LOC110520593 (LOC106586828)


Basic Information

Item Value
gene id LOC110520593
gene name LOC106586828
gene type coding
species rainbow trout (Oncorhynchus mykiss)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048567.1
NCBI id CM023221.2
chromosome length 85311031
location 75582032 ~ 75628909 (-)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome

Sequence

>XM_021597988.2
GTGGATGATCAGCTACCATCATCAGTCTTTTAAACAAAAGTTCAAGAAGGTTTCACAGCaactttactgtagtctacttcCCCGACCGCTGACATGTCTTCAATGAATAGCTGGTGGATTACATGCATTGTTTTACTTCATTCCGCTTATTTGGGATCTTGTGATTCAGACTCTGGAATAGCAGATGGAGCCCAGCCTGAGCTCTTCATTTTCCACCAGTCGTGCGCCCTGAAGAAGGACGAAGGGCCCTGCAAGGCATTAAAGGAGCGTTTCTACTTCGACATAGACACGGGCCGCTGTGAGGCCTTCGAGTTCGGCGGCTGCAGAGGCAACGCCAACAATTTTGAGACCTTGGAGGCGTGTGAGGAAATGTGCCTGGTGTCTGTTGACAAGAGTCCCTGTCACCTGGAGGAGGCTCCTGGGCCATGTCGAGGTCTGGTAACTCGCTACTTATTTGACAACCAGAGCCAGGAGTGCAAGCACTTCTACTATGGAGGCTGCTTCGGCAATGCCAACAACTTCAAGAGTATGAAAGAGTGCCAGGCTAGATGCCAGAACCCAGAAAACCCCACTGTGGCCCTTAAATTGGATGTGGCCCCTAAATTGGAGGTCACCGTCCCAGAACCCCATAGCCAGCCTAGTGTGCAGTCTCTCAAAGTAACTGACTTCAATCCTCCGGACTTGTGTCTCAGTCCCATTGACAAGGGCACAACatgtgatggagaggagagaactgagAGGAGATACGTGTACAACCCCAAGACAAAGAGATGTCAGTCGTTGCGCTACAATGGCTGCGGGGGCAACAAGAACAACTTTGTCCACAAGAGACACTGCATGAAGATGTGTATGAAGCCAGATCACCATCACAAAGGGAGGGTCATTCGTATAAAGAAGAAGAACAGCAACATCTTGTTTCGATCTGTCTAAATTAAGGCTTCATATTATACCCTTCCTACTTCCTATTAAACCCTTCCTACTTCCTATTAAACACTTCCTACTTCCTATTAAACCCTTCCTACTTCCTATTAAACCCTTTCTACTTCCTATTAAACCCTTCCTACTTCCTATTAAACCCTTCTTACTAATATTAAACCCTTCCTATTAATGTTAAACCCTTCCTACTTCCTATTAAACCCTTCCTACTTCCTATTAAACACTTCCTACTTCCTATTAATATTAAACCCTTCCTACTTCCTATTAAACCCTTCCTACTTCCTATTAAACCCTTCCTACTTCCTATTAAACCCTTCCTACCTCCTATTAAACACGTCCTACTTCTATTAAACCCTTTCTACTTCCTATTAAACCCTTCCTACTTCCTATTAAACCCTTCTTACTAATATTAAACCCTTCCTACTAATATTAAACCCTTCCTACTTCCTATTAAACCCTTCCTACTTCCTATTAAACCCTTCCTACTTCCTATTAAACACTTCCTACTTCCTATTAATATTAAACCCTTCCTACTTCCTATTAAACCCTTCCTACTTCCTATTAAACCCTTCCTACTTCCTATTAAACCCTTCCTACCTCCTATTAAACACTTCCTACTTCCTATTAAACCCTTCCTACTTCCTATTAAACCCTTCCTACTTCCTATTAATATTAAACACTTCCTACTTCCTATTAAACCCTTCCTACTTCCTATTAATATTAAACCCTTCCTACTTCCTATTAAACCCTTCCCACTTCCTATTAAACCCTTCCTACTTCCTATTAATATTAAACCCTTCCTACTTCCTATTAAACCCTTCCTACTTCCTATTAAACCCTTCCTACTTCCTATTAAACCCTTCCTACTTCCTATTAATATTAAACCCTTCCTACTTCCTTTTAAACCCTTCCTACTTCCTATTAAACCCTTCCTACTTCCTATTAAACCCTTCCTACTTCCTATTAATATTAAACCCTTCCTACTTCCTTTTAAACCCTTCCTACATACACTACTTTTGAATGAGTCTTTATTTATATCATTCTTATTTGACTTTGGTATGTCCTTGTAGTCTTGCAGCAATTGTATCAAAGGCTTGTTTTGGCCTATTGTGTGATGTTGTATTGCTCATTGTAACCTTTTAACACTTTGTAAGAAGATGTTTTTAGTAATATCAcaattgtatacattttttttactgtCACATACCAAATACCAGTCTATAATTGTATTTTTCTTTCTTCCTGAGGACACCAGACAAGTTGTTTTATTGACAAATGATGAACATTCATTATCCCAAAAGCACTGTACATGTAATATCATTCAATAAAGTACATTATCTGTA
