
TU330927 False 248 lncRNA 0.40 2 69893367 69895043
TU330924 False 359 lncRNA 0.40 4 69893580 69895043
TU330926 True 494 lncRNA 0.39 2 69893580 69895043

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
sytl5 sytl5 coding downstream 31950 69775632 ~ 69861001 (-)
otc otc coding downstream 183782 69698465 ~ 69709169 (-)
ankrd10b LOC106586677 coding downstream 217941 69649537 ~ 69675010 (-)
LOC110520480 ube2al coding downstream 248212 69641214 ~ 69644739 (-)
LOC110520477 LOC106586672 coding downstream 278296 69595837 ~ 69614655 (-)
LOC110504590 lancl3 coding upstream 12174 69907305 ~ 69911161 (-)
asb11 LOC106586685 coding upstream 32530 69927661 ~ 69933360 (-)
piga LOC106586684 coding upstream 38566 69933697 ~ 69938856 (-)
LOC110520490 LOC106586686 coding upstream 54534 69949665 ~ 69971173 (-)
LOC110520492 LOC106586689 coding upstream 139909 70035040 ~ 70048393 (-)
xk xk non-coding downstream 14647 69871658 ~ 69903855 (-)
G291812 NA non-coding downstream 29381 69862058 ~ 69863570 (-)
G291829 NA non-coding downstream 32640 69860109 ~ 69860311 (-)
G291827 NA non-coding downstream 38162 69854480 ~ 69854789 (-)
G291808 NA non-coding downstream 65291 69827299 ~ 69827660 (-)
G291896 NA non-coding upstream 76530 69971661 ~ 69971925 (-)
G291884 LOC106586687 non-coding upstream 135633 70030764 ~ 70034763 (-)
G292214 NA non-coding upstream 225277 70120408 ~ 70120729 (-)
G292211 NA non-coding upstream 227728 70122859 ~ 70164009 (-)
G291138 NA other downstream 636407 69256005 ~ 69256544 (-)
G290713 LOC106586659 other downstream 1042097 68846611 ~ 68850854 (-)
G290602 NA other downstream 1168037 68721808 ~ 68724914 (-)
G290598 NA other downstream 1175566 68710367 ~ 68717385 (-)
G290567 NA other downstream 1245331 68626332 ~ 68647620 (-)
G291901 LOC106586687 other upstream 85215 69980346 ~ 69996605 (-)
G291977 NA other upstream 212409 70107540 ~ 70107950 (-)
G292753 NA other upstream 824905 70720036 ~ 70720591 (-)
G292919 NA other upstream 1132488 71027619 ~ 71040152 (-)
G293984 NA other upstream 2008183 71903314 ~ 71903908 (-)

Expression


Co-expression Network