>XM_036975222.1
GCGTGGATGATCAGCTACCATCATCAGTCTTTTAAACAAAAGTTCAAGAAGGTTTCACAGCaactttactgtagtctacttcCCCGACCGCTGACATGTCTTCAATGAATAGCTGGTGGATTACATGCATTGTTTTACTTCATTCCGCTTATTTGGGATCTTGTGATTCAGACTCTGGAATAGATGGAGCCCAGCCTGAGCTCTTCATTTTCCACCAGTCGTGCGCCCTGAAGAAGGACGAAGGGCCCTGCAAGGCATTAAAGGAGCGTTTCTACTTCGACATAGACACGGGCCGCTGTGAGGCCTTCGAGTTCGGCGGCTGCAGAGGCAACGCCAACAATTTTGAGACCTTGGAGGCGTGTGAGGAAATGTGCCTGGTGTCTGTTGACAAGAGTCCCTGTCACCTGGAGGAGGCTCCTGGGCCATGTCGAGGTCTGGTAACTCGCTACTTATTTGACAACCAGAGCCAGGAGTGCAAGCACTTCTACTATGGAGGCTGCTTCGGCAATGCCAACAACTTCAAGAGTATGAAAGAGTGCCAGGCTAGATGCCAGAACCCAGAAAACCCCACTGTGGCCCTTAAATTGGATGTGGCCCCTAAATTGGAGGTCACCGTCCCAGAACCCCATAGCCAGCCTAGTGTGCAGTCTCTCAAAGTAACTGACTTCAATCCTCCGGACTTGTGTCTCAGTCCCATTGACAAGGGCACAACatgtgatggagaggagagaactgagAGGAGATACGTGTACAACCCCAAGACAAAGAGATGTCAGTCGTTGCGCTACAATGGCTGCGGGGGCAACAAGAACAACTTTGTCCACAAGAGACACTGCATGAAGATGTGTATGAAGCCAGATCACCATCACAAAGGGAGGGTCATTCGTATAAAGAAGAAGAACAGCAACATCTTGTTTCGATCTGTCTAAATTAAGGCTTCATATTATACCCTTCCTACTTCCTATTAAACCCTTCCTACTTCCTATTAAACACTTCCTACTTCCTATTAAACCCTTCCTACTTCCTATTAAACCCTTTCTACTTCCTATTAAACCCTTCCTACTTCCTATTAAACCCTTCTTACTAATATTAAACCCTTCCTATTAATGTTAAACCCTTCCTACTTCCTATTAAACCCTTCCTACTTCCTATTAAACACTTCCTACTTCCTATTAATATTAAACCCTTCCTACTTCCTATTAAACCCTTCCTACTTCCTATTAAACCCTTCCTACTTCCTATTAAACCCTTCCTACCTCCTATTAAACACGTCCTACTTCTATTAAACCCTTTCTACTTCCTATTAAACCCTTCCTACTTCCTATTAAACCCTTCTTACTAATATTAAACCCTTCCTACTAATATTAAACCCTTCCTACTTCCTATTAAACCCTTCCTACTTCCTATTAAACCCTTCCTACTTCCTATTAAACACTTCCTACTTCCTATTAATATTAAACCCTTCCTACTTCCTATTAAACCCTTCCTACTTCCTATTAAACCCTTCCTACTTCCTATTAAACCCTTCCTACCTCCTATTAAACACTTCCTACTTCCTATTAAACCCTTCCTACTTCCTATTAAACCCTTCCTACTTCCTATTAATATTAAACACTTCCTACTTCCTATTAAACCCTTCCTACTTCCTATTAATATTAAACCCTTCCTACTTCCTATTAAACCCTTCCCACTTCCTATTAAACCCTTCCTACTTCCTATTAATATTAAACCCTTCCTACTTCCTATTAAACCCTTCCTACTTCCTATTAAACCCTTCCTACTTCCTATTAAACCCTTCCTACTTCCTATTAATATTAAACCCTTCCTACTTCCTTTTAAACCCTTCCTACTTCCTATTAAACCCTTCCTACTTCCTATTAAACCCTTCCTACTTCCTATTAATATTAAACCCTTCCTACTTCCTTTTAAACCCTTCCTACATACACTACTTTTGAATGAGTCTTTATTTATATCATTCTTATTTGACTTTGGTATGTCCTTGTAGTCTTGCAGCAATTGTATCAAAGGCTTGTTTTGGCCTATTGTGTGATGTTGTATTGCTCATTGTAACCTTTTAACACTTTGTAAGAAGATGTTTTTAGTAATATCAcaattgtatacattttttttactgtCACATACCAAATACCAGTCTATAATTGTATTTTTCTTTCTTCCTGAGGACACCAGACAAGTTGTTTTATTGACAAATGATGAACATTCATTATCCCAAAAGCACTGTACATGTAATATCATTCAATAAAGTACATTATCTGTA

Function

NR:

description
tissue factor pathway inhibitor-like

GO: NA

KEGG:

id description
K03909 TFPI; tissue factor pathway inhibitor

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
XM_021597988.2 False 2279 mRNA 0.40 6 75582032 75628907
XM_036975222.1 True 2278 mRNA 0.40 6 75582032 75628909

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
LOC110520594 LOC106586829 coding downstream 2507 75535014 ~ 75579525 (-)
LOC118964329 NA coding downstream 652227 74867279 ~ 74929805 (-)
LOC118964328 NA coding downstream 689712 74891721 ~ 74892320 (-)
LOC118964358 NA coding downstream 704330 74877548 ~ 74877702 (-)
LOC110520587 LOC106586791 coding downstream 901249 74677651 ~ 74680783 (-)
LOC110520599 LOC106586824 coding upstream 225824 75854733 ~ 75919692 (-)
trnaa-ugc-5 NA coding upstream 261456 75890365 ~ 75890437 (-)
LOC110520602 LOC100136552 coding upstream 473928 76102837 ~ 76118153 (-)
LOC118944635 NA coding upstream 531208 76160117 ~ 76171119 (-)
LOC110520604 LOC106586822 coding upstream 891295 76520204 ~ 76857463 (-)
G297725 NA non-coding downstream 7410 75574201 ~ 75574622 (-)
G297710 NA non-coding downstream 37163 75544488 ~ 75544869 (-)
G297635 LOC106586807 non-coding downstream 142832 75428272 ~ 75439200 (-)
G297587 NA non-coding downstream 231627 75349368 ~ 75350405 (-)
G297561 NA non-coding downstream 287656 75294083 ~ 75294376 (-)
G297907 NA non-coding upstream 243992 75872901 ~ 75873732 (-)
G298051 NA non-coding upstream 312142 75941051 ~ 75941296 (-)
G298053 NA non-coding upstream 315516 75944425 ~ 75944653 (-)
G298054 NA non-coding upstream 316609 75945518 ~ 75945778 (-)
G298059 NA non-coding upstream 325619 75954528 ~ 75954841 (-)
G296315 NA other downstream 1342237 74239187 ~ 74239795 (-)
LOC110520576 NA other downstream 1610202 73960416 ~ 73973401 (-)
G296166 LOC106581959 other downstream 1701661 73877719 ~ 73880371 (-)
LOC110520572 cep97 other downstream 1708215 73870489 ~ 73877576 (-)
G296100 LOC106586751 other downstream 1772436 73808482 ~ 73809596 (-)
G298065 NA other upstream 331638 75960547 ~ 75963074 (-)
G298131 NA other upstream 426212 76055121 ~ 76057006 (-)
G298192 NA other upstream 537094 76166003 ~ 76166401 (-)
G299024 NA other upstream 1153934 76782843 ~ 76787731 (-)
pknox1.1 pknox1 other upstream 2207573 77832447 ~ 77844072 (-)

Expression


Co-expression Network